南朝继东晋之后，玄学清谈仍然在士大夫中流行，宋刘义庆的《世说新语》即此种风气下产物。梁范缜根据玄学崇尚自然的思想，运用辨名析理的方式，著《神灭论》以破佛家的因果论，引起一场有名的争论。南朝经学以梁代为盛，对以往经学各派进行综合与取舍，学风比较自由开放。南朝重礼学，反映门阀世族的要求。治经方式上则受佛教讲经影响，流行讲疏、义疏体裁，成为介于义理与训诂之间的经学著作。
佛教方面，宋代僧人道生主张一切众生皆有佛性，人人皆可通过顿悟方式而成佛。陈代印度高僧真谛为鸠摩罗什以后玄奘以前的译经大师，译出《摄大乘论》及《摄大乘论释》，提出统摄一切心理活动的“阿黎耶识”学说，以它为一切事物赖以产生和变化的最后根据，也是精神创造物质学说的理论根据。道教方面，宋代道士陆修静整理道经，总括为“三洞”分类法，成《三洞经书目录》，为后代所遵用。梁陶弘景主张融合道家内丹外丹之说，兼顾养神与养形，并编造出新的神仙系统。南朝的道教思想往往把道教的炼形、佛教的澄神、儒家的养德融为一体，致力于会通佛道两教以至儒家学说。南朝僧人也往往兼通外典，喜作玄学清谈。
随着山水诗的出现，长期以来的以表现人物为主的绘画传统开始转变，山水景色也成为绘画的内容。南朝还有不少以人物画著称的画家，也有人在团扇上画出“咫尺之内而瞻万里之遥”的山水。南齐谢赫撰著了研究绘画理论的《古画品录》，而他所总结的“六法”，已不仅限于人物画，对后世有很大影响。南朝书法也名家辈出，王羲之后裔、由陈入隋的僧人智永所写千字文，是今天能看到的南朝名迹。
南朝的科学也颇有成就。宋齐时人祖冲之是世界上第一个将圆周率的准确数值算到小数点后七位数字，即3.1415926和3.1415927之间。南朝时，历法有所改进，炼钢技术有所提高，在医学和药物学方面，陶弘景作过显著贡献，他的《肘后方》广泛流传，很有影响。
（周一良）