康熙三十五年（1696年），清军在昭莫多打败噶尔丹。在缴获的物品中，康熙发现了桑结嘉措和噶尔丹交往的文书，此外，还从投降的战俘中得知五世达赖早已圆寂。
八月，康熙派人持敕书到西藏，揭露桑结嘉措勾结噶尔丹、欺骗朝廷的罪行。使者来到后，要桑结嘉措就以下四个问题作出答复：
一、五世达赖早已去世，为何不向皇帝报告？秘不发丧到底是什么意思？
二、为何要跟噶尔丹狼狈为奸，帮助噶尔丹搞分裂活动？济隆活佛为何不但不阻止噶尔丹，反而为噶尔丹诵经助威？噶尔丹战败后，济隆活佛为何用缓兵之计让他逃走？应立刻将济隆活佛送到北京来。
三、五世达赖圆寂后，为什么不让五世班禅主持事务呢？清廷邀请五世班禅进京时，为何恐吓班禅说：“你这么做的话，噶尔丹将会击杀你。”请立刻让班禅主持政务，并让班禅进京朝觐。
四、立刻将嫁给青海和硕特部的噶尔丹女儿送到北京来。
康熙在诏书中毫不客气地表示，如果没有给上述问题一个圆满的答复，将立即发兵进攻西藏。软硬兼施是康熙的看家本领，在处理各种问题上他做得游刃有余，随心所欲不逾矩。
桑结嘉措针对康熙的强硬，不敢不给出答复：
一、五世达赖圆寂已经十六年，当时情况紧急，时运艰难，为了防止西藏地区发生动乱，所以才秘不发丧。现在六世达赖已经十五岁了，我们将在康熙三十六年为他举行坐床典礼，恳请皇帝在此之前对此事保密。
二、济隆活佛确实有罪，我们已经革去他的职位，并抄没他的家产。我们一定会遵旨将他送到北京的，还望皇帝开恩，不要杀了他。
三、五世班禅没有赴京不是因为那个原因，只是你们派出的使者说出了一些恫吓的言语，所以才没去的。关于班禅何日赴京，我们一定会详加讨论的，到时给皇帝一个圆满的答复。
四、噶尔丹的女儿是在噶尔丹攻打喀尔喀之前嫁给博硕克图济农的儿子，他们结婚前噶尔丹还是一个很老实的人，所以他的女儿实在是无辜的，希望皇帝不要拆散他们，以免妻离子散，多不和好。
康熙毕竟是一个明君，虽然他对桑结嘉措很不满，但是为了各民族的团结和友好，他还是做出了让步。康熙本着“不生事为贵”的原则，宽恕桑结嘉措的罪行。桑结嘉措也履行了自己的承诺，将济隆活佛送到北京。济隆到北京后，遭软禁病死。
尽管得到康熙的原谅，但桑结嘉措已经无法控制住西藏的局面了。康熙三十七年（1698年）正月，噶尔丹的侄子策旺阿拉布坦便上疏弹劾桑结嘉措：“第巴桑结嘉措这个人在达赖死之后秘而不宣，分明有什么不可告人的企图……他诈称达赖之言，在喀尔喀中制造混乱，如此好事唯恐天下不乱的喇嘛，实在是自古未有。希望皇上能够明察，不要让法门受玷辱，请陛下荡涤法门，使之干净吧！第巴这个人做的坏事当然远不止于此，他还监禁班禅，派两个红帽喇嘛诈称是达赖的化身，第巴如此破坏法门清誉，实在是天理难容神佛共怒啊！”
康熙对此并没有做出明显的表态，他很清楚，策旺阿拉布坦是在跟桑结嘉措争权，如果处理不好，肯定会引起麻烦。
看桑结嘉措不顺眼的远远不止策旺阿拉布坦，和硕特部汗王对第巴也非常不满。康熙四十年（1699年），和硕特部的达赖汗去世，其子旺扎尔继位，两年后，旺扎尔的弟弟拉藏汗赶走哥哥，自己登上汗位。拉藏汗继位后，跟桑结嘉措的矛盾更加激烈，并于康熙四十四年（1705年）在拉萨发生战争，桑结嘉措兵败被杀。这样一来，和硕特蒙古重新取得在西藏的统治地位。
