嘉庆八年（1803年）以后，海盗行业发生了一些变化，这一时期海上主要首领是蔡牵和朱㸣。
蔡牵和朱㸣都是海盗行业的元老级人物，在此之前，他们是货真价实的海盗，海上打劫，勒索绑票，无所不为。
蔡牵的势力庞大到什么地步呢？他已经取代了清廷水师维护海上秩序，海上商船但凡购买了蔡牵颁发的执照，就能平安无虞地到达目的地。这是官府之外另一种维护秩序的暴力，暴力集团的最终目的总是获利。
蔡牵出洋的历史非常早，乾隆五十九年（1794年）就在海上活动。嘉庆也很早注意到此人，在嘉庆三年（1798年）八月，他在上谕中点了蔡牵的名，把蔡牵当成江洋大盗中头号通缉人物。蔡牵和朱㸣都是当时海盗集团的头目。蔡牵有百来艘舰艇，朱㸣也有几十艘，舰艇中配备有新式西洋大炮，这些装备比当时清廷的水师还先进。
蔡牵和朱㸣通过垄断海上秩序大发洋财，成为巨富后，他们有了新的目标——将巨资投入到反清活动中。这个转变对嘉庆来说是非常严重的一件事，以前他认为这些人不过是求财，现在才发现这些人根本目的还是推翻清王朝，这些海盗的犯罪活动也由“盗”变成“逆”。
蔡牵和朱㸣不约而同地选择了跟内地反清会党联合，并在台湾和沿海一带攻城略地。嘉庆对此非常担心，让吉庆等人一定要尽最大努力切断海盗与内地反清会党的联系。
嘉庆七年（1802年）五月，蔡牵率领部队袭击了厦门附近的大担山和二担山炮楼，捣毁炮楼，抢走大炮。这是蔡牵第一次向清军主动出击，这次出击的目的不是攻城略地，仅仅是抢夺大炮，但也暴露出了清廷海防的废弛。事情发生后，照例是上面对下面一通责备，要求下面要加强训练、搜捕盗贼，等等。
嘉庆八年（1803年）正月，蔡牵又进攻香普沱山。水师提督李长庚匆匆赶来御敌，蔡牵兵力不足，败走而去。李长庚一路追到福建省三沙洋面，将蔡牵围住。蔡牵眼看就要全军覆没，突然灵机一动，利用闽浙总督玉德贪功的弱点，向玉德诈降，请求玉德不要让浙江水师把自己赶尽杀绝。玉德居然相信了他的话，让浙江水师回港。
然而，当玉德派人前去招降蔡牵时，蔡牵早已逃之夭夭。玉德被耍后，后悔莫及。
蔡牵死里逃生，不敢再心存侥幸，立即耗费巨资打造更先进、更高大、火力更猛的战舰，他打造的巨艇甚至比清廷最大的舰艇还大。总之，这一阶段，蔡牵以加强自己的海上力量为主要任务。
遭受巨大挫折后，蔡牵也意识到盟友的重要性，这次失败也促成了蔡牵和朱㸣的结盟。蔡、朱联合后的第二年六月，首次袭击了清军。其时，温州总兵胡振声率领二十四艘运输船，装载木料送往福建造船。蔡牵和朱㸣袭击胡振声后，玉德让胡振声全力迎敌，打贼众一个落花流水。可惜，福建水师却不支援，不知是不是被蔡牵收买了。
胡振声孤军作战，在蔡牵刚猛的火力之下，船只全部被击沉，八十一名清军包括胡振声本人全部光荣牺牲。
胜利之后，蔡牵和朱㸣又领着水军进攻浙江水师。李长庚带领水师主动迎敌，对面是蔡、朱庞大的舰队，一百一十艘舰艇一字排开，整装待发。面对黑洞洞的炮口，李长庚并没有畏惧，亲自指挥作战。李长庚的战术是将敌舰一分为二，自己带队亲自攻击蔡牵的部队，部将则围攻朱㸣的舰队。
最后，李长庚终于击败了蔡牵和朱㸣。这两人败退后，产生了矛盾，蔡牵责怪朱㸣指挥不力，朱㸣很不服气，带着自己的队伍离开，蔡、朱首次同盟宣告破裂。
李长庚不愧是清廷水师一个出色的将领，嘉庆九年（1804年）冬，李长庚又在甲子洋击败了朱㸣；嘉庆十年（1805年）夏，在青龙港大败蔡牵。
经过这些打击，蔡牵并没有一蹶不振。嘉庆十年（1805年）十一月，他倾巢出动，在台湾登陆，发动了起事以来规模最大的一次战争。也就是在这次进攻中，蔡牵打出了“镇海王”的旗号，换句话说，他不再满足于做一个打家劫舍的盗贼，想当王了。在台湾登陆后，蔡牵立即联络天地会等一些反清的会党，由此形成里应外合的局面，清军防不胜防。
攻克洲仔尾后，蔡牵全歼陈廷梅的部队。随后又攻入凤山，击毙清军千总苏明荣。此时，蔡牵可以说与清廷彻底决裂了，不是你死就是我亡，绝对没有第三种选择。敢造反的人首先要具备的条件是不怕死，其次要有相当的领导能力，还要有非凡的胆识和谋略，否则的话，造反就是活腻了。
蔡牵多少有些胆识，考虑到现在对自己威胁最大的是清军从内陆调来的援兵，所以他命人火速砸沉港口附近的清军大船。一切安排妥当后，蔡牵带着万余人围攻台湾府外围屏障安平镇和嘉义城，这两城的清军选择死守，等待大陆方面的援兵。嘉庆接到台湾方面的急报后，立即调集重兵支援台湾。李长庚率先出动，抵达鹿耳门后，被沉船阻住，未能登陆。李长庚只好绕道登陆，蔡牵退守到洲仔尾。接着，许松年和王德禄在洲仔尾击败蔡牵，此时蔡牵陷入了困境，由于被沉船所阻，他的战舰不能出去，被困在出海口。
到了这个地步，嘉庆也不得不给李长庚施压了。嘉庆给李长庚发了一道谕旨：如果将军能一战抓捕蔡牵，公、侯、伯都不在话下，但如果让蔡牵逃走，恐怕革职审问未必打得住。这等于是逼迫李长庚下军令状，提不到蔡牵的头就提自己的头。嘉庆当然不会真的要李长庚的人头，这是领导的一个手段而已。
蔡牵这次论理是死定了，然而老天暂时还不想让他死。在这个生死存亡的关头，海口处突然涨潮，刮起了大风，沉船被风浪掀起刮走，蔡牵感慨老天有眼，居然飘然而去。官兵们当然是紧追不舍，可惜哪里找得到蔡牵的影子。
蔡牵攻台的计划虽然失败，但是捡回了一条性命，也没有损失主力部队，真是幸运至极。
嘉庆气得直跺脚，将李长庚等人革职。台湾稳定后，闽浙总督玉德被押到京城议罪，他是这次事件所有官员中处罚最重的。事实上，嘉庆早就看玉德不顺眼了，玉德上次被忽悠，致使蔡牵逃走，他尸位素餐，将海防和水师治理得一塌糊涂。