七月初三，天刚蒙蒙亮，还下着雨，李成栋纠集了太仓的骑兵，再次带着火器、云梯来到嘉定城下。
每座城池都有自己的弱点。李成栋从探子口中了解到，嘉定城最薄弱的位置在东北角。于是，他派一支队伍假装攻击东门，暗地里集中主力到北门。他一声令下，几十发火炮密集轰炸，大地震颤。城墙上不时掉落一些砖块，不过依然稳固。北门防守甚严，他试图派兵从水关攻入。城头上的壮丁不停向下扔大石头，双方僵持不下。
城北上空升起一团红色烟尘，渐渐变成黑色的巨人，如同玄武大帝，披发仗剑，在云雾中骑着马。守在城头的百姓纷纷下拜，祈求神人相助。不过，情况并没有好转。城内的住户听到轰隆隆的炮声，开始四散奔逃，夹杂着婴儿的哭号声。再贫穷的妇女，也在胳膊肘系上金银首饰，作为“买命钱”。炮弹炸开的火硝、铅末如密集的雨点，扑簌簌落在屋顶上、路面上、人的脸上。
侯峒曾与两个儿子玄演、玄洁站在东门城楼上。屋檐上的土渣纷纷落下，一旁的人向墙下射箭，或者直接搬着石头向下扔。他们已经没有武器和火药了，只能徒手应对。峒曾知道，这一刻，黄淳耀正坚守在西门，龚用圆坚守在南门。前一天，他和黄淳耀、龚用圆等守城领袖见了最后一面。他们知道这是最后一面，他们握手、拥抱，与毕生的朋友告别。
嘉定城墙依然坚固，这是最后的希望。峒曾命令城上的兵丁全力还击。炮声停止了，应该是敌营中的炮弹用尽了。所有人屏住了呼吸。紧接着，咚咚咚的战鼓声传来，一股敌兵开始架云梯。登城的云梯早已不是简单的直梯，而是架在六轮战车上，可以折叠以增加高度，顶端还有能钩住墙头的铁爪，可以强行登城。城上的人赶紧向下扔火把，焚烧云梯。
另一股敌兵身背木板，奔向墙根，开始挖地道。挖地道是一种古老而有效的攻城方法。峒曾带头将大石头投向他们。更多的敌兵背着门板进入地道，守城的壮丁向地道里泼热油、人粪，把长矛投进去，用巨大的圆木头堵住地道。热油、人粪、灰瓶、大大小小的石块、木头都是正规武器不足时的辅助战具。其中，人粪也称“金汁”，煮得滚烫后，不仅可以烫伤敌人，还能迅速让敌人的伤口溃烂；灰瓶是在瓶子中装满石灰，扔到敌方阵营后炸开，粉尘和气味能刺激得敌兵无法睁眼。
从初三凌晨到初四凌晨，淅淅沥沥的雨一直没停过，双方的击杀声此起彼伏。这场雨已经断断续续下了一个月。城墙上的干粮、饮水已经耗尽，守城的兵丁和峒曾等人已经饿了几顿，三天三夜没有合过眼。到了初四五更，天亮了，他们的焦虑稍稍缓解，仿佛光明就在前方。没想到，雨势忽然变大，小雨变成大雨，大雨变成暴雨，暴雨如注，电闪雷鸣，平地积水一尺多。
最黑暗的黎明来到了。
这场暴雨是所有人没有想到的。从天而降的瓢泼大雨，把守城的兵丁浇得湿透。暴雨如同压倒骆驼的最后一根稻草，使几十名昼夜坚守的兵丁陷入了绝望。渐渐地，有的人放弃了，有的人悄悄离开了。有人看见黄淳耀兄弟手中持剑，站在雨中，声嘶力竭地挽留百姓，但已无法阻拦他们。
在城东门，侯峒曾明白最后的时刻到了。从闰六月中旬到七月初四，他们苦苦守城二十二天。他与玄演、玄洁坐在城砖上，一起念诵佛家的偈子，希望有从天而降的奇迹。
李成栋见城中的守卫变得松弛，下令士兵杀开一条血路。每一名士兵都受到了鼓舞：攻下城，他们可以立下战功，领到赏银；攻下城，他们可以进城抢掠，变成有钱人。
