领教了乾隆的“两手政策”（一手施恩，一手施威）之后，我们再来看看乾隆是如何对待民间那些秘密宗教的。对于皇帝来说，宗教只有两种，一种是正教，一种是邪教。所谓正教就是对统治有利，或者至少是无害的，所谓邪教则是祸害国家、危及社会稳定的宗教。
乾隆前期，天下虽然太平，但远远没有达到圣王统治下四海升平的境界，人民的反抗也一直没有消停过。这些反抗组织大多伪装成宗教形式，我们知道朱元璋就是依靠明教发家的，宗教是一种很有煽动性的组织，对乾纲独断的乾隆来说，这是需要格外警惕的。
当时，比较流行的地下宗教有大乘教、罗教、宏阳教、收元教、长生道等，这些地下教派跟白莲教和明教有许多相似之处，组织严密，主张偏激，带有浓重的神秘色彩。其中，以大乘教的传播最为广泛，这个大乘教跟佛经原义中的大乘教完全是两码事。
乾隆十一年三月，贵州总督张广泗密奏乾隆，妖人张保太的党徒流入贵州、四川，请求下令缉拿。张保太是云南大理鸡足山人，大乘教的创始人。康熙年间，张保太就开始在鸡足山上传教，自取法名“道岸”。康熙二十年，张保太创立大乘教，自称“西来教主”。张保太创立大乘教的时候，正值平定三藩之后，当时中原百姓饱受战乱之苦，纷纷渴望“明主”出现，所以说张保太从创教开始就是不怀好意的。
作为一个教主，张保太是成功的，他很快就把大乘教“发扬光大”，全国各地都有信徒。终于，他引起了雍正的注意。雍正八年，张保太被逮捕，本来是准备把张保太等人处以绞刑的。后来乾隆登基，天下大赦，张保太悔罪回乡，继续在暗地里从事传教活动。
乾隆六年，张保太西去，教主的职位由继子张晓接掌。不过，张保太的再传弟子刘奇能力更强，很快就取代张晓成为教主。刘奇当上教主后，以云南、贵州、四川为大本营，开始向全国蔓延渗透，由此形成了一个庞大的组织。
张广泗上奏之时正逢大乘教呈燎原之势，这个奏章引起了乾隆高度的重视，他批示张广泗，对这种事一定要严惩不贷，尽快抓住祸首，永除祸患，胁从的人不要追究。
随后，乾隆下了九道谕旨，指示云南、贵州、四川、江苏、直隶、湖广、江南、江西、山西等地通缉大乘教的大小首领。云南总督张允随首先发力，逮捕了张晓和刘奇的徒弟刘钧、杨声等六个重要的人犯，张晓和刘钧被凌迟处死，杨声斩立决。
张广泗是取缔大乘教的发起人，办事更为卖力，他缉拿了张保太的弟弟张二郎。通过审讯从张二郎的口中得知大乘教的聚会时间和地点，结果将大乘教的一些重要人物一网打尽，逮住了贵州大乘教的首领魏明琏。张广泗接着对魏明琏进行审问，得到了大乘教内部信息以及各地掌教人的资料。随后，张广泗上奏，其他的人都好抓，只有一个叫朱牛八的首领很难通缉，因为朱牛八显然不是真实姓名，牛八合起来是个朱，这个名字隐含着怀念朱明的深意，似有反清复明之意。
当时，朱牛八是一个非常神秘的人，朝中没人知道他的真实身份。大乘教可以算是白莲教的分支，而朱牛八似乎是白莲教的首领，在邪教的宣传中提到：“清朝气数已尽，四方正佛出自王门。胡人灭亡之后，何人登基？牛八原来是土星。”直接指明朱牛八是未来的皇帝。
朱牛八的线索一度中断，直到有一天，一个教徒来到四川巡抚衙门口，案情才有了突破。根据教徒胡恒的口供，朱牛八是贵州罗贡生家里的女婿。张广泗立即展开缉拿，可惜没有抓到此人，更蹊跷的是根据胡恒提供的信息，贵州仁怀县安罗里虽然有一家姓罗的，但这个人不是什么贡生，而且在这一带根本没有传教的痕迹。
四川巡抚纪山由于追查大乘教不力，多次受到乾隆的责骂，乾隆甚至骂自己没有知人之明，让纪山很没面子。其实，纪山也不是完全没有收获，在四川时抓住了大乘教骨干129人，只是一些首领没有被抓住。后来，纪山加大追查力度，抓住了首领李奇和苏君贤。
各省搜捕大乘教都取得了丰硕的成果，值得一提的是北京的情况。北京虽然贵为帝都，大乘教的活动却非常猖獗，首领是一个叫吕斋婆的人。四川巡抚纪山审问刘奇时，刘奇不知道吕斋婆的情况。湖广总督审问金友瑞，他也不知道吕斋婆的下落。吕斋婆的女婿张天序在贵州被抓获，但也没有供出吕斋婆的下落。
这场全国范围内的血腥大捕杀持续了近九个月，一些主要案犯纷纷被缉拿归案，一一正法。虽然像朱牛八和吕斋婆这样神秘的人物逃脱法网，但已经兴不起什么风浪了。
乾隆十一年十一月，乾隆宣布结案，所有邪书收缴焚毁。