太平天国领导层的矛盾由来已久，在广西的时候就已经埋下了隐患。
洪秀全一直是太平天国名义上的领导者，实际权力掌握在杨秀清的手中。杨秀清是一个雄才大略的人物，他依靠过硬的行政能力和军事天赋，成为仅次于洪秀全的二号人物。当年冯云山设立了一种架空天王的制度，我们很难想象冯云山是为杨秀清准备的，他最开始肯定还是为了大权落到自己的手中，只是杨秀清后来居上，在天国中的影响力越来越大，成为公认的领袖，冯云山也只好承认杨秀清的领导地位。
这种安排对于天国是有利的，洪秀全并无军事和行政才能，而且也不愿太劳神费力，杨秀清只要不威胁到他的一把手地位，他还是愿意让他处理军政大事的。自从冯云山和萧朝贵战死，杨秀清的地位已经无人撼动了，洪秀全有危机感也是难免的。
杨秀清和洪秀全虽然是一个阵营的，但穿的并不是同一条裤子，两人的政见和做事风格可以说是截然相反的。鉴于洪秀全悲剧的科举历程，他对儒家有一种刻骨铭心的仇恨，想要打倒所有的孔家店。杨秀清虽然没有读过书，也许正因为没读过书，对孔孟之道没那么多的仇恨，他更看重读书人的作用，所以很反感洪秀全的“灭孔”运动。
为了阻止洪秀全焚书坑儒，杨秀清假装天父下凡，要洪秀全立即停止这种自戕的行为。洪秀全不甘心，但也不能不住手。洪秀全也是一个很偏执的人，杨秀清如此不给他面子，他心里自然恨不得将杨秀清千刀万剐。
这还只是个开始。
一天，杨秀清与韦昌辉等人商讨政事的时候，当时洪秀全的几个女官也在这里。杨秀清忽然倒地，站起来时已经是天父了，天父说洪秀全已经变得专横跋扈，经常虐待身边的宫女。接着，天父对这四个女官说，你们以后不要去伺候天王了，到东王府伺候东王吧！
杨秀清这是干吗呢？可能是这四个女官长得比较漂亮，他垂涎美色；也有可能是这四个女官很有才能，东王日理万机，需要她们帮忙。但这么做等于是羞辱洪秀全，难道杨秀清不知道？
杨秀清当然不是不知道，而是此时他觉得已经没必要忌惮洪秀全了，军政大事全操于他一人之手，而且他在天国里的威望已经很高。此时，倒是洪秀全非常忌惮杨秀清。
如果说虐待女仆确实有错的话，那么杨秀清指责洪秀全四岁的儿子恣意妄为就有些过分了，一个四岁的小孩，在雨里玩耍，杨秀清却说这种行为过于放纵，为了防止他将来虐待子民，必须禁止。
当然，洪秀全虐待妇女是事实，洪秀全生气的时候，曾经一脚踢伤怀孕的妇女，导致后者流产。
杨秀清当然也不是一味地以天父的身份批评洪秀全，他也曾以下属的身份建议过洪秀全，这时候，洪秀全往往听不进去。每逢这时候，杨秀清就玩天父下凡的游戏。杨秀清这么做当然让洪秀全很难受，但对于天国的稳定还是有好处的，因为洪秀全是一个性格粗暴的人，处事方式也非常简单，看不惯的不喜欢的就杀，杨秀清做事要认真谨慎得多，这样就避免了许多冤狱。
在对待男女分营的事情上，洪秀全是一个非常固执的人，杨秀清从人性的角度很反感这样，他觉得革命虽然重要，但也不能泯灭人伦，男女之爱是人的天性，所以不应该禁止男女分营，应该允许他们每隔二十天或是三十天能够回家跟老婆团聚一次。杨秀清还建议不应该把象征帝王的“龙”打入妖魔鬼怪的行列，洪秀全是个反传统的人，所以龙在他眼里也是妖魔鬼怪中的一个。而杨秀清却认为龙是中华民族的象征，不应该打入牛鬼蛇神的行列。
也许是迫于形势，洪秀全公开赞扬杨秀清坦诚、无畏、忠实，所以应该被尊为“劝慰师”和“圣神风”，所谓的“劝慰师”和“圣神风”就是三位一体中的圣灵，估计洪秀全这么做也是无奈的。
