康熙二十二年（1683年），清军在黑龙江东岸古城的废墟上建立起黑龙江城，也就是瑷珲。在这里架上大炮，预备军舰，布置一千五百名官兵，由宁古塔的副统领萨布素率领。第二年冬天，康熙又增派一千宁古塔和达斡尔官兵到黑龙江城。这年冬天，康熙又从北京派出六百士兵前往黑龙江城。为了对付俄军大炮，康熙又从全国各地将大炮运往黑龙江城。
在粮草方面，康熙也下了很大工夫，他很清楚，如果粮草不充足，即使战争胜利了，也无法巩固胜利果实。康熙给黑龙江城送去了大量的粮食，这些粮食可以维持三年。
康熙二十二年，萨布素率领一千人在黑龙江一带巡视，前锋部队遇到了六十六名沙俄侵略军，萨布素下令迅速包围俄军，俄军无奈之下，只好选择缴械投降。在反抗侵略者的斗争中，黑龙江人民也起了不可估量的作用，他们拿起武器，保卫家园，击杀外来的侵略者。当地人民配合清军消灭俄军，为他们做向导，给他们提供食物。军民同仇敌忾，赶走了黑龙江中下游的俄军，雅克萨变成了一座孤城。
这些行动为决战的胜利奠定了基础。
康熙二十三年（1684年）五月，副都统马喇和萨布素商量，决定先割取俄军的田禾，等俄军粮草陷入困境，再派轻骑剿灭。康熙接受了这个计策，让萨布素兵分两路向雅克萨进发，一路军队捣毁俄军田禾，另一路埋伏起来，如果俄军出现，就伺机灭掉。
可惜，出于种种原因，萨布素并没有执行康熙的命令，他的理由是毁掉对方的田禾不方便，徒然让士卒疲劳。这个理由非常奇怪，由于我们不在现场，无法知道当时的情况，萨布素的话肯定是借口，他是不是有什么难言之隐呢？我们不知道，我们只知道萨布素是一个优秀的将领，而且相当清廉。他当时之所以这么做肯定有他自己的理由，将在外军令有所不受也是可以理解的。但是雄才大略的康熙皇帝很愤怒，指责萨布素坐失良机。在随后的一些作战中，康熙对萨布素也很不满。
萨布素在1702年郁郁离开人间，他虽然是一个抗俄英雄，但始终得不到康熙的好感，在官场上颇为失意。
康熙在武力备战的同时，也没有放弃和平解决的途径。对于被俘的俄军，康熙要求部众善待，不准杀戮一人。
康熙二十四年（1685年）三月，为了让俄军尽快撤出雅克萨，康熙致书沙皇，国书由投降的俄军带到莫斯科，这番国书有礼有节、恩威并在，内容如下：“以前，我们两国井水不犯河水，你们没有骚扰过我们的边境；后来，你们入侵我边境，骚扰百姓，民不聊生。本来，朕应该立刻发大军征讨，但恐这么一来，伤了两国的和气，让边境百姓受苦，所以不忍发兵。朕以前把自己的想法和态度告诉了你们使臣，还派人到雅克萨和尼布楚反复讲明立场，至今没有看到你们派人来回信。你们不但不收敛，反而变本加厉，跑到我国来，滋事抢掠。即便如此，朕也不想立刻征讨，只是派遣官兵，截断你们的去路，对于投降的罗刹，朕一个都没有杀，反而恩养他们……但你们始终不知好歹，仍然无法无天，这是在逼朕动刀子啊！如果你们尚有爱民之心的话，希望你们体谅你们的百姓，免得他们承受战乱之苦。希望你们立刻撤出雅克萨和尼布楚，回到你们自己的国家，如果你们能做到这点的话，两国就相安无事，和睦相处。”
对于康熙的警告，沙俄根本懒得理会。和平解决边境问题是没有希望了，康熙二十四年，康熙命令都统公彭春、前都统郎坦、班达尔沙和萨布素为将领，率领满汉蒙达斡尔等众多民族的军队前去攻打雅克萨。听到这么多民族的军队，很多人一定以为是十几万大军吧，事实上只有三千人。
三千人在边境战场上规模还是非常大的，从前面我们看到，经常是几十上百人交战。三千大军从瑷珲出发，分成水陆两路，进攻雅克萨。
刚开始几天，行军很不方便，下了暴雨，雷电交加，江水泛滥，尤其是水军根本前行不了。几天后，大雨停了，部队才继续前进。行军过程中还发生了一件有趣的事情，这时，军队中缺少肉食，忽然看到几万头鹿从山上疾驰下来，将士们都非常兴奋，纷纷拿起弓箭打猎，一次获取了五千头鹿，肉食问题完全解决了。
六月初，清军终于抵达雅克萨，将指挥部建立在雅克萨对面的一个小岛上。六月二十三日，清军来到雅克萨城下，在交战之前，清军将康熙的书信交给俄军。在书信中，康熙再次表示只要俄军撤出雅克萨和尼布楚，兵戈之事就可以避免。
先礼后兵，康熙的政治智慧在当时世界绝对是一流的。不过，俄军并不买账，他们仗着城堡坚固，对清军出言不逊，更别说迁回沙俄内地了。
清军于是包围了雅克萨。二十五日清晨，俄军的一支部队坐船来支援雅克萨城，清军将领林兴珠带着士兵跳进水中，拿到大刀冲向敌船。由于在水中，俄军的炮火完全不管用。看着清军勇猛的样子，俄军惊呼：“大帽鞑子。”
清军靠近船只后，大砍敌军的脚，俄军死伤大半，纷纷坠入江中。侥幸逃脱的俄军头也不敢回，这一战，清军没有损伤一个人。
