雍正四年四月，鄂尔泰兵分三路，进攻长寨，一路途经谷隆，一路途经焦山，一路途经马洛孔。随后，鄂尔泰亲自来到贵州，到长寨等地巡视。
长寨等地是苗疆的心腹地带，这里的土司尤其猖狂。夏天，官兵们焚烧敌对土司的寨子，可是没有抓到他们的首领。副将刘业浚作战犹豫，迟疑不前，贻误战机。鄂尔泰便任命总兵石礼哈前去搜剿，石礼哈大获全胜，歼灭了敌人的首从，缴获弓弩四千五百多张，毒箭三万多支，铠甲和牲畜更是不计其数。
鄂尔泰便在这里设置参将营，扼守这一带的险要。鄂尔泰还在这里设立了保甲，推行保甲法。接着，鄂尔泰趁着余猛未歇，又在广顺、定番等地招抚了六百八十多个寨子。不久，在永宁、永丰、安顺等地招抚了一千三百九十八个苗寨。贵州西、北、南三面的局势逐渐稳定了下来，鄂尔泰便集中兵力向东面的苗岭山脉和清江、都江流域进攻。
根据鄂尔泰的说法，这里的苗患更甚于土司，对这里的苗人，连贵州土司都钳制不了。苗人地盘蔓延几千里，在这里盘踞着一千三百多个苗寨，古州在其正中间。
六年，鄂尔泰推荐贵州按察使张广泗率兵剿匪。张广泗是个实干型人才，他带兵深入古州地区和古州江流域，雷山县地区、九股河上游地区以及丹寨县等地区，也都被张广泗给降服了。张广泗拿下这些地盘后，在这里设置了厅县，安排了同知等官员处理民事，并在各地驻设官兵。
古州和台拱等地设置流官之后，土司的势力依然不可小觑，还没平定多久，苗人几次想暴动。雍正觉得，苗人如此不安分，一定是缺少教化，便安排几个大官到贵州去训导，可惜没有任何效果。
第二年，古州和台拱还是发生了叛乱。叛乱者以古州和台拱为中心，攻陷黄平，洗劫凯里，围困丹江厅，气势汹汹。雍正命哈元生为扬威将军，董芳为副将军，领兵剿匪。七月，雍正命刑部尚书张照为总理苗疆事务大臣，还让允礼、弘历、弘昼、鄂尔泰、张廷玉等人协助张照处理苗疆事务。
张照到任之后，反对鄂尔泰的改土归流政策，密奏雍正，改变改土归流政策，放弃苗疆，所谓放弃不是允许其独立，只是说不插手苗疆的内部事务。张照还拉拢哈元生一起弹劾鄂尔泰，哈元生是鄂尔泰一手提拔起来，不愿做这种忘恩负义的事情。张照转而拉拢董芳，不断在雍正面前夸奖董芳，诋毁哈元生。
张照是才名满天下的大学士，对军事一窍不通，他来到苗疆后，整天就想怎么搞垮鄂尔泰，心思很少用到正事上面来。在张照的理论轰炸下，雍正逐渐对改土归流的政策产生了动摇，到后来，他已经完全相信了张照的话，认为改土归流不是一个好政策。
乾隆即位后，罢免张照，重用张广泗，最终完成了改土归流的改革。
云南的土司也相当猖狂，乌蒙、镇雄、东川三个土府地域辽阔，土司势力强悍。这三个府以前都属于云南，朱元璋收取天下后，将这三府划归四川。明朝曾经打算在镇雄实行改土归流政策，后来因为当地的土司陇氏反对而作罢。康熙三十一年，清政府也准备对东川实行改土归流，但由于撼不动土司的利益，改革徒劳无功，流于形式。
雍正四年三月二十日，鄂尔泰建议雍正将东川再次划归云南，得到雍正的同意。雍正让总兵刘起元驻扎在东川，随后鄂尔泰奏请马龙州知州担任新任的流官知府。就这样，在东川成功地实行了改土归流，无非是增加了两种东西，一个是军队，一个是衙门。
接下来轮到乌蒙和镇雄了，乌蒙的土司是禄万钟，镇雄的土司是陇庆侯，两个人年纪都比较小，所以真正的权力掌握在他们的叔叔禄鼎坤和陇联星手中。鄂尔泰让刘起元招降禄鼎坤，禄鼎坤被招降后，禄万钟邀请陇联星一起攻打禄鼎坤。鄂尔泰遂派哈元生支援禄鼎坤，接连攻破关隘，禄万钟败退到镇雄。鄂尔泰又招降陇联星，陇联星投降后，禄万钟和陇庆侯等人逃到四川，后来也投降了。
就这样，乌蒙和镇雄也实行改土归流政策，哈元生因为屡建战功，很快就升为云南提督。
当然，在改土归流的过程中，叛乱是家常便饭，但也没有能阻止新政策的步伐。从雍正四年到雍正去世，接近十年的时间，基本上在云南、贵州、广西、四川、湖南、湖北六省完成了改土归流改革。