东王府的人被杀得一干二净，但是杨秀清还有很多忠实的部下，他们如果知道杨秀清被杀的话，很可能会叛变，到时天京城就会变成战场。
如何处理这件事呢？洪秀全找韦昌辉商量：“昌辉，你还得再付出一次，东王的下属肯定很愤怒。我只好假装痛斥你滥杀无辜，对外界说当众打你五百棍，然后再把你处死，用这个理由邀请东王的下属来观刑，他们一定不会拒绝的。”
韦昌辉阴险地问：“天王是想等他们来了，再把他们一网打尽是吧？”
洪秀全笑道：“昌辉，我没有看走眼，你是很有潜力的。”
行刑的场所就在天王府内，之前就有规定，进入天王府的人一律要交出兵器。东王的部下乖乖地交出兵器，大家恨透了韦昌辉，只想看到他被千刀万剐，完全没有想到这是一条毒计。这六千人进去以后，连韦昌辉的影子都没看到，就在大家感觉出什么事的时候，脚底下的炸药忽然炸开，接着一群士兵拿着刀枪冲了过来。
尸体，全都是尸体，东王的人马已被彻底清除了。论理，洪秀全应该放心了吧！
还不行，必须在全城搜捕杨秀清的亲信，一个也不能放过。两万多人死于这场屠杀，到最后参与屠杀的已不止是韦昌辉，洪秀全出动了天京城内所有的士兵。
杀死杨秀清后，洪秀全还不解恨，下令将杨秀清分尸，然后放到锅里煮，再分给全军将士吃。屠杀完成后，石达开终于赶到天京，老实说他非常吃惊，他万万没想到洪秀全和韦昌辉做事会这么绝。石达开当面指责韦昌辉滥杀无辜，他这么做不一定是为杨秀清鸣不平，而是他清楚地看到，这么做是自取灭亡。
韦昌辉自然很恼火，他认为石达开是杨秀清的人马，或者已经投向清廷。不过这时韦昌辉还没有要杀掉石达开的意思，他还想笼络石达开。韦昌辉本来和石达开是竞争对手，都是王，都得听洪秀全节制，如果韦昌辉头脑正常，就不会想笼络石达开，而是要想办法除掉他。
韦昌辉的头脑很正常，他所以这么做是因为他有了不一样的想法，他想取代洪秀全成为最高领导者。要除掉洪秀全，还得打败清军，他不能不笼络石达开。
一天，韦昌辉请石达开到北王府吃饭，吃着吃着，忽然侍者端上一锅肉羹。韦昌辉笑着对石达开说：“这肉价值连城，达开，来尝尝。”石达开吃着吃着，忽然眉头紧皱，问：“这是什么肉，怎么味道怪怪的？”
韦昌辉笑道：“九千岁的肉。”
石达开顿时脸色大变：“你太残忍了，人都杀了，居然把人煮成肉羹，好歹东王以前是我们的领导。”
韦昌辉脸色突然变得冷峻：“达开，识时务者为俊杰，我相信你一定是个聪明人。”
石达开是一个自视甚高的人，哪受得了韦昌辉这样跟自己说话，脸色一沉，甩袖而去。回去以后，石达开才知道自己处境很危险，韦昌辉和洪秀全这么残忍，一定不会放过自己。这时，石达开的一个部下建议他快点逃，正如部下所说：“再晚了就来不及了。”
石达开也是一个聪明人，连夜逃出天京城，他不敢走正门，让人从上面放个绳子，慢慢滑下城。堂堂西征军统帅，逃走的时候这么狼狈，由此可见，当时天京城局势之恐怖。
听说石达开逃走，韦昌辉气得咬牙切齿，杨秀清死后，石达开是军中威望最高的人，他逃走就代表不想和新的政府机构配合。韦昌辉杀人上瘾，请求洪秀全让自己诛杀石达开全家，洪秀全看别人杀人也上瘾，立即同意了。
洪秀全做事还是很有头脑的，让韦昌辉杀石达开全家，还让秦日纲去追杀石达开。秦日纲没追到石达开，韦昌辉倒是把石达开全家杀得一干二净。
石达开逃到安庆后，洪秀全才意识到，现在石达开是最大的军阀，他坐拥几十万大军，比杨秀清的威胁性更大。如果石达开要造反，几十万人大半都会跟着他，因为石达开在太平军中名声最好。
果然，石达开在安庆点兵，扬言要杀回天京，平息叛乱。洪秀全听说这事，立即慌了，立即作出姿态谴责韦昌辉：“我本来没有杀东王的意思，是你逼我这样做的，就算杀了东王，他的下属也是无辜的，你把他们全部都杀了。你这样做让我很心疼，如果不是天父仁慈，我岂能轻饶你。”