赶走了俄军援军后，清军开始集中火力攻城。俄军有大炮，清军也有大炮，双方打得难解难分，最终俄军不敌，清军的神威大炮轰得俄军伤亡惨重，以至于俄军的神甫不得不捧着十字架向上帝求援。看到俄军吓破胆后，清军开始在城墙周围堆积柴火，准备焚烧城堡。雅克萨长官托尔布津吓得满头是汗，再这么抵抗下去，可能有全军覆没的危险。无奈之下，托尔布津向清军投降，并且表示再也不来雅克萨了。
失去二十多年的雅克萨终于回到祖国的怀抱，令人伤心的是，最终雅克萨还是失去了。不过，这已经是几百年后的事了。
战场上的胜利并不能弥补决策的失败，清军在攻陷雅克萨之后，没有在雅克萨驻军，甚至没有割取雅克萨附近的田禾，就将全部将士撤回到瑷珲。
令人气愤的是，清军放走托尔布津后，托尔布津回到尼布楚，碰上了拜顿的援军。拜顿是德国的一个军事工程师，得知清军撤离雅克萨后，他建议托尔布津再次占领雅克萨。这次，托尔布津带了五百人，再次占领雅克萨，并将附近的田禾收割，用作粮草。在拜顿的指导和监督下，俄军开始修建堡垒，由于有专家指导，堡垒比以前修得更坚固。
康熙二十五年（1686年），萨布素侦查到俄军又回到雅克萨。萨布素把这个消息第一时间报告康熙，请求率舰队亲自去征剿。康熙还以为这是个谣言，他觉得罗刹不至于那么大胆，后来从一名俘获的俄军口里得知情况属实。
康熙下令：“罗刹又在雅克萨城盘踞，如果不快速扑灭，他们势必会积粮固守，时间长了，要拿下来就比较困难了。”
萨布素和郎坦等人率领两千多官兵由瑷珲出发，分水陆两路，在七月十八日抵达雅克萨城下。到了以后，还是老一套，先警告俄军“速回本土”，俄军当然不买账。这次，托尔布津有军事专家拜顿的支持，加上火器充足，城防坚固；对比之下，清军由于紧急调动，炮火明显不足，主要武器还是弓箭大刀。尽管如此，清军还是主动出击，在当地居民的帮助下，屡次击败俄军。
当然，这次要攻下城池确实没上次那么容易。雅克萨一带冬天来得特别早，八月份就特别寒冷，康熙让萨布素做好结冰时期的打算。在这种冰天雪地的地方打仗，天气是影响胜负的至关重要因素。一旦结冰，肯定对攻城一方不利，守城者在城堡内至少不会挨冻。
萨布素不愧是一个优秀的边防大将，他针对各种情况，很快就出台了一揽子计划。首先，敌方城池坚固，萨布素暂停攻城计划，而选择长期围困敌人，他在城墙三面挖了壕沟，设置了木桩鹿角这些障碍物，同时在城对面的岛上筑起指挥所，当作士兵们的过冬营寨。萨布素还将炮口对准雅克萨，封锁江面；大江两岸驻扎有水师，防止敌人从江上逃走，此外，还在城上游的港湾内，埋伏好战船，堵截从尼布楚那边过来的援军。
萨布素负责围城，索伦在从后方运来粮草。
就这样，面对清兵的重重包围，俄军被困在城中无计可施。俄军几次企图突围，都失败了。托尔布津在一次突围中激战身亡，随后，拜顿接过指挥权。拜顿虽然是个军事技术专家，但是对于俄军当前的处境没有任何办法，城内俄军缺乏粮食和柴火，饥寒交迫，不少士兵病死饿死。八百多俄军最后只剩下一百多个人，眼看这些俄军除了投降再也没有活路，鉴于上次的经验，投降了清军会放过他们吗？这是他们不得不考虑的问题。
康熙再一次伸出了橄榄枝，或许有人非常郁闷，仗都快打赢了，干嘛还要送橄榄枝。要知道，康熙并不是打仗的将领，他是一个政治家，准确地说，一个高瞻远瞩的政治家。
全歼雅克萨城内的俄军容易，但是修得百年和平难啊！再加上这时候蒙古部落的一个叫噶尔丹的酋长很不安分，噶尔丹是一个很有野心的人，他看到沙俄在边境滋事，意识到翻江倒海的机会来了。噶尔丹企图和沙俄勾结，在清朝北部边疆攻城略地。康熙不希望也不允许这种情况出现，安内必先攘外，要想把内部的叛徒剿灭，必须先安定这些好事的罗刹。
康熙希望通过和平谈判的方式解决边境问题，并将这种意向用国书的形式交给沙皇。
沙皇本来也是个很强硬的人，但是考虑到雅克萨的俄军已经陷入绝境，如果不谈判的话，城内俄军就会全军覆没，雅克萨城一样是丢。万般无奈之下，沙皇接受了和谈的建议。
九月，沙皇派遣使者魏牛高到北京，通知清廷，俄国政府愿意接受和谈，已经指派戈洛文为大使举行边界谈判，希望北京方面能够撤回雅克萨的军队。
康熙面露微笑，立即下旨撤回雅克萨的清军，允许城内罗刹自由出入。康熙二十六年正月，朝廷派遣了一些医生到雅克萨去为清军治病，康熙对萨布素下令：“我军虽然和罗刹对垒，现在既已和谈，就不再是敌人，如果城内有罗刹生病，也给他们治疗。”
五月，清军主动后退二十里，七月，俄国谈判代表已经抵达边境。康熙再次命令清军撤退到瑷珲和嫩江一带，充分显示出了和谈的诚意。