刚即位第一年，乾隆就效法父亲雍正秘密建储。
乾隆元年（1736年）七月初二，二十五岁的乾隆皇帝召集总理事务大臣和九卿到乾清宫西暖阁。当着大家的面，把亲笔书写的皇太子姓名秘密封好，藏在乾清宫最高处“正大光明”牌匾的后面。
大臣们只是见证人，并不知道皇太子是谁。当时乾隆有三个儿子，皇长子永璜八岁，皇二子永琏六岁，皇三子永璋一岁。都是小孩儿，看不出谁更聪明、谁更贤明。那就看他们母亲吧。永璜的生母是庶妃富察氏，永琏的生母是嫡妃富察氏，永璋的生母是庶妃苏佳氏。永琏的生母地位固然最高，但是大清国立储的原则从来不是立嫡，事实上清朝当上皇帝的都不是嫡长子。
皇太极是第八子，庶出；顺治是皇太极的第九子，庶出；康熙是顺治的第四子，庶出；雍正是康熙的第四子，庶出；乾隆是雍正的第五子，庶出。皇太极是凭借自己的实力，压倒政敌，当上皇帝；顺治是因为多尔衮和豪格两强相争，捡了渔翁的便宜；康熙则是因为受到了祖母孝庄皇太后的宠爱，当上皇帝；雍正是自强不息，参与争夺，最后权智高超，将皇位握在手中；至于乾隆，则是因为他的哥哥们太没出息，他本人能力突出，顺理成章当上皇帝。
康熙深受汉文化影响，在立储时曾经拼命想立嫡长子，可惜最后人算不如天算，心灰意冷之后，他没再立皇太子，所以搞得雍正即位非常尴尬。
雍正发明了秘密建储制度是基于康熙朝立储的困境，但秘密建储也有不完美的地方，对于秘密继承人来说，其中的秘辛只有当事人才知道。至少，乾隆体会是非常深刻的。因为秘密建储的最根本目的就是削夺太子的权力，所有皇子地位都是一样的。这样一来，很容易产生这样一个问题，就是被选定的那个人在当上皇帝之前没有特权，跟兄弟们平起平坐。结果他当上皇帝后，兄弟们难免适应不了，有时候会表现出对新皇帝的不尊重。
当皇子的日子是非常压抑的，乾隆感触很深。所以当他出头之后，决心废掉秘密建储制度，这可以理解，因为乾隆无法体会康熙的那种痛苦，所以乾隆的真实想法是像康熙那样立嫡长子，换句话说，就是重复历史。但是，作为雍正的儿子，如果一上来就废掉父亲引以为自豪的秘密建储制度，这无异于不孝，乾隆还不能这么做，但他公开表示秘密建储制度只不过是权宜之计，甚至不惜冒着父亲从九泉之下跳出来的风险，说秘密建储只是无胆无识的庸主所为，可见，乾隆当时有愤青气息。
当时，大臣们已经看出皇帝倾向于公开立储，但那时大家还看不出乾隆居然想模仿汉文化的嫡长子继承制。在汉文化的传统里，一定要立嫡子，即使不是嫡长子，也要求是皇后所生。这就是为什么朱棣篡位之后，不惜抛弃亲生母亲，将自己的生母说成是马皇后。如果没有这种制度文化，他有必要伤亲生母亲的心吗？朱元璋受这种影响更深，嫡长子死后他居然让嫡长孙继承，选一个嫡次子或者嫡三子也行啊，他一定要“嫡长”到底。
乾隆当时没有预料到皇帝跟太子之间是有矛盾和冲突的，若非亲历，可能很难体会，总认为到自己身上有办法化解，其他皇帝只是没处理好这个关系而已。如果是这样想，就错了，皇帝与太子的冲突是势力本身的冲突，跟父子关系没有太大联系。
皇帝是最高统治者，太子是未来储君。帝国的权力掌握在皇帝手中，但是太子是潜力股啊，许多在皇帝面前不得志的人肯定想到投资太子，就算太子不想结党，其周围也难免形成一个党派。对于太子党的人来说，如果皇帝刚立完太子就两脚一蹬，那就最好不过了，最少的投资可以换来最大最快的回报。可是，大多数时候，皇帝要活很多年，有的是十几年，有的是几十年。太子和他身边的人难免天天盼望皇帝死去，有这种想法，你说皇帝和太子还能和平共处吗？皇帝自然担心太子党谋害自己，而太子也会觉得皇帝猜忌自己，将来是不是有一天把自己给废掉？
互相猜忌之后，后果就是康熙朝发生的事情，康熙朝太子事件绝不是偶然的。
乾隆秘密立储之后，大臣们纷纷猜测谁是密定继承人，一般认为是皇长子和皇二子，但谁也不能断定究竟是谁。
