众所周知，康熙是按照儒家的理想治国的。康熙一直奉儒家学说为正统思想，但是对佛教、道教和天主教也采取了包容的态度。
在康熙一朝，怪力乱神的事情很少见，但是还是出现了一个值得一提的案子：妖人案。
这个案子因为语焉不详疑云丛生，又增加了几分神秘，成为清初又一个悬案。
乾隆年间的历史学家蒋良骥在《东华录》中对此事有记载，里面说九卿中很多大臣，包括王鸿绪在内上疏参劾楚人朱方旦，说这个朱方旦自号二眉道人，以修炼为名，行欺世盗名之实。这个道人有很多信徒，经常自吹古人所谓的圣贤者就是得道之人，道在哪里呢？道人说，就在我的两眉之间，所以朱方旦又自称二眉道人。这个道人的信徒把他比作继孔子后两千年来最伟大的圣人。
在正史中是这样记载的：康熙二十一年二月初五，康熙在乾清门听政，大臣们捧着文书，向康熙奏道：“根据宗人府提供的材料，前革职将军勒尔锦赋闲在家的时候结交江湖术士朱方旦，并赠送朱方旦‘至人里’和‘圣人堂’的匾额。此外，前湖北巡抚张朝珍也给朱方旦送过‘圣教帝师’的匾额……”
康熙听完后，并无多大的反应，只说：“这件事不用查了，朕早已知道，赠匾之事确实属实。勒尔锦在锦州带兵的时候，朕就知道这事了，而且朕早已嘱咐勒尔锦，朱方旦是个狂妄小人，遇上军机大事万万不要听从他的意见。朕也记得张朝珍曾经对钦差大臣说朱方旦是一个神奇的人，应该跟他见见。张朝珍曾经在衙门里隆重接待过朱方旦，这些事情朕都很清楚……”
一段时间后，审判出来了：勒尔锦拘禁，张朝珍因为病故，无法追究，但革去世职；朱方旦及其亲传弟子俱斩首。
官方的记载就这么多，事情的真相又是怎样的呢？
朱方旦是楚人，这里盛产巫术和民间迷信。清官张伯行是一个大学问家，他记载朱方旦善于“修养练气”，朱方旦自称懂得奇术，能够预知吉凶。民间传言他的法术非常灵验，很多公卿和百姓都很相信他。
朱方旦的信徒相当多，从湖广到江浙，到处是他“歪理邪说”的足迹。据说他光临一个地方，连封疆大吏都跪地相迎。
如果朱方旦是一个骗子的话，偏偏他的文化水平也相当高，还出了一本《中说补》的书，这其实是一部关于中医和气功的书。由此可见，这人多少还是有些水平的，不是纯粹的江湖骗子。
朱方旦神秘的地方还不止于此。他曾经触犯过刑法，当年湖广巡抚董国兴把他押送到京师。刑部讨论后准备问斩，朱方旦已经被送到法场去了，忽然太皇太后的懿旨到了，要求释放朱方旦。
就这样，朱方旦被召到宫中，在迷信神神鬼鬼这些事情上，孝庄跟慈禧有类似的地方。她很宠朱方旦，问他事情，朱方旦居然能够屡屡说中。这样一来，朱方旦红遍紫禁城，王公贵族大都奉他为活神仙。朱方旦实在是太红了，红到他自己都觉得忙不过来，累得受不了。于是，请求康熙让自己回乡修道。康熙也批准了。
回到湖北没多久，三藩叛乱，湖北一带已经乱了。朱方旦投到顺承郡王勒尔锦的门下，勒尔锦对他非常推崇。后来，湖北巡抚张朝珍也听说了朱方旦，了解后，又对朱方旦五体投地。勒尔锦失势后，朱方旦失去了靠山，自谋生路，到江浙一带传道。
这样一个人在那个迷信的年代很容易被妖魔化，民间的传说不断地丰富着朱方旦的形象，丰富过头了，其人的真实面目就逐渐走样。孟森在《朱方旦案》中写道：“历史稍久，则传闻失实，语多怪诞，不可究诘矣。”
在乾嘉时期文人随笔中，朱方旦被描述成任我行那样的人，他羽翼丰满之后，企图带领信徒去龙虎山阴谋篡夺张真人的权，这些笔记还把朱方旦的妻子描述成狐妖。甚至说，朱方旦想攻打龙虎山是受了狐妖的怂恿。最后，张天师用计除掉了这个狐妖，朱方旦从此一路下坡，走向了穷途末路。
这些笔记的记载毫无疑问不是真实的，但确实说明了一个问题，朱方旦在民间的影响力很大，这才是朱方旦被清廷恼恨的真正原因。
清廷究竟给朱方旦治了哪些罪呢？
首先是思想罪，朱方旦传播了异端思想，违背了圣人之道。朱方旦提出了哪些异端的思想呢？首先他提出了思维在脑，这个观念比较现代，可能跟朱方旦的从医经验有关，也有可能朱方旦接触了一些西方传教士传播过来的科学知识。在中国传统思想里，主管人思维的器官是心脏，这对传统的儒家学说是一种冲击，统治者对此很快就感觉到了。
西方传教士南怀仁也曾经提出过人的思维、知识不在心里，而在大脑中。这种学说受到了一些守旧大臣的驳斥，康熙勒令南怀仁烧掉异端书籍。
朱方旦第二个罪名是以下犯上，朱方旦不过是一介平民，却自比圣人，把自己抬到跟皇帝差不多的位置，这分明是对皇帝大不敬。
朱方旦第三个罪名是诬蔑圣贤，朱方旦的弟子公然叫嚣孔子思想已经过时，朱方旦是新时代的圣人。这在儒家思想占据统治地位的时代绝对是大逆不道的。