如果说洪秀全是天父的儿子的话，那么杨秀清似乎正在一步步高升，要把天父的儿子从天国的宝座上挤下来。用今天的话说，杨秀清是一个非常上进的人，已经是二把手的人，再往上爬，洪秀全岂不要从顶端摔下来。
1853年12月，杨秀清几次天父附体，羞辱洪秀全的两大心腹，韦昌辉和秦日纲。杨秀清有时闲得无聊，就会突然倒地，然后让侍女去传唤韦昌辉。韦昌辉到了之后，必须五体投地听杨秀清训诫。杨秀清坐在轿子里，韦昌辉必须在一旁恭敬地当个跟班。就连杨秀清的奴仆都可以把韦昌辉玩得团团转。秦日纲的处境也好不到哪儿去，他甚至还要为东王抬轿子。
也是因为这个原因，韦昌辉和秦日纲对洪秀全更加依赖，他们知道只有这个人能够帮自己除掉杨秀清，虽然这个人没什么能力，但他毕竟是天国的最高领导人，至少名义上是这样的。私下里，韦昌辉经常跟杨秀清唱对台戏，杨秀清曾建议洪秀全要节俭，又不是开时装店，干吗弄那么多龙袍。韦昌辉却对洪秀全说：“天王大哥，你现在富甲天下，龙袍当然是越多越好。”
后来，杨秀清知道了这事，洪秀全出来打圆场：“秀清就是古代敢于直言的正直大臣啊，昌辉只是心疼我这个做哥哥的，你们两人都是爱我啊，只是方式不一样而已。”
对杨秀清来说，他是容不下有人再称王，韦昌辉虽然是北王，但在他眼里也只是一个跟班的。杨秀清只想在太平天国内部建立一个四人领导集团，这四人中除了他自己和洪秀全，其他两个都是不存在的。一个是长兄耶稣，一个是三哥冯云山，洪秀全是老二，杨秀清是四弟。
毫无疑问，太平天国已经分化为两个阵营，这两个阵营不存在什么是非，只存在好坏之分。以杨秀清为首的一派，代表的是更专业更有远见的利益集团，他们的目的是一统江山，再创盛世。以洪秀全为首的一派更多的是关注既得利益，为了既得利益，韦昌辉和秦日纲这些人聚拢在洪秀全周围。
杨秀清曾以上帝的口吻说过这样的话：“千古英雄不得除，流传全仗简中书。”意思很明显，就是让洪秀全珍惜文化和典籍。
杨秀清清楚地看到，走向传统文化的对立面只会威胁天国的事业。杨秀清的看法是对的，当时有很多人对太平天国的统治不满，有读书人，也有一般的劳苦大众。所以，曾国藩拿太平天国毁坏传统的事情大做文章。杨秀清是一个政治家，洪秀全是个权谋家，政治与权谋在中国的传统文化里很难区分，但多少还是有一些区别的。政治是为了求大治，在求大治的过程中难免会做出一些权谋之事，譬如唐太宗发动宣武门兵变。而权谋则是为了个人利益不惜牺牲一切。一个是以大治为最高标准，一个是以个人利益为最高标准。
1855年，杨秀清已经病魔缠身，躺在床上的时候他也不忘日理万机，权力就像鸦片，很容易上瘾。杨秀清每次扮演天神下凡时，排场越来越大，他的家属和部属地位已经非常高了，大家整整齐齐排列在宫殿里。杨秀清如果要出巡的话，所有人都必须在宫外提前一两个时辰，恭敬地等候在那里。有时候连洪秀全也不得不跪在天王府门口恭候杨秀清的到来，如果杨秀清不想亲自动身的话，洪秀全还必须跑到东王府听候圣旨。
到此时，洪杨二人之间虽然表面上风平浪静，事实上已经到了你死我活的地步了。自古一山不能容二虎，权力斗争从来没有双赢机制，双赢只存在于现代的商业和政治活动中。
杨秀清往最高权力路上奔走之时，韦昌辉和秦日纲最辛苦了。如果杨秀清心血来潮，半夜天神附体，韦昌辉必须连夜赶到东王府，倘若迟到一分钟，杨秀清就让人用板子伺候韦昌辉。堂堂一个北王，落到这步田地，我们可以想象他心里的怨恨。
洪秀全把秦日纲提拔为燕王，后来因为西征失利，又被杨秀清废掉了。