1647年五月初十，侯岐曾被官兵抓走的消息传来时，玄汸和玄瀞正在县衙处理籍没事宜。听说家中的变故，玄汸顾不上回家，带着玄瀞仓皇出城，躲到嘉定城东。两人在民家躲避一夜后，听说抓捕玄瀞的大兵已经进城，赶忙搭乘小船，一路向西逃亡。
小船行至西关外，忽然被一名手持铁索的衙役拦下。船夫大惊失色，叩头问过后，才知道这名衙役只是要搭船。玄汸和玄瀞也松了一口气，趁着夜色顺利离开了嘉定。两人一路躲躲藏藏，两天后，他们逃到苏州中峰寺，受到高僧苍雪法师收留，赶忙写信告知家人。过了几天，他们收到家里的来信，才知道龚老夫人投水自尽和侯岐曾被害的噩耗。信中还说，嘉定正全城搜捕侯玄瀞，官兵已经抓走了玄泓和两位叔祖侯鼎旸、侯艮旸。
兄弟二人哽咽着读完家信。玄瀞深感自责，情急之下，他打算回乡赴死。
玄汸拉住他，说，现在形势危急，你是伯父唯一的血脉，不容任何闪失。我父亲这边有子有孙，后继有人。我的儿子刚出生，还没满月，现在不知是死是活，好在父亲和祖母生前已经见过了。生死关头，顾不得那么多了。我代你死，你快走。到时我死在苏州府边界，官府往来查验推论，至少要花十几天。等查明死的人不是你，你已经身在五百里外了。况且玄泓还在嘉定，他虽被关进大牢，一定也能审时度势，不会随便透露我们的消息。
之后，两人在佛前焚香叩头，挥手告别。玄瀞不知道这是不是和堂兄的最后一别，含泪离开。
深夜，玄汸躺在禅房的床上，望着月色下孤单耸立的经幢，辗转反侧，难以入眠。他想到弟弟玄泓在大牢里遭受粗暴的刑罚，想到妻子和幼小的孩子生死未卜，想到三年内侯家接连遭遇重创，两眼噙泪，心如刀割。他索性起身，撤去了蚊帐，赤裸躺在地上，任凭夏天的蚊子疯狂叮咬自己的肉体。
第二天一早，他与苍雪法师告别，坐船离开了寺庙。他脑中回响着法师的告诫，切勿向熟悉的地方走。他远远望着龙江村的方向，任由船夫毫无目的地划船。在一处不知名的河边，玄汸掏出剩下的钱犒赏了船夫，在岸边沉思片刻，纵身跳入水中。
就在他逐渐失去知觉的时候，路过的村民把他救上岸。听说他是嘉定忠义侯家的后代时，淳朴的村民纷纷给他帮助。两名读书人给他拿来衣服，帮他出主意，劝他逃到浙江。他感到极度疲惫，不过还是听从众人的建议，把长袍脱下，留在岸边，换上短衫，坐着来时的船离开。船驶出没多远，他再次跳河，在命悬一线的时刻再次被救上来。他全身变成青紫色，眼睛、鼻子不停向外冒水，大脑几乎失去了意识。他不再寻死，完全顺从众人的安排，坐船驶向浙江的方向。
到了浙江，玄汸在杭州吴山的一座寺庙里削发为僧，改号一正。他得到寺中老僧的宽慰，没有在庙里逗留太久，很快告别了杭州。拂晓时分，他乘船回到了苏州中峰寺。寺僧见他活着回来，以为见到了鬼，苍雪法师则高兴地说，大难不死，珍重前路。法师挽留他留在寺中，为他取了新的法号——死水道人。
玄汸在苏州的中峰寺、法螺寺住了三个月，应邀为僧人讲解“四书”，寻求儒学与佛教的相通之处。他往来于群山之间，终于打听到玄瀞已经渡过长江，在扬州天宁寺皈依了佛门。他还收到妻子宁若生的信，原来，岐曾被抓、龚老夫人投水时，宁若生因怀中婴儿尚小，免于被抓，之后她带着小婴儿自杀未遂，辗转躲到了昆山。他心中一直悬着的巨石落了地，随后，他与苍雪法师告别，踏上寻找妻儿的路。
玄汸的两位叔祖侯鼎旸、侯艮旸在狱中关了几个月后被释放，这有赖于嫁到南翔镇杨家的表姐。表姐冒着风险，让自己的儿子几次到官府交钱打点，耗费巨资，终于将两人解救出狱。两人专程到南翔感谢杨家亲戚，并划出龙江村的几亩地作为馈赠。
