1635年，崇祯皇帝即位七年，侯峒曾考中进士已经整整十年。
十年间，他一直赋闲在家。头三年，天启皇帝在位，阉党当权，他没有机会进入仕途；后七年，崇祯皇帝继位，朝政好转，但峒曾的父亲侯震旸和祖母先后去世，按照丁忧三年、其间不得为官的规矩，他虽收到朝廷任命，但只能在家连续守孝六年。
峒曾服完丧后，母亲龚老夫人开始催他入朝为官。母亲说他早已考中进士，却没穿过一天官服，现在党祸解除，侯震旸的名誉也得到恢复，峒曾应该回到官场，为国尽职。
峒曾四十四岁了，早已意识到肩上的责任。自父亲去世后，家里最有力的经济来源断绝；孩子们渐渐长大，家里要延请塾师，要物色亲家；弟弟岐曾尚未考中举人，不能承担养家的责任。这些事情都沉甸甸地压在峒曾的肩上。好在孩子们有黄淳耀和侯岐曾教习，不需要他继续操心。
他想起父亲临终前的遗训：侯家世代享受国恩，有责任报效国家，但时局混乱，入官场难免同流合污，不如明哲保身，保持清白。
他几度徘徊，终于下定决心，收拾行李，奔赴京城。
按规定，他要在北京履行公职，不过，考虑到北京离家远，奉养母亲不便，他一心想调到南京。其实，他不想在北京做官，主要原因是北京的官场远比南京复杂。与他交好的同僚多在南京，在北京的官员大多属于东林党的反对派。父亲侯震旸的官场浮沉让他深知北京官场的难以作为。与侯震旸同时代的官员这样描述北京：“燕云只有四种人多：阉竖多于缙绅，妇女多于男子，娼妓多于良家，乞丐多于商贾。”这句话说的是十多年前的景象，不过，峒曾很难指望当下的情况能有好转。
侯峒曾的北京之行，与其说是报到，不如说是访友，向旧友寻求帮助调往南京。父亲的朋友文震孟、姚希孟已经受到起用，分别在北京和南京任官。
峒曾从家乡一路北上，先到达南京，看望了病中的姚希孟。
他从姚希孟那里听说了不少北京的消息。姚希孟用“世事纷纭，进退维谷”形容政治局势和自己的处境。
北京的情况一点儿都不乐观。在刚过去的三年里，明朝的东北边防日渐削弱。在大凌河，祖大寿的军队被皇太极围困四个月，将士们苦苦支撑，军粮耗尽，没等来明朝的后援，只得答应投降后金；之后，明朝将领孔有德和耿仲明出兵进攻皇太极，久久等不来军饷，于是率众渡过渤海，投降后金。多名明朝武将的投降，无论从军队规模上，还是火器和兵法上，都大大加强了后金的力量。这些降将本是谙熟大炮制造技术、擅长使用大炮的明朝精英，他们投降皇太极后，受到厚待，开始协助后金制造红衣大炮、佛郎机大炮等西式先进武器，将炮口转而对准了明朝。
就在不久前，皇太极绕过明朝在山海关外布置的锦州—松山防线，再次借道蒙古，袭击了宣府和大同。宣府和大同位于北京西北部，是明朝在长城沿线设置的军事重镇，是大名鼎鼎的“九边重镇”中的两个，可谓北京的边防命脉。宣府、大同遭袭，表明明朝的北部防线再也难以倚靠。
面对后金的猛烈攻势，官军只能勉强招架，每一次进攻过后，都不敢想象下一次。真假难辨的“鞑子兵”在北京城外抢劫财产，掳掠女子，搞得城内人心惶惶，流言四起。后金四处散布奸细，窥探明朝的虚实，强拉汉族百姓补充兵源，招募熟悉地形的百姓当向导。
而明朝朝廷上，“要兵则曰无兵，要饷则曰无饷”。武将以兵力不足、粮饷不足为借口，不愿以卵击石，以免做无谓的牺牲。文臣也一筹莫展，只能摊摊手，敷衍几句“小寇抢掠耳”“穷寇速死耳”。崇祯皇帝手足无措，一腔怒火无处发泄，只能贩卖皇宫里的特藏补充军饷。当他私下派人把万历年间的特级辽参拿到市场上售卖时，发现买家居然多是在朝官员，有阉党，也有复社名士。
