公元13世纪，蒙古在成吉思汗及其子孙各汗国国主的领导下，逐渐成为了世界幅员最为辽阔的帝国，而它们从西伯利亚草原上的游牧民族成为世界统治者的过程，也是世界军事历史上最成功的征服行动之一。自成吉思汗将原先各自为政的蒙古游牧部落统一之后，蒙古人在马背上向西征服世界的过程中罕有败绩，整个欧亚大陆的版图都已经被蒙古人重新划分了。而日本作为一个岛国，却在蒙古帝国建立后的整整70年里并未受到影响。当时日本虽然在经济和文化方面与中国、朝鲜渊源颇深，但由于自平安时代便中断了与后两国之间的正式外交联系，直到蒙古人占领整个亚洲东亚大陆，并将矛头指向日本之后，日本这个相对封闭的岛国才被重新推向国际舞台。而举兵攻日之人，就是元朝开国大帝忽必烈。
1271年，忽必烈在北京建立元大都，登基成为元帝国皇帝，使自己手下那些原先居住在蒙古包中的游牧部落逐渐定居到了汉族城市中。在元帝国建立仅仅三年后，忽必烈就开始计划将日本纳入自己的统治之下。与西亚大草原上那种蒙古人熟悉的机动战争不同，这一仗将从朝鲜的港口和河流入海口展开。尽管蒙古人擅长马上作战，但想要入侵日本，他们就不得不将大部分战马丢在身后，乘船登上日本徒步作战。而对13世纪的日本武士们而言，他们也还未曾体验过大陆式的大规模战斗，对朝鲜和中国步兵所采用的密集队形以及弓箭齐射战术也一无所知。总体而言，双方均要投入一场自己并不擅长的战斗中。
在过去的几个世纪中，中国、朝鲜、日本三国的关系一直在战争与和平之间摇摆不定，而忽必烈治下的元帝国总算是首次捅破了战争的窗户纸。1274年元帝国对日本的首次进攻也是亚洲大陆军队首次从朝鲜跨过对马海峡（亚洲大陆距日本最近的航线）进行跨海作战。在此之前，由于被称为“倭寇”的日本海盗频频前往亚洲大陆进行抢劫，日本人当时在东亚大陆的名声并不好，甚至很多中国和朝鲜人将自己参与蒙古军队进攻日本看做是对倭寇的报复。
元世祖忽必烈
作为进攻日本的跳板，朝鲜与蒙古人首次发生冲突可以追溯到几十年前，当时蒙古骑兵在追击契丹人的过程中跨过了鸭绿江，并要求朝鲜方面为其提供给养，但却遭到朝鲜官府拒绝。盛怒之下的蒙古人不再追击契丹人，反而对朝鲜进行劫掠。到1231年，在蒙古人攻克了朝鲜北部一系列要塞之后，高丽王朝被迫逃往江华岛避难。在蒙古扩张过程中，这是他们第一次面临跨海战斗。虽然江华岛与朝鲜大陆之间的海峡仅有一公里宽，但蒙古人却拿不出任何办法来跨过这个水沟，更没有办法迫使高丽朝廷投降。对于四十年后的侵日之战而言，这场战争要算是一个非常不好的预兆。
在对朝鲜继续发动了数次突袭之后，蒙古军队于1254年再次踏入了高丽领土，而这一次蒙古人又和上次一样被迫在江华岛面前止步。直到1258年，高丽朝廷的内乱才使得蒙古人有了攻克江华岛的机会。在先前的几次战役中，江华岛的防御并非由高丽国王指挥，而是被交给了一批坚定抗击蒙古入侵的朝臣。但当主战派的领袖被刺杀之后，高丽国王重新接过了朝政和军事大权，并表示希望和蒙古签订和平协定，甚至还给蒙古人送去了人质。
