清廷对海上活动有很多限制，这是闭关锁国维护统治的一种手段。为了一家的江山，而将全国人民都与世隔绝起来，这显然是一种非常自私，而且违背客观规律的做法。
乾隆末年，海上洋盗势力猖獗，这些活动可能跟安南的新任统治者阮氏家族有关系。当时清廷高层将“海事”“苗事”和“教事”称为对帝国有威胁的三件大事。
这些海洋盗贼的背景复杂，但有一点清政府几乎可以肯定，那就是这些活动背后有安南国王阮光平和阮光缵父子的支持。这些海盗跟今天的海盗没啥区别，他们对海上来往的商船进行打劫获利。海盗的活动严重地损害了清政府的利益，嘉庆刚即位不久，就着手打击海盗活动。
嘉庆任命福州将军魁伦、广东巡抚朱珪、浙江巡抚吉庆缉拿海盗。当时清廷的水师并不足以远洋出行，只能在近海进行搜捕，同时切断海盗岸上的补给。
不久，魁伦缉拿了一百三十名海盗，其中有五十人是无照出海捕鱼的渔民，嘉庆发现这事后，对魁伦进行了严厉的谴责，认为他将无照渔民和海盗混为一谈，分明是冒功。
元月过后，嘉庆谕示军机大臣：海盗长期生活在船上，油盐柴米从哪儿来的？一定是靠沿海的渔民接济，这些渔民卖给海盗食物虽然是为了谋生，但势必助长海盗的气焰，所以一定要对渔民严加盘问。
魁伦后来抓住了一个海上贩子蓝三世，最后虽然查明他并没有向海盗贩卖物品，但为了杀一儆百，魁伦还是把蓝三世处以绞刑。嘉庆获知此事，不但没有责备魁伦，反而夸奖他办事有方法。
由于当时国家危机四伏，嘉庆叮嘱魁伦对海盗采用剿抚并用的手段。盗贼首领纪培投诚之后，嘉庆决定“以盗制盗”，利用纪培缉拿海盗。海盗熟悉海盗，嘉庆用海盗来制服海盗，在当时的情况下是成本最低的一种选择，国家内忧太重，分不出太多的力量对付海盗。尽管如此，在治理海患方面嘉庆还是严格要求的。
嘉庆的老师、两广总督朱珪曾经抓获了一个海盗头目何玉理，发现此人在乾隆五十八年（1793年）就在海上打劫。这本来是应该奖励的，但是嘉庆却降旨责备朱珪，说这个海盗猖獗这么长时间直到现在才抓住，充分说明各级官员办事不力，要求刑部对朱珪严加议处。
朱珪是嘉庆非常尊敬的一个老师，嘉庆应当不至于吃饱了没事去为难自己的老师。当然，很有可能是和珅在乾隆面前说了什么，嘉庆不得不做出一种姿态。由此也足以说明嘉庆对海盗一事的重视。
当时的海盗不仅打劫中国的商船，远洋来华的外国商船也未能幸免。
嘉庆元年（1796年）九月，两广总督吉庆发现了一个英国商人，根据这个英国商人的说法，他乘坐的商船在两个月前被劫持，船中共有十人，其中六人被害，三人被劫走，他侥幸抱着木板漂流逃走。类似的事件经常在中国近海附近发生，以至于英国政府几次提出派遣军队协助清政府征剿海盗。嘉庆当然不能接受这个建议，清政府的主权意识是相当强的，决不允许外国舰船开进中国海域。
不过，英国提出这个问题，足以说明当时海盗情况之严重。海盗的活动，严重地损害了中国的海上贸易。
对于安南阮氏幕后支持海盗的行为，嘉庆当然是非常反感的，不过嘉庆不便公开谴责安南，甚至让下面的人不要张扬。这是从大局来考虑，国内局势很不稳定，不宜跟安南结仇。
嘉庆二年（1797年）正月，两广总督吉庆又上奏发现安南的海盗，请示要不要照会安南国王。虽然已经掌握了一定的证据，但谨小慎微的嘉庆还是主张不声张，他认为不能轻易挑起国家之间的矛盾。
嘉庆五年（1800年）六月，发生了一件特别的好事，这件好事用瞎猫碰死耗子来形容一点都不过分。安南有三十艘海盗船，纠合中国水澳帮、凤尾帮海盗船六七十只，在浙江沿海汇集，准备进逼台州。恰好当时海上雷电交加，风雨大作，海盗船只覆没殆尽。一些抱着浮木，或者泅水上岸的海盗都被定海镇总兵李长庚俘虏。在这些俘虏中，有安南的四个总兵，这足以证明安南政府跟此事脱离不了关系。
这四个总兵被处以极刑，嘉庆把他们的官印归还安南国王——这一招非常厉害，看你脸往哪儿搁，看你如何解释这事。当时安南内战一触即发，安南新旧势力争权夺利呈白热化。新阮代表阮光缵为了讨好清廷，抓住六十多名海盗送往广东，这些海盗可能都是旧阮操控的，阮光缵做出这种姿态，丝毫不能改变他是海盗幕后头头的事实。
但阮光缵讨好清廷的自作聪明的做法，引来了一系列灾难性的后果。许多海盗因此不再相信他，纷纷投降清政府，表示愿意配合清廷消灭海盗。
嘉庆七年（1802年）八月，阮福映打败了阮光缵，为了得到清廷的支持和册正，阮福映抓住海盗首领莫观扶等三人，送到广东正法。经过审讯得知，莫观扶等人本系内地盗犯，后来投靠了阮光缵，阮光缵封他们为总兵，让他们从事海上盗窃。
阮光缵政权覆灭后，海盗问题终于告一段落。新任的阮福映政权在嘉庆的软硬兼施之下，不敢再肆意妄为。