文武百官中，像姚希孟这样积极想办法的官员只是少数，而这种积极也很有限。他刚写完一篇疏文，劝说皇帝在四川、浙江等骁勇善战的省募兵，由朝廷委任一名统帅，再安排几名武将练兵。之前，皇帝担心在地方募兵会导致兵权旁落，迟迟不允许各省直接募兵。姚希孟认为这是万般无奈之下的“急救之第一方”，但出于某种顾虑，他写完后并没有呈给皇帝。或许他能猜到，即便呈上去，也无法顺利实施。
北京官场有多混乱，从姚希孟贬官的经历可以略知一二。之前，姚希孟在北京担任詹事府詹事（正三品），以非凡的才学和名望为太子讲学。有一次，他主持顺天府乡试时，两名考生冒用学籍考中了举人，而他毫不知情。案件揭发后，涉事官员不约而同地将责任推到他头上。憎恶东林党的当权者抓住姚希孟的把柄，将他贬到南京，降职为少詹事（正四品），改掌南京翰林院，其实只是虚职。姚希孟到南京后，又急又气，一直卧病在床。
“国事如一漏舟，摇荡于洪涛巨浪中，竟无一把舵者。”姚希孟眼中的国家形势，没有一丝希望可言。
峒曾带着沉重的心情，告别了姚希孟，继续北上。一个月后，他终于看到了北京的城门。随后他去礼部报到，受任北仪曹，也就是礼部员外郎，负责宫廷大典的礼仪。他显然对这个职位没有兴趣，抽空拜会了文震孟。
文震孟正在皇宫中担任太子詹事，主要职责是为太子讲课，和姚希孟之前的角色差不多。他擅长讲解，尤其擅长解读《春秋》中的微言大义。他为皇室讲学时不苟言笑，并适时规劝皇帝，在同僚中得了个“真讲官”的外号。
峒曾告诉文震孟自己想去南京任职，无奈上级不批准，希望文震孟帮忙。文震孟听后，向他讲明在北京做官的好处，希望他留在北京。
在北京做官，升迁的机会远远大于南京。南京和北京同为明朝的都城，官僚制度的设置相差无几，不过，随着早期明成祖朱棣迁都北京，南京的重要性渐渐不如北京。南京朝廷保留了北京朝廷所有的政治机构，只是北京的官职可以直接称呼，南京的官职则要在前面冠以南京二字。比如，北京的吏部直接称“吏部”，南京的吏部则要称“南京吏部”，其实还是低了一等。
在京的其他同乡官员听说后，也劝峒曾接受北京的职务，壮大江南籍人士在北京的势力。兵部尚书张凤翼还向他保证，奏请皇帝擢升他为兵部职方郎。兵部职方郎是军事类职务，掌管边镇堡寨守卫、边疆族群内附的事务，职位比原来的礼部员外郎高一级，权力更大，油水也更多。
面对好友们的挽留，峒曾固执地一一拒绝，只想在距离家乡更近的南京任职。
明朝后期，官职的调配有很大的随机性，在大方向确定后，具体的职位经常由抽签决定，称为“枚卜”。抽签的结果显然可以受多种因素决定。吏部的朋友见峒曾如此坚持，只能和主事者打个招呼。于是，峒曾顺利得到了南京的职位，任南京吏部文选司主事，正六品，任期三年。
离开北京前，峒曾通过文震孟的介绍，结交了另一个即将出现在南京的人物——史可法。他们二人都是文震孟的朋友，二人的交集也始于文震孟。据说，史可法问文震孟江南有哪些靠谱的人才，文震孟说出了侯峒曾的名字；而侯峒曾也问文震孟北京的官员属谁正派，文震孟答曰史可法。史可法是北方人，家在河南开封，祖籍北京大兴。他也是进士，之前在户部任职，刚受命镇守南直隶。侯峒曾和史可法几次互相拜访都错过了，后来偶然在路上见面，颇有一见如故的感觉。两人在北京简单见了一面，期待日后重逢。
