拜占庭大主教为了诋毁埃及对手的人格和行为，早在皇帝的耳边灌输种种带有偏见的言辞。随着开会的通知附上一封满是威胁和抨击的书信，指责他是钻营、无礼和猜忌的教士，混淆人们简朴的信仰，扰乱教会和国家的安宁，并运用权谋分别给狄奥多西的妻子和妹妹写信，这种行为可以明确认定，是为了在皇室内部散布不和的种子。接到君王严厉的命令后，西里尔来到以弗所，他在那里遭到行政官员的抵制、威胁和囚禁，这些官员应聂斯托利和东部人士的要求，已经在吕底亚和爱奥尼亚集结军队，要镇压教长那批充满宗教狂热而又不遵法度的随员。西里尔毫不考量皇帝是否会赐予恩典，逃过警卫的看守匆忙上船，抛弃已经四分五裂的宗教会议，退回安全而又自主的教长城堡。他那两名手腕高明的使者在派往宫廷和都城以后，竭力平息皇帝的怒气，恳求他的宽容，都能得到善意的回应。阿尔卡狄乌斯的儿子个性软弱，受到妻子、妹妹、宦官和宫中妇女相互矛盾的影响，立场始终摇摆不定，她们的情绪受到迷信和贪婪的控制，身为正统教会的头目，对前者极力危言耸听，还要尽力满足后者的需要。
君士坦丁堡和近郊修建了多所修道院，地位圣洁的院长达尔马提乌斯和优迪克，早已将宗教的热忱和忠心奉献给西里尔的理想、玛利亚的崇拜和基督的统合。他们从僧侣生活的第一天开始，就不与尘世打交道，也不愿踏上城市污秽的土地，然而自从教会出现可怕的危机，他们的誓言被极为崇高而又绝对必要的责任取代，于是他们带领一大队僧侣和隐士，手里拿着点燃的蜡烛，口中唱着颂扬“上帝之母”的赞美歌，从他们的修道院奔向皇宫。这个前所未有的壮举使人民极为兴奋和激动，害怕得发抖的君王倾听圣徒的祈祷和诉求。他们提出大胆宣告，要求皇帝接受阿塔纳修斯的继承人并且赞同他的信条，否则就没有希望获得上帝的救赎。同时对通往帝座的每条道路都展开“金钱攻势”，在“颂词”和“祈福”这些光明正大的名义之下，所有廷臣无论性别，按照他们的权势和贪念，得到数目不一的贿赂。他们无厌的需求，却等于把君士坦丁堡和亚历山大里亚的圣所洗劫一空。教长的权威也无法压制教士的抱怨，为了支付可耻的腐败伎俩所需的费用，已经负下6万镑的债务。普尔喀丽亚使她的弟弟免于承受帝国的重担，是正统教会最坚固的支柱。宗教会议的雷霆之声和宫廷的窃窃私语，产生如此密切的利害关系，西里尔能够保证即使弄走一个宦官，换上一个还是会得到狄奥多西的重用。然而，这位埃及人还是无法吹嘘自己能获得光荣和最后的胜利。皇帝表现出乎寻常的坚定气概，要信守诺言保护无辜的东部主教。西里尔尽量软化心意不要下达破门律，在他能对不幸的聂斯托利展开全面的报复行动之前，只能用暧昧不清和勉为其难的态度，承认基督的双重性质。
聂斯托利生性鲁莽固执，一直到宗教会议结束，始终受到西里尔的压迫、宫廷的辜负和东部朋友微弱无力的支持。恐惧或气愤的情绪使他想要趁着时机未晚，能够很风光地自愿退位。他的愿望或至少是他的请求获得允许，盛大的队伍将他从以弗所护送到安条克，进入早期修行的古老修道院。留下的职位空了很短一段时间，他的接班人马克西米安和普罗科卢斯，相继成为君士坦丁堡合法的主教。但是，那位被黜免的主教在孤寂的斗室之中，再也无法适应普通僧侣的清静与安宁。他对过去感到遗憾，对现在表示不满，对未来心怀忧虑也不是没有道理。东部的主教相继把他列为不受欢迎的人物，排除在一切活动之外；分裂的派系把聂斯托利尊为信仰坚定的圣者，现在人数已经日益减少。他在安条克居留4年以后，狄奥多西签署一份诏书，把他列为术士西门之流的人物，取缔他的言论和追随者，谴责他的著作并收集起来烧毁，先是把他流放到阿拉伯的佩特拉，最后将其送到利比亚沙漠的一处绿洲，就像身处孤岛一样。
这位被放逐者虽然已经与教会或世界丧失接触，偏颇的见解和战斗的意识所引起的怒气却仍旧萦回心头。一个布伦米人或努比亚人的游牧部落，入侵那个监禁他而又非常偏僻的地点，离开时留下一批无用的俘虏。等到聂斯托利刚抵达尼罗河的岸边，他就发现状况不妙，不如离开一个有正统教会的罗马城市，宁愿到蛮族去过较为温和的奴役生活。他的逃走被当作一项新的罪行受到惩治。教长的精神影响力对埃及民事和教会的权势人物产生激励作用，行政官员、士兵和僧侣基于虔诚的信仰，要折磨基督和圣西里尔的敌人。在遥远的埃塞俄比亚领土，这位异端分子不停地被押送进去接着又召唤回来，反复的旅程极其艰困而又劳累，衰老的身躯实在是无法忍受。然而他的心灵仍旧斗志高昂，保持独立的见解。蒂巴伊斯市长为他写给信徒的牧函而惊讶不已，亚历山大里亚的正统教会暴君去世时他还健在，经过16年的流放之后，卡尔西顿的宗教会议或许会恢复他在教会的职位，至少也应该让他重回过去的生活。聂斯托利的逝世使他无法接受他们衷心欢迎的召唤，然而疾病的传闻带着恶意中伤的色彩，说他的舌头是亵渎的工具，竟然被虫子吃掉。他的遗体埋葬在上埃及名叫克姆尼斯或潘诺波里斯或阿克米的城市，但是雅各派信徒永不消失的怨毒之心，仍旧保持数代之久，一直对着他的坟墓丢石头，到处散播不经的传闻，说是上天对于正直和邪恶的人遍洒雨露，雨露却从来没有落在他的坟上。恻隐之心使人难免要为聂斯托利的不幸下场流泪叹息，但正义之士却可以清楚看出，正是他所极力赞同而且施加于别人的迫害使他自己身受其苦。