当教皇英诺森三世得知君士坦丁堡所遭遇的灾难时，他立刻预感到了这场灾祸会带来什么样的后果。教皇勃然大怒，对所有参与其中的人处以绝罚的惩戒，他大声疾呼，宣称基督教世界教统一的梦想将永远无法实现。他写信给自己的特使，询问东方的希腊人怎样才能够原谅他们的天主教兄弟，这些兄弟的利剑上依然流淌着手足的鲜血，并且曾经背叛和玷污了他们最神圣的土地。英诺森三世最终做出了合乎情理的解释，他认为东方的基督徒们如今已经对西方拉丁人恨之入骨，比痛恨恶犬更甚。
同时，君士坦丁堡的新主人似乎也在不断激化当地的社会矛盾。人们匆匆清理了圣索非亚大教堂的废墟，这里几天前还有一名娼妓在牧首的圣座上休憩取乐。一名拉丁人皇帝登上了帝国的宝座，拜占庭的残骸之上从此将举行西方的典礼仪式。众多贵族阶级被赐予豪宅，众多半独立王国组成的政体取代了原本独立的中央集权的帝国。一名十字军骑士占领马其顿，自称为塞萨洛尼基的国王，另一人则自立为雅典公爵，在拜占庭最为衰败的岁月中，也未曾有过如此任人摆布的时刻，甚至连拉丁人都能够鸠占鹊巢。
令人瞩目的是，虽然都城此时此刻的灾难令人扼腕，但大部分城郊的拜占庭人生活都堪称富足。随着第四次十字军东征前皇帝的中央集权被削弱，拜占庭的城镇和村庄逐渐发展繁荣。西方、东方和伊斯兰世界的商人聚集在此，公平竞争，贩卖那些充满异国情调，来自俄国、印度、中国和非洲的商品。城市人口飞速膨胀，因为腐败麻木的帝国政府已经无法收取税赋，人民能够将财富保留在自己手中。皇帝再也无力建造奢华的建筑物，因为国家的财富已经几近枯竭，然而，普通市民的经济实力却有所提升，城市逐渐成为个人炫耀财富的竞技场。一种新的人文主义精神逐步兴起，人们的求知欲也越发高涨。拜占庭艺术数世纪以来已经形成了特定的风格，如今突然有了全新的发展，变得更加生活化；作家们开始从古代世界混乱、陈旧的著作风格中脱离出来；个体赞助人开始对充满生气的本地艺术作品提供赞助，壁画和马赛克镶嵌作品大都以私家住宅为主题。虽然帝国的财富逐渐枯竭，拜占庭的精神却继续繁荣发展，即使是第四次十字军东征带来的巨大灾难也未曾长久压抑这种精神的延续。
尽管文化和经济开始恢复，帝国的力量依然不可避免地走向衰竭。阿历克塞·穆泽福鲁斯曾经尝试与他的共治皇帝、遭到流放的阿历克塞三世一同组织一次反击，但他愚蠢不堪的同盟却选择了背叛，十字军最终判处穆泽福鲁斯死刑，将他从高耸的狄奥多西纪念柱顶端抛下。在遥远黑海岸边的特拉布宗，昏君安德洛尼卡的孙子们宣布他们自己才是正统皇位继承人；同时在伊庇鲁斯，阿历克塞二世的曾孙也做出了同样的声明。然而，帝国如今最强大的力量聚集在尼西亚，当地牧首拥立阿历克塞三世的女婿狄奥多尔·拉斯卡利斯为皇帝。
当难民和财富同时拥入以东正教信仰和拜占庭文化为根基的尼西亚避难所之时，十字军在君士坦丁堡建立的拉丁帝国正逐渐衰弱。不到一年，一支保加利亚军队便成功攻破此地的防线，将拉丁帝国军队击败，俘虏了无力抵抗的皇帝，并允许狄奥多尔·拉斯卡利斯重新占据大部分小亚细亚西北部的疆土。然而，继位的拉丁皇帝并未正面应对尼西亚城的危机，而是专注于从君士坦丁堡人民手中榨取财富，禁止他们享受宫廷式的奢华生活。