在蒙古骑兵不断进入高丽王国进行突袭劫掠的过程中，绝大部分的蒙古首脑却将注意力集中到了一个更大的计划上——征服西夏、金以及南宋。在成吉思汗及其继承人所进行的一切战役中，这个计划是耗时最长、过程最为复杂的。从成吉思汗进攻西夏开始，直到1279年才由其孙忽必烈征服南宋画上句号。无论是叙利亚、俄罗斯、波兰还是后来对日本发动的首次进攻，都是与进攻征服西夏、金以及南宋同时进行的。由于这片土地幅员辽阔，蒙古军队在征服的过程中不得不面临无数困难。在整个征服过程中，蒙古人也在经历着由游牧民族向封建帝国的转变，这点差异从成吉思汗所住的蒙古包和忽必烈所居住的皇宫就可见一斑。
1232年，蒙古大将速别额台率领大军攻克开封，宣告了金的灭亡。到了此时，南宋非但不为蒙古人的野心感到担心，认为凭长江天险即足以将北夷拒之门外，因此对于自己长久以来的对手金国灭亡而欢欣不已。他们没有意识到的是，正是金国的存在，才为南宋构成了一道阻止蒙古人入侵的屏障。现在这道屏障已经消失，南宋上下却鲜有人为此担心，反而是金国的使者告知南宋，现在宋王朝要面临远比金更为可怕的敌人了。自此之后，蒙古人就开始了进攻南宋的准备工作，期间只因蒙哥汗逝世而在1259年暂时停顿。托雷的四子忽必烈在继承汗位之后，开始向南宋发动猛攻。蒙古侵略战首先由1260年至1262年间的突袭劫掠拉开序幕。1265年，双方在四川爆发了第一场大规模会战，蒙古军取得完胜，击败宋军占领四川，并夺取了146艘宋军战舰。在过去上百年时间里，宋朝对于水军的发展始终相当重视，并在临安和长江沿岸各地建立了不少造船厂，几位皇帝也经常亲自前往造船厂视察。宋朝建立强大水军最初是为了应对倭寇和其他海盗在东南沿海的劫掠，但这些战舰很快就在抗击金人入侵的战斗中证明了自己的重要性。忽必烈选择俘获而非摧毁宋军战船，表明他已经认清蒙古必须拥有自己的水上力量。作为一个马背民族的领袖，他对于制海权重要性的认识惊人地具有预见性。在攻克朝鲜后，高丽王国在被征服之后，也将战船转交到了忽必烈手中。到了此时，蒙古人已经拥有进行跨海作战的能力了。
攻克四川之后，蒙古大军将矛头转向了重镇襄阳，并展开了围攻。在围攻过程中，攻守双方均表现出了惊人的战斗力，使战斗不停陷入僵局。最终这场轰轰烈烈的大战进行了足足五年，襄阳才落入了蒙古军手中。攻克襄阳后，忽必烈没有浪费任何时间，迅速挥军向南宋首都临安挺进。忽必烈军中最能干的将领伯颜在1275年率军渡过扬子江，并在一系列战役中利用大量抛石机和弩炮将宋军击败。在扬州围攻战中，伯颜利用配重式抛石机和各种爆弹不断轰击扬州城，将城墙、庙宇和塔楼摧毁，攻克扬州。在继续向临安进攻的过程中，宋军的堡垒一座接一座被伯颜攻克，很多惊魂未定的宋军方一见到蒙军便举手投降了，临安也不可避免地落入蒙军手中，宋恭宗赵隰被伯颜俘获。赵昰和赵昺在重臣保护下逃出临安，前者于1276年在福州登基成为宋端宗。此后蒙军攻势不减，很快就攻至福州城下，赵昰、赵昺二人不得不再次向南逃亡，并最终抵达雷州。1278年，赵昰驾崩，赵昺登基成为宋朝末帝，但很快就在蒙军追赶下再次南迁逃往崖山。1279年，蒙古大军包围崖山，企图再次乘船逃亡的宋军被蒙古舰队切断去路，包括赵昺在内的800余名宋朝皇室全部跳海自杀，为延绵300余年的宋帝国画上了悲壮的句号。
