明太祖朱元璋采取各种措施，加强专制主义中央集权的统治，巩固以朱家皇室为首的地主阶级政权。
中央机构的设置最初沿袭元朝制度，洪武十三年（1380）胡惟庸案发后，废丞相不设，使吏、户、礼、兵、刑、工六部直隶于皇帝，并令后代不得再置丞相。明初设大都督节制中外诸军事，但因其权太重，也于同年废除，改由前、后、左、中、右五军都督府分掌全国各卫所，并使其与兵部分权。兵部有出兵之令而无统兵之权，五军都督府有统兵之权而无出兵之令，军权自此也被分割。洪武十四年到十五年，明太祖又设立都察院和大理寺两个机构，与刑部合称为“三法司”。刑部受天下刑名，都察院纠察百官，大理寺司驳正，最后由皇帝裁决。洪武九年，明朝政府即在中央设置通政使司，接纳天下臣民的章奏。这样，就使政、军、法三权集中于皇帝一身。
地方官制最初也沿袭元代制度，置行中书省或中书分省，有平章政事、参知政事等官，平章政事总揽一行省中的兵、刑、钱、谷等事，职权甚重，中央极难驾驭。洪武九年，明朝政府改行中书省为承宣布政使司，与提刑按察使司和都指挥使司合称三司，布政使掌民政和财政，提刑按察使掌刑，都指挥使掌兵，分三衙门互不统属，分别隶属于朝廷各部院。边远各地则置行都指挥使司或由宣慰使司、宣抚使司统管。无论内地或边方，都须分别听命于朝廷。
明太祖为了加强监察机构的职能，改御史台为都察院，设都御史、副都御史、佥都御史等官，下属十二道或十三道监察御史。都御史、副都御史与尚书、侍郎永乐后多挂衔出使，为地方的巡抚或总督，事毕撤除。监察御史虽为七品小官，但可访风问俗，提调复审冤案，罢黜官吏，一般事皆可自决，大事可直奏皇帝，为天子耳目之臣。这种制度，起到了加强朝廷控制地方的作用。
明朝政府设置了比唐、宋更为完备的科举和学校制度，以培养封建政权的候补官僚。学校分为府州县学和国子学两种，国子学后改名国子监。在府州县学读书的学生称生员，在国子学读书的学生称监生，监生大多数是地主官僚的子弟，其中还有一部分是土司的子弟。府州县学生员可贡入国子学读书，也可以通过考举人、进士得官。国子学结业后则可直接做官，或经科举做官。洪武时，很多监生经短期学习，即调往各地“历事”，任教、清军、整顿赋役、兴修水利多用监生，有的骤被超擢为布政使、按察使等官吏。科举始设于洪武三年（1370），六年即废。十八年再开科举，十八年一次取录多至六百人，其考试时间、课目、程序皆为明清张本。荐举有聪明正直、贤良方正、孝悌力田、儒士、孝廉、秀才、人才、耆民等目，而吏部奏荐举当任官者，多至三千七百余人，少者亦达一千九百余人。永乐后，学校和荐举并存，但科举最为通行，仕途日狭。
为了加强封建国家的武装力量，明太祖仿唐府兵制，参以元法，颁行卫所制度。卫所遍布全国各地，大抵五千六百人为一卫，一千一百二十人为一千户所，一百一十二人为一百户所，共有军队约二三百万。军队的来源有从征、归附、谪发、垛集，主要是靠垛集，即征兵。军士别立户籍，叫作军户。军户出正军，但防守或屯种也由其出余丁供给。遇国家有事，兵部派遣都督充总兵官统领，事罢撤除。这样，兵部、都督府、总兵官都不能独专兵权。
明太祖提倡法制，刑用重典。他和他的臣属用了二三十年的时间来制定《大明律》。该律在佃农、雇工、奴婢对田主的人身依附关系方面虽比以前略有松弛，但更重要的是明朝政府为维护地主阶级国家的统治，在新的历史条件下，把地主阶级的特权在法律上重新巩固下来。明律简于唐律，严于宋律。所规定的擅专铨法、纠集朋党者斩等律令均为首创。明太祖在明律外，又颁布《大诰》《大诰续编》《大诰三编》和《大诰武臣》，记载了很多有关打击豪强、惩治贪污以及防止人民流亡的事例和法令。凡大诰三编所列，凌迟、枭首、族诛成千上百，斩杀不下万数。