最终，塞尔柱突厥人在帝国后方掀起的威胁阻止了尼西亚的皇帝进一步利用拉丁人的弱点；但公元1242年，一支可怕的蒙古骑兵突然来袭，事态发生了颇具戏剧性的转折。蒙古可汗重创前来进犯的突厥部队，然后迫使塞尔柱苏丹成为他的臣属，并承诺每年向他进贡数目巨大的马匹、猎犬和黄金。蒙古骑兵或许将下一个目标对准了尼西亚，但令人意外的是，他们在第二年突然撤兵，留下了饱经蹂躏的塞尔柱王国。拜占庭人此时大大松了一口气，似乎上帝终于决定将他们从灾祸中解救出来，或许还能够赐予他们一个强大有力的新同盟。聂斯托利派的基督徒曾经被放逐出拜占庭帝国，在7世纪到达蒙古地区，虽然可汗似乎还未完全接受一种新的宗教，众多蒙古权贵，包括成吉思汗的儿媳，却都成了基督徒。无论蒙古人是否乐于接受这种宗教，蒙古国的多次进攻最终导致尼西亚获得自由，重新开始酝酿占领君士坦丁堡的计划。
通过谨慎的外交策略和军事行动，尼西亚逐步对动乱频发的拉丁帝国施加压力。如今，十字军王国的领域显然已经只剩君士坦丁堡一座城池，并且处于长期盘桓的阴影之下，城中四处是破败的街道和荒废的宫殿。皇帝鲍德温二世感到十分耻辱，但如今帝国贫困潦倒，只能被迫廉价出卖宫殿屋顶上的铅换取钱财，这些宫殿也随着帝国的衰落而摇摇欲坠。在皇帝不顾一切搜刮金钱的过程中，他甚至开始典当在洗劫中幸存的所剩无几的文物古迹。公元1259年，一名劲头十足的年轻将领米海尔·巴列奥略在尼西亚加冕为帝，鲍德温彻底失去了在权力斗争中的地位，很少有人质疑这位年轻将领米海尔的能力，都认为他能够挽救城市于水火之中。一切不过是时间问题。
尼西亚依然处于混乱与动荡之中。米海尔时年34岁，摄政王在前任皇帝葬礼的仪式上被残忍杀害之后，他正式开始执政，但当米海尔在圣诞节当天正式加冕为帝时，整个帝国已经逐步强大繁荣起来，远超拉丁帝国。1261年夏天，米海尔与主要对手热那亚签订合约，缓和了威尼斯海军的威胁，又派出他的恺撒阿莱西奥斯·史特拉特高普罗斯去勘察君士坦丁堡防御的强度。当恺撒于7月率领800士兵到达城外时，当地农民立刻报告说，拉丁卫队同威尼斯海军一起，正在进攻一座博斯普鲁斯海峡上的岛屿。史特拉特高普罗斯简直无法相信自己的好运，立即率领部下躲藏在一座城门外不远的修道院中，直到夜晚降临，借助夜色掩护成功躲过了城门守军的搜查。恺撒在附近发现了一扇未曾上锁的小后门，于是派出一队士兵暗中进城，打倒守卫，然后打开了主城门。1261年7月25日清晨，尼西亚军队蜂拥而入，喊声震天，他们举起利剑敲击盾牌，发出巨大的响动。皇帝鲍德温二世大惊失色，将皇冠抛在地下，匆忙逃出了布克里昂的皇宫，他在附近找到了一艘威尼斯的船只，然后坐船逃走。几小时内，一切都结束了。威尼斯人的驻地被付之一炬，返回的威尼斯海军忙于拯救他们的亲属，根本无力及时还击。
城内的拉丁人根本没有想到动手抵抗，而是惊恐万分地四散奔逃。他们已经完全迷失了方向，只得躲藏在教堂中，将自己假扮成修道上，甚至躲藏在下水管道中躲避袭击。当他们小心翼翼地从躲藏之处现身后，却发现周围根本没有发生任何屠杀。拜占庭人回归故乡，只不过是为了谋生，并非为了劫掠。狼狈不堪的拉丁人匆忙地来到港口，登上返回威尼斯的船队，庆幸拜占庭人在战胜后表现得十分克制，并没有像他们的十字军先人那样肆意妄为。
这个令人震惊的消息传到米海尔·巴列奥略的耳中，此时他正在200英里外的帐篷中沉睡。起初米海尔完全不相信自己的军队已经占领城市，直到目睹鲍德温丢弃的节杖；重新夺回都城也是他长久以来的梦想，却从未期盼能够真正实现。1261年8月15日，他步履庄严地迈进黄金城门，走向圣索非亚大教堂，在那里他正式加冕为米海尔八世。57年的流亡生涯之后，拜占庭帝国重归正统。