玄泓在狱中关了更长时间，好言相劝和严刑威逼都没让他说出玄瀞的去处。玄泓被抓后，夏淑吉走出大悲庵，带领仆人收了龚老夫人和岐曾的妾静姝的尸体，埋葬在圆沙祖坟。岐曾被杀的消息传来，她又派人去松江，为公公收尸、安葬。她不时派家仆到县衙送钱，以免玄泓受折磨，同时拖延官府对玄瀞的追击。几番折腾后，家中的财产分文不剩。她还要奉养婆婆金氏，也就是岐曾的妻子。金氏守寡后，拒绝了娘家的改嫁意见，从岐曾的堂弟一支过继了一个儿子。
家事安排妥当后，夏淑吉带着年仅十岁的侯檠，跪在塾师陆元辅的面前，恳求他把侯檠带到安全之地。侯檠自小就定为复社巨擘张溥的女婿，现在侯家遭难，能收留他的地方只能是太仓张溥家。
陆元辅冒着受牵连的风险，回拜夏淑吉，接受了她的委托。夜里，他换掉儒服，打扮成商人，带着侯檠乘船离开了嘉定。同时装在船上的，还有几十捆侯家先祖、侯峒曾父子和侯岐曾等人的手稿，这是保留侯家遗稿的最后机会。
他们辗转流离，到达太仓，投奔张溥家。张溥在明朝灭亡前已经去世，张溥的夫人王氏悄悄派人迎接他们，两人暂时安顿下来。在张家的七录斋，陆元辅继续教习侯檠。七录斋是张溥生前的书房，得名于他年轻时读书总要抄录六七遍的习惯。七录斋中，陆元辅和侯檠每每读到前人的忠孝事迹和先祖的遗文，不免潸然泪下。
玄泓在狱中关了半年。其间，他的妻子孙俪箫被押赴南京，途中病亡。他年幼的儿子侯荣由夏淑吉代为抚养。半年后，在夏淑吉等家人的几次打点下，加上玄瀞一直下落不明，官府终于释放了玄泓。
玄泓回家后，摆在他面前的是更加艰难的处境。连年大旱、江河淤塞、局势动荡造成粮食歉收，粮价空前高涨。每石大米的价格已经飙升到四两银子，每石小麦的价格也涨至二两银子。
籍没令并没有随着侯家又一拨人的离世而停止。正相反，由于侯岐曾窝藏陈子龙、侯玄瀞暗通鲁王等重大罪行，官府对侯家进行了更加彻底的查抄，房屋、田产一概缴没，再也没有商量的余地。回到家中的玄泓，要安葬逝者，要抚养全家的孤儿寡妇，要应对官府三天两头的骚扰，还要防备无赖之徒在侯家垮下的时候再踏上一脚。要保住侯家仅存的几条血脉，只有逃亡一条路。
寒冬过后，冰雪消融，玄泓带着年幼的子女，悄悄坐上了去浙江的客船。他离开嘉定后，改名侯涵。他们起初躲在异乡的村子里，钱财散尽，衣衫褴褛。头三年里，他们辗转住过太仓、金华、杭州，以及上海多个村庄。他们避居浙江时，陆元辅收到消息，把侯檠护送到浙江，投奔玄泓。三年后，局势稍微缓和，玄泓仍不敢冒险回嘉定，便搬到苏州，开始了新生活。
玄泓依靠自己的写作才华和家族声誉，在苏州有了新的交际圈。当苏州文人推举他主导文社时，他婉言谢绝。苏州慎交社成立后，他和侄子侯檠受邀加入，成为骨干成员。当慎交社与松江同声社发生矛盾时，他往来两地，从中调和，促成双方领袖会面，并促成双方成员合盟，共奉文学家吴伟业为宗主，壮大江南文坛的力量。哪怕漂泊异乡，他也一如既往地沉醉于文学。
玄泓在妻子孙俪箫死后，续娶了松江府华亭县的女子章有渭。章有渭的父亲章简是侯峒曾生前的朋友，曾在明朝任官。章简养育了章有淑、章有湘、章有渭等六个才貌双全的女儿，个个饱读诗书，闻名江南。玄泓娶章有渭为妻，不仅因为她也来自名门望族，更因为她和自己一样也是罹难忠臣的后代。1645年，清兵南下，当侯峒曾誓死守卫嘉定城的时候，章有渭的父亲章简和乡绅李待问、沈犹龙等人拼命守护松江府城，最终兵败自杀。