拉藏汗的这些军事行动无疑深得康熙欢心，心腹仇敌被拉藏汗清除了，康熙的心情是喜悦的，他给予了拉藏汗充分的信任。
西藏问题是非常复杂的，矛盾盘根错节，宗教领袖达赖和军事集团和硕特汗王是自古就存在矛盾，他们都想夺得西藏的最高统治权。顾实汗死后，青海的台吉们和西藏的和硕特汗之间为了争权也发生了冲突，青海的这些台吉们内部又有许多分歧和矛盾。各种势力都想挟持达赖以提高自身的威望，真假达赖就是在这样的情况下发生的。
五世达赖死后，居然出现了三个六世达赖。
真假达赖之争的肇始者是拉藏汗。康熙四十四年七月，拉藏汗突然给康熙上了一道奏章，陈述了“假达赖”事情的整个经过，拉藏汗的意思是由桑结嘉措确立的仓央嘉措六世达赖根本不是真的转世灵童，这个仓央嘉措好酒好色，哪有佛门高人的半点样子。拉藏汗请求康熙废黜这个达赖，然后寻找真正的转世灵童。
这个仓央嘉措到底是个什么人呢？他的表现又有什么异于活佛的地方呢？
仓央嘉措来到布达拉宫后，他的表现跟前世完全不一样，他也很聪明，不过他的聪明停留在对爱情和诗歌的追求上，跟人们印象里的活佛迥然有别。他写了很多有名的诗句，我们不妨摘录几首：
心中爱慕的人儿，若能够百年偕老，不亚于从大海里面采来珍奇的异宝。
凛凛草上霜，飕飕寒风起。
鲜花与蜜蜂，怎能不分离？
为爱人祈福的幡儿，树在柳树旁边。
看守柳树的阿哥，请别用石头打它。
一个活佛居然是写情诗的高手，这是人们无法接受的。桑结嘉措生前也试图纠正他这种离经叛道的倾向，可是根本不起作用。当桑结嘉措被杀后，拉藏汗将他押往北京。令人吃惊的是，在行至西宁口的时候，这位“假达赖”居然病故。究竟是不是病故无人清楚，有人说他是被害，也有人说他到五台山云游去了。
仓央嘉措死后，拉藏汗受命寻找真正的转世灵童。拉藏汗立伊喜嘉措为新的六世达赖，伊喜嘉措当了十一年达赖，而且经过班禅和康熙皇帝的确认，但是始终无法得到藏族人民的承认。西藏人民始终认为仓央嘉措是六世达赖的真身，尽管拉藏汗苦口婆心地告诉人们仓央嘉措种种离经叛道的行为，可惜无法动摇百姓对仓央嘉措的信仰。由于西藏内部对这个达赖不信任，康熙四十八年（1709年），康熙以青海台吉和拉藏汗不合为由，派遣侍郎赫寿入藏，协助拉藏汗管理西藏事务。这是清廷第一次派遣驻藏大臣，由于西藏的局面比较复杂，康熙派人到西藏封五世班禅为班禅额尔德尼，通过提升班禅的宗教地位来缓解西藏的宗教危机。
由于西藏上下对伊喜嘉措很不满，拉藏汗的压力很大，如果这个傀儡得不到西藏人的拥戴，那他的统治权就会受到威胁。后来，拉萨上层找到了一个名叫格桑嘉措的人为真达赖的转世灵童。康熙再次让班禅确认这个真假，班禅仍然认为这个是真的。
康熙皇帝废黜仓央嘉措的行为引起了西藏人民的抵触情绪，他支持的拉藏汗在西藏也深陷政治危机。在西藏内部，逐渐酝酿起一股风潮，企图寻求准噶尔部落的人来赶走拉藏汗。
后来西藏发生动乱，拉藏汗被杀，伊喜嘉措被囚禁在拉萨的药王山上。