作为所谓的救世主，阿历克塞一世·科穆宁起初并未展现出扭转帝国命运局势的苗头。身为马其顿王朝长久以来致力于打压的贵族阶级的一员，起初他被视为干涉帝国事务的权贵觊觎者之流，正是这群人将帝国的命运推向了破灭的深渊。的确，阿历克塞一世在军队中的声望可谓至高无上，在他年仅20余岁时，便在曼齐克特的战场上四处拼杀，并且未尝败绩。但他的权力之路却没有任何特别之处，同样是通过推翻刚刚登上皇位的前任皇帝夺取权力，而非通过打击土耳其人的战功登上皇位。他所率领的军队成分混杂，其中包括一批外国雇佣兵，这些人刚刚踏入君士坦丁堡的城墙之内，便马上开始烧杀抢掠，在他重新取得对全部军队的掌控权时，时间已经过去了一整天。或许会有一些君士坦丁堡的老人对此摇头叹息，喃喃自语，抱怨他们的日子与过去并没有任何分别。
诚然，这样的开端很难称得上大吉之兆，但更糟糕的境况尚未到来。在阿历克塞举行登基典礼不到一个月后，他就接到消息，一支诺曼人的大军已经在达尔马提亚海岸登陆，目标直取港口城市都拉斯。如果他们成功占领这座城市，拥有千年历史的厄纳齐雅大道就将直接暴露在敌人的势力范围之内，也就意味着敌军拥有了直接进攻君士坦丁堡的通路。
诺曼人并非单纯的游牧部落冒险家，作为维京人后裔的北方民族，也曾在11世纪的历史中大放光彩。在诺曼底地区，他们更为著名的兄弟已经在“征服者”威廉的指挥下打通了入侵撒克逊英格兰的道路，南方的诺曼人曾经击败教皇的军队，甚至令教皇也成为自己的阶下囚，同时有意将罗马帝国在意大利的残余势力彻底驱逐。在伟大的罗伯特·吉斯卡尔的带领下，他们大举入侵西西里，占领巴勒莫，并将整座岛屿上的撒拉逊人势力彻底剿灭。如今，家园内部的敌人已经遭到放逐，在帝国内部捞到众多好处的吉斯卡尔将注意力转到了拜占庭这一更加具有诱惑力的目标上。
吉斯卡尔到达了都拉斯的城墙之下，志得意满地开始了对这座城市的围困。城中的居民十分清楚，他们的皇帝正在率军赶来的路上，因此没有任何退缩投降的意图。在几个月徒劳的进攻之后，罗伯特只得暂时撤退到一处防御更加坚固的驻地。10月18日，皇帝率领大军赶到了。阿历克塞在十分短暂的时间内聚集了规模庞大的军事力量，但因为拜占庭一直以来在军事上处于颓势，这支大军始终饱受各种麻烦的困扰。长久以来，精英部队——瓦兰吉卫队都是军中无可置疑的核心力量，但相比之下，其他部队则缺乏训练，鱼龙混杂，其中还包括部分雇佣兵——显然，他们的忠诚和勇气都十分令人怀疑。对阿历克塞而言，唯一的安慰便是帝国的瓦兰吉卫队，至少他们依然保持着对战斗的渴望。
15年前，一位诺曼公爵曾经突然袭击了盎格鲁-撒克逊的英格兰，杀死黑斯廷斯的合法国王，他的沉重长靴在任意流着撒克逊血液的土地上肆意践踏。大部分英格兰人因二等公民身份而备受压迫，所有无法忍受这种命运的居民最终纷纷选择了迁移至君士坦丁堡，在这里他们能够与维京兄弟一起，成为瓦兰吉卫队的成员。事到如今，他们决心与曾经摧毁他们家园，屠戮他们亲人，窃取他们财富的外族入侵者正面交锋。
瓦兰吉卫队挥舞着他们手中可怕的双刃战斧，如潮水一般拥向诺曼人的防线，任何敢于阻拦他们前进道路的人或马匹都将在利斧之下粉身碎骨。诺曼人在这样恐怖的攻势面前只得被迫撤退，但阿历克塞的土耳其雇佣军在关键时刻突然倒戈，导致优势无法进一步扩大。此时诺曼骑兵部队大举进攻，帝国军队的阵形被彻底打乱，瓦兰吉卫队完全暴露在敌人面前，因为人数远远少于敌方，整支部队被彻底包围，损失惨重。阿历克塞在交战中前额受伤，血流不止，仍然奋力作战，但他也知道情势已经无法挽回。不久，拜占庭军撤退至保加利亚，在原地驻扎，重整力量。
如吉斯卡尔所期望的那样，拜占庭军队颓势日益明显，随着大部分精锐部队土崩瓦解，阿历克塞似乎也变得完全不堪一击了。到了1082年春天，都拉斯城随着希腊北部的大部分领土一同沦陷，吉斯卡尔自信昂扬地告诉他的部下，这一年的冬天他们完全能够达成夙愿，在君士坦丁堡的皇宫中饮酒作乐。然而入侵大军的计划却没能如期实现，阿历克塞一世还远远未被击败。这位充满智慧、足智多谋的皇帝心知肚明，自己的军队绝对无法与诺曼人的大军拥有旗鼓相当的实力，但扭转战局的方法还有很多，在他智慧过人的头脑中，外交手腕是比铁血刀剑更为强大的武器。
