兵部郎中党务礼，户部员外郎萨穆哈、席兰泰，主事辛珠、笔帖式萨尔图等人，得知吴三桂叛乱的消息，立刻逃出贵阳，向京城飞奔。
这些人跑到镇远的时候，忽然发现镇远城戒备森严，封住了所有出口，而且驿站里根本不提供马匹。党务礼、萨穆哈等人心急如焚，后来找关系弄到两匹马，两人在当地农民的带领下，抄小路离开镇远，飞奔到沅州。沅州还不属于吴三桂的控制区，党务礼等人终于松了一口气，但丝毫不敢歇息，立即进入湖南境内，得到驿马后向京城一路狂奔。
在马上狂奔了十一个昼夜，他们终于赶到北京。到了北京后，党务礼等人没有先去皇宫见皇帝，而是直奔兵部衙门。下马的时候，几人喘着粗气，没法说话，头晕眼花，不得不抱着柱子。兵部的官员们见此情景，急忙扶住他们，让人端来几碗水，撑开他们的嘴巴，把水灌了进去。
过了好一会儿，党务礼和萨穆哈才慢慢恢复一些气力，说道：“反了，吴三桂反了……”
当吴三桂谋反的消息传到朝廷时，朝野震惊，康熙也很震惊，不过没有慌乱。当时反对撤藩的索额图此时力举诛杀那些建议撤藩的大臣，希望通过这种方式向吴三桂承认错误，请求息兵。但康熙拒绝了，康熙还算一个敢作敢当的皇帝，他说撤藩是自己的决策，不能将过错推给大臣（朕素不肯诿过臣下……岂因吴三桂反叛，遂诿过于人耶）。
应该说，康熙此时已经意识到撤藩的害处了，当时他确实有点傻有点天真，以为满足吴三桂物质上的需求，就能撤藩。他太低估了吴三桂这个人，如果不是吴三桂时运不济，没有天命，大清江山就要毁于康熙这个明君的手中。
意识到自己做了错事后，康熙并没有一味自责，他首先想到的是如何解决问题。如果说吴三桂是一个老谋深算的老姜，那么康熙还是正在成长和成熟的青年。他的表现还是不错的，没有慌乱，没有恐惧，而是镇定从容正视现实。
在军事调度方面，康熙表现出了他运筹帷幄的天赋。他派遣八旗劲旅前往荆州，扼守渡口，防止吴军渡江，荆州成为阻碍吴三桂的重镇。康熙选择荆州可以说是很有眼光的，荆州自古就是兵家必争之地，将荆州作为对付叛军的大本营和要塞，非常具有战略意义。
康熙任命多罗顺承郡王勒尔锦为宁南大将军，统领多罗贝勒察尼，都统觉罗朱满，觉罗巴尔布，护军统领伊尔度齐、鄂尔泰，前锋统领硕岱等大批满洲将领前往荆州镇守。
同时，康熙任命孙延龄为抚蛮将军。孙延龄是孔有德的女婿，孔有德被李定国打败后，全家自杀，只有女儿孔四贞逃了出来，孔四贞后来嫁给孙延龄。孙延龄一直镇守广西，广西与贵州交界，把广西交给孙延龄这样的老将，对于遏制吴三桂起到了不小的作用。
康熙料想吴三桂必定进军四川，因为四川和云南接壤，吴三桂为了问鼎天下，肯定要将四川收入囊中。康熙命令镇守西安的将军瓦尔喀星夜奔赴四川，并且叮嘱瓦尔喀：“凡是由云南进入四川的险要之地，一定要派重兵把守。一旦有机会，一定要和其他地方的部队一起讨伐贼军，不过，一定得小心，得看准。”康熙让大军驻守四川有双重的战略意义，既可以防止吴三桂入蜀，又可以乘机捣毁吴三桂的大本营云南。
除此之外，康熙还让陕西总督哈占严守西北防线，不给吴三桂扩大地盘的机会。
对于江南江西一带，康熙也非常重视，康熙认为，江南江西一带水路发达，如果不严加防守的话，很可能成为吴三桂进犯江苏、浙江的一个跳板，江南素称鱼米之乡，一旦吴三桂控制江南，帝国就失去一块重大的财政蛋糕，战事上将处于非常被动的地位。