米海尔八世重新回到了君士坦丁堡，但此时这座城市仅剩下曾经辉煌都城的苍白暗影。每一个角落都有废弃烧焦的房屋，仍然未能从50年前的洗劫中恢复元气，始终风雨飘摇，每况愈下。教堂遭到洗劫，荒废大半，宫殿也大多破败腐朽，珍贵的宝藏散落四处。规模宏大的狄奥多西城墙亟须修理，帝国的港口无人保卫，随时可能陷入危机，周围的乡村地区也遭到了毁灭性的破坏。城中的居民已经精疲力竭，对于未来是否能有一位皇帝拯救他们丝毫不抱希望，从公元780年的伊琳娜女皇到1204年的阿历克塞·穆泽福鲁斯，这座城市半数的统治者最终都遭遇了被人推翻的命运。然而最糟糕的是，拜占庭世界长久以来的统一状态已经被彻底颠覆——帝国在特拉布宗和伊庇鲁斯的分裂疆域依然坚持独立，对极度衰败的拜占庭势力而言无异于雪上加霜。似乎只有西部才是唯一的救赎希望，但第四次十字军东征早已严重破坏了西部的对外关系。
如果任何人有机会弥补伤害，毫无疑问，这个人选只能是米海尔八世。此时这位皇帝还不到40岁，精力充沛，雄心勃勃，在他轻松愉悦的微笑背后，隐藏的是极其智慧敏捷的头脑。他出身正统，十分高贵，身上流淌着帝国世系中超过11位皇帝的血液，三个王朝中有着他的祖先。米海尔不仅出身名门、能力卓越，并且比周围的任何人都更具聪明才智。他的第一个任务便是鼓舞全城人民的低落士气，同时十分果决地兴建新的建筑，修补城墙，重建教堂。在圣索非亚大教堂的上层走廊，皇帝下令制造一幅规模惊人的马赛克耶稣圣像，位于圣母马利亚和施洗者约翰一侧——或许这幅作品堪称拜占庭历史上最为精致的艺术杰作。港口重新拉起了交错的铁链，保卫帝国不受外敌舰船的侵扰，城墙之外的护城河也得到了清理。皇帝深知动员人民的重要性，因此设计了一面新的旗帜，将它插上城中的每一处栏杆和塔楼，让旗帜在风中飘扬。自1300年前的盖乌斯·马略时代以来，雄鹰一直是罗马帝国的象征，米海尔之前，大部分罗马帝国的旗帜都装饰着君士坦丁十字或是基督符号——也是基督之名在希腊字母中的最初体现。现在，皇帝在旗帜上添加了一只金色的双头雄鹰，头上分别戴有皇冠——一个头代表临时首都尼西亚，另一个头代表君士坦丁堡。每一个看到这面旗帜的人都会在心中升腾起自豪感，认定拜占庭是跨越两个大洲的伟大帝国，目光同时注视着东方和西方。或许在米海尔八世杰出的领导下，这个伟大目标最终能够实现。帝国的敌人会四分五裂，陷入混乱，然后帝国的进攻会将这些敌人打得落花流水。
米海尔八世的军队规模不大却久经沙场，不久便击退了一支四处劫掠的保加利亚军队，迫使伊庇鲁斯的拜占庭专制君主向帝国俯首称臣。到了1265年，他已经从拉丁领主手中夺取了伯罗奔尼撒的大部分土地，甚至计划彻底将突厥人赶出曲流河谷。然而到了第二年，一个新的对手登上了世界舞台，形势陷入了混乱。
诺曼人的西西里王国长久以来把持着意大利的政权，但公元1266年他们也到了山穷水尽的境地。教皇乌尔班四世希望能够为整个王国寻找一名更加友好温和的领导者，因此邀请法国国王路易九世的弟弟安茹的查理执掌王位。如果教皇的初衷是在南部建立一支中立派力量，这个决定显然带来了彻头彻尾的灾难。查理个性残忍贪婪，热衷权力，在广场公开处死他年仅16岁的敌对家族后嗣之后，立即开始谋划扩张领土。他的计划是在流亡中的君士坦丁堡拉丁皇帝鲍德温二世提出用伯罗奔尼撒半岛领土作为交换，换取军事力量重夺皇位时施以援手，兴高采烈的西西里国王立刻开始收取重税，以充作军费开支，并且寻找可靠的盟友，最终与威尼斯建立起一个反拜占庭联盟。