作为成吉思汗以来蒙古军所面对的规模最大的侵略战，忽必烈似乎本应将全部力量集中在灭宋之战上。但早在1274年，蒙古人就集中战舰展开了首次侵日作战。要么是出于掠夺日本黄金的意图，要么是出于蒙古征服世界的“天命”意识，又或者是为了将日本拉入东亚官方贸易圈，忽必烈是出于什么原因选择在完全征服南宋前就进攻日本，目前已经无法获知。
由日本僧人宗性抄写的忽必烈国书
1266年，忽必烈首次派出两位使臣前往日本，向日本传达国书，要求与日本建立“友好邦交”，国书的字里行间饱含着对日本的武力威胁。忽必烈的使臣们在出发后首先前往朝鲜，并要求后者派出向导，帮助使臣横渡对马海峡。但朝鲜官吏们却劝阻元朝使臣，不要在此时穿过那片海况恶劣的海峡，而且即使船只能够抵达日本，那些“固执而坚强，完全不懂得礼节和规矩”的日本人也很可能让他们死无葬身之地。朝鲜人的这些描述无疑与先前几百年里中国人对日本的印象完全不同。
就是在这种情况下，忽必烈要求与日本建立“友好关系”的国书送到了日本人手中，很快就引起了公卿和武家两方面的激烈讨论。不过无论是公家还是武家，均拒绝接收忽必烈的来信。高丽使臣只得两手空空地回国，而这次外交挫败也成了促使蒙古人远征日本的第一个导火索。
1269年，由70名朝鲜人和蒙古人组成的使节团前往日本对马岛，再次要求日本政府对忽必烈的国书给予回应。这一次朝廷本打算做出正式回应，但却遭到幕府阻拦。使节团再次空手而归，只得绑架了两名对马岛民带往元大都。在为元大都的辉煌奢华所震惊后，二人没有受到任何伤害即被送回日本。作为一种外交手段，忽必烈希望二人在目击了蒙古的巨大实力后回到日本大肆宣扬自己的所见所闻，以日本人自己的亲眼所见来慑服日本政府。在此期间，幕府终于开始认真讨论应如何回应忽必烈的国书，并提出了一份回复草案，但最终还是没有送交给忽必烈。
1270年底，忽必烈派出赵良弼前往日本时，本想为后者派遣3000人马作为护卫，对日本进行明确的军事威胁，但赵良弼最后选择只带24名随从人员出使。对赵良弼而言，这次出使即漫长又危险。首先，在使节团到达朝鲜后，高丽朝廷却不准他们立刻前往日本，因为高丽朝廷已经自行派遣使者前往日本进行游说。当1271年赵良弼终于抵达日本之后，却险些遭到日本人的攻击，虽然没有被杀，但还是被送进了一个木棚子里关了一天。在此之后，赵良弼最终抵达了日本九州岛的行政中心太宰府。不过他并没有得到亲自觐见“日本国王”的许可，最后经过劝说只得将忽必烈的国书转交给太宰府的日本官员。在无法得到回复的情况下，赵良弼被迫回国。1273年，赵良弼再次出使太宰府，等待幕府回复，最后仍然只能悻悻回国。虽然赵良弼满怀愤怒，但在面见大汗报告时却还是劝阻忽必烈不要进攻日本：“其地多山水，无耕桑之利，得其人不可役，得其地不加富。况舟师渡海，海风无期，祸害莫测。是谓以有用之民力，填无穷之巨壑也，臣谓勿击便。”不过到了此时，忽必烈早已下定决心，不容赵良弼劝阻了。
