在同一年，几乎是在同一天里，尤金尼乌斯在巴西尔受到罢黜（公元1438年6月25日），而希腊人和拉丁人在佛罗伦萨完成教会的再度联合（公元1438年7月6日）。教皇在前面这次宗教会议（他称之为魔鬼的聚会）受到污辱，说是犯下买卖圣职、伪证陷害、残酷暴虐、异端邪说和分裂教会等罪行，当众宣布他的罪孽已经无可救药，不够资格拥有任何头衔，也没有能力负责任何圣职；然而在后面这次会议上，他被尊为基督真正和神圣的代理人，东方和西方的正统基督教徒在分裂600年后，经过他锲而不舍的努力，终于聚集在一个羊栏之内，在一位牧羊人的领导之下统一起来。教会的联合决议获得教皇、皇帝和两个教会主要圣职人员的签署，甚至像西罗普卢斯那样被剥夺选举权的人，也都表示同意。本来只要准备两份条约，让东西方各执一本即可，但是尤金尼乌斯坚持要准备四份同样的正本，让大家都签字作为他获得胜利的标志。
7月6日那天是个值得纪念的日子，圣彼得和君士坦丁的继承人共同登上宝座，两个民族聚集在佛罗伦萨的主座教堂，双方的代表红衣主教朱利安和尼斯大主教贝萨里翁在讲坛上现身，用各自的语言宣读教会联合的决议条文之后，当着大声欢呼的教友面用他们的名义热烈拥抱。教皇和他的枢机主教按照罗马教会的礼拜仪式行使神圣的职权，所唱的颂歌加上“和子”字样。希腊人听不懂音调和谐而又字句不清的歌词，所以无人在意这一点，被看作是他们的默认，更为谨慎的拉丁人拒绝参加任何公开举行的拜占庭仪式。皇帝和教士对于民族的荣誉并非毫不在意，条约的批准得到他们的同意，对于信条或仪式不再进行任何改变，这是心照不宣的事。以弗所的马可坚持正义的立场，他们不愿深究，反而在私下表示赞许。等到教长过世以后，除了在圣索菲亚主座教堂，否则他们不愿选出约瑟的继承人。在分派公众和私人的酬劳方面，出手大方的教皇超出了他原来的许诺，使得大家喜出望外。希腊人不再讲究排场而且气焰低落，还是从费拉拉取道威尼斯原路返国，他们在君士坦丁堡受到欢迎的状况，下一章将会描述（公元1440年2月1日）。
尤金尼乌斯一开始就马到成功使他鼓起更大的干劲，像是亚美尼亚派、马龙派、埃及和叙利亚的雅各派、聂斯托利派和埃塞俄比亚派，都派遣使节陆续前来亲吻罗马教皇的脚，公开宣布东部教会的服从和正统教义的信仰。这些来自东方的使节，在所代表的国度并没有人知晓，在西部到处鼓吹和赞扬尤金尼乌斯的名声。他们对于瑞士和萨伏伊分裂主义的残余势力，发出全力围剿的叫嚣，说这些人阻挠基督世界的全面和谐。紧随激烈的反对而来的是绝望的厌倦，巴西尔会议在无声无息中解散，抛弃三重冠的菲利克斯再度引退前往里帕勒，过着虔诚愉悦的隐士生活。相互之间忘记仇恨和给予补偿能够确保全面的和平（1449 A.D.），改革和进步的理想全部消失无踪，教皇继续滥用教会的专制权力，罗马不再为选举活动所困扰。