吉斯卡尔已经彻底征服了南意大利，但在他青云直上的过程中，四周依然有众多敌手不断崛起，对他的成就虎视眈眈。其中一马当先的便是德意志皇帝亨利四世，这位皇帝已经将北意大利收为囊中之物，并且正密切关注着诺曼势力在南方的动向。当阿历克塞向亨利四世献上一笔黄金，并明确告诫他一位诺曼人皇帝对他们双方而言都会带来大麻烦后，亨利马上听从建议，率军进攻罗马，迫使惊慌失措的教皇向吉斯卡尔求援，请他立即返回。罗伯特此时大为踌躇，但在诺曼人的统治之下，意大利人再也无法顺利地从拜占庭攫取黄金，不久又传来消息说南意大利已经奏响了反抗的序曲。吉斯卡尔愤怒地咬牙切齿，他别无选择，只能领兵撤退，留下他的儿子博希蒙德代替自己继续作战。
阿历克塞立即展开进攻，总共集结了三支以上的雇佣军部队，然而每一支部队的命运都大同小异，结局一败涂地，国库也越发空虚。即使力量强大的领袖人物并不在场，诺曼人依然对他的帝国军队没有丝毫畏惧，因此阿历克塞开始寻求同盟，协助自己作战。此时，拜占庭的海上公国威尼斯正有一位合适人选，而且威尼斯的统治阶级也正像帝国的其他地方一样，在吉斯卡尔的勃勃野心之下岌岌可危。作为对方派出海军协助的回报，阿历克塞将威尼斯地区的关税下调至前所未有的水准（从本地商人的角度而言，这可谓是相当铤而走险的政策），并赠予威尼斯位于君士坦丁堡之内的一块完整殖民地，令他们能够在帝国所有水域自由航行通商。这些让步事实上导致拜占庭商人彻底被排挤出了帝国的海域，但这一年春天的战果似乎预示着这一切都是值得的，威尼斯的海军彻底切断了博希蒙德的物资及增援路线。此时，诺曼人已经彻底陷入了山穷水尽的境地。自他们踏上拜占庭国土以来已经过去了将近四年的时间，虽然他们几乎彻底击溃了任何敢于正面交战的军队，但现在的情势与踏上这片土地的那一天别无二致，他们依然无法在征服君士坦丁堡的道路上前进一步。大部分诺曼军官都与吉斯卡尔的儿子未曾谋面，他们一心希望能够早日回归家乡。受阿历克塞精明的收买政策所影响，他们开始怨声载道，当博希蒙德回到意大利募集更多资金时，他手下的官兵们几乎立即选择了投降。
次年，也就是公元1085年，70岁高龄的罗伯特·吉斯卡尔再一次试图进军，但他最远只到达了凯法洛尼亚岛，正值热病侵袭整个岛屿，这场瘟疫比任何敌人的利剑都更为恐怖，吉斯卡尔未能完成自己的伟大梦想便去世了。帝国上下彻底松了一口气，再一次将目光转向了来自东方的威胁。
穆斯林的威胁大体上与诺曼人的入侵并无分别，但最近因为一次意外死亡事件而大大削弱了势头。在阿历克塞统治的初期，塞尔柱土耳其人几乎将小亚细亚所有剩余的土地都据为己有。1085年，安条克城在他们源源不绝的进攻中彻底沦陷，次年埃德萨及叙利亚大部分地区也相继落入敌手。1087年，当耶路撒冷最终被敌军占领，通往圣城的朝圣之路被狂热的新占领者完全截断时，帝国上下掀起了巨大的风波。而在海岸地区，穆斯林在1090年占领了以弗所，并且借此扩张至希腊的各个岛屿。希俄斯岛、罗德岛以及莱斯博斯岛很快相继落入敌手。但正当整个小亚细亚彻底沦陷的千钧一发时刻，苏丹突然去世，他的王国四分五裂，并陷入争权夺利的旋涡中。
随着诺曼人的威胁逐渐缓和，穆斯林敌人也四分五裂，对于帝国而言可谓前所未有的良机，足以将塞尔柱土耳其的威胁彻底击退，阿历克塞一世深知这一点。皇帝唯一需要的只是一支大军，然而最近与诺曼人的抗争已经彻底证明了拜占庭军队存在众多无法忽视的严重缺陷。阿历克塞希望通过寻求同盟，通过他人的力量来强化自己的军队，1095年，他终于做到了这一点。皇帝执笔给教皇写下了一封信。
向罗马求援的决定令帝国上下都感到十分震惊，距离绝罚事件已经过去41年之久，但大部分涉及这场不幸事件中的人都已去世日久，接下来的几十年内，事态已经得到了缓和。皇帝和教皇或许在涉及神学内容时态度模棱两可，含糊其词，但他们毕竟是拥有同一信仰的手足同胞，阿历克塞一世也是以基督教教友的身份致函教皇乌尔班二世。为了展现自己的友好姿态，让事态朝着积极方向发展，皇帝重新开放了君士坦丁堡的拉丁教堂，当他的特使与教皇乌尔班二世会面时，他们发现教皇本人也倾向于同皇帝和解，消除矛盾。土耳其人摧枯拉朽的征服之战令教皇的内心深受震动，东方基督徒在穆斯林统治下的境遇同样不容忽视。双方的谈话并未在历史中留下确切记录，但教皇在几个月之后便动身前往法国，他的内心酝酿着一个前所未有的伟大计划。伊斯兰教曾经宣称，圣战将会占领基督教的圣地，将自己的信仰传播至欧洲；如今正是基督教世界奋起反击的时刻。11月18日，教皇在法国克莱蒙城外召开了一次规模巨大的集会，在这里发布了历史上最为重要的演说之一。