朱方旦的第四个罪名才是影响社会稳定。由于朱方旦常年活跃在民间，聚集了众多信徒，这对于当时的社会来说，是非常不安定的因素。在统治者眼里，朱方旦的这个组织很容易发展成流寇，明教和白莲教就是最好的例子。
不过，有一个事实必须说明，朱方旦只是影响了社会安定，并没有破坏社会安定，换句话说，朱方旦从来没有组织任何形式的起义。
王鸿绪为了让康熙下定决心拿掉朱方旦，故意将朱方旦跟黄巾军的领袖张角和元末的明教领导人刘福通相提并论，说这个朱方旦心怀鬼胎，现在不除，日后恐怕会酿成巨祸。
然而，让人吃惊的是在清宫的秘密档案中，我们发现了康熙的另一面：原来康熙也包养民间术士。这下我们就释然了，如果康熙真的对道术非常排斥，朱方旦也不可能发展成那么大的声势。
康熙跟他的父亲不太一样，从正史中，我们很难看到他对佛教、道教特别感兴趣，包括耶稣教。这可能跟康熙所受的教育有关，康熙十二年，他在弘德殿讲经的时候曾经提到过道教。当时熊赐履就进言说：“自古以来，圣主明君就没有沉溺释道的，即使有这样的皇帝，像秦始皇、梁武帝，最后也是贻笑千古，只要沉溺释道，便会损伤君德啊！希望皇上能够引以为戒。”
康熙对此表示赞同，说道：“这是正确的言论啊，朕一定会牢记在心。”
后来，康熙又对熊赐履说：“朕生来就不喜欢仙佛，所以你让朕远离异端邪说，崇尚正学，朕一听便心领神会，绝无动摇。”
康熙十一年（1672年）二月，康熙陪孝庄前往赤城泡温泉。一天，康熙前去太皇太后行宫问安，回来的时候忽然看见路旁跪着一个道士，康熙很奇怪，便让明珠去询问。道士叩头说：“我是金阁山上灵真观里的道士，恰逢圣主来这附近，希望皇上能够赏赐给我们一面锦旗，并给小观赐个名号。”
如果是一般的皇帝，可能就答应了，不就一个名号吗？但康熙很严肃，他对臣子们说：“这个道士不是个好东西，妄求朕给他赐号，然后愚弄老百姓。”
康熙拒绝了那个道人，随后便下谕：“朕亲政以来，像这种请求给道观寺庙赐号的行为，一概不准。历史上喜好佛教和道教的皇帝，没几个得到好处，反而会受损。梁武帝嗜好佛教，不住在宫里，反而住在寺庙里，结果怎么样呢？竟然饿死在台城。宋徽宗喜好道术，结果呢？父子都成了金人的俘虏。这就是古人的教训啊！真正的道士应该清静无为，修养身心，干嘛要请朕赐号呢？有名无实算什么真道士？像这种贪婪的道士本来应该给他个教训，现在谅他初犯，朕就不跟他计较。以后再发生这种事情，绝不饶恕。”
从这些正史中，我们可以看到，康熙这个人是不信怪力乱神的。让我们还是揭开历史的帷幕，看看康熙另一面吧。
根据清宫档案，康熙甚至让手下秘密招募术士。事情经过大概是这样的：在康熙晚年，策妄阿拉布坦发兵入藏，康熙派遣部队镇压，结果远征军全军覆没，天下震惊。清廷从此把入藏看成是危险之旅，康熙为了振作士气，让人寻访一些会“法术”的道士在军中。有一个叫李庆安的道士到了前线，施展了一些法术，奇怪的是，还真的挺灵验，连前线的将军也上奏说这个人确实有真本领会法术。
李庆安也是一个非常狂的道士，他曾经对康熙夸下海口：“不用大军，只要给我几百人，让我训练，我亲自率领，就可以剿灭策妄阿拉布坦。”
对于这些东西，康熙本着宁可信其有不可信其无的原则，甚至让前线将军严守机密，千万不可泄露。
康熙对李道士非常器重，授予他密奏的特权，还专门给他一个特殊的奏匣，看到这种匣子就知道是李道士的密奏了。
除了行军用术士，在养生这块，康熙也秘密招揽了一些江湖术士，修习气功养生之道。康熙曾经收到一封密折，密折中提到民间有一个王真人，这个人静养的功夫出神入化。康熙很好奇，让人去请这个人。
密使回报说：“王真人练的是先天贯通三教的套路，没有勉强造作的劳苦，纯粹以自然无为存神顺化为根本，似乎是一个真正的真人。但他说口诀不能轻易传，需要皇上下圣旨，才能传。王真人说，有慧根的人很快就入道，资质中等的需要十来天，资质下等的也只要个把来月。我们细查他的言行，考察他的举止，确信这个人有真功夫。只不过因人资质不同，需要试了才知道。”
康熙批道：“知道了。王真人的真传，朕会留心的，但有些犹豫。朕政务繁多，担心入道之后，误了正事，你们找两个人先试试，看看情况如何。”
后来，两个太监练这个功夫，感觉效果还不错，刚开始时眼前一片空明境界，过了一段时间觉得有大片黑色和黄色的气体在交战，此时腹中有暖气升起，然后纯黄色的暖气竟然源源不断；几个时辰后，身心仿佛进入了晦冥状态，似睡非睡，但又明朗如初，这就是道教中的杳冥境界。
我们不知道康熙有没有练这套功法，但是很显然，康熙并不像外界所认为的那样，对道佛之事完全不感冒。