从后来新疆官员们不断隐瞒军情可以看出，对这批官员的任命是极大的失败，客观地说，如果不是清廷的官员胡作非为，张格尔根本就没有兴风作浪的机会。最后道光也不得不承认：“这十多年来，派往新疆的参赞、办事大臣贪虐残暴，致使民众怨恨日深，从而激起反抗。”
到了道光五年（1825年），官民关系越来越紧张，双方剑拔弩张，有一触即发之势。论理，新疆的办事官员应该感到烦躁不安才是，但他们却一副无动于衷的样子，坐视形势不断恶化。
清廷一个官员带着两百骑兵追剿张格尔的时候，没找到张格尔，反而杀掉回民柯勒克孜部落的许多老弱妇孺，以此冒功。张格尔趁机和柯勒克孜的首领结盟，把这两百清军围在一个峡谷里，全部歼灭。
道光六年（1826年）六月，张格尔对清军正式出手了，他以祭奠祖先的名义，率领五百人，袭击回城。清军前来围剿，反而被击溃。这个消息一传开，在新疆引起了剧烈的反响，许多对政府不满的人蠢蠢欲动。两个月不到，张格尔的叛乱势力已经达到几万人。
不久，张格尔带着大部队围攻喀什噶尔。清军困守孤城七十多天，最后城破人亡，参赞大臣庆祥知道接下来面对的将是张格尔的疯狂报复，干脆自己解决了自己。果然，张格尔的叛军进城后，对清军进行了疯狂的报复，不少清军被虐待致死。
喀什噶尔陷落之后，叛军的气焰更加高涨，又先后攻下了叶尔羌、英吉沙尔、和阗等城。至此，张格尔已经控制了新疆，他志得意满，公然建国称王。
直到此时，道光才意识到新疆问题远远比想象的要严重，遂召集各个重要的部门一起研讨军情，并让各级官员好好检讨一下过去六年在新疆问题上的错误。这种检讨更多的是一种台面功夫，大家都清楚，在新疆将会发生一场大战，必须在全国调兵，合力围歼张格尔的叛军。
为此，需要一个统帅，国家衰落的当头，能干的人似乎也越来越少。经过精挑细选，道光选择了杨遇春，杨遇春是一个沙场老将，在乾隆时期，就是福康安手下一个得力干将。嘉庆年间，杨遇春在镇压白莲教起义中立下巨大功劳，深得赏识和信赖。
杨遇春当时是陕甘总督，道光任命他为钦差大臣，统领陕甘兵马前去新疆平叛。碰到军国大事，皇帝不可能完全相信一个人，因此，他还任命伊犁将军兼大学士长龄为扬威将军，同赴新疆平乱。长龄是主帅，杨遇春是主将，满汉结合，相得益彰。
到新疆平叛，最麻烦的一件事情是补给线太长。为此，必须在中途设置许多中转站，户部尚书经过核算，发现一年的军费至少要一千万两银子。当时全国一年的财政收入也不过四千万，听到这个数字，道光吓了一跳。道光对大臣们表示，政府只拿得出四百万两，大家一起想想办法吧！
大臣们提议从各省征集一些，不过也只能拿到两三百万两，还差钱啊！没办法，道光只好忍痛割爱，表示愿意动用两百万内帑。内务府大臣听到要贡献两百万两银子，很不情愿，对道光说，皇上，你这么一弄，我们以后就得喝西北风了。
道光吝啬归吝啬，但是他知道，如果大清国没有了，就是留再多的钱也没用。所以，还是狠下心来拿出了这笔钱。
道光为什么突然之间这么大方了呢？也是被逼的，现在不是大方不大方的问题，而是社稷和名誉的问题。自从顺治入主中原，清朝还没有哪个皇帝沦丧国土，道光当然不想做这个千古罪人，两害相权取其轻。
道光对这次出征非常重视，亲自过问细节问题，要求主帅严明军纪，赏罚分明。当然，主要的事情吩咐完了，道光也不忘回到节省层面，要官兵们尽量就地取粮，能节省就节省。“国家有国家的难处，希望大家都能体谅。”道光还告诫官兵们，尽量少买粮食，粮食价格过高就不要买，总之，在最合适的时候买。