“撒拉逊人，”教皇宣告道，“他们从荒漠中铺天盖地般涌来，攫取基督教的土地，玷污神圣的教堂，杀害基督的朝圣者，镇压我们的真正信仰。他们已经破坏了耶路撒冷圣城的圣墓教堂，迫使不计其数的信徒皈依他们的宗教和真主。西方的子民若是对东方兄弟们的痛苦视而不见，你们的良心无疑会受到谴责——前去拯救我们东方的兄弟是每一位基督徒的神圣职责。撒拉逊人已经窃取了上帝的圣城，如今正义的战士们必须将他们驱逐出去。所有怀着虔诚之心前去的上帝信徒，他们的所有罪愆都会得到永远的赦免。”
当教皇的话音落下的那一刹那，人群瞬间沸腾了。中世纪的欧洲充满了暴力血腥，大部分聚集在教堂中的人们内心都无比沉痛地意识到，他们的手上已经沾染了数不清的鲜血。突然之间，他们获得了一个天赐良机，只要以上帝之名挥动手中利剑，便能够永久洗去注定被罚入地狱的罪恶。一位主教双膝跪下，当场发誓愿意踏上十字军的征途，不过片刻，教会上下几乎耗尽了全部能用的材料，因为所有人都迫不及待地在衣服上缝制十字架的图案，以此作为他们此行的象征。法国、意大利和德意志纷纷陷入了十字军东征的狂热，乌尔班四处巡游，将战争的动员传播到各地，使大批农民和骑士加入他的麾下。各地的响应如此积极热烈，教皇不得不反过来劝说一部分人留在自己的家园从事农耕，避免带来饥荒等灾祸。在他最为狂热的梦想之中也从未有过如此盛况。
整个西方的热烈反响让教皇热血沸腾，但这样的情势却令阿历克塞感到恐慌。他绝不希望一支规模巨大的骑士大军突然造访自己的都城。阿历克塞真正期望的是能够臣服于他权力之下的雇佣军，然而教皇给予他的协助不过是无数未经训练的乌合之众，这群人不愿听从指挥，只知一味索取。
自然，阿历克塞还有其他理由去怀疑这群所谓的十字军。教皇的行动可谓十分精明，选择君士坦丁堡作为耶路撒冷的替代品来发动圣战，但他并未在自己的演说中提到阿历克塞一世本人，也就意味着将十字军牢牢掌控在自己的权力范围内，同时再次暗中强调，教皇而非皇帝，才是基督教世界真正的主宰。除此之外，“圣战”的概念对拜占庭帝国的意识形态而言，完全是一个陌生的名词。该撒利亚的圣巴西流在4世纪时曾经宣称，杀戮有时是必不可少的，却不值得歌颂，自然也绝不可能令罪行得到宽恕。东方教会在数世纪以来一直坚守着自身的信条，甚至拒绝了伟大的战士皇帝尼斯福鲁斯·福卡斯将对抗穆斯林时牺牲的战士升格为殉道者的要求。自然，战争必有个中缘由，但无论如何，采用外交手腕和平解决才是上策。毕竟，在东方教会，神职人员被禁止手执武器，诺曼教士们手执武器甚至率领军队的行为是极其古怪的，令东方的旁观者们感到万分困惑和不安。
这些古怪的西方骑士显然并不值得信任，一些拜占庭人怀疑十字军真正的目标并非解放耶路撒冷，而是占领君士坦丁堡。如今与贵族阶级的冲突已不是唯一的矛盾所在，十字军中为首的便是博希蒙德——罗伯特·吉斯卡尔的儿子，如今已经成了众矢之的。
第一批十字军到达了城门前，但阿历克塞对他们的看法从未有过任何改观。教皇返回意大利之后，其他人开始接替他的任务，为十字军进行布道宣传，将教皇的旨意传达到基督教世界的四面八方。其中有一位并不受人欢迎的修道士，名为隐修士彼得，他在法国北部和德意志游历，向穷苦人民传教，并全力帮助那些极端贫困的农民，令他们远离困苦的生活。他召集了多达四万人的追随者队伍，其中不光有男丁，还有妇女儿童，这些人急不可耐地期盼出战日尽快来临，彼得领导着这支庞杂的队伍开始向君士坦丁堡进发。当他们到达匈牙利时，真相已经昭然若揭，许多人参与十字军东征并非为了任何高尚的理由，不论是彼得还是任何人都无法对他们加以控制。