在元朝的时候，西藏就隶属于中央政府。当然，西藏享有比较高的自治权，在西藏实行的是政教合一的统治。康熙在处理西藏问题时表现出了成熟的政治智慧，既借鉴了历代统治者的智慧，又做出了一些自己的创新。
在元朝以前，西藏不叫西藏，而是称作吐蕃，金庸《天龙八部》里面的鸠摩智就是来自吐蕃的。蒙古人入主中原建立元朝后，由于他们信仰喇嘛教，所以赋予喇嘛在西藏的统治地位。喇嘛教又分为四个教派，其中以宁玛派最为古老，宁玛在藏语里本身就是古老的意思，这个教派也最为神秘，继承了吐蕃时期的一些密咒，所谓的西藏密宗跟这个教派就有很大的关系。宁玛教派的喇嘛穿着红衣红帽，又叫红教。
第二个教派是萨迦派，萨迦派是北宋年间创立的。萨迦在藏语里的意思是灰白色的土地，这个教派的起源跟吐蕃一个贵族的后代有关。北宋熙宁六年，吐蕃贵族后裔昆·贡却杰布在今天萨迦寺附近发现一个山坡，这块山坡的土地呈白色，而且有光泽，呈现出祥瑞。贡却杰布认为这是一个好兆头，便出资在这里建造了一个寺庙，名为萨迦寺。萨迦派就是这么来的，萨迦派有血统和法统两种传承方式。
第三个教派为噶举派，噶举在藏语里的意思是口口相传，该教派在藏传佛教里支脉最多，该教派主要通过对人体的修炼达到一种很高的境界。由于该派僧侣都穿着白衣白帽，俗称白教。
第四个教派是格鲁派，格鲁是善规的意思，该教派提倡僧侣应该严守戒律，该派僧侣穿着黄衣黄帽，俗称黄教。
那么，西藏的活佛转世制度是怎么来的？
活佛这个词语最早出现在元代，由于萨迦派教主八思巴对元朝有功，忽必烈封他为“西天佛子，化身佛陀”，从此，人们就开始称西藏高僧为活佛，在当时活佛不是特指，而是泛指修行到一定境界的僧侣。活佛制度创立以后，活佛才成为教派领袖人的称呼。
1252年，忽必烈召见国师八思巴时，也召见了噶举派法事噶玛拔希。噶玛拔希见八思巴受宠，不愿跟随忽必烈，反而投靠了蒙古大汗蒙哥。蒙哥封噶玛拔希为国师，并赐给他一顶金边黑帽和金印。1283年，噶玛拔希圆寂之前，为了保持本教派的既得利益，提出佛法不灭生死轮回，并说自己还会化身再来人间，临终前他要求弟子们找到一个小孩继承自己的衣钵，并告诉他们这个小孩就是自己的化身。像这样的小孩又被称为转世灵童，活佛制度就这样建立起来了。活佛转世制度一直传到今天，还在继续。
需要说明的是转世制度分为两种，一种是上面提到的达赖转世制度，一种是班禅转世制度，后者是康熙一手打造的产物。
根据格鲁派的理论，达赖是千手观音的化身。以前，西藏掌权的教派是红教，也就是宁玛派，红教允许喇嘛娶妻，达赖的位置父子相传，所以没必要创立活佛转世制度。后来黄教掌权，由于黄教禁止喇嘛娶妻，这就涉及继承人问题，同时为了保持教派的神秘感和既得利益，创立了活佛转世制度。
那么，他们又是如何寻找转世灵童呢？总不至于逮住谁就是谁吧？
达赖在临死前会给出一个指定的地点和方向，然后根据达赖圆寂时诞生的一些婴儿，由达赖弟子寻找确认。
一般来说，在遴选灵童的时候有五道程序。
首先是弟子根据达赖生前的指示去寻找，必须注意的是，需要等达赖逝世一年后才能寻访。有时候能找到一个灵童，有时候会找到好几个。
如何确定找到的这个人就是灵童呢？这就涉及第二道程序，辨认器物。弟子们会拿来达赖或者班禅生前最喜欢的器物，然后把一些同类的器物放在一起，让灵童去抓。如果灵童抓到活佛生前最喜欢的器物，说明就是灵童。
即使通过了这两关还不够，还得在寺庙里请护法神降下神谕，如果神谕的结果和辨认器物的结果一致，那么这个灵童基本上就通过了。假如有好几个灵童，而且都通过了这三关，那么就需要进行第四道程序了。
第四道程序是金瓶抽签，两个或两个以上的灵童就在御赐的金瓶前面抽签，谁运气好谁就是灵童。
第五道程序是得到皇帝的认可，由皇帝签字盖章，结果才算生效。
