嘉庆是一个非常悲剧的皇帝，他努力想做一个好皇帝，但是不幸的事却偏偏全让他摊上。“苗事”“教事”和“海事”平定之后，嘉庆原本以为可以过上几天安稳日子了，可惜老天偏不让他安生。
这次搅得嘉庆不得安宁的是天理教，天理教是白莲教的一个分支，原名是荣华会和龙华会。教义和白莲教大同小异，创造出一个类似于佛教西方极乐世界的“真空家乡”，在那里没有苦难，人可以得到解脱。这给当时许多处于水深火热的人一种精神上的慰藉，只要能给人们想要的东西，哪怕是虚幻的，也可以流传得很广，深受百姓欢迎。
天理教根据八卦分成八支，相当于天地会的堂主，当时林清就是这样一个身份，担任一个卦的卦主。后来，林清逐渐控制了各卦，并正式将荣华会改名为天理教。
嘉庆十六年（1811年），林清三次进京摸清情况，回来后与李文成商量，认为是时候举事了。为了方便起事，林清对最高层进行了一些改革，作出了“八卦九宫，林李共掌”的决定，林清为“天皇”，冯克善为“地皇”，李文成为“人皇”。而且他们把“蛋糕”都分划好了，起义成功后，林清得直隶，冯克善得河南，李文成得山东。
嘉庆十六年八月，彗星出现在西北方，林清等人抓住天象大做文章，说是天意让他们起兵。最后大家商定在嘉庆十八年（1813年）九月十五日起义，主意敲定以后，大家便开始布置，李文成在河南滑县举事，林清在北京城内起义。李文成嘱咐林清，一定要等到滑县的起义军到达北京才能发动起义。
嘉庆十八年七月十八日，嘉庆照惯例到木兰围场秋狝，临走前，对许多人叮嘱要搞好京城防卫工作，决不允许陈德之事再次发生。这些人口头上答应得很好，嘉庆一走，他们马上松懈下来。
就在这千钧一发的时刻，李文成也出了岔子，他派遣的牛亮臣带领几百人到大伾山赶制武器，结果被县里的巡检刘斌发现。刘斌认为事关重大，立即抓住铁工，讯问之后得知李文成要起事，便紧急密报河南巡抚高杞，请求立即派兵缉拿逆贼。但上层却不当回事，认为不过是本地的一些寻常盗匪，刘斌也不过是为了邀功，故意把事情说得很严重。
不过滑县的知县强克捷不敢怠慢，利用县里有限的差役，将李文成、牛亮臣等人逮捕起来。可惜这两人都是硬骨头，死活不肯招供，哪怕被打得浑身溃烂也不肯说出一个字。
就在知县准备将李文成和牛亮臣押到省里时，滑县的天理教徒决定提前起事，黄兴宰、黄兴相和宋元成等首领认为事情已经败露，如果再不动手，就只能受制于人。九月七日，滑县三千天理教徒攻破滑县县城，击杀了知县强克捷，从狱中救出李文成和牛亮臣。
滑县起义消息传出后，直隶和山东的许多地方纷纷响应，天理教徒们围城杀官，一场叛乱又在这块古老的土地上烧了起来。
嘉庆，你真是不幸，什么好事都让你赶上了。
嘉庆进入木兰围场之后，兆头就不太好，接连三天阴雨绵绵，河水暴涨，泥沙俱下，人马很难前行。九月初一，嘉庆不得不下令减围，几天后，嘉庆草草结束围猎。回京的路上，就收到天理教徒起义的消息。嘉庆亲政以后，经历的叛乱也不少了，他并不认为这些人能掀起什么大浪，但是也没有大意，作出了周密的部署，另外也避免事态扩大，弄得人心惶惶。
地方大员虽然在剿匪事情上仍然没有多少长进，但至少堵住了天理教徒北上的路，这在嘉庆看来已经多少过得去了，自从上次被行刺时一百多人无动于衷，嘉庆就不敢对这些吃皇粮的人抱有太多的幻想。
林清在北京里对于滑县提前起义一事完全不知道，由此可见，清军多少还是发挥了一些作用。九月十五马上就要到了，林清召集众人商议起义之事，正黄旗曹福昌被林清收买，他向林清透露嘉庆将在十七日抵达白涧。曹福昌说，到时候文武大臣一定会出迎，大家谁也不会想到有人起义，可以趁着这个机会打嘉庆一个措手不及。
曹福昌的建议很好，可惜偏偏碰上了林清这个死脑筋，他认为九月十五是天意制定的日子，绝对不可以更改。
林清决定十五日派几百人攻入内宫，但是“间谍太监”认为内宫不是很大，容不下太多人，何况天理教有神术护体，一定可以取胜的。最后，林清决定派两百人攻入内宫，由“间谍太监”引路。
进宫的人约好用“白帕”为标志，化装成小商贩在菜市口、珠市口和前门一带汇集。等到十五日午时一到，立即向内宫进攻。林清像个总司令一样坐镇黄村指挥，等待来自滑县的援兵。