洪武十五年（1382），设专门从事特务工作的锦衣卫，其下有镇抚司，设有法庭、监狱和各种残酷的刑具。锦衣卫由皇帝直接派人率领，职能是侍卫皇帝，司仪仗，特别是专门镇压京师地区劳动人民的秘密结社组织和反抗活动，同时也侦察、逮捕那些企图反叛皇帝的勋臣和官僚。镇抚司的法庭、监狱叫“诏狱”，俗称“天牢”，仿自前代，刑罚最为凶残。明朝酷政之一的廷杖，在洪武时已开其先。
专制主义中央集权政治的加强还表现在对人民和土地的严格控制上。洪武十四年，明朝政府在洪武三年制定的户帖的基础上，经过长期的户籍调查，在各地编制了赋役黄册。二十四年，准奏攒造赋役黄册格式。黄册以户为主，详细登录各户人丁、事产及其变动的情况，每隔十年要重新编造一次。洪武二十年，明朝政府又经过普遍丈量土地，在各州县编制了鱼鳞图册，以土地为主详细记载了每乡每里每户土地的类别、亩数和方圆四至，有的鱼鳞册在地主土地项下还附有佃户的姓名。明朝统治者通过黄册和鱼鳞图册来掌握和控制户籍和土田，进行赋税和徭役的剥削。
锦衣卫木印
明朝政府还设立了里甲制和关津制。里甲是与黄册同时规定的，是一种役法，按丁粮多少分为上、中、下三等户，以一百一十户为一里，推举有钱有势的十家地主轮流担任里长，其余百户分为十甲，每甲十户。各设甲首一人，里长和甲首各十年轮充一次。每里设老人一名，司教化，劝农桑，平诉讼，止流亡。里甲内要互相知保，不得隐藏人口，亦不得任意流徙，否则四邻都要连坐。关津制系里甲的补充，是在全国冲要去处，分设巡检司盘查行人。明律规定，出行百里外，没有州县卫发给的路引（通行证）者，民以逃民论，军以逃军论。里甲和关津把农民牢固地管束起来，强制他们屈从于地主和封建国家的统治。
明太祖在加强专制集权政治过程中，对某些地区的豪强地主进行了打击，他曾经籍没苏州、嘉兴、松江、湖州等地豪族富民的土地，并把全国各地近两万户的富民强行迁徙到临濠和南京，避免他们为害地方，也为借其力量，充实和繁荣京师。为制止严重的贪污行为，明太祖对贪官污吏实行苛刑峻法。在洪武十五年（1382）的空印案和十八年的郭桓案中，数百名官吏被处死刑，下狱达数万人，追赃达数万石。这对加强中央集权的统治和肃清吏治方面有积极作用。明太祖还两次兴起大狱，打击功臣和官吏、富豪。十三年丞相胡惟庸案，牵连被杀者达三万人，公侯伯坐死者二十余人；二十六年蓝玉案，被杀者亦有一万五千余人，公侯伯坐死者十五人。两案初为解决统治阶级内部相权与君权的矛盾而兴，后发展为明皇室与功臣之间的矛盾斗争。“胡蓝之狱”其实是朱元璋为加强中央集权、提高皇权而使用的手段，但杀戮太过，株连甚众，对明朝政权的巩固带来了严重的后果。
明太祖在加强专制主义中央集权政治的同时，还把他的二十四个儿子和一个从孙分封为王。一部分授以兵权，如秦王樉、燕王棣、晋王棡、宁王权，命他们驻守北方，节制沿边兵马，防御蒙古，号塞王；另一部分则驻于内地各省，如周王橚、齐王榑、鲁王檀等，监督地方官吏。在诸王中，以北方诸王势力最大。为避免权臣擅政，明太祖又规定，诸王有移文朝廷索取奸臣和举兵清君侧的“靖难”之权，但怕诸王权势日大，威胁中央集权的统治，又申明诸王“惟列爵而不临民，分藩而不锡土”。这种分封制度主观是为加强皇帝的统治，但在客观上也造成了诸王割据的局面。