他们洗劫了沿路经过的乡村地区，纵火焚烧了贝尔格莱德，将任何来不及转移的城镇物资供应都攫取一空。在尼什城，大为光火的拜占庭总督派出大军，想要给这些人一个教训，双方冲突中约有一万名十字军成员死亡。最终，彼得和他的“人民十字军”到达了君士坦丁堡，然而，与其说这群人是一支军队，不如说是一群饥饿疲惫的强盗土匪。阿历克塞一世根本不认为他们能够与土耳其人作战，因此建议他们原路返回，但这批人如今已经离家园太过遥远，并且坚信自己由于受到上帝庇护而刀枪不入。他们显然已经成了君士坦丁堡的大麻烦——任意索取，四处洗劫，并且在君士坦丁堡的城郊烧杀抢掠。阿历克塞一世不得不将他们引渡到小亚细亚，作为最终的解决措施。
不出阿历克塞所料，人民十字军的征途以彻底惨败而告终。十字军成员在接下来三个月的大部分时间里对希腊当地的人民犯下了种种暴行，这种时候，他们显然已经忘记了自己身为基督徒的事实，之后他们便犯下了致命错误，中了土耳其大军的埋伏。隐修士彼得最终得以突围，并狼狈地回到了君士坦丁堡，但他的“大军”显然就没有那么幸运了。那些青壮年和长相漂亮的孩子被土耳其人掠为奴隶，送到市场贩卖，剩余的则被原地屠杀。
在随后九个月中陆续到达的十字军主力并没有遭遇与彼得所率领的人民十字军一样悲惨的命运。他们由西欧最为杰出的骑士所率领，训练有素，实力强大，并且人数众多，超过阿历克塞所能召集的任何军队一倍以上。这样一支大军的粮饷和调度可谓是一个天大的难题，尤其是在十字军和阿历克塞一世双方互不信任的形势下，情况变得尤其艰难。自然，皇帝不得不绞尽脑汁来控制事态发展。因为这些西方人十分重视曾经发下的誓言，他们必须对他宣誓忠诚，同样，他们也要尽快达成自己的目标。因为大军阵形分散，只有一小部分人最先到达，他们很容易便被都城的宏伟威严所震慑，不过，假设他们得到机会集结起来，自然便有了进攻都城的实力。君士坦丁堡对曾经的无数征服者而言都是巨大的诱惑，十字军战士何不借此成就一番伟业？
皇帝的警惕心态并非毫无道理。君士坦丁堡与世界上的其他任何城市都不同，比西方人所见过的任何地方都更加辉煌绚烂，令人目眩神迷。对一位贫穷的骑士而言，这座城市是如此的与众不同，遍地黄金，人口比巴黎或伦敦都要多20倍以上。教堂里的仪式气氛神秘，似乎充满了异教的风情，数十种外来语言汇成街头巷尾的喁喁低语，商人和贵族来来去去，身着闪光的丝绸、华丽的衣饰。公共建筑的规模令人震撼，宫殿华丽得令人难以想象，市场上商品的价格也令人咂舌。这一切都展现出完全不同的文化冲击。十字军战士所遇到的拜占庭人民将他们视为尚未开化的蛮族，他们痛恨这群“同盟”洗劫他们的城市，抢走他们的粮食；十字军战士则轻视这些“柔弱的”希腊人，他们身着随风飞扬的长袍，周围跟随的是身上涂着香油的宦官，这些人自然需要西方勇士来为他们作战。因为厌烦过于烦冗的礼仪，大部分十字军贵族们起初对这位皇帝抱着毫不掩饰的轻蔑态度，一位骑士甚至在阿历克塞一世进入房间，前来与他会面时态度放肆地将皇帝的宝座当成躺椅，躺在上面休息。然而，皇帝却非常善于控制自己的态度。他一方面对十字军表达了暗暗的威胁之意，同时又慷慨地赐予对方大量赠礼，希望能够获取双方的同盟誓言。一部分到来者乐于表达他们的忠诚，虽然另一部分人抱怨满腹（博希蒙德尤其不希望立下誓言），但最终所有的领导者都同意归还他们之前征服的城市。只有图卢兹的雷蒙德伯爵固执地拒绝立下准确的誓言，而是含糊其词地表达了“尊敬”皇帝本人和他的地位。
1097年的最初几个月内，严酷的考验迎来了尾声，最后的一批十字军战士也渡过博斯普鲁斯海峡，到达了亚洲海岸。这对阿历克塞一世而言无疑是最大的安慰。这些曾经进攻他帝国的军队与其说是盟友，不如说是大敌，即使他们在安纳托利亚已经取得了胜利，他们也依然比四分五裂的土耳其人更加危险。无论如何，如今他所能做的只有等待，静观事态发展。
十字军登陆之后，首先前往尼西亚，这里也是教会将近8个世纪之前举行第一届伟大公会议的地点。土耳其苏丹曾经将人民十字军彻底击溃，对于这次来犯的敌人并未抱有太多警惕，而是感到厌烦不已，他认定这些最近到达的军队与之前的一批并无太多差别。然而苏丹很快发现，这次遇上的是一支由强大的骑士组成的军队，骑在高头大马上，披着厚重的铠甲，弓箭几乎无法对他们造成太大伤害。土耳其军队在第一批十字军重骑兵的冲击下溃不成军，大惊失色的苏丹只能狼狈撤退。