敌营的战鼓响起，新一轮猛攻开始了。士兵们竞相抬着小船赶到城下，将船翻扣过来，在船底铺上能吸雨水的旧棉絮。他们两人一组，把船扣在头顶上作为盾牌，飞奔到地道中。城上的人向下扔火把，可惜火把刚扔出，就被雨水浇灭。城东一角的地道经过暴雨的击打，忽然下沉了几尺，敌兵争着由此穿过，用长刀砍杀守卫女墙的壮丁，趁势登上城楼。大雨泡透了城墙的夯土基础，城东的一角墙轰然崩塌。
峒曾正奔向城北指挥，忽然听到城墙塌陷的巨响。他大呼一声，臣尽力了！
随从劝他快离开，乡兵一边逃，一边拉他一起走。儿子们急切地问他怎么办，他摇摇头，叹息道：“有死而已，复何言！所恨者，枉送一城百姓。”
他的身后，喊杀声一片。越来越多的敌兵挥舞着长刀涌入城内，龚孙玹等守城同仁正与敌兵肉搏，无辜的百姓没有目标地逃散。
他遣散随从，匆匆奔向家的方向，身后跟着两个儿子玄演、玄洁。路上，他们不断遇到逃难的百姓，告诉百姓西门已经打开，让大家从西门逃跑。
雨继续下，他急急地走在路上，眼睛模糊了，耳边的声音越来越遥远。他的家在县衙西侧二百米左右，从北门走回他的家，沿着主干道，约有一千米远。
对死亡的选择，不是突然而至，不是形势所逼，他好像已经准备了一辈子。
年少时，他听曾祖父讲自己被降职到江西，为明初建文朝的殉难大臣修建节义祠。
两年前，他去嘉兴任官，与亲友在船里畅谈生死，他说死于水是个好死法，连他的母亲也赞同。
一年前，北京沦陷后，他带着银子奔赴京口支援史可法，路上被劫落水，死里逃生，他看透了生死。
两个月前，扬州城被攻克，史可法生死未卜。峒曾对家人说，如果史可法投降清朝，还不如像文天祥一样以身殉国。
一个月前，侯家避难乡下，他在信中对友人说，如果有“非意之迫”，他会沿着龚君宾、谢枋得的尽忠之路走下去。
“非意之迫”近在眼前。
峒曾终于回到县城的大宅子，直奔家庙。两个儿子跟着他，一起向家庙中的列祖列宗叩头。随后，峒曾来到后院的叶池边。
儿子竭力拉住他，劝他留住一条命。他怒斥儿子，让他们快点儿离开，替他照顾母亲。他不再多说，直接跳入池中。忠孝难以两全，他希望自己尽忠，也希望儿子们代自己尽孝。
两个儿子没有离开。急迫而痛苦的兄弟俩，眼见父亲跳水，争着让对方快走、自己跟从父亲赴死。
远处一声“贼兵来了”，兄弟两人相拥着，一起跳入了池中。
叶池的水不算深，峒曾和两个儿子还没完全淹死，敌兵就追到了池边。三人被打捞上来，直接杀掉。这一年，按照虚岁，峒曾五十五岁，玄演二十六岁，玄洁二十五岁。
侯峒曾的人头成为敌兵抢夺邀功的目标。最后，有人将峒曾的头颅割下来，奔向李成栋的营帐。
东门攻破后，敌兵涌入，城内几千人四散奔逃，雨声、喊杀声、呼救声混成一片。正在城内巡查的龚用广，遇到了一名老邻居。老邻居正拖家带口向城外逃，劝龚用广快点儿逃，龚用广说，我的弟弟龚用圆还在南城，我怎么忍心独自逃走？五天前，他的亲友看到敌兵势力强大，劝他乘机逃走，他回答道，“事不可为，知之久矣，今犹未死，则尽今日之心已”；三天前，城内戒严，他的长子元昉从外地赶来，在城下劝他回家，他拒绝出城，也拒绝儿子进城；此刻，他在城内找到小儿子元韶，两人一起骑马奔到南城，找到了龚用圆。
