早在吴三桂起兵之前，耿精忠就有了谋反的念头。康熙十二年（1673年）八月，他让人带着一封密信来到台湾。收信人是台湾首席行政长官郑经，在信中，耿精忠大大地赞扬了郑经的忠心：阁下您在海外孤忠高悬日月，实在让人敬佩，我们虽然在清朝的卵巢下生活，但其实是委曲求全。现在，开创大好局面的时机很快就到了，你我不妨联手，建立万古基业如何？
郑经收到这封信后大喜，两个月后就派遣水军到澎湖等待，一旦耿精忠起兵的消息传来，立即响应。吴三桂造反后，康熙第一时间派遣使者告诉耿精忠：“你不用搬家了，以前的军队也归你管。”耿精忠便让人通知郑经，宣布计划暂缓实行，先观察一段时间。
清廷派福建总督范承谟安抚耿精忠，范承谟将兵部交还给耿精忠兵权的文书交给耿精忠，耿精忠却正眼不瞧范承谟。范承谟非常生气，却只能忍气吞声。随后，耿精忠跟朝廷的关系越来越紧张，耿精忠担心范承谟暗算自己或是搜集情报，他觉得自己不能干等下去了。
恰好，福州街头传来谶语：“七星再拜真天子，分明火从耳边起；杀尽三山牛出血，身骑白马军中止。”这谶语什么意思呢？七星是指七口井，恰好耿精忠府门口就有七口井，火从耳边起，火和耳正好组成一个耿字，那意思就是说耿精忠要当皇帝。
谶语一出，耿精忠通知郑经，然后抢先发难。囚禁了范承谟全家后，耿精忠效法吴三桂让官民蓄发，打出“反清复明”“除暴安民”的口号带领一万人的军队迅速地占领了福建。
一个吴三桂就已经让康熙坐立不安，耿精忠的叛乱无异于雪上加霜。危急关头，康熙并没有失去理智，充分显示了一个优秀CEO的危机公关能力。
康熙明确地把斗争矛头指向吴三桂，对于其他人，康熙表示，只要迷途知返，不仅不追究责任，还给予优待和赏赐。征剿和招抚两手并用，康熙的目的是分化和瓦解敌人，将吴三桂孤立起来。
康熙一边安抚耿精忠，希望他弃暗投明，一边派遣大将希尔根、赖塔和根特巴鲁，兵分三路，对耿精忠进行围剿。
由于耿精忠一意孤行，康熙下诏削除耿精忠的王爵，扣押耿精忠在京的兄弟，同时康熙还发布公告，表示胁从的人不问罪，及时回头的人重重有赏。康熙在征剿耿精忠之前，就对大将们说，只要耿精忠投诚，就当善待。康熙反复强调说，耿精忠和吴三桂的情况不同，耿精忠家族效忠清朝四十多年，渊源深厚，耿精忠的背叛更多的是一时无知，受吴三桂蛊惑。过了两个月，康熙又将耿精忠的兄弟们释放出来，声称耿精忠的弟弟远在北京，没有和耿精忠密谋，所以无罪释放，官复原职。
康熙所做的这一切虽然没有让耿精忠立刻回头，但对于塑造自己的英明形象有很大帮助。这是一场舆论战、政治战，康熙只有将自己明君形象展现在世人面前，才能让天下人感觉吴三桂等人是谋反作乱，反之，吴三桂等人就是替天行道吊民伐罪了。
在平叛过程中，浙江总督李之芳是比较给力的，他总是亲临在第一线，几次和耿精忠的部队交战，击败耿精忠。所以，耿精忠一直在福建周边兜圈子，始终打不开局面。
面对清军一连串的军事打击，耿精忠的部队屡遭重创，他手下的那批将领把耿精忠的脸面丢尽。部将曾养性连吃败仗，退到温州死守，仗着温州四面有水，暂时抵抗住清军的攻势；另一员大将马九玉则依靠江山、常山、开化三县的大山，利用河流，阻挡清军的进攻。
看到耿精忠处于困境，郑经伸出援助之手，不过郑经开出的条件让耿精忠无法接受，郑经要“借”泉州和漳州。耿精忠迫于形势，接受了郑经的条件，但是郑经帮忙打退清军后，耿精忠又食言，不想将泉州和漳州交给郑经。郑经火起，强夺泉州和漳州，两人因此反目成仇。
清军见机，袭击屯兵九龙山的马九玉，在清军的炮火轰击下，马九玉战败，率领三十多个骑兵逃走。江山、常山失守后，耿精忠一路衰到底，部将纷纷献城投降。
到了这个地步，耿精忠仍然不肯投降，只要有一线希望，他就不会放弃。现在最大的希望就是进入福建的一条险要的关隘石塘，耿精忠派心腹大将连登云领重兵把守，企图阻止清军进入福建。可惜这一切都是徒劳的，清军兵分多路，接连攻破耿精忠的大营，将耿精忠围住。
到了这时，耿精忠已经陷入了四面楚歌的境地，军事上连连失败，政治上内外交困，内部问题更严重，将士逃亡，军饷匮乏，部将不听指挥。除了这些不利因素，耿精忠还得提防郑经。
对于穷寇，康熙并没有赶尽杀绝，他让康亲王杰书前去招降耿精忠。耿精忠犹豫不决，他想投降，但是又有太多的担心。他一方面担心康熙帝秋后算账，另一方面担心范承谟将来会报复自己。自从造反以来，耿精忠将康熙的忠臣范承谟关在牢里有两年多，这两年多，范承谟在牢里也没有闲着，本着对耿精忠的刻骨仇恨，范承谟每天都在牢里写七言绝句，这些诗全是骂耿精忠的，汇聚成一本诗集《百苦吟》。
耿精忠心想，如果我投降的话，作为大清的忠臣，你范承谟将来在皇上面前说我坏话，我就算投降也难逃一死。这么一想，耿精忠恶向胆边生，决定杀人灭口。耿精忠将范承谟及其兄弟、幕僚和家奴总共五十三人全部杀害，并焚尸荒野。其中，有一个看守敬佩范承谟的人格，偷偷地在荒野捡了一块没有烧完的骨头，跑到京城，向康熙禀报了范承谟的死讯。听到这个消息，康熙极为悲伤。他用隆重的礼节为范承谟哀悼，并加封范承谟太子太保和兵部尚书头衔。
康熙是一个高明的政治家，虽然他隆重哀悼范承谟，却没有收拾凶手耿精忠。对于投降的耿精忠，他仍然给予优待，让他继续当靖南王，并征讨郑经，将功补过。康熙这么做很显然对范承谟不公，看到这里，我们不禁为范承谟惋惜了。可是，先别急，我们千万不要小看了康熙。
在当时的情况下，康熙不能收拾耿精忠，一方面是需要利用耿精忠对付郑经，另一方面他已经对天下做出承诺，投降的不追究。如果收拾耿精忠的话，等于是自食其言，其他的叛乱分子必然会负隅顽抗到底。
康熙高明的地方就在于，他利用耿精忠打败郑经，等到三藩平定天下太平的时候，他才动手收拾耿精忠。耿精忠的下场是非常惨的，凌迟处死，子孙部下皆斩。