对十字军而言，这场胜利的唯一瑕疵便是尼西亚城的卫戍部队选择了向拜占庭的指挥者投降，而拜占庭一方迅速地关闭了大门，拒绝让他们顺利入城。拜占庭做出这样的举措非常容易理解，因为尼西亚的人口主要由拜占庭的基督徒构成，但对于十字军一方而言，这种行为不啻彻底的背叛。他们开始怀疑，皇帝是否根本没有分清哪一方是盟友，哪一方是敌人，尤其是当被征服的土耳其人可以自由选择是在帝国领域内服役，或是安全地回到自己的故乡时。此时，十字军并没有将自己的不满情绪公之于众，但这种情绪无疑为十字军与拜占庭未来的关系埋下了隐患。
西方骑士的骄傲无疑受到了挫折，但阿历克塞一世对此却乐见其成，因为他十分确定，如果与不计其数的穆斯林敌军相抗衡，十字军一方根本不可能有任何胜算。然而，出乎拜占庭一方意料的是，第一次十字军东征最终取得了振奋人心的胜利。土耳其苏丹再一次试图阻拦十字军前进的脚步，但在两次败仗之后，他只得下令截断敌方的供给路线，然后下令迅速撤退。在大规模进军至干旱、炎热的小亚细亚心脏地带之后，十字军到达了安条克，并计划直接长驱直入。然而，他们刚刚占领城市不久，一支摩苏尔的阿塔贝格（省地方长官）率领的大军很快来袭，陷入水源短缺困境的十字军被迫杀死大量马匹作为食物充饥。阿历克塞一世集结大军，准备前去协助防御，但他在半路遇到了一个逃走的十字军战士，这个战士告诉他，一切希望都已经彻底破灭，城市几乎已经彻底沦陷。意识到即使军队白白牺牲，也不会取得任何战果，阿历克塞一世只能率军掉转马头，回到君士坦丁堡。
然而，此时的十字军仍然在顽强抵抗，未曾投降。他们发现了一处神圣遗迹，士气大受鼓舞，决定背水一战，抵抗到底，彻底击败敌人的大军。他们继续前进，在盛夏时分到达了耶路撒冷，公元1099年7月15日，十字军成功地对圣城发起了猛攻。许多十字军战士望见这座圣城时，纷纷流下了热泪，因为他们为了这个最终目标，已经经历了太多艰难险阻，当大军冲进城内时，似乎释放出了四年来不得摆脱的所有压抑与伤痛。只有一少部分居民得以幸免，他们既非东正教教徒，又非穆斯林，也非犹太教徒。针对非基督教徒的可怕大屠杀持续到了第二天早上。
整座城市因为尸体腐朽而发出可怕的恶臭，数星期之后才被彻底清除干净，此时十字军已经选出了一位国王。根据他们共同的誓言，他们本应该携带着全部的胜利果实踏上回归之途，返回拜占庭帝国，但如今他们已经放弃了最后的机会。就他们自己而言，当阿历克塞拒绝在安条克提供协助时，便足以证明这位皇帝不过是一名叛徒，背弃了他们共同的誓言。博希蒙德已经占据了安条克，自立为王储，其余被占领的土地现在已经被分割成了若干个十字军王国。如果皇帝希望在这些土地上占据一席之地，那么他便只能亲自率领大军诉诸武力了。
阿历克塞一世十分乐意早早抽身，让巴勒斯坦自生自灭，若干个基督教缓冲国已经脱离了帝国疆域数世纪之久，如今又重新回归拜占庭的掌控之下，可谓是一件天大的好事。不过，他的大敌博希蒙德始终占据着安条克，这对阿历克塞而言简直是如鲠在喉。长久以来，安条克始终是帝国的第二大城市，也是整个基督教会的重要大教区之一，15年前便已经落到了土耳其人手中。安条克的人口基本上由东正教教徒组成，同样使用希腊语作为自己的语言，文化也早已彻头彻尾地根植于拜占庭的血液之中。但当博希蒙德彻底隔绝希腊教区，并且让拉丁教区取而代之时，这种行为不啻雪上加霜，阿历克塞对此无计可施。皇帝已经借助十字军分心之机收复了小亚细亚的西北大部分地区，包括以弗所、萨迪斯及费拉德尔菲亚，但他的军队过于分散，完全无法再向叙利亚进军。