龚用圆已经抱定了必死的决心。在敌兵逼近时，龚用广、龚用圆两兄弟拥抱着，在城内家中后院的池中跳水自尽，元韶也跟着父亲跳水。龚用广终年五十二岁，龚用圆终年四十七岁。
龚用广没有做过官，他一生久困科场，参加乡试七次却没有考中举人，一辈子以秀才的身份设馆教书；他的弟弟龚用圆年纪轻轻就考中举人，但努力几次没再考中进士，一生唯一的官职是俸禄微薄的嘉善县教谕。他们兄弟并不是龚家最显赫的一支，他们的父亲龚钦仕也只是一名贡生。“父慈子孝、兄良弟悌”大概是他们父子、兄弟最重要的遗风。弘光朝廷垮台后，各地陷入混乱，嘉善县衙的其他人争抢钱粮，而龚用圆只带走了明朝授予的儒学教谕印章。在层层官阶中，儒学教谕只是末流，但龚用圆非常珍视。直到死，他的衣袖中依然揣着这枚印章。
县城西门，是离敌兵最远的城门。敌兵从东门涌入后，城内的百姓潮水般涌向西门。黄淳耀尚不知道东门发生的悲剧，依然坚守西门。他的同榜进士王泰际让他考虑一下百姓，打开城门让难民出去。
打开城门，相当于献城投降，黄淳耀没有听从。
王泰际和家人从南门放下绳子逃到城外后，黄淳耀听说了东门已破、侯峒曾自杀的消息。
黄淳耀、渊耀兄弟赶紧下城，打开城门。百姓从门口堆的乱石上踩过，争相从西门涌出。清兵已经赶到西门，动作快的百姓逃上屋顶，爬不上屋顶的百姓无路可逃，摆在面前的只剩一条护城河。
随从劝黄淳耀兄弟赶紧逃跑，黄淳耀说，城已破，逃到城外也没法幸免。弟弟渊耀焦急地等着他的决定。他来不及多思考，带着渊耀骑马奔赴城外的西林庵。西林庵是黄氏兄弟幼年读书处，也是长大后修行佛法的地方。
西林庵的无等法师接待了他们，给他俩倒上茶。无等对黄淳耀说，你是进士，但没有封官，不需要殉国。没有官位，自杀算不上尽忠，活下去也不叫变节。黄淳耀回答，当初已经与侯峒曾立下誓言，城亡与亡。
黄淳耀看了看比自己小二十岁的弟弟渊耀。渊耀双目突出，面呈青铁色，青筋隆起。他心生怜悯，不想让弟弟和自己一起死，说：“吾了纱帽事耳，子若何？”渊耀回答：“吾亦完秀才事，复何言！”
年轻的渊耀想起了家里的小弟弟。当初，南京沦陷、清兵尚未攻打嘉定时，渊耀对几岁大的弟弟说，六郎，国难当头，我们的大哥必定为节义而死，他死，我也不忍独生。可怜你一个小娃娃，现在还在嬉闹，将来不知要流浪何方？
黄淳耀不再多言，托付法师等他和弟弟死后为他们收尸。他要来一支笔，在墙上写下几行字：
弘光元年七月初四日，遗臣黄淳耀自裁于西城僧舍。呜呼，进不能宣力王朝，退不能洁身自隐，读书寡益，学道无成，耿耿不没，此心而已！
他向北磕头后，整理了袍服，帮弟弟正了正儒帽，两人一起自缢。
黄淳耀时年四十一岁，黄渊耀二十二岁。
玄瀞在乡下听说了父亲和两个兄长的死讯，顾不上穿鞋，带着家仆踉踉跄跄奔向县城。他们拨开仓皇出城的人群逆流，跑回家中。敌兵已经离去，家仆跪着哭问路人峒曾和玄演、玄洁的尸体去向。峒曾的族叔侯鼎旸也带着童子赶来。他们依据衣服的颜色，在叶池边找到峒曾的尸体，但没有头颅，也没找到玄演、玄洁，只能带着峒曾的尸体回到龙江村。
他们刚刚离开，李成栋就从城外的小武当庙进入城内，下令关闭城门，开始屠城。
屠城，一是要惩罚顽固抵抗的人，二是要高效率地搜罗钱财。
