说到朱三太子，让我们还是回到明朝亡国崇祯自杀的那天。
闻知李自成大军进城，崇祯知道国破家亡的时刻到了，为了防止家人受辱，他让妃嫔和女儿们自杀，其中有一个女儿怕死，崇祯亲自用刀去砍她，砍断了她手臂，但她还是跑了。但是崇祯对三个儿子却不是这样的。崇祯一共有七个儿子，其中二子、六子、七子都早殇。
三个儿子分别是太子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈照。城破之时，崇祯叫来三个儿子，对他们说：“贼军已经攻进来了，你们现在是皇子，以后就是平民百姓了，各自逃命吧！如果你们活下去，不要忘了社稷父母大仇。”
说完，崇祯就赶他们出宫。这三个皇子出逃后，除了太子被李自成捉住后，其他人都不知所踪，就连太子后来也神秘失踪。这三个皇子就像阴魂一直缠绕在清朝统治者的心头。
在多尔衮执政时期，曾经出现过南北太子案。没想到在康熙朝的时候，居然出现了个朱三太子。
这个朱三太子可能是指定王朱慈炯，但是时隔这么久，没有人能证实朱三太子的身份。朝廷曾经多次捉住了“朱三太子”，但也无法辨出真假。
吴三桂起兵造反后，在京城突然出现了朱三太子，这事实上只是一个旗号，这些人聚集在周公直的家中商讨起义事宜。头领是一个叫杨起隆的人，这个人的底细我们不清楚，可能是类似于陈胜吴广那样的人。杨起隆这个人还是比较有胆略的，他利用白莲教为掩护，积极发展起义队伍。
他自称是朱三太子，甚至连年号都提出来了——广德，起义者头裹白巾，腰缠红带，他们约好时间，决定在京城内放火起事。
不过，杨起隆起义的秘密当晚就被人泄露出去。由于官府当夜抓人，情急之下，杨起隆决定立刻起义。起义者拿出刀剑和藤甲，举着火把，开始上街。清军看到了，立即向兵部尚书明珠报告。都统图海率军包围了周府。杨起隆带领义军杀出重围，杀出一条血路后杨起隆身边只剩下六骑，他的妻子马氏被捉住。
皇帝眼皮底下发生这种事情，可想而知康熙的愤怒。为了抓住这个所谓的朱三太子，康熙下令关闭京城九门，进行血腥抓捕。两百多名起义者先后被杀，有人密告杨起隆还没有逃远，还躲在京城。杨起隆这人仿佛有通天之术，康熙始终没有抓到他。时间久了，康熙认为杨起隆已经逃出京城，便下令全国通缉。就在这时，杨起隆又悄悄地回京，贯彻那句最危险的地方就是最安全的地方的箴言。康熙二十二年，杨起隆出现在金玉相的家中。然而，杨起隆非常警惕，他意识到有人告密后，立刻逃离了。官府来了以后，又扑了一场空。
从此以后，再也没有杨起隆的消息，他好像人间蒸发了。
整个三藩动乱期间，朱三太子层出不穷，在陕西一带也捉住了一个朱三太子。这个人自称是杨起隆，原名朱次门。刑部官员把他押到大堂上，让杨起隆的妻子和同伙们辨认，没人认识这个人。后来才知道，这个人不但不是朱三太子，也不是杨起隆，不过是一个八旗逃人，曾经加入杨起隆的队伍，托名造反。
康熙十六年，福建也出现了一个朱三太子，纠集一些海上兵力，个个裹着白头巾，和郑经的军队一起打清兵。康熙十八年，安亲王岳乐在湖南也抓住了一个朱三太子。这个人自称朱慈炯，最后也被认定是冒牌货。
看来乱世之中，许多平民百姓都想过一下太子瘾。
康熙三十八年（1699年），第三次南巡中，康熙来到明太祖朱元璋的孝陵祭奠，虽然打败了朱元璋的子孙，但康熙对这个铁血帝王还是尊敬的。看到陵墓倾颓，康熙让曹寅等人修葺了孝陵，此行中，康熙感慨道：“朕想找到明朝后裔，授予他们职衔，让他们世代守护着祖宗陵墓。”
没人知道康熙这话是不是发自真心，很多人怀疑他是引诱明朝后裔上钩，明朝后裔没有任何反应，没人会冒着生命危险来找康熙要一顶乌纱帽。
就在康熙放弃希望的时候，苏州的李煦给了他一个密折，在浙江发现了一群人打着朱三太子的旗号作乱。康熙让官府行动，抓住了抗清志士张念一，在审问张念一的过程中发现了朱三太子的下落，看来这个张念一终究不是夏明翰，抗清归抗清，志士还称不上。最终，在山东汶上县捉住了朱三太子。
这个朱三太子似乎是真的，根据他自己的交代，他叫朱慈焕，是明朝后裔，崇祯的第五个儿子，曾经落入李自成手中，后来飘零到南方，在老家凤阳投靠了一个姓王的乡绅，然后跟着他姓王。随后，他又出家为僧，以王士元的身份进入浙江余姚县胡家。介绍了自己的出身后，朱三太子反复强调说自己从来都没有跟清廷作对的意思。
朱三太子还说了自己的苦衷，自己一方面要躲避清军的搜捕，另一方面还得躲避那些心怀叵测之人，所谓心怀叵测之人是想借着朱三太子的名号造反的人。
朱慈焕曾经被几拨人拥戴过，但是他很害怕也很为难，所以，他后来就开始东躲西藏，尽量不让这些人找到。由于长期流亡，官府追逼，他的妻妾、女儿和大儿媳都上吊自杀，三个儿子和孙子也进了监狱。他独自逃跑后，化名张用观，到山东汶上县教书。
在这事上，康熙非常狠，让朱慈焕祖孙三代七人进京，然后传明末老太监来辨认，老太监认不出来，康熙认定他为假冒，下令凌迟处死，子孙斩首。
这个人是不是假冒没人知道，但他是个老实本分的人，年纪已经七十五，一再表示要谢清朝三大恩：灭掉流寇，报了父仇；对于我朝子孙，从不杀害；皇帝还赏脸祭奠了太祖陵。可惜，康熙并没有手下留情。
这个朱三太子很有可能是真的，但是真是假，对于清廷似乎并不重要。就像刑部官员说的：“朱某虽然没有谋反之事，但未尝没有谋反之心，应该处决，以息混乱。”刑部官员的话说出了统治者的心里话。
康熙六十年（1721年），又出现了朱三太子起义，起义者是台湾的朱一贵，他自称明朝后裔，儿子叫朱三太子。其实，这时候朱三太子早已不是指某个人了，而变成了一种符号，象征老百姓对故明的思念。
直到雍正的时候，还有人自称明朝后裔，准备起义。对此，雍正不无感慨地说：“以前改朝换代，前朝的宗姓大多臣服于后朝，即便不臣服，也会退隐山林，隐姓埋名，从来没有像本朝这样，有这么多刁民诈称宗室后代，蛊惑人心借机起事。”
在雍正期间也爆发了好几起朱三太子案，雍正之后，朱三太子才销声匿迹。