事实上，吴三桂叛变不久，耿精忠就响应他的号召，准备和吴三桂一起夹攻江西。没想到，康熙早就有所防备，切断线路，让吴三桂和耿精忠没法会师。结果，耿精忠的部队被遏制在浙江和江西交界的地方，进又进不了，退又不想退。
康熙又在兖州、太原布下重兵，各地兵马互相策应，什么地方告急，临近的部队就去支援。为了在第一时间掌握军情，康熙命令兵部除了驿站之外，每四百里设置笔帖式、博什库各一名，负责将军情第一时间上报给朝廷。康熙这个政策对于整个战局的扭转起到了重要的作用，因为这样可以在最快的时间掌握军情，从而根据形势做出正确的决策。
从康熙的补救措施看，他确实是一个非常能干的皇帝，是一个肯面对现实解决问题的皇帝，用现在的话说，实事求是。
除了进行周密的军事应对外，康熙也积极展开了政治大战。康熙将吴三桂定为罪魁祸首，对于其他的人，康熙表示，只要能够悬崖勒马，弃暗投明，不仅不株连，反而可以给予优待。康熙这么做，从政治上瓦解敌人，一步步地孤立吴三桂。
吴三桂叛乱不久，康熙就下令停止撤耿、尚二藩，力图稳定这两大势力。尽管康熙没有稳住，但是这种做法是正确的。
康熙知道吴三桂混迹权场和战场那么多年，是一个出名的老油条，为了防止吴三桂策反，康熙一再叮嘱各地将领和官员：吴三桂这个人狡猾非常，你们一定不要受他蛊惑。为了增强将领和官员们对策反的免疫力，康熙给予了他们充分的信任。康熙很清楚，这种时候，只有信任才能抵挡叛乱之风的蔓延。
刚开始，康熙发布谕令，绝不株连旁人，只惩办首恶吴三桂。这个话别人会相信吗？说实话，大家都不相信，都怀疑。当康熙发现大家都不怎么相信自己的话时，反复发出类似的谕令，告诉大家，绝不株连别人，你们千万不要怀疑，我说话算数。为了表示自己说话算数，康熙说，吴三桂有许多亲戚在全国各地当官，只要他们安分守己，依然可以当官。削除吴三桂爵位后，康熙晓谕云南人民，官民仍就原位。对于沦陷区的官员和百姓们，哪怕他们割掉辫子，换了明朝发型，康熙也说：“事出突然，你们的所作所为是可以原谅的，只要不助纣为虐，一律赦免。”
针对吴三桂的讨伐檄文，康熙指出，清廷对吴三桂可以说恩重如山，吴三桂不仅不思报答，反而举起反叛大旗，大逆不道，贻害苍生，简直是理法难容，人神共愤。
对于吴三桂的儿子吴应熊，康熙本不打算动他。议政王大臣一再奏请康熙惩办吴应熊，说吴应熊跟其他人不同，是吴三桂的儿子，不能从宽发落，应该拿下。康熙这才将吴应熊软禁起来。议政王大臣不满，力主康熙杀掉吴应熊。但康熙仍然心存善念，不忍诛杀。吴应熊虽然是反贼的儿子，但也是自己的姑姑和硕公主的丈夫。康熙自幼跟和硕公主待在一起，关系非常亲密，他不忍心杀害吴应熊。何况留着吴应熊，等于掌握一个和吴三桂谈判的大筹码。
吴三桂的军队不断壮大，丝毫没有想跟康熙和解的意思，康熙愤怒了。加上在京城里的吴应熊也蠢蠢欲动，据说在京城里放了四把大火。康熙最终铁下心来，将吴应熊及其子吴世霖处死。
吴三桂正在吃饭的时候，忽然接到吴应熊被诛的消息，一时间痉挛起来，就像个死人一样。吴三桂真的没想到康熙会杀掉儿子，他这才知道，康熙虽然年轻，但是心狠手辣并不输于自己。
吴三桂开始意识到，眼前这个对手不能小看。