峒曾在北京的行程结束后，坐船沿大运河一路南下，直奔南京。当时，郑三俊是南京吏部尚书，看到好友侯峒曾来南京赴任，自己多了左膀右臂，非常高兴；徐石麒也欢迎峒曾，他是南京吏部清吏司的考功郎，与峒曾是同年举人，也是志同道合的朋友。
南京作为留都，远离皇帝的耳目，束缚较少，活动自如。南京六部的管辖范围主要是江南一带，比北京六部清闲不少。在北京官场上不得志的官员，也就是东林党的成员，大多隐退到南京。峒曾的加入壮大了南京东林党的声势，虽然他并不以东林党标榜自己。
南京吏部的公务不多，峒曾闲暇时喜欢写字和下棋。时常有人带着纸笔登门造访，请他写一幅卷轴，或题一幅扇面。他来者不拒，也不收润笔费，只是要求和来人下一盘棋。人们以收藏他的书法作品为荣。多年以后，仍有人称赞他的书法“行笔高古”，不逊于娄坚、归昌世等当时著名的书法家。
此时的南京官场和其他地方一样，徇私、矫饰、谄媚、推诿、钻营、贪贿等官场病成为常态。清正的官员不愿同流合污，但也无力改变现状，大多自成小团体，把酒聚会，登山闲游。峒曾加入南京吏部后，郑三俊打算重振南京官场的风气。当地方官到南京述职、接受五年期满考核的时候，徐石麒在郑三俊的授意下，与峒曾联手，对五年来欺上瞒下、民怨深厚的官员进行了一番降职或淘汰。南京官场清正了一些，侯峒曾也与徐石麒、南京户部主事陈洪谧一起得了个“南都三清”的称号。
峒曾在南京任职不到一年，再次收到文震孟从北京发来的邀请。当时，敌视东林党的内阁首辅温体仁主政，宫里宫外耳目密布。文震孟已经升任礼部左侍郎兼东阁大学士，入内阁主持大统。明朝没有设置宰相的职位，入阁辅政相当于宰相。这一年是崇祯皇帝在位的第八年，文震孟却已经是崇祯皇帝任命的第二十五位阁臣了。他在皇帝耳边推崇“清议”，提倡公开点评官员，制造官场舆论。温体仁对此不满，散布耳目在文震孟身边，窥测他的把柄。文震孟自认清正，但也感到了温的威胁，急迫地想壮大自己的力量，希望侯峒曾北上赴职。
这时恰逢主持江南铨选的北京官员即将卸任，文震孟希望峒曾取而代之，便托同乡私下劝说他。郑三俊和徐石麒收到文震孟的信，也劝说峒曾去北京高升一步。峒曾不为所动，回信反复诉说自己身体羸弱，无心要职。文震孟见他如此固执，只好作罢。
侯峒曾一定庆幸自己的决定。不久后，与文震孟交好的同僚遭到诬陷，温体仁以此生事，趁机将文震孟罢免出阁。文震孟和大多数崇祯朝内阁大臣的命运一样，在职仅仅几个月就被罢免。六十二岁的文震孟回到苏州家乡，郁郁寡欢，加上他的外甥姚希孟刚刚病亡，半年后，他也在悲愤中离世。
瞬息万变的朝政，清正友人的逝去，让峒曾更想远离政治了。
郑三俊、徐石麒等好友了解峒曾的脾气，私下约定为他上奏朝廷，悄悄地帮他升官，以免他知道后拒绝。他无意中听说后，果然坚决拒绝，闭着眼不停摆手的样子让朋友们印象深刻。旁人听说他一本正经地拒绝升官，在背后叫他“怪物”，连他的轿夫也窃窃私语，觉得这位老爷不通人情。
他把自己的官场得失告诉了弟弟岐曾，让他只把确定的消息告诉家人和徐汧、张溥、夏允彝、陈子龙几个好友就可以了。让他遗憾的是，有时候连他的好友也不理解他。夏允彝、陈子龙在京城听说他要升官，欢欣鼓舞地要助他一臂之力，结果峒曾说“感恩有之，知己则未也”。他感谢朋友们的帮助，遗憾他们不理解自己真正的想法。
他对家人说过，选拔贤能者、淘汰无能者是官场的理想状态，但不是某一个部门能独立做到的。有的人初入官场，立志保持清白，但一朝身不由己，就会深陷泥潭，不得不同流合污。这种人对朝政没有任何贡献，反倒成了大部分官员那样唯利是图的人，何况利益网一旦破裂，还有从天而降的灾祸。
