1645年七月，嘉定城破、侯峒曾父子三人罹难后，侥幸活下来的侯家人来不及悲伤，就被戴上了“倡乱逆贼”的帽子，受到清兵的追捕。一家老小四处躲藏，先逃往松江，后来躲在湖边，风餐露宿，一有风吹草动，赶紧上船逃到湖泊深处。
嘉定城破后的两个多月里，城里和乡下几乎没有片刻安宁。清兵散去后，乡兵、百姓再次卷入守城与投降、剃发与留发的厮杀中，其间不时冒出明朝官军收复南京、李成栋逃到扬州等谣言。无辜的百姓无论剃发，或者留发，都成为盗贼、无赖、投机者烧杀抢掠的借口，想保命只能随波逐流。七月底，嘉定城破二十多天后，李成栋的队伍进入葛隆镇和外冈镇，展开另一场屠杀，百姓死伤无数，据说现场的鲜血没过了脚踝。
太仓人浦嶂在李成栋的支持下，担任嘉定临时县令。为了震慑百姓，他鼓动李成栋再次屠戮嘉定。在石冈镇，龚用广的遗孀娄氏（“嘉定四先生”之一娄坚的女儿）为躲避侮辱，投水而死，次子元彬被害；龚用广仅存的弟弟龚用厚，也和他的妻子、两个儿子死于兵难。大兵挨家挨户搜查，百姓无处可逃，只能用乱草蒙着头躲在河里。浦嶂与兵丁大肆搜刮城内的财宝，用船运回太仓。城内外尸横遍野，没有官员维持秩序，只有寺庙的僧人找来木柴，将尸体堆起来集中焚化。
八月初，李成栋派兵东进，直抵松江府。在上海县，明朝吴淞总兵吴志葵、登莱总兵黄蜚率领三千余名水兵以及一百三十余艘战船与清军对峙，不料遭到火攻，全军覆没，吴、黄两人被多铎下令斩杀；在金山卫，清兵再次施展了红衣大炮的威力，密集的炮火一天一夜没停息，城墙烫得守兵无法站稳脚跟；在松江府城，官绅沈犹龙、李待问、章简等人带兵守城，城破后三人自杀，城内上万名百姓惨遭屠戮。
到了九月，暑气消退，江南各地的抵抗全部以失败告终。从六月到八月，清朝共花了三个月驯服江南。清朝委任的地方官陆续到任，道路恢复畅通，在外逃难的百姓陆续回乡。
江南各地，处处是成堆的瓦砾，残留着大火烧过的痕迹。店铺歇业，田野荒芜，华美屋舍沦为废墟，象征名誉的旗杆、牌坊东倒西歪，不计其数的民众流离失所。目睹这一巨大反差的人，无不黯然落泪。一场战乱，让江南昔日的繁华减去了十分之七。
战争带来的破坏，需要很久才能修复。各县县令就任后，为了恢复正常秩序，陆续实行了一系列措施：捉拿作乱的奴仆、乡兵，派兵维持治安；发放通行证，招抚难民返乡；禁止贩卖被掳掠的妇女，命令她们回自己的家，或者张贴告示让家人领走；通告全城乡绅和读书人进衙门谒见，否则以叛逆罪惩处。清朝委任的嘉定新县令也走马上任，之前的临时县令浦嶂以贪虐罪被拘捕下狱，全家抄斩。
恢复生计的前提，是更加严格的剃发令。嘉定县城四周设置了“清发道”，专门监办剃发事宜。城内的告示写得很清楚，不剃发或发型不合格者分五等定罪，“一寸免罪，二寸打罪，三寸戍罪，留鬓不留耳，留发不留头。又顶大者与留发者同罪”。
随着形势的缓和，侯家人回到了嘉定城南的家乡诸翟镇龙江村。他们庆幸自己在乡下有个容身之处。为了保证安全，他们放弃了龙江村的旧居，分住在附近不同的村子。玄瀞和母亲李夫人住在惠宁庄，侯岐曾和妻室、玄汸夫妇住在厂头村，龚老夫人和玄泓夫妇住在恭寿庄。这些房子有些是侯家的旧宅，有的是弘光朝灭亡前新置办的，有些是亲戚家的房子，有些需要花钱租住。大家约定少出门，谨防耳目，一人外出时务必告知家人。