表面上，博希蒙德能够完全为所欲为，但在公元1100年夏天，他不幸陷入了土耳其人的伏击，接下来的三年中，他都被囚禁在一处偏僻的监牢之中。三支以上的十字军部队前来营救他，他们完全无视了阿历克塞的指引和建议，而是一意孤行，最终遭遇土耳其部队，导致全军溃败。然而，十字军却将自身的失误导致的兵败归咎于阿历克塞，当愤怒的博希蒙德最终得以赎身后，他在欧洲寻找到了充分的支援，然后再一次向拜占庭进军。怀疑和敌意孕育的苦涩花朵最终彻底盛开，它的根系植于东西双方难以逾越的文化鸿沟中，并且根深蒂固。在欧洲人眼中，似乎十字军国家真正的大敌并非伊斯兰世界，而是贪婪无度、两面三刀的拜占庭帝国。当十字军战士在安条克遭到围困时，拜占庭的皇帝袖手旁观，禁止他们进入帝国的城市，却给予穆斯林囚徒关怀与照顾（甚至在食物里也没有包含任何猪肉的配给），似乎穆斯林才是帝国的宝贵同盟。另一方面，在君士坦丁堡，阿历克塞起初的怀疑如今终于彻底变成了现实——十字军东征的精神根源不过是老生常谈。这些外来者口头上声称会提供支援，谈论双方的手足情谊，最终不过是征服掠夺的美妙借口罢了。如今阿历克塞一世将面临新的大敌威胁，指挥官正是他的宿敌博希蒙德。
从入侵之初，博希蒙德便企图复制自己父亲曾经成就的霸业。在率领3.4万精锐大军在伊庇鲁斯登陆之后，他立刻进军至达尔马提亚海岸，围困了规模宏伟的都拉斯城。但此时的拜占庭与25年前罗伯特·吉斯卡尔率领诺曼大军肆意征伐的那个颓弱帝国已经不可同日而语。四分之一个世纪以来，拜占庭始终掌控在一位统治者的手中，这位皇帝给拜占庭帝国带来了稳定的保障，凭借一己之力将众多贵族世家联合在一起。繁荣发展的经济再度重现，拜占庭中央政府的集权制度也得到加强。随着士气一路高涨，都拉斯城很轻易便击退了敌人的进攻，拜占庭派出舰队彻底阻断了博希蒙德一方的供给线路。阿历克塞从容不迫地率领大军从君士坦丁堡出发，迫使诺曼人同时抵御来自军队后方和城市内部的双面夹击。到了当年年末，博希蒙德的士兵陷入饥荒的困境，同时军营中疟疾爆发，士兵苦不堪言。精疲力竭、屈辱不堪的十字军战士只能面见皇帝，被迫同意无条件投降。博希蒙德在耻辱煎熬中回到了意大利，三年之后去世，余生再也没有觊觎东方土地的胆量。
阿历克塞让衰弱腐朽的帝国再一次焕发出了勃勃生机，在他统治的初期，这是所有人都未曾想象过的荣光，但如今他已经年近六旬，开始迅速衰老。同时，阿历克塞患有十分严重的痛风，如今，他更多地致力于将自己曾经收复的土地团结起来，而非与土耳其人燃起新的战火。为了减轻人民的负担，他减免了穷苦人民的赋税，为他们提供免费的医疗服务，在都城为无家可归者建立庇护所，满足他们的所有需求。阿历克塞为帝国内部威尼斯日渐增长的势力而担忧，因此在比萨设立同样的通商条约，希望这两个海上共和国能够彼此达成势力制衡。1116年，帝国面临着最后一次对土耳其人的战争；阿历克塞彻底击溃了苏丹的大军，拜占庭海岸长年累月的敌袭迎来了最后的一刻。根据战后订立的条约，安条克城内的希腊化人口迁移至拜占庭疆域内，逃离被奴役的命运，但依然保留着小亚细亚地区的伊斯兰化特点。
阿历克塞又一次取得了最后的胜利，但他内心十分清楚，自己大限将至。如今他只能通过维持坐姿顺畅呼吸，因为重疾而全身浮肿，这种情形一直延续到1118年8月，这位皇帝在床上咽下了最后一口气，他的家人都围绕在他的身边。毫无疑问，阿历克塞一世是一位杰出的帝王，完全有资格被葬入圣使徒教堂，与无数伟大的先人同列，但他选择了沿着防波堤建立的一座小型礼拜堂作为自己的安息之地。登上皇位的37年来，阿历克塞一世在千钧一发之际为帝国带来了稳定和平的局面，为帝国的繁荣富强打下了基础。帝国的全面崩溃中止了，这位皇帝甚至计划收复地中海和黑海沿岸富饶的地区。借助与人民大众和十字军势力的适度合作与友好态度，阿历克塞一世几乎将小亚细亚地区彻底收复。随着安条克的心脏地带重归帝国领域，曼奇克特一战带来的危害得到有效遏制，拜占庭帝国国力日益强盛，成功阻止土耳其人在西欧立足。接下来的数世纪中，还有很多能力强大、野心勃勃的人登上帝国的皇位；如果他们能够掌控小亚细亚地区的丰富资源，或许足以避免半个欧洲即将面临的500年饱受奴役的岁月。然而拜占庭与十字军之间的不和谐关系并非是阿历克塞一手造成，他也不应因为双方关系恶化而受到谴责。十字军本身具有比脆弱的帝国强大得多的力量，但阿历克塞一世运用才智成功地化解了危机，并赢得了任何人都无法想象的巨大成功。他的所有继任者中，拥有如此才能或如此运气的人，可谓是凤毛麟角。
