康熙二十二年，郑克塽、刘国轩、冯锡范等人奉命来到京城。康熙授予郑克塽公爵头衔，刘国轩和冯锡范为伯爵，给他们分配上等住房。在统一台湾的过程中，刘国轩起了很大的作用，施琅特地保荐了他。施琅说台湾岛地势险恶，波涛汹涌，要想轻易夺取恐怕很困难，在这种情势下，刘国轩依然决定归顺朝廷，免致生灵涂炭，功劳实在不小。
康熙二十三年（1684年），康熙提拔刘国轩为直隶天津总兵官，刘国轩临行前，康熙亲自召见他，对他说：“台湾那地方郑氏控制了六十多年，朕知道你一直心怀忠诚，前次施琅用兵征剿，你能顺应天命，让我很感动，所以特地提拔你为天津总兵官。天津这地方跟其他地方不同，应该多注意安抚工作，让兵民相安，百姓安居乐业，这就是我对你的期望。”
此后，康熙还赏赐刘国轩大量的土地，答应刘国轩三代可以继承他的爵位。
台湾已经属于清政府，但是还有一个问题，那就是弃留的问题。这个问题在现在肯定不算问题，领土当然是越大越好，寸土必争。但是当时，人们更多的是考虑实用价值。譬如，当时就有很多朝廷大员和封疆大吏认为台湾孤悬海外，容易滋生盗贼，干脆不要了，直接守着澎湖列岛就行。还有人建议说，把台湾岛上的人民迁到内地，将台湾岛弃置不用。
康熙年间，人口大概有四五千万，面积却比现在还大，所以不用担心住房紧张耕地不足的问题。某些人主张放弃台湾岛也是可以理解的，但这种观点是缺乏远见和战略意识的。作为一个领导者，康熙一时之间也拿不定主意。
这时，施琅再一次发挥了作用，他对台湾实在太了解了，他告诉康熙台湾千万不能丢，如果不要台湾必然会酿成大祸，收下台湾却可以永镇边疆。这种见识是非常明智的，台湾就像大清国的一个海外基地，不沉的航空母舰，无论是在当时还是在后世都有极高的战略意义。施琅还反复强调，台湾并不是一个可有可无的荒岛，台湾是一个宝岛，物产丰富，土地肥沃，在这里生活的人民什么都不缺，日常用品应有尽有。如果将台湾人迁到内地，他们肯定是不乐意的，再说台湾人口密集，迁徙很不容易，而且要花费巨资；另外，台湾也是对付红毛怪（荷兰殖民者）的一个防守要地。
康熙并不是什么都懂，他英明的地方在于能够听取大家的意见，深思熟虑之后，康熙表示：“台湾这块地方关系重大，放弃不要的话肯定不行；如果迁徙当地人民，又担心人民流离失所，抱怨多；派人镇守的话，又担心形成地方割据；如果换人，三年一守，换来换去的话，对当地人也不太好。”
最后，康熙决定在台湾设立一府三县，派遣一个巡道负责，台湾隶属福建。这样一来就削弱了台湾的地位，防止镇守台湾的人养虎为患。康熙派遣的驻台士兵也不多，只有八千，这些士兵统一受福建总督节制。
不久，康熙就任命杨文魁为第一任台湾总兵官，临行前，康熙叮嘱他：“台湾远在海角，刚刚平定，人心可能不稳，而且那里土著人什么都有，你到了以后，一定要安抚有方，该立威的就应该慑之以威，该施恩的应该怀之以恩，总之要达到海外升平，一片和谐。”
在台湾问题上，康熙再一次展现了自己的“妙手政经”，这些经验对于今天仍然有很大的借鉴意义。