准噶尔的叛乱刚刚平定，回部又发生内乱。乾隆有的忙了。
回部是居住在新疆天山南部信奉伊斯兰教的维吾尔族，在当时，伊斯兰教又被称为回教，所以清朝称当地人为回部。回部与准噶尔邻近，长期受其奴役，准噶尔为了控制回部，将回部首领都弄到伊犁作人质。马罕木特是回部一个深得人心的首领，噶尔丹策零为了控制回部，将他软禁在伊犁。马罕木特死后，他的两个儿子大小和卓兄弟也被噶尔丹策零圈禁起来。
和卓在伊斯兰语里是“圣裔”的意思，也就是穆罕默德的后代，可惜在强大的武力面前，祖宗穆罕默德也帮不了他们。准噶尔对回部的欺压是非常没有人性的，回部种植的东西，不论是谷麦还是蔬菜，到了收割季节，先一分为二，一半归准噶尔，一半归回部，然后再从回民的另一半里征收十分之一。准噶尔派到回部的头目，所到之处，一定要用酒肉和妇女好好款待。
清军将回部民众从准噶尔的奴役中解救出来，长期受囚禁的大小和卓兄弟也获得了自由。乾隆对这两兄弟深表同情，想借助他们的威望和宗教影响力来安定回部民众，命大和卓管理叶尔羌回部，小和卓管理伊犁回教。
可惜，小和卓不但不知感恩图报，反而得寸进尺，想摆脱清廷，自立为王。小和卓不仅想自己单干，还怂恿大和卓跟自己一起摆脱清廷。乾隆二十二年，乾隆拿出少有的好脾气，派使者前来招抚这对反骨兄弟，然而这兄弟俩是铁了心要反，居然把乾隆的使者给干掉了。
乾隆气得吹胡子瞪眼，怒道：“决不能任由使臣被杀，一定要为他们报仇。”
乾隆任命雅尔哈善为靖逆将军，征讨大小和卓。说实话，乾隆实在低估了回部的力量，乾隆心想，不可一世的准噶尔都被我制服，昔日准噶尔的奴才居然敢跟我叫板，这不是找死也是找抽。雅尔哈善原本是文官出身，因为屠杀沙克都尔曼济受到乾隆赏识，其实乾隆也清楚，这个人并不擅长用兵，但他武断地认为，对付回部这些乌合之众，像雅尔哈善这样的人已经足够了，如果用像阿桂、兆惠这样的一流将军，反而是杀鸡用牛刀。
雅尔哈善率领一万八旗兵和绿营兵，一路打到回部北方重镇库车城下，将城池包围。然后，雅尔哈善作出诸葛亮羽扇纶巾的样子，整天和人下棋，也不出击，坐等大小和卓自动投诚。部将阿奇木建议他应尽快出击，因为敌人有两条路可以逃遁，但雅尔哈善根本不理睬，自信和卓两兄弟一定会送上门来。
终于有一天，雅尔哈善无法再淡定了，士兵听到城中有驼铃之声，告诉雅尔哈善，敌人可能正准备逃走。雅尔哈善仍然不相信，但是心里已经在打鼓，没法像以前那样羽扇纶巾悠闲下棋了。
两和卓在夜晚时分，从西门潜走，沿着北山口逃之夭夭。把守西门的顺德纳听到士兵报告认为夜晚不适合发兵，到了第二天白天才派兵去追，刻舟求剑的故事我们都知道，如果这时能追到敌人那就怪了。事后，雅尔哈善把责任全都推到顺德纳身上。乾隆将顺德纳革职，同时责备雅尔哈善也有责任，让他尽快攻下库车城，并追击大小和卓。
库车城依山而建，城坚墙厚，易守难攻。提督马得胜带着绿营兵挖地道，可惜过于急躁，被敌人发现，结果用干柴堵住地道，将六百多清军活活烧死。雅尔哈善再次把责任全部推给下属马得胜，写到这里，我们可以看到雅尔哈善是一个推卸责任的能手，一有问题就让别人来扛。乾隆让这样的人做主帅确属用人失当。
库车之战从五月打到八月，没有半点成效。雅尔哈善再次上奏弹劾他人，把战事进展不顺的责任全都往别人身上推。收到雅尔哈善的奏章，乾隆终于发作，痛斥雅尔哈善作为主帅，不但没有引咎自责，反而往别人身上泼脏水，完全没有主帅的样子。随后，乾隆让兆惠去军中，将雅尔哈善押到京城，最后雅尔哈善在京城被正法，正应了当初杀降不祥的预言。
兆惠再次担任了主帅，可惜兆惠还没到库车，回人已经放弃了库车城，退到萨克苏，等待他们的是一座空城。兆惠又挺军到萨克苏，回部许多小头目纷纷请降。听到回部许多部落受抚的消息，乾隆以为征讨回部将要马到功成，不需继续派遣援兵。兆惠带领四千兵士进攻萨克苏，没想到后面援兵中断，很快就陷入了困境。
兆惠在黑水营被数倍于己方的回兵围困三个月，与回军五次激战，双方都伤亡惨重，兆惠也几欲丧命。乾隆得知前方战况，紧急调拨援兵，终于，清军两路夹击，击败了大小和卓。
乾隆二十四年六月，兆惠和福德率领大军对大小和卓的大本营叶尔羌和喀什噶尔进剿。黑水营大败之后，大小和卓已经失去了作战的信心。而此时回部的人民早已对他们的统治不满，不想跟着他们一起沉沦。大小和卓于是胁迫几千回人跟自己一起逃亡，在逃亡途中受到清军无情的追击，大小和卓在逃亡的途中被巴达克山汗素勒坦沙擒获。素勒坦沙割下两人首级献给清廷，至此回部叛乱平定。
如果给乾隆这次武功评分的话，可以给个五分。小小的回部居然耗费两年才搞定，跟乾隆用人失误有很大关系。后来任命兆惠是对的，但中途停止增援又犯了大错，差点导致兆惠全军覆没。之所以给五分，是因为乾隆虽然犯了一系列错误，但毕竟知错能改。