在最后的十字军离开拜占庭许久之后，他们所造成的影响开始在帝国都城的领域内显现出来。虽然双方的第一次碰撞两败俱伤，但一直以来养尊处优的拜占庭宫廷显然被他们的野蛮同盟的强壮体魄和气势深深震撼了。大体而言，这些耀武扬威的战士显然让他们第一次对遥远的西方有了些许了解，虽然十字军中的大多数人未受教育、举止粗鲁，但这些身披铁甲的战士狂野不羁的气质仍对他们具有强大的吸引力。
当由德意志和法国君主率领的第二次十字军东征开始时，正值阿历克塞的孙子曼努埃尔统治时期，骑士时代达到鼎盛，十字军穿过都城的壮观景象引起了拜占庭富人阶级的极大兴趣。富裕阶层的淑女贵妇们身着西方式样的衣裙逐渐成为时兴的风尚，皇帝曼努埃尔甚至亲自参加了马上长枪比武的锦标赛，并且单枪匹马跻身前列，令围观的朝廷群臣深深折服。
然而，这种全盘西方化的狂热时尚也有其自身的优势，所有迈入老年的拜占庭公民似乎都重新焕发青春，变得年轻强壮。富人们通过模仿这些外来的异族和他们的野蛮风俗消遣取乐，但他们内心对自己的西方兄弟并没有多少真正的善意或深刻的理解。不论这些骑士在战争中多么剽悍勇武，大多数拜占庭人的内心深处依然认为他们与蛮族暴发户无异，无法真正与君士坦丁堡精神上和现世的荣耀并驾齐驱。罗马帝国或许已经失去了它表面上的无限风光，但学问和文明的灯塔依然在黑暗的世界里熠熠生辉，没有任何来自西方蛮族的所谓国王或王子能够真正跨越这样的鸿沟。
这样崇高的光辉宣言在科穆宁王朝的历任帝王治下基本上得到了彻底的实现，帝国始终在光复的道路上一步步前进。阿历克塞的儿子“美男子”约翰二世轻松击败了好战的匈牙利国王，迫使土耳其达尼什曼德王朝臣服于拜占庭，成为附属国。当顽固不化的亚美尼亚王储继续公然挑衅拜占庭的威严时，约翰二世进军亚美尼亚，将当地的王侯全部俘获，带回拜占庭软禁。帝国力量的扩张让混乱分裂的十字军国家回归正轨，安条克的储君甚至亲自面见皇帝，谦卑地对他起誓效忠。然而，约翰二世在一次狩猎事故中意外去世，他前途光明的统治就此终结，但他更加杰出的儿子曼努埃尔一世继承了父亲未竟的大业。安条克公国傲慢自大的亲王误以为这位新国王年纪尚轻，力量弱小，因此要求将数座要塞立即归为安条克所有，然而曼努埃尔率领大军以迅雷不及掩耳之势来到了安条克城下，城中人民陷入极大恐慌。另一个十字军王国得到消息，马上宣布拜占庭皇帝是他们的最高统治者。当曼努埃尔于公元1159年突破安条克城，正式宣告拜占庭对该城的统治权之时，整个十字军西方世界的权贵阶层，包括耶路撒冷的国王，都对他表示绝对臣服。三年之后，塞尔柱土耳其成为拜占庭的附属国，作为交换条件，曼努埃尔承诺让他们独立自治；在西方，塞尔维亚和波斯尼亚也被并吞。拜占庭似乎已经从曼奇克特战役的惨败中重新站起，恢复了辉煌的声望。
然而此时，不祥的乌云却再一次笼罩帝国的上空。帝国在西方的声誉自从第一次十字军东征以来始终未曾彻底恢复，第二次东征的彻底失败无疑雪上加霜。虽然失败并不应归咎于拜占庭，但在法国，尤其是诺曼十字军踏上归途之后，关于拜占庭的流言蜚语甚嚣尘上，人们指责拜占庭表里不一，与穆斯林大敌恢复关系，影响了帝国的盟约。然而，十字军一方却前后几次忽略了曼努埃尔的正当建议，即避免与土耳其人正面对抗，绕行安全的海岸路线；与土耳其苏丹的和约本身已经足够令人痛恨了。自然，异教派的希腊人不会关心东方的基督教事业，他们正密谋暗中破坏十字军的伟大成功。
然而，相比拜占庭帝国在西方遭受的非议，更加危险的却是帝国与威尼斯逐渐恶化的关系。这个意大利城邦已经建立起一个规模巨大的商业帝国，由此带来的庞大花销都由拜占庭帝国承担，威尼斯日益骄傲狂妄的态度也令普通的本土商人无法接受，他们的生意遭到严重影响。当他们在都城的大街上行走时，几乎时时刻刻都会碰到狂妄自大、令人厌恶的威尼斯人，这些人巴不得皇帝将所有的一切都拱手相赠，然后再大摇大摆地回到他们的潟湖地区去。诚然，像拜占庭这样辉煌、强盛的帝国不能容忍自己的商人遭到外来者的排挤压制，帝国的财富也绝不能流向那些偏远城市商人的钱袋。约翰二世曾经尝试通过拒绝扩大他们的贸易权来抑制威尼斯人的影响，但这样的决定不啻挑起一场战争，在这场战争中，衰朽的拜占庭海军也起不到任何作用。