早在1267年，在高丽使者仍然滞留在日本的情况下，忽必烈就急不可耐地要求高丽国王提供士兵、战舰以及足够大军三个月消耗的辎重，为远征日本进行准备，并命令高丽王国准备好1000艘大型战船。在忽必烈命令下，高丽国王动员了一万名士兵，并开始了战船的建造工作。但比较有意思的是，即使到了此时，忽必烈也从未在任何命令中指明其进攻的目标就是日本。对这位大汗而言，其当务之急仍然是征服南宋。在命令朝鲜进行军事动员同时，忽必烈派出的勘测人员并没有前往对马海峡，而是去到了朝鲜西南方向的岛屿进行调查。这里并不是远征日本所要经过的道路，但却是对南宋进行海上封锁的绝佳基地。至于日本，忽必烈此时已经知道这个岛国仍然与南宋保持着贸易关系，倘若使臣能够劝服日本放弃与南宋的联系，则蒙古征服南宋的工作就将会轻松很多。虽然在此时的忽必烈眼中，日本只是个国土面积不大的小岛，但为了征服他所面对过的对手中最为强大的南宋，也不能简单地将日本忽视掉。
在蒙古人进行外交努力的同时，高丽王国的军事动员却引发了朝鲜一批强硬派指挥官发动史称“三别抄之乱”的兵变，（“别抄”本是高丽崔氏王朝对以防盗为名建立的近卫军，后来规模逐渐扩大，分为左别抄、右别抄和神义军三别抄，成为了重要的政治力量），这些人罢免了主和派官员，决定继续抗击蒙古入侵。高丽朝廷此时非但不领导人民支持抗击外敌，反而主动邀请蒙古军队进入高丽境内镇压叛乱。到1270年，叛乱基本被压平，主战派幸存者逃往南方的济州岛。三年后，高丽国王的世子与忽必烈的女儿结婚，由于国王已与蒙古人缔结姻亲，济州岛的抵抗也渐渐停止。在蒙古人与高丽朝廷在大陆上逐渐达成和解的过程中，济州岛大部分土地都被转交到了蒙古人手中，成为了放养蒙古马的马圈。蒙古人最初表现得极为慷慨，仅要求高丽国王臣属于忽必烈大汗。但仅仅一年之后，蒙古人就开始无视高丽朝廷权威，在朝鲜境内强征壮丁、民夫，并征用了朝鲜所有海军资源，而其目的便是对日本发动进攻。随着济州岛抵抗的停息以及1273年蒙古与高丽的和亲，忽必烈彻底将朝鲜握在了手心，远征日本的跳板也终于设置完毕了。
日本之所以三番五次拒绝回复忽必烈的国书，很有可能是因为当时的幕府并不认为蒙古人所威胁的入侵会成为事实。而无论是公家还是武家，都在忽必烈的国书中找到了很多令他们不满之处。在日本人眼中，虽然国书表面上语气温和，但却将天皇称为“日本国王”，显然是将日本视作了中国的一个册封王国。自平安时代以来，日本一直拒绝以向中国天子称臣为代价换取中国对日本国内的正式贸易资格。如果此时突然对蒙古称臣，那便将打破双方对等的外交地位。此外，尽管与南宋之间没有建立正式的外交关系，但日本对于双方的经济、文化交流却十分满意，因此没有任何理由为讨好蒙古而背弃正在抗击蒙古入侵的南宋。
直到1274年之前，幕府的动员令都仅限于九州地区，直到蒙古第一次远征后，才开始动员本州的武士前往九州加强防御。造成这一结果的原因有很多种可能。首先，幕府有可能低估了蒙古人的战斗力，或者在下达动员令时仍然没有足够认真地对待蒙古的威胁。另外一种可能就要简单得多，即幕府认为将东国地区的武士调往九州从后勤角度讲很难实现。如何在九州供养、驻扎一支集中全日本军事力量的大军对幕府而言本身就是一个问题，一旦战役演变成持久战，则问题会愈发严重。因此，当1274年蒙古远征军在九州登陆时，镇守在博多海岸的当地武士便成为了全日本命运的决定者。
在博多海滩上驻防的少贰景资等武士。在1274年战役中，所有参与了战斗的日本武士均来自于九州当地