米海尔八世深知，自己手下兵力不足，海军衰弱，无力抵抗敌方的联盟，因此转而采取外交政策，巧妙地牵制住了敌人前进的脚步。威尼斯在帝国领域内已经获得了巨大的商业利益，很快国王路易便接到信件，让法国国王对他弟弟的行动加以限制。贪婪的查理被迫加以收敛，但法国国王路易在1270年去世，查理再一次大张旗鼓地掀起了入侵战争。西西里军队势不可当，但米海尔八世再一次凭借聪明才智战胜了对手。他写信给教皇，明确做出口头许诺，会为教皇建立一个统一的教会同盟，以此来换取查理的臣服。
米海尔八世的策略起了作用，查理被迅速召回，但米海尔无疑是在玩一个铤而走险的游戏。他很清楚地意识到自己的臣民绝不会接受被令他们恨之入骨的罗马教廷所统治，他也无法永远保证教皇的绝对支持。三年来，皇帝顺利地用各种托词敷衍了教皇的特使；但到了1274年，当时的教皇格里高利十世彻底厌倦了等待，向君士坦丁堡发出最后通牒——立刻促成教会统一，或者一切后果自负。米海尔八世对此完全无计可施。他只提出了东方独立实施宗教仪式的条件，然后便彻底向教皇的权力屈服。
君士坦丁堡几乎立即掀起了一场暴风骤雨，当然，这种结果丝毫不令人感到意外。出离愤怒的牧首断然拒绝了这个令人憎恶的提议，米海尔的大部分臣民也认为他们遭到了无耻的背叛。皇帝不仅严重动摇了自身皇位的稳固，还将塞尔维亚和保加利亚的东正教势力推到了风口浪尖。如今任何一方都能随意入侵帝国领土，并声称他们是为了正统和真理而战。米海尔深知，愤怒的人民将会对任何入侵者表示热烈的欢迎。但他已经得到教皇的承诺，如果未来查理发动战争，教皇会提供援助，因此人民大众对此的不满也算是理所当然的代价。无论如何，他不打算坐视大敌进犯自己的国家。当保加利亚军队入侵时，米海尔利用了敌人的弱点，策动蒙古金帐汗国进攻保加利亚。蒙古的进攻很快便将保加利亚彻底击溃，保加利亚再也未能从这场浩劫中恢复。
安茹的查理的力量遭到了严重打击，但他还未曾彻底失败。如果他的伟大同盟因为拜占庭的背叛而失败，那么他便会再次重建更为稳固的同盟。威尼斯向来十分容易在利益面前屈服，它总是以自身的利益为第一目标，米海尔八世曾经赋予热那亚的权利严重影响了威尼斯的利益。如果查理获得胜利，意味着这些热那亚的暴发户会遭到放逐——这对于圣马可的狮子而言是无法抵抗的诱惑。唯一能够限制查理的便是教皇的反对态度，但这位足智多谋的国王克服了这个难以逾越的障碍。格里高利十世于1276年逝世，通过各种干涉与威胁的措施，查理推举一位法国籍红衣主教当选教皇，这位新教皇痛恨拜占庭的程度与查理本人不相上下。公元1281年，法国教皇致信不知所措的拜占庭皇帝，告知他被逐出了教会，因为他的臣民始终对天主教抱有反抗态度。对于这个消息，皇帝简直不敢相信自己的眼睛。他曾经牺牲了自己的名望，做出了亵渎神明之举，但从未背叛过任何人。如今威尼斯和西西里已经形成坚定同盟，与他为敌，他们正在教皇的支持下出航前往君士坦丁堡。即便是第四次十字军东征也从未得到过这样的支持。