洪武三十一年（1398）闰五月，明太祖死，皇孙朱允炆即位，是为建文帝。朱允炆及其大臣齐泰、黄子澄鉴于北方诸王势力太大，决定削藩。他们欲先废力量较小的藩王，再及于拥有重兵的燕王朱棣。建文元年（1399），朱棣以入京诛奸臣为名，向南京进兵，明统治集团内部的斗争演变为武装冲突，此即靖难之役。经过四年的战争，燕王打败建文帝，夺取了政权，朱棣即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。
明成祖朱棣像
朱棣（1360～1424），明朝第三代皇帝。明太祖朱元璋第四子，受封燕王，镇守北平（今北京）。建文元年（1399）七月，朱棣以“诛奸臣，清君侧”为名起兵，自称靖难。四年六月，攻破南京，夺取帝位，次年改年号为永乐。明成祖登基后，迁都北京，稳固了北方边境，更深远影响了此后数百年的地理政治格局；他数次派遣郑和下西洋，取得世界航海史上的伟大成就；他还投入大量的人力物力，编撰《永乐大典》，修成中国古代最大的百科全书，传承了华夏文明。
京营
朱棣在巩固专制主义中央集权政治方面进行了重大改革。主要有：⑴继续削藩。先后把被封在北方的诸王迁徙至南方，如徙谷王于长沙，徙宁王于南昌，削去辽王、代王的护卫等。又处置齐王榑于京师（南京），不使离朝。有的藩王被废为庶人。从此分裂割据势力更加削弱，军政大权再度集中于皇帝手中。⑵进一步调整中央行政机构。设立内阁，内阁成员由皇帝选拔翰林院等衙门的小官担任，可参机务，做顾问，在皇帝的指挥下协理政事。⑶重用司礼等监宦官，给宦官以出使专征、监军、分镇、刺官民隐事诸大权。又在北京成立东厂，由宦官统领。东厂与锦衣卫合称厂卫。厂卫的出现，标志着君主专制的加强。⑷军事上，卫所制度发展得更加完备，军屯也更有成绩。洪武时，京师设五军营，永乐时，还有三千营和神机营（见京营）。⑸迁都北京。明成祖经营北京数十年，早就计划要迁都北京。永乐十九年（1421），明政府正式以北京为京师。在当时形势下，永乐迁都有利于抗击从北边袭来的蒙古人的威胁，又能进一步控制北方地区，对于巩固边防以及维护全国的统一都有积极意义。朱棣统治时期，以妥欢帖睦尔及其后裔为首领的北元政权已经崩溃。蒙古各部互相仇杀。明朝对兀良哈、鞑靼和瓦剌三大部采取羁縻和防御并用的政策，在兀良哈地区设置了朵颜、泰宁、福余三卫，给其首领以都督、指挥使、同知等官，又先后封瓦剌部、鞑靼部首领为王，给以印信，准各部与明朝贸易，并许其迁来内地居住。同时明朝又积极加强北方的兵备，屯田练兵，防其南侵。永乐八年到二十三年，明成祖曾亲自率兵，五次出塞，先后打败本雅失里、阿鲁台和马哈木的军队，使鞑靼、瓦剌两部遭受很大的挫折。
奴儿干都指挥使司
明政府设置于黑龙江、阿速江（今乌苏里江）、松花江以及脑温江（今嫩江）流域的地方军政机构。简称奴儿干都司。洪武年间，黑龙江下游奴儿干地区的元代故臣多归降明政府。永乐七年（1409），设立奴儿干都司。都司的主要官员初为流官，后为世袭。管辖范围西起斡难河（今鄂嫩河），北至外兴安岭，东抵大海，南接图们江，东北越海而有库页岛。宣德九年（1434），奴儿干都司正式废弃。
永乐七年，明政府在东北地区设置奴儿干都指挥使司。奴儿干都司管辖的卫所初有一百八十四卫，后多至四百余卫，这对加强边疆与明朝中央政府的联系，对广大东北地区的进一步开发以及各族人民之间经济文化的交流，都起了很大的作用。