“忆昔同在翠微阁，飞文联句夸奇作。那知江海各天涯，青鸟无情双寂寞。”离开姐妹的章有渭，面对残破的侯家，只能咬牙接受眼前的生活。年复一年，章有渭跟着丈夫玄泓在外漂泊，有了自己的孩子。生活日趋平静，玄泓却止不住惦念家乡，把无法回乡视为最大的遗憾。
与此同时，玄汸离开中峰寺与妻儿会合后，也漂泊过吴县、昆山、常熟多地，最后，他们也去了苏州，与玄泓一家人聚首。
玄汸在外漂泊期间，去过一次南京，祭拜明太祖朱元璋的陵墓——明孝陵。战乱刚过，孝陵内大殿损毁，树木遭砍伐，处处是大兵践踏的痕迹。秋风吹过，覆没的王朝如同卷地的落叶，失去了曾经的威严，再也无法承载世人的尊重。他再拜行礼，心中黯然神伤。
另一次，他寄居浙江萧山，拜会了元成先生，也就是1642年侯岐曾参加乡试时的主考官。元成拉着玄汸的手，说了一段陈年往事：侯岐曾当年参加乡试时，试卷被一名姓来的房考官无意中丢失，不负责任的房考官找来别人的试卷，填上岐曾的名字充数；后来，小吏找到了岐曾等八名考生的试卷，原来丢在了卧床顶上，试卷果然没有批阅。当时，黄淳耀和陈俶、苏渊去南京帮忙查卷时，看到的只是一份冒充的试卷。元成托了复社骨干也没帮上忙，岐曾最后只录了副榜。元成先生说，现在岐曾已经去世，名节与日月争光，说出实情，才能告慰他的在天之灵。玄汸很震惊，后来他找陈俶和苏渊求证，果然，他俩说当年看到岐曾落榜后心情抑郁，只能编出一席谎话劝慰他。
逃离嘉定的侯氏子孙稍稍恢复了安宁，已经出家的侯家女人们只能留在嘉定。
隐居在龙江村大悲庵的寡妇，除了夏淑吉和姚妫俞、龚宛琼，还多了个没来得及嫁入侯家的盛韫贞。侯岐曾一案突发后，玄瀞逃亡他乡，下落不明，盛韫贞和玄瀞的婚姻还没开始就中断了。玄瀞失去音讯后，盛韫贞剪断头发，毁掉嫁妆，写下一篇《怀湘赋》，以神话里忠贞不渝的湘妃勉励自己。当时玄泓刚出狱回家，听说后，将她迎入侯家。她跟着表姐夏淑吉削发出家，拜姚妫俞、龚宛琼两名寡嫂为师，为自己取了个号叫作寄笠道人。
在青山碧水环绕的大悲庵里，四个寡妇相依为命。她们是在巨大的变故中不得已才出家的，身在佛门，心却留在了尘世。她们正值青春年华，终日面对青灯、古佛、木鱼、经卷，却无法斩断心中的悲哀。
深夜里，姚妫俞时常难以入眠。有时，她点上油灯，听窗外风卷落叶的沙沙声，透过门帘看彩云明月，看庭院里疏落的梅影，看轻雾笼罩的翠竹。“支离瘦骨惟供病，牢落愁怀岂为情？”相比佛经，她也许更喜欢翻看玄演生前写的诗文，以及他们夫妻二人合著的《玉台清照集》。
面对郁郁寡欢的姚妫俞，夏淑吉的心情更复杂。她强颜欢笑，用诗文鼓励同病相怜的妯娌，“闻香小坐忘尘世，步月清言扫旧愁”，但想到出家寡妇们的命运，她最终黯然神伤，“梅影横斜应似画，残英满地有谁收？”她会想起年轻时花钿贴额、罗裙摇荡的自己，想起亡故多年的丈夫侯玄洵，想起漂泊在外的儿子侯檠。她也会想起被官兵抓走的嫂子孙俪箫，她称孙俪箫为六姊，她还记得当年孙俪箫从上海嫁到嘉定侯家时多么风光，而今红颜薄命，阴阳两隔，她只能感叹“彩云散后空凭吊，野哭荒郊恨几重？”
“本是闺中秀，超然远物华”，对年轻的盛韫贞来说，变故尤其突然。她远离松江娘家，名为侯家的聘妻，却从未与玄瀞做过一天的夫妻。玄瀞下落不明后，她的身份很尴尬，或许她有过不甘心，但最终无奈地选择了削发为尼。她在松江的父母已经离世，亲人只剩兄长一家。寄居龙江村七年间，她只回过松江三次，平时只能写信与兄长往来。也只有在至亲兄长面前，她才表露出自己的病痛与哀伤。门前的草木几度萧条，又几度返青，她幽居大门之内，尽量远离门外轻薄的世俗。