韦昌辉一听，就差没有当洪秀全的面骂娘，愤然反击道：“我为你除掉大害，你利用了我，现在反而沽名钓誉指责我，你当我是任人宰割的牛羊啊！”
洪秀全一听，脸色骤变，心想你这个白痴，我这是在救你，看你这样子迟早都会反，不如杀了你，还可以笼络石达开。
等韦昌辉走后，洪秀全立即让人拟旨，下诏捕杀韦昌辉。韦昌辉听说后，气得头顶冒烟，直想一刀戳穿洪秀全，立即带领手下的三千精兵围攻天王府。洪秀全早料到他会狗急跳墙，早早关闭了王府的大门。洪秀全是个多疑的人，所以天王府修得坚固如铁桶，怎么攻都攻不破。
就在韦昌辉心急如燎的时候，天王府里忽然冲出一群不要命的女兵，这些女兵全是完美洗脑的产物。韦昌辉的精兵居然被这些女人击溃，韦昌辉等人狼狈不堪地逃到北王府。
这时，洪秀全从王府中走出来，呼吸了一口新鲜空气，下令全力围攻北王府。韦昌辉看大势已去，已不可能推翻洪秀全，便带着几个亲信逃出王府，想悄悄溜出城。韦昌辉逃到城门口，遇到巡逻兵，偏偏他又回答不出口令，被人捆绑起来，押到天王府。
洪秀全根本不想见韦昌辉，只是下了一道命令，将韦昌辉五马分尸。分完尸之后，又让人把韦昌辉的尸体割成无数小块，挂在城楼上，写着：“北奸肉，只许看，不许取。”做完这一切后，洪秀全让人把韦昌辉的人头寄给石达开。石达开仍然不满足，他给洪秀全写了一封信，让他诛杀秦日纲。
洪秀全无奈，只好继续诱捕秦日纲，将秦日纲的首级也送了过去。收到这两人的首级，悲痛中的石达开总算稍感安慰。
1856年12月，石达开抛开仇恨，带领部分人马进入天京城。在天京，石达开受到英雄般的待遇，人们朝他扔鲜花，欢迎他的到来。
洪秀全见到石达开后，泪流满面，悲愤地控诉自己被韦昌辉“挟持”的经历，他说如果没有韦昌辉，这一切都不会发生，东王不会死，你的家人也不会……
石达开只能安慰洪秀全：“天王，不要这样，过去的事就让它过去吧！”
对这起内讧，天国高层讳莫如深，大家都不说事实，都说东王是赎罪期到了，跟着耶稣一样归天了。东王死的这天定为“东王升天日”，即使韦昌辉、秦日纲这些人，大家也不说他们被诛杀，而是说死了，一不小心死了。
虽然高层封锁消息的能力值得肯定，但这起事件就像大地震，波及整个天国控制的区域，连不被天国控制的区域都受到了影响。百姓们纷纷说：“天父杀东王，江山打不通。长毛非正主，依旧让咸丰。”太平军的一些士兵说：“天父杀天兄，终归一场空。打包回家转，还是做长工。”
太平天国的很多人是真的相信上帝，相信洪秀全是上帝的二儿子，相信杨秀清是天父的代言人。但现在他们崩溃了，北王杀掉了代言天父的东王，天王又杀了北王，这一切到底是怎么回事？
为了补救统治危机，洪秀全开始追封杨秀清，把他塑造成高大全式的完美人物，甚至亲自写诗讴歌东王：“七月念七东升节，天国代代莫忘记。”洪秀全还把自己的儿子过继给东王，称为幼东王。这些举动当然全是作秀，出于政治需要。后来洪秀全领导的太平军与清军湘军交战时处处挨打，洪秀全才真心想起杨秀清的好。
天京事变是一场毁灭性的政变，从此太平天国义无反顾地走向下坡路。这次政变，杨秀清手下两万多人被杀，这些人不是精兵强将，就是高级参谋，都是太平天国的中流砥柱。他们集体被杀，导致太平天国整体实力急剧下滑。
在天京事变爆发前，整个战略形势对太平军是有利的，当时清军驻扎在天京附近的江北大营和江南大营都已拔去。石达开又击败了湘军，控制了安徽、江西和湖北，随时可能打入湖南，击溃湘军。太平军已经掌握了战场的主动权，只要拿下浙江和江苏等地，就等于握住了天下粮仓。
事变之后，曾国藩得到喘息之机，迅速调整部队，准备反攻。