灵童转世是真是假，我们这里就不讨论。我们需要知道的是，灵童不是一找到就可以成为达赖，必须在十八岁成人后才能承袭达赖的职位。
早在清军入关之前，清朝就和西藏保持着密切的关系。在皇太极时代，达赖、班禅等人就向大清进贡。顺治时候，五世达赖桑结率领班禅和顾实汗使者到京城朝觐皇帝，受到顺治的隆重接待。
康熙初年，青海蒙古和清军发生冲突。三藩叛乱期间，吴三桂曾经派人寻求达赖和顾实汗的支持，青海的很多蒙古贵族，有一部分人支持吴三桂，甚至在康熙十四年进攻了清军。对于这些，康熙都看在眼里，他一再叮嘱达赖要“约束部落，勿为边患”。康熙还邀请达赖一同出兵云贵川一带，达赖虽然表面上点头，但没有任何实际行动。在吴三桂开始走下坡路的时候，达赖还为吴三桂求情：“如果吴三桂最后穷途末路，请求圣上免他一死。我希望你们俩能裂土讲和。”
达赖的请求让康熙非常生气，他怒道：“朕是天下四方的统治者，怎么可能跟别人裂土平分天下？”
平定三藩叛乱后，康熙让达赖归还吴三桂划给他的土地，以此表达对达赖的不满。
当然，西藏内部矛盾也非常复杂，要想了解当年西藏复杂的局势，还得从桑结嘉措这个人说起。五世达赖对桑结嘉措特别喜爱，桑结嘉措八岁的时候，他就把他召进布达拉宫。要知道，桑结嘉措不是什么灵童，这种特殊的照顾不免有些蹊跷。
关于桑结嘉措的身世，西藏一直流传着一个传说，说桑结嘉措是五世达赖的私生子。当然，也有一些人认为像五世达赖这样的高僧不可能做出这样的事情。不过，我们在五世达赖的传记里还是可以发现一些可疑的迹象。1652年（顺治九年），五世达赖进京之前的某天，从哲蚌寺到色拉寺去，沿途经过了拉萨贵族仲麦巴的家，并在那里过夜，当晚，仲麦巴的主妇侍寝，也就是陪他睡觉。传记采取了隐晦的说法，说千手观音化身的达赖在那里遗留了一颗宝珠。
后来，鉴于五世达赖对桑结的特殊感情，很多人相信这个传说是真的。
五世达赖将桑结接到布达拉宫以后，对他精心栽培，不仅想把他培养成一个学者，更希望让他成为自己的接班人。1676年，第三任第巴辞职时，达赖指定桑结嘉措继任这个位置。第巴相当于藏王，是西藏这块地方最高行政长官，地位仅次于宗教领袖达赖。对于这样的一个职位，桑结嘉措以自己太年轻、资历不够为由拒绝了。布达拉宫的财务总管扎仓涅巴罗桑巴金担任了这个职位，不过他仅仅是起一个缓冲作用，目的是让桑结嘉措稳着陆。三年后，这个人就辞职了，桑结嘉措稳稳地坐上了这个位子。
五世达赖还专门颁布文告，详细介绍桑结嘉措的学识、品德和能力，希望僧众同意他当上第巴。这份文告至今还在布达拉宫正门入口处德阳厦过厅的南墙上，下面端端正正地打着五世达赖的两只金粉手印，由此可见五世达赖的良苦用心。
康熙二十一年（1682年）二月二十五日，五世达赖在布达拉宫圆寂，这就意味着西藏最高权力出现真空。桑结嘉措果断地做出“秘不发丧”的决定，也有一种观点认为，这是五世达赖的意思。
桑结嘉措的保密工作做得相当彻底，每个环节都受到严密的控制，他们在布达拉宫里选择了一个跟五世达赖长得很像的人，让这个人伪装成达赖，在宝座上摆摆样子。同时，对外宣布达赖要长期进修，一切事务由第巴暂行处理。桑结嘉措不愧是一个能力非常强的人，他一方面要代理达赖处理政教事务，一方面还得保护达赖的肉身，并修建灵塔。最关键的是，还得在神不知鬼不觉的状态下寻找转世灵童。
桑结嘉措为了巩固自己的权力，秘密与噶尔丹勾结，反对和硕特部的顾实汗子孙，顾实汗是成吉思汗弟弟的十九世孙。桑结企图通过噶尔丹的力量赶走和硕特部落。康熙第一次亲征噶尔丹之时，桑结嘉措曾经派遣济隆活佛到噶尔丹军中诵经；噶尔丹战败后，济隆活佛又以讲和为由拖延时间，让噶尔丹得以逃跑。
正是在这期间，发生了真假达赖之争。