好在她们的生活并非完全与世隔绝，亲人朋友不时来看望她们。梅花盛开时，夏惠吉从松江过来，看望姐姐夏淑吉和表姐盛韫贞，感慨她们“雨雪相依倍有情”，只是聚少离多，欢聚之后是更长久的落寞。
在外漂泊期间，玄泓曾经带着侯檠悄悄回乡探望。侯家的旧居前，荒草丛生，残菊飘零，一函函古书散落在地上。栏杆、横梁、镂窗、彩绘，他们追忆每一处旧日面貌，感到亲切，也感到心寒——回家之路如此艰难。
侯檠去大悲庵看望了母亲夏淑吉。他已经跟随玄泓移居苏州，参加了苏州的文社，颇有诗名。站在侯家的旧居前，他有感而发，写下几首诗。其一如下：
转眼兴亡叹劫灰，田园松竹一徘徊。
纵空冀北求良马，甘向山阴作散材。
高士已从驹谷隐，遗民讵为鹤书催！
三槐槛外凭谁植，五柳门前且自栽。
这样的文学积淀，这样的敏锐才气，这样的黍离之悲，这样的不屈不挠，出自一名十二岁的少年，无怪乎他从小就有神童之称。
玄泓打探到嘉定官府对侯家的政策尚未松懈，只能带着侯檠黯然离开。
玄瀞则再也没有回过嘉定。他起初在扬州天宁寺，后来辗转去了杭州灵隐寺。身在苏州的玄汸和玄泓打探到他的去处，悄悄去杭州探望了他。这是他们各自漂泊三年后第一次重逢。
灵隐寺是杭州最古老的寺庙，浸润了深厚的佛教文化，留下了明朝诸多名士的足迹。玄瀞在此出家，法号圆鉴。只是，佛光的笼罩没能让他忘记尘世的悲哀。他的身份终究是一名避难者。
禅房的卧榻上，兄弟三人借着点点烛光，谈起昔日旧事。“私愧支硎鸡足老，浪抛二十二年春”，玄瀞一生中的快乐时光，在他人生的第二十二年，在嘉定城破的那一刻，戛然而止。
他也许不会向亲人讲述孤身漂泊的经历，但从他写的诗稿中，玄泓他们可以感到他的苦楚。“死灰残梦凭谁语，付与云堂日暮钟”，天宁寺里，无名氏的孤坟残碑让他心寒；灵隐寺旁的韬光庵里，玄瀞记得十年前看到唐朝诗人骆宾王在墙壁上的题诗清晰可辨，现在已经漫灭不清，他自己也重演了一千多年前骆宾王削发为僧、避难寺庙的一幕；站在灵隐寺的三生石旁，他想起三生石的传说，在诗的末尾感慨“我本石畔无知者”，字里行间又要滑向痛苦的深渊，却似乎迟疑了一下，涂掉了这一句，改用一句“三生风月浑闲事，愧我题诗一损神”的自嘲，及时把自己从悲伤中拔出来了。
玄汸和玄泓纵有万千牵挂，也只能嘱咐堂弟在异乡隐姓埋名，静心生活。相聚匆匆，他们约定事态平息后尽快回乡，期待全家团聚的那一天。
然而，玄瀞再也没能活着回来。1651年，也就是岐曾被害案四年后，玄瀞在灵隐寺病亡，终年二十七岁。灵隐寺的僧人将他的遗体火化，把骨灰放入瓶中。叔祖侯鼎旸得到消息后，去杭州迎回他的骨灰瓶。
嘉定屠城后，侯鼎旸亲手安葬了峒曾和他的两个儿子玄演、玄洁，时隔六年，他又亲手埋葬了峒曾仅存的儿子玄瀞。连年悲剧，门庭衰微，个中滋味让年逾古稀的他感到苦涩。侯鼎旸感到惭愧，他不是大义凛然的程婴、杵臼，没能保住峒曾的唯一血脉。可怜的玄瀞也不是幸运的赵氏孤儿，侯家还能重见天日吗？
玄汸和玄泓兄弟在苏州收到玄瀞病亡的消息，匆匆赶回嘉定龙江村，和族人一起，将玄瀞的骨灰瓶埋葬在圆沙的家族墓地，紧挨着他的父亲侯峒曾的坟墓。世间又少了一个亲人。他们为玄瀞的死肝肠寸断，朝着灵隐寺的方向稽首，用文字寄托自己的哀思。事后，他们慑于风波未平，擦干眼泪，重新踏上了漂泊之路。
“秋风满地忠魂在，夜月空堂孝子无。”满门忠魂，青山埋骨，落得个香火断绝。