拜占庭此时唯一能够扭转局势的便是米海尔八世本人。他采取了充满智慧的“拜占庭式”外交策略，与阿拉贡的彼得三世取得了联系，策动他入侵西西里。彼得三世顺利驱逐了安茹的查理，然后将西西里划归自己名下。凭借苛酷的税收政策和一大批拜占庭黄金，这个岛上的反法国一派陷入了极度兴奋之中。如今，对于米海尔而言，西班牙的救世主是时候登场了。
安茹的查理并未意识到日益危急的形势，他离开西西里，来到意大利本土，率领他的军队开始了最后一搏。查理离开之后，整座岛屿陷入了暴乱。据后人所知，这场暴乱因为西西里晚祷而起，发生在巴勒莫郊外。1282年复活节的星期一，随着圣神大殿的钟声响起，众多信徒前来晚祷，一名酩酊大醉的法国士兵试图诱奸一名西西里少女。对于周围愤怒的目击者而言，这无疑是最后的一根稻草。这些粗野的法国人已经压迫他们太久了，靠着压迫西西里劳动人民过上了脑满肠肥的糜烂生活。愤怒的暴民杀死了这名士兵，紧接着，西西里的街道上发生了大规模暴动，任何一个带有法国血统的人都成了发泄愤怒的目标。当星期日清晨的太阳升起时，这里没有一个法国人得以幸存，暴乱的震撼消息迅速传遍了整个岛屿。到了5月，法国的反抗彻底土崩瓦解，8月底，彼得三世在此登陆，占据了巴勒莫。安茹的查理愤怒地围困数个西西里港口，但他长久以来对人民肆意压迫虐待，因此人们宁可与敌人同归于尽，也绝不愿站在查理一边。虽然漫长的余生中一直计划收复这个岛屿，他依然从未获得真正的成功，1285年，这个失败者的生命走到了尽头。
米海尔八世未曾等到他的大敌死去的那一天。随着四方来犯之敌的威胁彻底消失，伊庇鲁斯公国再一次宣布独立，皇帝决定要将这片疆域重新归入帝国统治。皇帝时年58岁，再一次率领大军踏上了战场，但他在路上身患重病，未能走到色雷斯便只能被迫停止进军。米海尔八世已经奄奄一息，但依然将自己的责任放在首位，他宣布儿子安德洛尼卡二世为自己的继承人，然后便在12月的第一天安详地去世了。
米海尔八世堪称拜占庭帝国最为伟大的帝王之一，不仅最大程度地修复了破败的都城，还主导了整个地中海地区的政治走向。如果没有他的力量，帝国毫无疑问会落入安茹的查理——或者任何一名虎视眈眈的敌人手中——拜占庭的光辉也会彻底消逝，整个西方都未曾做好准备吸收它深厚的历史积淀。然而，米海尔八世巧妙地运用策略击败了众多敌人，为罗马帝国历史上寿命最长的王朝打下了深厚的基础。将近200年后，他的一位家族成员依然稳坐在拜占庭的皇位之上，并且在同样的生存战争中厮杀——虽然面临着更加艰巨的处境。米海尔尽其所能地让整个帝国逐渐恢复。他留下了众多异常宝贵的策略，以便后人能够继续推动帝国的复兴和发展：一支规模不大但训练有素的军队，相对充盈的国库，以及一支重新建立的海军力量。然而，对于这位帝国的救世主而言，他却没有得到人们的感谢。他被教皇革除了教籍，在他去世时，天主教的西方认为他不过是个异教徒，在东正教主导的东方，人们则把这位皇帝当作背叛者。他的儿子没有为他举行任何葬礼仪式或献祭，只建造了一座十分朴素的坟墓。米海尔八世的臣民虽然感受到了冒犯，但他们很快便开始怀念这位皇帝。如果拜占庭在他死后恢复了强大，那也不过是米海尔的智慧手段带来的。如果没有强大的军队和可靠的同盟，帝国的力量便只能依靠外交政策，并且也需要一位像米海尔八世这样的能人引导整个国家前进。不幸的是，显然米海尔八世并没有这样一位继承人。