西藏上空风云变幻，准噶尔首领策妄阿拉布坦对西藏窥伺已久，他感到夺取权力的机会到了。
早在康熙四十五年（1706年），策妄阿拉布坦就试探性地邀请仓央嘉措到准噶尔来讲学，遭到拉藏汗的拒绝。为了消除拉藏汗的戒心，他又改变政策，与拉藏汗和亲。康熙五十三年（1714年），策旺阿拉布坦和拉藏汗结为儿女亲家，与此同时，他又积极联络西藏的反对势力，密谋推翻拉藏汗的统治。
康熙五十五年（1716年）十一月，策妄阿拉布坦派堂弟策零敦多布以护送女婿噶尔丹丹衷（拉藏汗的儿子）夫妇回藏省亲为借口，秘密组织了一支六千人的军队向西藏进发。此外，策旺阿拉布坦还组织了三百人，对格桑嘉措所在的青海塔尔寺进行突然袭击，计划抢夺格桑嘉措，然后护送格桑嘉措进入布达拉宫。
策零敦多布不走寻常路，选择了一条极为隐蔽的路线。他从南疆和田出发，翻越巍峨的昆仑山脉，再途经阿里，抵达藏北的那曲。这条路线非常艰险，海拔很高，一路上人烟稀少，之所以选择这条路有两个原因，既能避免被清军发现，又能出其不意攻击拉藏汗。
当这支部队出现的时候，完全出乎拉藏汗的意料。在藏北纳木错湖畔，拉藏汗匆匆和敌人展开战斗，但这一切出乎拉藏汗的意料，他始终觉得和谈是可能的，因此贻误了战机。再加上准噶尔军队事先已经对西藏内部进行了分裂瓦解，拉藏汗的军队很快就被打败。随即，准噶尔军队包围了布达拉宫，杀死拉藏汗，囚禁了伊喜嘉措。
准噶尔军控制西藏后，开始进行了一系列的屠杀和劫掠，非黄教的寺庙被摧毁的有五百多所。
由于西藏地方遥远，康熙很晚才得知这个消息。他立即派遣满族将领额伦特和蒙古族将领色楞去征讨，两人统帅七千人，从青海出发。色楞率领先锋部队侦查，额伦特带主力尾随。不过，这次出征因为准备不充分，而且两个将领脾气不和，在到达藏北那曲一带时遭到准噶尔军队的袭击，清军大败，额伦特战死。这次失败的主要责任还在于色楞，色楞有勇无谋，轻敌冒进，他带着先锋部队进入敌人埋伏圈后，看到敌人后退，不知是计，拼命追赶，结果让全军都深陷泥潭，再加上粮草也被敌军切断，结果全军覆没，色楞本人也阵亡。
准噶尔取得了这次胜利，非常得意，他们继续向东进军，打算和清廷争夺巴塘、里塘等地，甚至企图进犯青海、云南。
清军失败的消息传到朝廷后，大家熟悉的场面又出现了，王公大臣们纷纷说西藏偏远，地形险恶，不宜出兵；康熙却力排众议，认为如果不出兵西藏，边境将不堪设想，所以必须出兵。当然，在出兵之前，康熙要总结上次失败的原因，在康熙看来，失败的原因就是不够重视，准备不足，派出的兵力不够多。
这次，康熙任命皇十四子固山贝子胤祯为抚远大将军，统领三路大军开赴前线，号称三十六万大军，实际数目可能也就五六万人。
为了孤立准噶尔，康熙还进行了政治工作，争取青海蒙古王公的支持。
康熙五十七年（1718年）十月，康熙提拔四川巡抚年羹尧为四川总督，康熙的目的是让年羹尧开辟由四川进军西藏的路线，能够保证各路兵马随时开入西藏，让西藏断掉天高皇帝远的念头。年羹尧上任之后，不负所望，在成都驻兵，并设立驿站。康熙还让大臣带领满洲兵一千人、蒙古兵一千人、吐蕃兵两千人、绿营步骑兵各一千人，护送新达赖入西藏，所有这些事情都由年羹尧总理。
虽然康熙很积极地备战，务求胜利，但是大臣们还是很担心，实际情况正如康熙所料，清军所向披靡。准噶尔军队根本就没有做出有效的抵抗，其时，藏人早就对准噶尔部不满，准噶尔军队在西藏的残暴行径引起了藏人的不满。清军进入拉萨后，藏人普遍表示欢迎。
清军进入拉萨这天是九月十五日，拉萨上空晴朗无云，满汉大臣、蒙古各部落的首领、西藏的喇嘛贵族纷纷欢迎清军，然后在布达拉宫为格桑嘉措举行隆重的坐床典礼。
根据《清圣祖实录》的记载：“喇嘛人等感激圣主再造弘恩，罔不踊跃欢欣，男女老幼襁负来迎。见我大兵，群拥环绕，鼓奏各种乐器……”
清军护送达赖入藏，由此赢得了藏族人民的欢迎，充分体现了康熙处理民族问题的高明手段。
接下来，康熙要做的是重建西藏的行政机构。
康熙让清军统帅延信将军先成立临时的军政府，军政府的主要责任是清除准噶尔分裂势力的余孽，并打击准噶尔的支持者。对于那些违法作乱的喇嘛也丝毫不留情面，该杀的杀，该囚禁的囚禁。
到康熙六十年（1721年），终于完成了西藏政府的改组工作。康熙废黜了西藏地方政府中的第巴一职，改设多名噶伦共同负责行政工作，这是康熙为了促进西藏稳定而实行的分权制度。刚开始的时候封了三名噶伦，这三名噶伦都是当地人，但是都非常忠于清廷。康熙既采用了藏人治藏的方法，又直接控制了西藏的地方政府，一举两得。
在蒙古王、众贝勒、台吉和酋长们的请求下，康熙允许他们在拉萨为自己建立丰碑，永垂不朽。随后，清军在拉萨留下三千人的驻藏军队，为了保持对西藏的有效控制，清政府还在西藏周边驻留军队。西藏如果出现动乱，这些军队会第一时间赶到，这无疑维护了西藏的稳定。
由于康熙的雄才大略，结束了蒙古部落对西藏的控制权，西藏再次进入中央政府的管辖之下。