朝圣者的个人、家庭和产业在教皇直接保护之下，身为精神生活的赞助人立即宣称他们拥有各种特权，指导朝圣者的行为，同时用操控和谴责的手法逼迫他们完成誓言。腓特烈二世是巴巴罗萨的孙子，陆续成为教会的被监护人、仇敌和被牺牲的受害人。21岁时他听从监护人英诺森三世的指导举起十字架，在皇家和帝国的加冕典礼中，一再重复宣布同样的承诺。他与耶路撒冷女继承人结婚，对于他们的儿子康拉德的世袭王国，要负起防卫的责任。但是等到腓特烈年龄渐长而权势日增，年轻时代鲁莽的保证使他悔悟，自由的思想和知识对心灵产生启发作用，教导他要藐视迷信的幻影和亚洲的冠冕，因而对英诺森的继承人不再存有同样的尊敬态度。他的雄心壮志全集中在光复从西西里到阿普里亚的意大利王国，计划的成功会使教皇退回到原始教会的简朴生活。
经过12年的拖延和推辞以后，教皇用乞求和威胁促使皇帝定出前往巴勒斯坦的时间和地点。在西西里和阿普里亚的港口，他所准备的舰队有100艘战船和100艘其他船只，建造完成以后可以运送和登陆2500名骑士，连带他们的马匹和扈从。他在那不勒斯和日耳曼的诸侯组成一支实力强大的军队，根据权威的报道，英格兰十字军人员的兵力扩展到6万人。但是繁重的准备工作无可避免或是故意产生迟缓的现象，那些比较贫穷的朝圣者耗尽他们的精力和给养，疾病和逃亡使人数日益稀少；卡拉布里亚酷热的夏季等于提出预告，叙利亚战役会带来重大的灾难。皇帝终于在布伦迪西乌斯扬帆发航，率领的舰队和军队共有4万人马。但是他只在海上停留了3天的时间，全军就匆忙撤回。根据他的朋友提出的说法，是他突然患病，虽然不严重却痛苦难忍；他的敌人指控他蓄意抗命拒不服从。
格列高利九世对腓特烈中止神圣的誓言，施以逐出教会的处分，而为了对他擅自将完成誓言的时间延到次年进行惩罚，同一位教皇再度对他处以破门罪。当他还在十字架的旗帜之下服役时，为了对付他，教皇在意大利发起国内的十字军，等到他从巴勒斯坦回国后，被迫要对自己所受的伤害恳求教会的谅解。巴勒斯坦的教士和军事的骑士团事先已获得通知，拒绝他参与宗教活动并且反抗他的指挥。就是在自己的王国里，他也被迫同意营地的命令，使用上帝和基督教共和国的名号。腓特烈凯旋进入耶路撒冷，圣墓的祭坛上放着王冠，他用自己的手拿下来为自己加冕（没有一位教士愿意执行这项职务）。但教长在教堂公布一项禁令，说他的出席是亵渎神圣的行为；医院和圣殿骑士通知苏丹，说他前往约旦河游历没有护卫随身，很容易发起突击将他杀死。
在这种宗教狂热和党派倾轧之下，胜利毫无希望，防卫非常困难，最后还是获得有利的和平，这可能要归功于伊斯兰信徒之间的争执，以及他们对腓特烈品格的尊敬。教会的敌人遭到指控：对异教徒保持善意和友好的交往，这种行为不符合一个基督徒的身份；藐视这块不毛之地；纵情于邪恶的思想，曾经信口开河说，如果耶和华见过那不勒斯王国，就不会让他的选民继承巴勒斯坦当作应许之地。然而腓特烈从苏丹手里光复耶路撒冷、伯利恒、拿撒勒、提尔和西顿等地，拉丁人受到允许可以在城市居住和加强防务。他颁布了一部民事和宗教自由平等的法典，适用于耶稣以及穆罕默德的信徒，前者可以在圣墓举行礼拜仪式，后者可以在神圣清真寺祈祷和讲道，先知从此处开始前往天堂的夜行。教士痛恨这种引起反感的宗教宽容，势力已经衰弱的穆斯林逐渐遭到强制驱离。
十字军东征所有合理的目标在没有流血牺牲的状况下都已达成，教堂被归还或重建，修道院得到人员的补充，在15年的时间里，耶路撒冷的拉丁人数量已经超过6000人。对于这样的和平与繁荣，他们不会感激这位恩主。要等到花剌子模人的入侵（1243 A.D.），和平才宣告结束。这个外来的野蛮游牧民族为了逃避蒙古人的杀戮，带着他们的家人和牲口从里海冲进叙利亚。法兰克人和阿勒颇、霍姆斯以及大马士革的苏丹联合起来，实力还是不足以遏阻这股狂暴的激流。任何人敢站起来抗拒，就被花剌子模人无情地杀死或是拖走成为俘虏。圣地的骑士团在一次会战中几乎全部被歼灭，城市受到劫掠，圣墓受到亵渎，拉丁人这才开始承认并且怀念土耳其人和萨拉森人的谦和与戒律。