九州北部的博多之所以成为蒙古远征目的地，完全因为其地理位置距朝鲜和中国最近，行动较为便利。自710年起，九州的太宰府就成为了日本对外贸易、交流的中心基地，作为太宰府出海口的博多商业发展也较为兴隆。现今的太宰府市位于福冈县，与博多毗邻，而当时的太宰府政厅即位于今天的太宰府市区以内。在710年至1274年之间的几个世纪间，太宰府附近的山丘上便建有两座小型要塞，保护太宰府不受外敌侵略。此外，在太宰府与博多海岸之间还设置有被称为水城的防御工事，后者在抵抗蒙古远征期间也发挥了一定作用。
1196年，武藤资赖以镇西奉行一职进驻太宰府，管理整个九州，确保当地能够按照幕府意愿行事。1221年，意图恢复皇权的承久之乱未遂而终之后，幕府为进一步压制朝廷在九州的势力，授予武藤资赖太宰少贰的官位。虽然太宰少贰在理论上并非太宰府的最高长官，但事实上由于官位更高的太宰大贰并不会亲自到太宰府上任，而只需留在京都，因此武藤资赖便成为了太宰府的实际控制者，并在幕府授意下将全日本的外交事务握在了自己手中。武藤资赖担任少贰期间处理了很多外交危机，其中就包括倭寇劫掠朝鲜沿海的事件。对于这一事件，武藤资赖毫不手软，在高丽使团前往日本交涉期间抓捕了90名海盗，并给予斩首的严惩，为日本正规武士与海盗划清了界限。
到武藤资赖之子资能担任镇西奉行时，“少贰”已经被武藤家用作姓氏。忽必烈的国书也由少贰资能送交给镰仓幕府。同时，资能的儿子少贰经资还是肥前、筑前、筑后以及对马和壹岐等地守护，不过他本人并没有直接参与到抵抗蒙古远征的战斗中。在前线指挥将士抵抗蒙古大军的是经资的弟弟少贰景资，他也因此成为了日本历史上著名的英雄人物。在1274年蒙古第一次远征日本时，经资年仅12岁的儿子少贰资时便随叔父景资上阵杀敌。到1281年时，19岁的少贰资时也成为了一员大将，成为了在壹岐岛抵抗蒙古最后远征的英雄，为后世的日本武士所崇拜。
除少贰家统御的三国二岛以外，九州剩下的六国分别由大友氏和岛津氏担任守护，而这两个家族也在战争中贡献颇多。在1274年，岛津久经是萨摩、日向和大隅三国的守护。在1281年之后，岛津氏也在很多年里一直参与守博多的重任，以防蒙古再次远征日本。同时，在蒙古远征期间，丰后、丰前、肥后三国的守护由大友赖康担任。不过首当其冲面对蒙古大军的并不是少贰氏、大友氏或岛津氏的人马，而是对马岛的地头代（副地头）宗助国，紧接着则是壹岐岛的守护代平景隆，直到这两座岛屿被蒙古人荡平之后，才轮到九州三氏出场抗敌。
在征服亚洲大陆过程中，蒙古人与日本武士同样以骑射闻名，但装备要远比穿戴大铠的日本武士更轻便，其大部分骑兵均为轻骑兵，并没有铠甲。蒙古弓由牛角和竹子粘合而成，弓弦则由牛筋制成，虽然蒙古弓的长度要比日本长弓短很多，但射程却要更远，而且其精确度作为一种骑射武器而言也十分优秀。每位骑射手均拥有两到三张弓，行军时保存在专门的弓袋中。在双方接近到白刃距离时，骑射手会将弓箭收进弓袋，拔出刀刃略带弧度的马刀，此时蒙古人通常在马腹或者后背携带的圆盾也能够为骑手和马匹提供一定保护。此外长矛或者战斧也是蒙古骑兵经常使用的近战武器。除以骑射手为主的轻骑兵以外，蒙古人也有一些真正的重骑兵，其中地位较高者甚至连马匹也拥有皮质铠甲，但也有一部分蒙古重骑兵并不穿着专门铠甲，而是在皮袍表面缝上金属片加强防护。这些重骑兵在战场上并不依赖骑射技巧战斗，而是以短刀或短矛进行密集地冲锋。