说来讽刺，林清起义的消息很早就泄露出去了，在豫王府当差的祝海庆在八日就知道林清起事的消息，甚至知道是在九月十五日午时动手，连这么绝密的消息都走漏了风声，由此可以想象林清的组织能力。祝海庆掌握这个绝密消息后，立即上报，可惜豫王裕丰对此无动于衷，只是敷衍说查明后再作定夺，但是一转身裕丰就将此事忘在脑后。
起事之前，卢沟桥巡检陈绍荣也发现了异样，立即申报宛平县县令，可惜县令也根本不当回事。随后，他又上报步军统领吉纶，吉纶听了后，不仅没有重视，反而有厌烦的情绪，竟然痛骂报告之人：“这太平盛世，你在这里疯言疯语，脑子出了毛病吗？”总之，各级官员玩忽职守，致使本来可以提前扑灭的叛乱最终还是发生了。
九月十五日午时一到，天理教徒们立即分批冲进宫内，不过宫廷禁军也不完全是木偶，看到这么多人往里冲，也知道绝不是集体马拉松。东华门禁军立即下令关闭城门，结果只有很少一部分教徒冲了进去，下场很明显，关门打狗，这些冲进去的天理教徒很快就被擒杀干净。
西华门那边情况貌似好点儿，冲进去了几十个人，这些人先进攻尚衣监文颖馆，接着向隆宗门进攻。当时，皇子绵宁（清宣宗爱新觉罗·旻宁，原名绵宁，即位后改为旻宁）听说有变，立即让人准备好武器前去拦截。这么点儿人就想攻下皇宫，当然是春秋大梦，天理教徒们很快就被扑灭，全部被捕杀干净。
我们再来看看那个林清，他坐在黄村貌似一个运筹帷幄的总司令，正痴心妄想李文成带兵支援自己。就在林清想入非非的时候，清军已经冲了进来，将他捆绑得严严实实。
这次起义虽然被轻松扑灭，但给嘉庆的精神刺激相当大。嘉庆想，这些人太欺负人了，我又不是一个坏皇帝，竟然冲进紫禁城里造反。收到这个消息时，嘉庆正在白涧前往京城的路上，当时他就惊呆了，他不知道自己究竟做错了什么事，竟会招致这种千古难遇的奇耻，作为一个皇帝，他觉得自己太失败了。一种受伤的情绪在心里蔓延，但他仍不忘夸奖皇次子绵宁等有功之人。
嘉庆对失职官员非常气愤，尚未回到京城，就对失职官员进行惩罚。步军统领吉纶和左翼总兵玉麟被革职，嘉庆命内大臣托津提前回京，对失职官员进行查办，还叮嘱他一个都不要放过。
追究失职官员是情理之中，这件事最值得注意的是，嘉庆并没有一味地诿过他人。他意识到自己的治理出了问题，怀着沉痛的心情，下了一道罪己诏：
我嘉庆德行本来就不深，谬受皇考托付，十八年来兢兢业业，不敢有丝毫懈怠。刚继位的时候，白莲教在四省肆虐，用了近九年的时间，才平定这场动乱。本以为从此以后可以和百姓普天同乐，没想到天理教徒偏偏要破坏这和谐盛世，居然攻入大内。幸亏皇次子绵宁临危不乱，平定了这场叛乱。大清开国已经一百七十多年了，列祖列宗，仁德深厚。我嘉庆虽然没有列祖列宗那样深厚的德行，但也自信没有做什么害民的事。遇到这样的事情，我简直无法理解，只能自责。灾祸虽然起于一时，但“由”来已久。我虽然再三告诫群臣要忠心为国、勤政爱民，可惜他们都当成了耳边风，终于酿成了这种从汉唐宋明以来从来没有的事情，丢人的不只是我，也是整个帝国的官僚集团啊！说到这里，我已经说不下去，只能以后躬身自省，知错即改，上报天恩，下慰黎民。
在罪己诏中，嘉庆含蓄地批评了皇考和列祖列宗，认为这种事情虽然发生在自己的任上，但其实是长期以来的一个矛盾积累。嘉庆当然不敢直接批评列祖列宗和乾隆，只能采取这种婉转的说法。当然，嘉庆更多地认为是自己的过失，而嘉庆的过失主要体现在“吏治”的失败上。
吏治问题是乾隆中后期遗留下来的，嘉庆能不能治好我们不敢说，但显然他并没有达到整肃吏治的目的。
罪己归罪己，林清却难逃一劫，被凌迟处死。豫王裕丰是这个案子中处罚最重、级别最高的一个官员，嘉庆本想革掉裕丰的王爵，但考虑到这个爵位是豫亲王多铎凭借军功获得的，就此作罢，最后罚了他十年俸禄。后来裕丰又窝藏天理教徒，嘉庆忍无可忍之下，终于革去他的王爵。
天理教事件虽然过去了，但是这一连串的冲击波不仅冲动了清朝统治的根基，而且沉重地冲击了嘉庆皇帝的心灵。