直到乾隆三年（1738年），谜底才揭晓。皇二子永琏得了伤风，当时大家觉得是小感冒，也没在意。没想到，十天之后，永琏居然病逝了。乾隆闻讯，悲痛不已，痛哭流涕，将密诏公布出来，大家才知道密定人选是永琏。
乾隆选择永琏为继承人有两个理由，一是永琏为皇后嫡生，还有一个原因是雍正生前也似乎看好永琏，理由是永琏这名字就是雍正取的，大有让他连续帝国之意。
这道上谕发出来后，永璜和永璋非常受伤，他们终于明白自己在父皇心中的地位是次要的。如果乾隆这时候能够克制，不将密诏公布，而是等时机成熟再遴选一个合格的继承人，可能对永璜和永璋就不会有太大的打击。
永琏逝世后，乾隆很长时间没有再立太子。
乾隆十二年（1747年）十二月二十九日，正是除夕。就在全国人民沉浸在喜庆气氛之时，一个重大的噩耗再次降临在乾隆头上，皇七子永琮出痘而死，年仅一周岁零八个月。
这次，乾隆没有像第一次那样痛哭，但他还是公布了内心的秘密，也就是永琮是他内定的继承人。永琮是皇后所生的第二个儿子，这样一来大家知道了，原来这乾隆挑继承人只会从嫡子中选。
永琮夭折后，乾隆沉痛地说：“本来从来没有立元后嫡子继承大统的先例，朕打算走先人没有走过的路，求先人不能获取的福分，这是朕的错误啊！”
乾隆坚持要立嫡子，恐怕还是一种思想的偏见吧！在他看来，只有嫡子继承大统才功德完满。当然，乾隆的元配富察氏确实是一个母仪天下的皇后，富察氏的曾祖是大清的开国功臣，家世显赫。身为皇后，她不崇尚奢侈，反而非常节俭，喜欢用花草作饰品，不喜欢珠光宝气的东西。她将后宫管理得井井有条，连皇太后钮祜禄氏也对她赞扬有加，甚至对其他妃嫔生的孩子，富察氏也极为爱护。有这样一个贤惠的皇后，乾隆非常满意，赞扬说：“朕能够专心于国事，全赖皇后的帮助和支持。”
两个嫡子夭折，乾隆非常悲痛，欣慰的是，富察氏仍然年轻，身体也还好。正所谓，青山就在宫里，还怕没柴烧吗？富察氏，你一定要再接再厉，朕是不会改变立嫡决心的。
乾隆公开说过这话：“选择继承人第一考虑的要素是嫡出，而不是年长。在嫡子原则上是立嫡长，而不是嫡贤。”
两个儿子先后夭折对富察氏打击非常大，在乾隆十三年（1748年），她一病不起，溘然长逝。
对于富察氏之死，乾隆自然是痛不欲生，悲痛的还有很多人，但也有一些人非常高兴，譬如乾隆的长子永璜。永璜认为，皇后去世后，也就没有嫡子了，在所有兄弟中自己居长，皇位理当属于自己。永璋的想法跟永璜很接近，只是没有永璜那么快乐而已，毕竟永璜才是长子，估计皇后死了，也轮不到自己。但是，永璋对皇后之死漠不关心，这一点跟永璜倒是相似的。
两个皇子的心理应该说是正常的，可惜城府不深。
乾隆看到他们对皇后之死不哀且乐，将他们狠狠地臭骂了一顿。皇后丧期过后，乾隆对两人的愤怒不但没有平息，反而逐步升级。乾隆骂他们的行为不堪入目，如果将他们的不孝行为公之于众，在世人眼里他们简直是人渣（“伊尚可忝列人世乎？”）。
如果乾隆只是痛骂他们，事情还有挽回的余地，他们的政治前途还是未知。但乾隆彻底断了他们的前途：“大阿哥是长子，三阿哥也稍长，如果能够安分守己，至少也能做个贤王或者贝勒。可惜，你们怀有异心，不自量力，日后必定兄弟相残。”
说到这里，乾隆想起雍正年间兄弟相残的事件，突然变得歇斯底里，吼道：“与其将来让你的兄弟杀你们，不如朕现在就亲手解决你们！”
乾隆当然说的是气话，但是两个皇子早已吓得浑身发抖。乾隆的这番话不仅断送了两个皇子的政治前途，也给他们的人生蒙上了一层阴影，他们担心将来随时有可能被新君杀害。
永璜受此沉重打击后，很快就病倒了，最后一病不起。乾隆亲自过去探望，永璜流着泪说：“儿子不孝，不能送父皇。”乾隆也悲痛万分。不久，永璜去世了。乾隆知道，永璜之死自己是有责任的。
乾隆悲痛之余，追封永璜为定亲王，以亲王之礼安葬。随即对群臣下了一道死命令：“今后谁若提立储之事，立即正法。”