蒙古重骑兵使用冑。在1274年战役中，由于大部分兵员都来自于朝鲜，因此仅有少量蒙古人参加了战斗
除骑兵以外，由于到1274年时蒙古人已经将中国北部和朝鲜收为囊中之物，因此忽必烈也得到了大批经过统一训练的步兵。相比于通常与民兵无异的日本足轻，无论是中国还是朝鲜步兵都可以利用密集的方阵进行战斗，他们有时也会携带盾牌对自己加以保护。此外，这两国的弓箭手还能够在号令之下向对方进行弓箭齐射，以密集的箭雨击垮对方。
蒙古人在登陆日本时使用的所有武器中，对日军造成最大震撼的无疑便是名为震天雷的炸弹，这是整场战役中最引人瞩目但也最神秘的新式武器。在蒙古人到来之前，日本战场从未见识过任何形式的爆炸性武器，这也导致大受震惊的日本人在后来很长一段时间中都认为蒙古人远征日本时在船上安装了火炮，并以蒙古人曾在13世纪下半页以火炮攻城为佐证。但事实上蒙古人并没有在战船上安装任何火炮，而是利用弩炮发射头部装有炸药的巨矢。
震天雷最早发明于北宋时期，但其实际投入使用的记录却要迟至1221年才首次出现。由于亚洲大陆上的步兵队形更为密集，因此震天雷爆炸时会造成大量人员伤亡，南宋就曾有一位将领被震天雷炸瞎。在1267年的襄阳围攻战开始阶段，蒙古人学会了震天雷的制造和使用方法，并将其应用到了围攻中，不过与此同时，由宋军步兵投掷的震天雷也给蒙古人带来了巨大伤亡。入侵日本时期，蒙古人使用了几种不同的震天雷，有些是采用金属外壳，有些则采用软质的纸制外壳。在《八幡愚童训》中，记载着蒙古人同时使用“铁弹”和“纸弹”的记录，并详细描述了蒙古人如何投掷除那些“可怕的铁弹”，以及它们如何“从山坡上隆隆滚下，发出惊雷一般的响声和闪电般的闪光”。
令人惊讶的是，现存关于蒙古远征军的文字记录非常少。明朝初年，宋濂、王濂在《元史》中仅记载有远征的大体内容。而在日本方面，关于远征军的记载主要集中在一本名为《八幡愚童训》的书中。虽然后者的主要内容着墨于战前日本人是如何向战神八幡菩萨祈祷，并最终获得战争胜利，但对于双方军队的战斗情况，也同样是重要的参考。此外，一位名叫竹崎季长的武士为彰显自己在抗击蒙古远征时的功绩，也曾专门请画师为自己创作了名为《蒙古袭来绘词》的绘卷。
蒙古人在日本使用的震天雷
世界各地所有关于中世纪战争的文献中，关于参战人数的记载往往都被惊人地夸大了，1274年和1281年蒙古两次远征日本也不能例外。虽然现在日本仍保存有很多征调东国御家人前往九州的命令，但这些命令却对御家人或足轻的具体数量只字未提。《八幡愚童训》中记载的102000人无疑是过于夸大的，而且该书还声称蒙古大军十倍于己。相比之下，《元史》也记载日本军队总人数达到了并不现实的10万人，蒙古部队却仅有25000名蒙古、汉族士兵，8000名朝鲜士兵以及900艘战船。《剑桥日本史》的作者石井进根据现存的行政文件估算，在1275年有120余位武士头领因文永战役中的功绩获得封赏，这些人手下分别拥有5至100名郎党。但任何文献中都无法找到这些将领手下部队的具体人数。如果这些将领平均每人拥有30名郎党，则日军总数就会在3600人左右，但如果平均每人拥有50名郎党，这一数字就会提高到6000人左右。再加上那些没有获得封赏的武士，在1274年战役期间，参战的武士数量应在4000至6000人之间，而足轻的数量要远大于此，使总数超过了入侵舰队。蒙古、朝鲜联军实际在博多登陆人数应为30000人左右，但其步兵所受的训练却远非日本足轻所能相比。