侯岐曾闭门不出，没有剃发，只是头发、胡子全白了。峒曾仅存的儿子玄瀞也没有剃发，终日躲在家中。岐曾的儿子玄汸和玄泓需要去县衙听候命令，去城里打探消息，为了行事方便，只能剃发留辫。
不愿屈从新朝的人，为了保命，大多剃去全部头发，变成佛门弟子。一时间，江南的城里乡下涌出无数和尚、尼姑。侯家的亲友夏完淳、顾天逵、龚元畅都剃光头发，戴上僧帽。僧人的形象让他们无须屈从于剃发令，又可以免遭官府的追捕。
侯家遭变故以后，朋友圈子迅速缩小。他们断绝了和普通朋友的往来，只与若干挚友通信。清朝入主后，侯家的友人大多改名换姓，杨廷枢改名庄复，夏允彝改名黄志华，夏完淳改名明照，昆山的朋友归庄换过祚明、归藏、归乎来、普明头陀等几个名号，连侯家的得力家仆侯驯也改名川马。朋友们大多选择了隐居，杨廷枢躲在苏州山中，归庄客居嘉定，张鸿磐南翔的家中只留了一名老仆。
松江陷落后，夏允彝夫妇一度寄居龙江村。和岐曾一样，夏允彝也没有剃发。他深居简出，整理资料，为好友侯峒曾写传记；他写诗怀念黄淳耀，用“大雅”一词称赞黄淳耀的人格；他悲叹侯、黄守城时的英雄孤单，颂扬逝者“宁为玉碎”，惭愧自己苟且偷生。他和侯岐曾的住所离得不远，却互不见面，只是通信往来。两人用一截截小片竹纸写信，由侯家的家仆来回递送。
侯岐曾改自己的号为半生主人，改姓易。“易”字拆自侯家先祖的杨（楊）姓，他希望《周易》里的名言“穷则变，变则通，通则久”能给侯家的命运带来转机。玄瀞表示赞同，他说，“易”字从日从月，是光复的预兆。
特殊局面下，敢踏入侯家家门的亲友很少，只有侯兑旸、侯鼎旸等几位族人，张鸿磐、许自俊等本地朋友，以及年轻的儿子和儿媳、女儿和女婿、夏完淳、陆元辅、苏渊等人。
年轻人没有再去学校读书。苏渊在黄淳耀死后收养了他四岁的儿子黄㺱，陆元辅在城内大家族担任塾师，并接受了玄泓的邀请，来侯家教习年幼的侯檠、侯荣。不去官学读书，不参加科举取士，意味着他们放弃了最合适的前途。他们当然明白这个道理，依然做出了选择。
侯岐曾的女儿们嫁的顾家、龚家，无不受到重创，生活陷入贫困。岐曾的女儿侯蓁宜、龚元侃夫妇，收养了朋友的遗孤。侯峒曾的女儿侯怀风嫁到昆山后，已经寡居，与婆婆相依为命。
侯家的亲友中，族人的情绪最复杂。他们沾过侯峒曾的光，享受过富足的生活，也在侯峒曾“倡乱”抗清后受到牵连，遭到官府追查。个别亲戚带着鱼和酒探望落难的侯家人，大部分族人和岐曾一样焦急地等着官府的政策。
和侯家来往的外姓村民不多，他们早习惯了士农工商各以类聚。大多数善良的村民对遭难的侯氏家族表示同情。毕竟，在龙江村，只有侯家由于秉持忠义而遭受了灾祸，其他百姓没有受到太大损失。
危难让侯家人的命运更紧密地联结在一起，他们像受惊的鸟儿一样聚在同一棵树上，时刻关注外面的风声。“烟云四野天如墨，剩得寒檠一穗红。”他们努力适应破壁茅屋、风雨萧瑟的新生活。
屠城事件虽已过去几个月，局势依然不稳定。