从父亲侯震旸，到东林党的朋友们，他见惯了混乱官场带来的太多悲剧。他从心底不想做官。
南京的生活远离东北与西北的兵乱，表面看来很安定。但峒曾在南京为官期间，发生了一件事，让所有的江南人发现，原来西北的“流寇”离自己这么近。
在西北，高迎祥和李自成的起义军不断壮大，散布在广阔的陕西、山西一带。在黄河封冻期，他们越过黄河，进入河南，号称三十六营，部众二十余万。
早先，紧张的西北局势并未引起江南人的重视。由于地域遥远，关心朝政的读书人只能零星听说一些传闻，平民百姓了解的消息更少。不仅南方人不关注，连坐镇北京的官员都觉得西北饥民起义只是地方性骚乱。据说，当起义军抵达淮河时，北京的一名官员担心家乡桐城遭难，时任兵部尚书的山西人张凤翼戏谑他道，你是南方人，何必怕流寇，流寇是西北人，不爱吃大米，流寇的马也吃不惯江南的草。同僚们听了，拊掌大笑。
当起义军真的打到桐城时，明朝官兵完全无力招架。打到桐城的起义军并不是李自成的起义军，而是张献忠率领的另一支起义军。他们也源自西北，从长江中游顺流直下，直逼江南。江南十府巡抚张国维听说桐城全军覆没，一夜之间头发胡子全白了。他和副将率兵救援，但官兵已经难挡起义军的脚步。张献忠率军进入南直隶，先后攻克安庆府的潜山、太湖、宿松三县，杀死三县的县令。张国维顶住朝廷的责难，火速请史可法主持江南防卫，同时从民间招募壮丁。
张献忠的起义军攻下安庆后，没有沿江而下去南京，反而直线北上。安庆向北五百里是中都凤阳，是明皇陵所在地，安葬着明太祖朱元璋的父母。兵部尚书张凤翼感到大事不妙，上疏朝廷从江北调兵守卫凤阳，却遭到温体仁内阁的拒绝。
当凤阳传来急报时，包括张凤翼在内的官员火速发兵，但已经晚了。张献忠的起义军一把火烧了凤阳的皇陵和龙兴寺，还焚毁了凤阳两万多间住宅，杀死四十多名凤阳官员和上万名凤阳的官兵百姓，抢掠财宝无数。
明朝的祖坟被掘了，这是天大的耻辱。崇祯皇帝赶紧下“罪己诏”，在太庙痛哭流涕，称自己愧对列祖列宗。这不是他第一次下“罪己诏”了。除却感人的场面，下“罪己诏”无法带来任何实际意义。此外他能做的，只是下令处死失职的多名江北官员、凤阳守陵官员。
形势危急，南京兵部尚书范景文火速召集各部官员。峒曾虽在吏部任职，也受邀商议守备事宜。守御南京需要巨大的财力，由于库存不足，峒曾倡议捐款，受到同僚的赞成，他还提议县城“积谷平卖”，以缓解其他城镇的困境。他给张国维和范景文写信，提出对时局的建议，比如如何加强沿江防御，如何分派士兵以壮大阵仗，如何设防才能同时防范张献忠和李自成。
还有个积极建议的人是峒曾的年轻朋友陈子龙。陈子龙已经中举，尚未考中进士，正在松江老家发愤读书。读书之余，他一直关注时事。凤阳事发后，他给张国维写了长篇呈文，逐一阐述他的观点，比如在江北而非江南屯守重兵，招抚淮北流民以防他们沦为盗寇，操练水军以加强水战策略。他虽年轻，且没有为官经历，但在论述中条分缕析，思维缜密，从实际出发而非空谈，表现出不凡的见地。
张献忠的起义军出没在长江沿岸，给江南百姓带来恐慌。当上游又一次传来警报时，百姓不知如何是好，焦急地等待官府的行动。官府下令全城的富家大族招募家丁，以防不测。峒曾听说后不以为然，他认为民间已经有保甲和乡兵，不该再让百姓置办武器、组织家丁。家丁各为其主，能分不能合，只是权宜之计。况且，手里有兵器后，人会变得胆大鲁莽，容易滋生祸患。他和几位同僚联名给官府上书，官府也觉得扰民，取消了之前的决议。所幸警报过后，起义军没有继续侵扰。