按照最初计划，蒙古舰队应在1274年7月起航前往日本，但却由于各种军备后勤等原因延迟了三个月之久。1274年10月3日，蒙古远征军从朝鲜南部起航，其航程第一站是位于九州与朝鲜中间的对马岛。对马事实上由两个岛屿组成，中间由一条极为狭窄的海峡分隔。蒙古部队分四路在两岛的西侧同时登陆，其中两路指向北岛，规模较小的一路指向海峡，规模更大的一路直指南岛的佐须浦地区。佐须浦地区拥有对马岛最大的海湾，湾内海滩则是一片沙地。根据宗助国一族后人编写的《宗氏家谱》记载，蒙古人总计有8000名士兵参与了登陆行动。
10月5日夜间，驻守在对马岛西海岸的哨兵发现蒙古舰队来袭，并立刻将这一消息汇报给了时任对马地头代的宗助国，后者急忙拼凑出了一支防守部队。在蒙古人来袭之前，对马岛的八幡神社发生了一场小火灾，很快就被扑灭了。在当时的日本，神社着火原本应是凶兆，但火势不仅很快熄灭，而且在火灾之后，人们发现有一群白鸽聚集在神社屋顶，而在自古以来流传的日本神话中，白鸽正是八幡菩萨的信使。再加上不久之后便收到蒙古人来袭的报告，岛上的武士们认定神社着火不仅绝非凶兆，而且还是八幡菩萨自己在神社点燃烽火，警告地头代有敌军来袭。
5日至6日夜间，宗助国率领着80名骑马武士和一些足轻跨过一座小山，奔赴佐须浦海滩，并在次日凌晨做好了防御准备。10月6日凌晨2时，蒙古登陆军开始上岸，两小时后双方爆发了激烈搏斗。战斗开始之前，宗助国的两位郎党驾着小艇出海，从遮天蔽日的蒙古舰队中间穿过，前往太宰府报告敌军来袭的消息。
为判明蒙古人来此是何意图，宗助国还特地带来了一位通晓外语的翻译，但蒙古人根本没有打算和日本人谈判，而是将猛烈的箭雨射向日军。第一批登陆对马的蒙古军人数超过1000人，十倍于宗助国带来的80骑人马，而且还能得到战船上搭载的弩炮掩护。蒙古军和日本人两种完全不同的战斗方式终于正面遭遇了，在蒙古人射出第一波箭矢之后，宗助国及其手下也立刻拉弓还击，利用高超的射术射杀了不少蒙古士兵，但自己的手下也相继为蒙军矢石所杀。由于佐须浦海滩上有一片较为茂密的树林，弓箭齐射的威力遂大为减弱，蒙古步兵也无法施展方阵的威力，只能依靠数量优势压倒日军。在这种能够完全发挥武士个人战斗力的战斗中，宗助国得以给蒙古军造成一定打击，还射杀了至少一名蒙古将领。
可无论宗助国手下80勇士如何英勇，也还是无法抵抗在数量上占据压倒性优势的蒙古人。短短几分钟之内，便有20名武士阵亡，战斗力愈发薄弱。按照《宗氏家谱》记载，宗助国在马上拉弓放箭，射杀不下10名敌军，其子宗右马次郎还将一名蒙军大将射杀。见此情景，宗助国策马向前，鼓舞士卒拼死杀敌。仅剩的几十名手下在其感召之下奋不顾身冲进蒙军阵线之中，但最后还是寡不敌众，全军覆没。获胜的蒙古人立刻又施展出其征服亚洲大陆时的野蛮手段，放火烧毁了佐须浦附近所有民宅，将岛上全部男性一律屠杀，女人则被刺穿手掌，用绳索将手心穿在一起，扣为奴隶。
