康熙元年五月初八，一代风云人物郑成功在台湾去世。
据说，郑成功在临死前，满脑子想的还是光复大明，他拖着病体勉强登台，用望远镜瞭望澎湖列岛。
真是一代忠臣，让人想起鞠躬尽瘁死而后已这句话。
一天，郑成功登台瞭望后，穿上明朝朝服。坐在高台上，一边喝酒，一边看明太祖朱元璋的《皇明祖训》。读到第二章的时候，郑成功忽然发出感慨：“我有何面目见先帝于地下？”
说完，郑成功双手遮面，就这么去世了。
郑成功死后，由于没有指定继承人，台湾内政发生了危机。郑成功的弟弟郑袭暂时摄政，权力就像美女，很容易让人迷恋。郑袭忽然滋生了即位的想法，而远在厦门的世子郑经听到这个消息，非常愤怒。他可不允许叔叔篡位，抢先一步在厦门即位。
叔侄两人争权，导致台湾内政混乱，人心涣散，将领间互相猜忌。清廷以为有机可乘，派遣福建总督李率泰和靖南王耿继茂前往厦门，向郑经招安。
此时，郑经处于内忧外患中，台湾本土控制在叔叔手中，前方是清廷大军，不跟清廷谈判活不下去。此时此景，郑经选择了妥协。他先让自己的族人率领八千人投降，自己跟清廷谈判，表面是谈判，其实是拖延时间。为了取得清廷的信任，郑经陆续上缴明朝的公侯伯印以及土地清册。
第二年，郑经带着心腹周全斌、陈永华和冯锡范等人打回台湾，平息内乱，一改此前的态度，拒绝招抚。
郑袭失败后，投降了清朝。十月，清廷任命靖南王耿继茂为统帅，兵分三路进攻厦门、金门和泉州。除了泉州一路，清军大败外，另外两路都取得了胜利，攻克了厦门和金门。
康熙三年（1664年），镇守铜山的周全斌降清，郑经率领战舰撤到台湾。就这样，郑成功经营多年的沿海根据地全部落入清军手中。
康熙六年（1667年）五月，清廷派遣福建总兵孔元章，带着郑经舅舅的信前往台湾和郑经协商，希望两岸进行通商。清廷主动示好是有条件的：郑经必须向清廷俯首称臣，定期纳贡，并送子入京做人质。郑经也提出了自己的条件：不剃发，像朝鲜那样拥有高度的自主权。对此，清廷不能接受，谈判破裂。
后来，孔元章又几次赴台协商，但都没有达成共识。不过，在这过程中，郑经巧妙地实施了一个反间计。他在言谈中不经意地问了句：“听说施琅和阁下关系好，有没有文书作为交往的凭证呢？”
孔元章听在心里，回去后把这事马上告诉了清廷。清廷还真像蒋干一样中计了。
施琅是福建晋江人，早年是郑芝龙的部将。顺治三年，施琅跟随郑芝龙降清。后来，郑成功邀请施琅一起反清，施琅拒绝了他。郑成功一怒之下，将施琅的父亲、弟弟、一个儿子和一个侄子都杀了。由此，两人结下深仇大恨，施琅发誓要报仇。
施琅从小就生活在海边，水性很好，而且对郑氏知根知底，可以说是康熙收复台湾的一个利器。康熙元年，施琅被提拔为福建水师总督，在攻克厦门和金门的战役中，施琅都立下大功。康熙三年（1664年），清朝授予施琅为靖海将军，负责训练水师，为渡海攻台作准备。
施琅的事业正在步步高升之时，孔元章忽然把这个消息告诉清廷，清廷不免怀疑施琅跟郑经勾结。清廷原本对于降将就不是很放心，便将施琅调到京城监视，授官内大臣。随后，清廷撤销水师，焚烧战船，将水师调到外省，导致攻台计划流产。
康熙八年（1669年），再派遣豪华使团出使台湾，希望郑经能以大局为重。郑经仍然坚持自己的原则：不剃发，像朝鲜那样。
郑经的政治太极玩得出神入化，让康熙这样的资深忍者都禁不住烦躁起来。康熙甚至差点做出让步，答应郑经的条件，结果被明珠阻止了。
吴三桂造反后，耿精忠在福建响应，并邀请郑经一起出兵。郑经如约，出兵攻占了泉州、漳州、潮州三郡。康熙十四年，郑经和耿精忠联合攻打广东，拿下许多城池。耿精忠是个非常贪婪的人，势力壮大后，没有如约将事前答应的漳州和泉州送给郑经。郑经很生气，后果比较严重，郑经直接攻下了漳州和泉州，据为己有。
康熙十五年（1676年），耿精忠投降，清军收复了漳州、海澄一带，将郑经赶到厦门。
当时，吴三桂虽然在走下坡路，势力还是非常强大。康熙为了集中精力对付吴三桂，决定对郑经做出让步。康亲王杰书奉命与郑经谈判，但郑经提出的条件比以前更苛刻，不仅仍然坚持以前的原则，还加上了许多附加的条款。如果息兵的话，清廷必须出让漳州、泉州、惠州、潮州四府。康亲王做出让步，表示可以不剃发，可以像朝鲜那样，但是不同意给郑经的军队发粮饷。
郑经一看，你让我做你的藩属，又不给我发工资，可以啊！但是你必须再割出一部分沿海城市给我。双方仍然一边谈一边打，但是由于地盘问题一直谈不拢。
吴三桂死后，清廷平定了三藩，集中精力攻打郑经，将郑经又打回台湾岛。