江南受到的威胁暂时解除了，但从全国来看，高迎祥、李自成和张献忠率领的一北一南两支起义军，呈燎原之势。当他们合兵时，将成为难以遏制的力量。
对明朝官军来说，起义军并不容易对付。起义军流动在广袤的大地上，人多势众，易合易躲，而官兵只能根据对方的出没，被动地四处应对；起义军行至各处，随时能弄到粮食吃饱饭，而官兵长途跋涉，扎营做饭费时费力；起义军马兵多，行军快，而官兵步兵多，速度慢。鉴于种种优劣对比，兵部尚书张凤翼上疏建议，选两名得力干将，分区统兵，联手对付起义军。
朝廷可用的军事良才很少。除了畏缩不前的大多数，其他将领多在对抗后金的过程中因兵败、渎职受到惩罚，或廷杖，或下狱，或充军。有能力在西北剿杀起义军的官员仅剩两人，一个是洪承畴，一个是卢象升。洪承畴任陕西三边总督多年，对起义军非常强硬，以全力剿杀为主。卢象升曾在河北三府整饬兵备，操练了一支勇猛严明的“天雄军”，一度打退了逼近北京的后金军队，是难得的有勇有谋的官员。
朝廷采纳了张凤翼的建议。洪承畴、卢象升二人以陕西潼关为中心，分工协作，从东西两面夹击起义军。当起义军进入潼关时，洪承畴在陕西剿杀；当起义军出关时，卢象升在河南堵截；当起义军东进中原时，洪、卢二人联合将他们围在黄河、长江、京杭大运河形成的天然防线内，再逐步缩小包围圈。
在朝廷的重拳打击下，剿杀行动有了起色。起义军的盟主高迎祥被俘虏，李自成接替他成为领袖，起义军暂时消沉了。
朝廷把主要兵力用于西北战场后，对东北的战局随之放松。后金趁势而起，将漠南蒙古收入囊中，进一步扩大了地盘。1636年，皇太极改女真族名为满洲，后金的国号改为“大清”，定都沈阳。他称帝后，立刻挥师向北京进发，攻破了北京城外的昌平、顺义、宝坻等十几座城池。
京畿告急，明朝朝廷紧急应对，将卢象升调离西北，命他防卫京畿，只留洪承畴独自打击起义军。朝廷在西北的兵力减弱，使李自成的队伍立刻获得了壮大的机会。
卢象升进驻京师后，接替张凤翼成为兵部尚书。张凤翼在凤阳皇陵被起义军焚毁后一直戴罪，这次又因无力防御清兵而受到弹劾，在获罪前服药自尽。卢象升带领重兵镇守北京，不负众望，连战告捷，成为朝廷的救命稻草。可惜不久，他遭到主和派太监的陷害，被免去兵部尚书的职务。留守东北的武将陆续叛降，清人的脚步逐步逼近。
东北与西北，外患与内忧，如两边起火，已经无法兼顾。崇祯皇帝深陷泥潭，无法判断应该先抗击外患还是先平定内乱。朝廷要到很晚才能意识到，东北边患和西北起义军是两种不同的威胁，需要不同的应对方式。
在东北，清军的队伍规模小，人数少，但勇猛剽悍，训练有素，能置明朝大军和火炮于无用之地。要对付清军，明朝必须具备机动灵活的精锐部队，并配合民兵的有效自卫，而如此精锐的部队并不存在。
在西北，起义军（即朝廷眼中的“流寇”）多为百姓，应以招抚为主。可是，朝廷不安抚，不开恩，只是一味“剿匪”，结果“匪”越剿越多。要对付起义军，明朝需要有能力、懂军事的官员重建地方秩序，安顿流移人口。
对东北异族，明朝的政策从“分而治之”，到派大军远征，再到全面防御，几次调整都没有见效；对西北，朝廷的政策更加简单粗暴，一直不放弃武力镇压。显然，朝廷对两方面的政策都不合适，隐患自然无法解决。
让侯峒曾等很多官员烦扰的，不是西北和东北的威胁，而是永不停歇的政治纷争。朝政像一个巨大的泥潭，把所有官员裹挟其中。无论是内部纷争，还是西北、东北的战略，无不笼罩了党争的阴影。