侯家人听说，南京有几十个没剃发的人组成队伍，打起反清旗号，暴露后全遭诛杀；又听说有四五千人团团围住南京城，久攻不下，被消灭殆尽；抗清义士吴昜组建了一支白腰党，劫掠了吴江县衙的银库，斩杀了县令和一些新科举人。新上任的苏松提督吴胜兆在吴江肆意掠夺，金银、女子装了满满几船。清兵和抗清义兵轮流进城，遭殃的是百姓，他们不断遭到抢劫，只能四处逃散。
最让侯家人痛心的是亲友的死讯。
在江南城池陆续沦陷的两个月里，侯家失去了多位家人和亲友，包括侯峒曾、玄演、玄洁父子三人，岐曾的妹妹和妹夫金德开夫妇，亲家龚用广、龚用圆、龚孙玹及其家眷，好友黄淳耀、黄渊耀兄弟，以及昆山的顾咸建、嘉善的徐石麒、松江的章简。他们都在敌人逼近时选择了自尽或拼死抗争。
战乱平息后，死亡的消息并没有停止。一个萧条的秋日，松江传来了夏允彝投水自杀的噩耗。朋友们陆续殉国后，夏允彝抱定了必死的决心。当吴淞总兵李成栋邀他见面时，他拒绝了。他将家人托付给兄长夏之旭和好友陈子龙，将刚刚完成的《幸存录》交给儿子夏完淳，留下了绝命诗：“少受父训，长荷国恩。以身殉国，无愧忠贞。南都继没，犹望中兴。中兴望杳，安忍长存！”之后自沉于水塘。家人目睹了他自沉的场面：水浅不足以没过他，但他把头久久埋入水中，断绝了呼吸，衣服后背还没沾湿。三天后，夏允彝入殓时，夏家收到了隆武皇帝任命夏允彝为官的诏书——但他已经对明朝的光复不抱希望了。
侯家人再次陷入亲友离世的哀痛。
玄泓为夏允彝写了长长的传记。他回忆了夏允彝担任长乐知县时，善于决断诉讼，是崇祯朝“天下廉卓第一”的地方官；明朝灭亡后，夏允彝辗转面见史可法，资助江南、浙东的抗清斗争；弘光朝廷组建，他接受了女儿夏淑吉的劝阻，没有同流合污；受到清朝的压力时，他不惜以死明志。他生平不喜党争，当别人尊他为东林党魁时，他却批评东林党人“坐论节概，喜同恶异，不知救时之策”。
玄瀞为夏允彝写了长长的悼文。他肝肠寸断，追忆了父亲侯峒曾与夏允彝的交情、他自己与夏允彝的忘年之交，也回忆起自己与父亲固守嘉定、夏允彝为松江号呼奔走的悲壮场景。他理解夏允彝，一如他理解自己的父亲，他觉得夏允彝死得其所，虽死犹生。
夏允彝自杀后，最心痛的是他的女儿夏淑吉。婆家和娘家在短短几个月内如大厦倾覆，家破人亡。寒冬时节，兵荒马乱，夏淑吉躲在嘉定乡下，想到父亲为节义自尽，心如刀割。她无法回松江，只能在深夜里落泪怀念：
萧萧鉴玄夜，幽室生微凉。
眷言念君子，沈痛迫中肠。
音徽日以杳，翰墨犹芬芳。
灵帷空萧条，斋奠直荒唐。
举声百忧集，泣涕不成章。
混乱的局势容不下她的太多哀伤。父亲去世后的一天夜里，母亲盛夫人敲开了她的家门。
原来，李成栋升任吴淞总兵后，更加放纵自己的队伍。在他赴任途中，他的手下沿路敲打民房，叫嚷“借锅做饭”，门一打开，直接抢劫。夏允彝去世后，儿子夏完淳投奔了太湖的反清义军，遗孀盛氏独自住在松江府南塘村。一夜之间，南塘遭到李成栋的劫掠，村民四散，盛氏只能连夜赶了五十多里路，投奔嘉定乡下的女儿。
“一步紧一步”，岐曾回想起夏允彝生前说过的话，感到一阵心寒。