敌城久攻不下，一旦攻破，下令屠城，是征服者的普遍心态。元朝的成吉思汗花了六个月攻破赫拉特城后，将城内一百五十多万百姓屠戮殆尽；清朝摄政王多尔衮下令杀尽扬州城内八十万百姓，一解史可法誓死不降之恨；起义军领袖李自成攻占中原时，传令“如关闭城门，上城拒守，攻破之日，尽情屠戮，寸草不留”；张献忠更是连投降他的百姓都不放过，在武昌、重庆、成都三地杀人以百万计。
乖乖投降，可能获得宽恕；顽固反抗，只会受到严厉的惩罚。反抗越激烈，城破后受到的惩罚越残酷。
侥幸存活的亲历者这样回忆嘉定城内的屠杀场面：
……兵丁肆其杀掠，家至户到，小街僻巷无不穷搜；乱苇丛棘，必用枪乱搅，知无人然后已。每逢一人，辄呼“蛮子献宝！”其人悉取腰缠奉之，满意，方释去。遇他兵，胁取如前。所献不多，辄砍一二刀，物尽则杀之。僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍使然，非一人所致也。
予数人匿丛筱中得免，亲见杀人情状。初砍一刀，大呼“都督爷饶命！”第二刀，其声渐微。以后虽乱砍，寂然无闻。刀声騞然，达于远近，乞命之声，嘈杂如市，所杀不可胜计。
其悬梁者、赴井者、断肢者、血面者、被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉，弥望皆是。投河死者，亦不下万人。
三日后，自西关至葛隆镇，浮胔满河，舟行无下篙处。白骨浮于水面，坌起数分。
妇女貌陋者，一见辄杀。大家闺妾及民间妇女有美色者，皆掳去，白昼当众奸淫，恬不知耻。有不从者，辄用长钉钉其两手于板，仍逼淫之……
屠城从早晨开始，持续了整整一天。黄昏，城内的大兵听到代表封刀的炮声，停止了杀戮。当晚，一股敌兵拥到侯峒曾的家里，只搜出侯家的族谱、笔墨纸砚和一些衣服。后来，早已降清的太仓浦氏家兵赶来，将侯家劫掠一空，几乎拆毁了整座宅子。
第二天天亮后，侯峒曾的人头出现在嘉定城门外的旗杆上，旁边的旗子上写着几个大字——倡乱逆贼侯峒曾首级示众。
城内的练祁河上，李成栋征发了三百多艘民船，满载着金银布帛、童男童女、马牛羊猪，一路往太仓方向驶去。
城里传来抓捕侯峒曾全家的消息。摆在侯家人面前的只有一条路——逃亡。龚老夫人、岐曾、玄汸和其他妇孺离开前，收到了一样东西——侯峒曾的头颅。头颅是峒曾的门生朱某趁夜色偷偷从城门外取来的，装在竹筐里，一路哭着背到龙江村。在族叔侯鼎旸的协助下，侯家人将峒曾的尸首缝合，仓促埋葬在乡下老宅的桂花树下。
之后，侯家人扶老携幼，悄悄离开了龙江村，寻找避难的地方。
“我有子矣，尔亦有子。”龚老夫人擦干眼泪，对峒曾的妻子李夫人说。
七月初四，嘉定屠城；初六，昆山屠城；十二日，常熟屠城。喊杀声中，江南的上空仿佛回荡起一曲两百年前的歌谣：“帝出三江口，干戈起练川。姑苏城上望，血泪染昆山。”
从血泊中侥幸逃出的人，诉说着守城的惨剧、兵力的悬殊、抵抗的无意义。接下来，沿海各城镇纷纷投降。迎接清朝官兵的，是恭恭敬敬地手捧本县官印、地图和户籍册的明朝官员，是跪在路旁高呼“大清国皇帝万岁万万岁”的剃发百姓，是漫天飞舞的写着“风调雨顺”“国泰民安”的黄表纸……