现在我们该说说朱㸣的下落了，朱㸣自从和蔡牵决裂后，有传言说他的坐船被击沉溺亡。事后，人们在广东发现了朱濆的下落。朱㸣也是走投无路，一度想在潮州澄海县接受招抚。
当时新任的两广总督那彦成主张对海贼进行招抚，不过广东巡抚孙玉庭强烈反对，所以，朱㸣想接受招安也不可能。
那彦成是乾隆名臣阿桂的孙子，嘉庆还是比较看重这个名臣之孙的，那彦成年轻时就担任军机大臣，随后又担任工部尚书、都统、内务府大臣等职。可惜，在做官方面，他比不上祖父阿桂，他很难容人。就任两广总督后，他就因为招抚的事情和孙玉庭闹翻了。最终，孙玉庭占上风，嘉庆将那彦成解职。
清廷的政策之所以发生转移，是因为势力对比发生了变化。国内的动乱已基本平定，此时没有必要对海贼进行招抚了，招抚要花费很多钱财，征剿的话相对还要划算一些。
征剿海贼这事还是李长庚最擅长，虽然之前有人弹劾李长庚，但嘉庆不但没有听信谗言，反而把弹劾之人治罪，李长庚因此更加卖力效命。
嘉庆十二年（1807年）春，李长庚在大星屿击败蔡牵。十一月，又在浮鹰山再败蔡牵。最后，将蔡牵逼出近海，此时蔡牵的家当只剩下三艘大船、十艘小船，而李长庚的力量是蔡牵的几十倍。一向沉稳善战的李长庚产生了轻敌情绪，由此犯下了人生中最大的一个错误。李长庚以为稳操胜券，亲自带兵打头阵，冲在最前面，没想到蔡牵一个炮弹发过来，击中了李长庚的船只，李长庚被弹片击中咽喉，流血不止，第二天殒命。
李长庚虽然当场倒下，但清军在势力上仍然占据优势，然而主帅重伤濒死，副将张见陞吓怕了，居然下令撤军。蔡牵这人真是命大，又侥幸逃过一劫。随后，蔡牵逃到安南港口休整。李长庚不久就咽气了，相信弥留之际他最后悔的事情就是当时怎么就那么轻敌呢？
得知李长庚牺牲，嘉庆泪流满面地说：“朕和李长庚素未相识，因为他为国效力，朕屡次嘉奖。没想到他在大功即将告成之前就为国捐躯了，李长庚虽然牺牲了，但贼众经过他多年征剿，已是强弩之末。”嘉庆追封李长庚为三等壮烈伯，赐号“忠毅”，并在李长庚的家乡为他立祠。
然而，张见陞临阵脱逃这一节却没有受到追究，闽浙总督阿林保一向和李长庚关系不好，蓄意庇护张见陞，瞒过嘉庆。
李长庚虽然为国捐躯，但是蔡牵不能不除。随后，嘉庆任命李长庚的部将王得禄为浙江水师提督，专门负责搜捕蔡牵；钱梦虎为广东水师提督，专门收拾朱㸣。
嘉庆十三年（1808年）五月，蔡牵在安南待烦了，又乘风破浪回到福建。不过今非昔比，蔡牵旧部下王铎、王准、郭秋等人多已经投案自首，他的两个义子也被清兵捕杀，蔡牵感到自己势单力薄，寻思着再和朱㸣联手。
于是，蔡牵辗转来到浙江海域，和朱㸣在舟山海域再度联合，可惜两人的势力都大不如前，联合不久就被浙江水师击败。失败之后，蔡、朱二人再次分裂，分裂之后，朱㸣再次坐船出走，在回广东的路上，金门总兵许松年追着朱㸣不放，终于将他击毙在海中。
朱㸣虽死，他的势力却依旧存在，由弟弟朱渥接管。
朱㸣死后，蔡牵的日子更加难过了，势单力孤不说，物资也越来越匮乏。清军采取了封锁策略，断绝了岸上的物资供应，与此同时，还经常派出船队搜捕他，蔡牵不得不经常更换坐船。
嘉庆为了解决闽浙水师的派系斗争，提升王得禄为福建水师提督、邱良功为浙江提督，陕西巡抚方维担任闽浙总督，而阿林保则调离福建。
闽浙水师的派系斗争解决后对蔡牵是一场灾难，他以前还可以利用清军的派系之争找到缝隙生存，现在没有这个机会了。
不久，王得禄和邱良功就将蔡牵包围在定海渔山，激战了两天一夜，蔡牵弹尽粮绝，却始终无法突围。弹药用光了，蔡牵居然用银子当炮弹，而且还打断了邱良功的肋骨。银子的威力毕竟比不上炮弹，换作炮弹，邱良功可能已经步李长庚的后尘了。王得禄也受伤了，还好都是轻伤。
蔡牵真是一个顽敌，王得禄和邱良功都明白，此人今日不除，以后不知猴年马月能够再有这样的好机会。
当银子告罄以后，蔡牵真的是无路可退了。他知道自己这些年来运气一直不错，现在他明白，这些好运害苦了他，他曾经错误地把这些好运理解成天子之命。今天，好运气用完，他自知难逃一死，便用大炮砸沉了自己的船，选择自尽的方式来维护一个造反者最后的尊严。
这事办得让嘉庆很满意，加封王得禄为二等子爵，邱良功为三等男爵。当时，很多人为邱良功打抱不平，说你们功劳一般大，凭什么王得禄的封赏比你高。邱良功倒是一个心胸豁达的人，他笑道：“以前海患不平，全因为派系斗争，现在海患平了，我高兴还来不及，又何必计较这些次要的东西。”
邱良功是个识大体的人，国家的利益远远比个人的一点利益重要，如果当官的都像邱良功这样，像蔡牵这样的人也就没有机会兴风作浪了。
蔡牵死后，“海贼”们知道他们横行海上的日子已经是过去时了，朱渥看清了形势，带着所有的船只人马向清军投降。朱渥给清军送上了一份丰厚的礼物，舰船四十二只，大炮八百多门。嘉庆既然庙号仁宗，自然不至于杀掉投降的人，将朱渥遣散回籍。