他远离了北京的浊流，把自己稳定在南京，努力不让自己同流合污。清正的结果是，他越来越孤单了。在郑三俊退休后，徐石麒也离开了南京，南京官场上与他聊得来的同仁只有巡抚张国维、督学倪元珙、户部主事陈洪谧、松江知府方岳贡等寥寥几人。
他的朋友大多闲居在野。有时候，在野的朋友很需要他在官场上的影响力，比如张溥。
十年来，张溥领导的复社声势越来越大。全国范围内，奉张溥为领袖、自称复社弟子的读书人多达两万。加入复社，能获得一手考试资讯、丰厚有力的人脉，以及畅通无阻的官场通道。峒曾没有加入复社，但他的弟弟岐曾、塾师黄淳耀、表弟杨廷枢、朋友马世奇和徐汧都是复社成员。
峒曾不喜欢的一点，是复社的政治色彩越来越浓厚。复社本来是个以文会友的社团，以独立的思想对政治发表意见，结果却发展成争权夺利的官场团体。经过十年的扩张，复社变得鱼龙混杂，有人品行端正，也有人一意钻营。他们想在政治中夺得主动权，结果遭到温体仁内阁的敌视。
很快，一起“陆文声事件”引发了轩然大波，给温体仁内阁带来报复复社的最佳借口。
太仓读书人陆文声想加入复社，却被复社拒之门外。他由此生恨，反咬复社一口，向朝廷告发张溥、张采组织复社是“结党倡乱”。崇祯皇帝一直痛恨党争，命令内阁严查复社。
峒曾虽不是复社成员，也不参与复社的活动，但与张溥是私交不错的朋友。况且复社与父辈的东林精神一脉相承，当复社陷入危机时，于公于私，他都要出手相助。
奉命查案的侍御亓玮与峒曾是同年进士。峒曾借助这一关系，向亓玮讲述复社的主旨，告知复社对朝政并无威胁，得到亓玮的认同，保证了复社可以继续在东南活动。他还写信给刚从老家被召回北京的郑三俊，请求郑三俊为复社说情。郑三俊已任刑部尚书，加任太子少保，他毫不犹豫地答应了峒曾的请求。
朝中的其他人也开始为复社说话。督学倪元珙向内阁进言，说复社的“二张”（张溥、张采）只不过是和亲朋好友聚在一起写写字、聊聊诗罢了。温体仁碍于倪元珙的面子，暂时搁置此事。
不久之后，复社又一次受到审查，陷入危机。进士阮大铖想向江南读书人示好，上门拜访峒曾，称可以帮助复社解围。峒曾知道阮大铖一度依附阉党，名声不佳，但考虑到他能解救复社，于是变通一番，接受了阮大铖的帮助。
在几方努力下，复社没有迅速落难。
温体仁内阁的怒意更加旺盛，打算将江南读书人一网打尽，制定了一个“吴中十虎”的名单，在民间散布。侯峒曾的名字也在名单中。夏允彝在北京看到榜文，急忙把消息传达给峒曾。峒曾回信称，自己很荣幸上了虎头榜，事已至此，他应韬光养晦，如果还是贸然为自己求进，或为朋友求进，都会给自己带来祸端。
眼前的朝政很微妙。峒曾写信给弟弟岐曾说，虽然他的头顶上有恶鸟盘旋，但他不足以当那支射鸟的箭，何况这箭后面还牵着根细绳儿。他只能审时度势，明哲保身。或许是受峒曾的影响，他的亲友岐曾、黄淳耀、杨廷枢虽为复社成员，也跟越来越激进的复社骨干保持了一定距离。
又一次升官的机会到了。朝廷从南京和北京六部官员中选拔台谏官员，也就是言官。言官的选拔标准有三个：一是曾在六部任职，二是从未受过处罚，三是至少有三年仕宦经历。在南京的几十名官员中，符合这一标准的只有侯峒曾一人。
峒曾知道朋友郑三俊在幕后推动此事，写信婉言谢绝。他深知言官不好当，父亲侯震旸当年的遭遇历历在目。他向主事者坦言，自己在吏部任职才两年，不符合条件。之后，他继续在吏部任职，改任司勋郎中，正五品。