几个月来，帝国的海岸地区火灾频发，贸易遭到严重破坏，约翰忍气吞声，对威尼斯一方提出的要求做出了让步，但并未收获多大成效，反而令双方的关系进一步恶化。他的儿子曼努埃尔则不同，相比父亲，他的运气要好得多。1171年，皇帝突然发难，下令逮捕帝国全境所有威尼斯人，收缴他们的货物，无视对方激烈的抗议。这次行动十分欠妥，但又堪称勇气可嘉。愤怒的威尼斯使节恩里科·丹多洛被召回（虽然此时他的一只眼睛已经失去视力），之后威尼斯便派出海军正式宣战。两个国家再一次陷入了战争，但这次拜占庭的海军力量已经彻底衰弱，无力出战，因为约翰在数年前便已经大幅削减海军军费支出。然而不可思议的是，曼努埃尔的好运再一次发挥了作用。威尼斯的舰队中暴发了一场瘟疫，威尼斯人在战争中取得的成果迅速化为乌有。倒霉的威尼斯总督无奈之下率军返回，同时也将瘟疫带回了威尼斯本土，随后他本人被一名狂怒的暴民杀死。
威尼斯对帝国海上贸易的支配权被严重削弱，但这次胜利也付出了极其巨大的代价。就目前而言，威尼斯共和国一蹶不振，被迫休养生息，对帝国俯首帖耳，但威尼斯人的个性是睚眦必报。时间已经过去了32年，但威尼斯及恩里科·丹多洛依然在酝酿着自己的复仇行动。
如今拜占庭已经在世界范围内获得了相当的声望，虽然其中也掺杂着诸多敌意挑衅与不情愿，但帝国再次成为爱琴海和巴尔干地区首屈一指的强大势力，因此对周围的敌意并没有太过在意。如今拜占庭只需振臂一呼便能召集庞大的军队，深深震慑了东方的各路敌人，在西方也牢牢掌控着各个行省。曼努埃尔对帝国此时的力量信心十足，他甚至写信给教皇，希望对教会提供武力保护。然而，拜占庭的力量很大程度上不过是一种假象，是由三位伟大的皇帝描绘出的镜花水月。博学多才、充满智慧的曼努埃尔或许对身为皇帝的职责了如指掌，他广博的学识令每一个面见他的人都惊讶不已，但这位皇帝所取得的成功缺乏真正的实质基础。十字军国家的诸侯和国王对他承诺将臣服拜占庭，但这种承诺随着大军撤退自然而然地化为泡影；虽然土耳其已经成为帝国的属地，但这不过是虚与委蛇的把戏。如今小亚细亚依然在帝国的控制范围之外，拜占庭缺乏永久复兴的基础，然而除了一次彻底失败的尝试之外，所有科穆宁王朝的皇帝都未曾尝试收复帝国失去的心脏地带。他们的战争只是防御性质的作战，对外界的威胁做出被动反应，而非主动去弥补曼奇克特战役曾经带来的巨大损失。
曼努埃尔所犯下的最大错误便是未能将伊斯兰的军队从安纳托利亚彻底驱逐。在他统治初期，土耳其达尼什曼德王朝已经四分五裂、摇摇欲坠，帝国军队当时实力强大，任何一次威胁都会令塞尔柱人闻风丧胆。在轻松击败十字军诸王国之后，曼努埃尔本应回头进攻土耳其，但他却接受了对方的臣服请求，然后在将近10年的时间里都对土耳其的动向毫无觉察。当帝国军队离开这片土地时，塞尔柱人马上入侵了达尼什曼德人的领土，轻易便战胜了他们衰弱不堪的敌人。将近一个世纪以来，小亚细亚首次在一位强大苏丹的领导下完成了统一。四分五裂、争斗不休的敌人已经彻底消失，曼努埃尔如今需要面对的是一个团结统一、充满敌意的联盟。1176年，他试图纠正自己犯下的错误，率军进攻土耳其首都以哥念，却在穿越密列奥塞法隆地区时遭到敌军伏击。在将近一个世纪的重建之后，帝国军队在面对土耳其人大军时又一次陷入了无能为力的困境，拜占庭的声望也遭受了无法挽回的损失。这场战役证明了帝国所谓的强大力量不过是虚有其表，一种建立在皇帝华而不实外表之下的假象。
曼努埃尔余下四年的生命中始终策划着一场伏击，希望打败土耳其军队，为自己曾经的失利雪耻，但他的精神已经彻底被击垮，历史的大潮也不可避免地向着不利于拜占庭的方向奔流。公元1180年秋天，他的病情已经到了无法挽回的地步，这一年的9月24日，曼努埃尔的去世将科穆宁王朝一个世纪以来缔造的辉煌带向了尾声。他的死亡也像他的大半人生一样，完美地抓住了关键的时机。他的统治带来了拜占庭帝国声望的又一个高峰，在帝国的力量开始瓦解崩溃，天空复归黑暗之时，他的生命也走到了尾声，留下他的继任者们去面对即将到来的狂风暴雨。那些参加他葬礼仪式的人不知不觉之中目睹了帝国的最后一缕光辉消失于无形。曼努埃尔之后，帝国的命运最终无可挽回地坠向了破灭的深渊。