攻克对马之后，蒙古舰队忙于屠杀破坏，没有立刻出发前往壹岐岛。直到10月14日凌晨，舰队才重新起航前往比对马要小很多的壹岐岛，并在壹岐岛北部登陆。与对马岛相同，少贰经资虽然名为当地守护，但身在九州的他并没有参与战斗，当地的实际军事权力则交给平氏后裔的守护代平景隆负责。自收到对马岛遭到攻击的消息之后，坐镇樋诘城的平景隆便派人向太宰府求援。樋诘城虽然名为城池，但与后来战国时代和江户时代的石筑大城相比，樋诘城只能算是一座军营，其四周仅设有木制围墙和瞭望塔，只有城门是经过特别加固的，但也同样由木材建造。不过对平景隆而言，樋诘城的存在并非用来抵御蒙古军的直接攻击，而是在他率领麾下武士前往滩头迎击敌军攻击时为妻儿提供避难所罢了。与在对马岛上发生的情况相同，壹岐岛上的日本武士在开战之初也遭到了弓箭齐射的打击，只得一边后退，一边尽可能进行还击。夜幕降临后，蒙古人退回到了自己的战舰上过夜。遭到沉重打击的平景隆也无法继续坚守海滩，转而率领残部返回樋诘城，试图守城等待九州本土的援兵。
第二天上午，大批举着红色旗帜的蒙古士兵将樋诘城团团包围了起来，樋诘城内人人披挂，就连女性都做好了上阵的准备。面对绝境，平景隆所能做的也仅有派出自己的女儿在一位武士保护下前往九州，向太宰府请求援助。根据一些著作记载，除樋诘城以外，岛上的女性全部被蒙古人俘获，并被强令在城边的树林中开辟一条可供大军通行的道路。在樋诘城门被攻破之后，平景隆决定率军发动决死突击。但当他们手持长弓冲到城门口时，却惊讶地看到蒙古人将日本俘虏用绳子从手心切开的空洞中穿在一起，组成肉盾，防止日本武士发挥弓术。面对此景，武士们只得将弓箭扔到一旁，拔出刀剑，直接冲进蒙古阵线之中。很快他们就为蒙古军的人数优势所压倒，平景隆撤回城内，与其妻儿一同自杀。在此之后，壹岐岛全面落入蒙军手中，手掌穿在一起的俘虏被蒙古人驱赶到战舰的船头，在进攻九州时继续当做人体盾牌。
攻陷壹岐岛后，继续前进的蒙古舰队在15日至16日夜间被松浦半岛和鹰岛的守军发现了。蒙古人对两地发动了突袭，斩杀了数百名日本军民。从松浦派出的求救使者很快就抵达了太宰府，而对马和壹岐的使者早已到此了。在三方面的警告之下，太宰府立刻下令九州御家人做好抵抗蒙古舰队登陆的准备。而且太宰府也正确意识到，如果蒙古大军的进攻目标是太宰府，那么他们便一定会在距离太宰府距离最近的博多湾登陆。只要蒙古人能够在博多湾建立滩头阵地，只需要向内陆前进一小段距离，即可攻抵太宰府了。
1274年蒙古舰队的航行路线
自源平合战和奥州征伐结束后，倚仗战功获得更多土地封赏的武士们已经有将近一百年时间没有获得大规模战争的机会了，而镰仓时代的日本农业技术又不足以使庄园主们通过开垦更多土地来获得令自己满意的收入，因此在听到蒙古人到来的消息后，武士们立刻展开了激昂的准备工作，《八幡愚童训》中写道：
“在九州各地，以少贰氏和大友氏为首，菊池氏、原田氏、松浦氏、儿玉党水军，甚至于神社人员、马夫，都想要比他人更为努力。”
10月19日蒙古一部分远征军首先在博多湾西侧的今津附近登陆，计划沿博多海岸向东前进，但却发现此处的地形狭窄，海滩也太过松软，不利于其步兵方阵的行动。便于当夜回到了船上。直到第二天，蒙古人才重新在百道原和箱崎分别登陆，并开始向太宰府前进。而对于这些行动，日本人似乎并没有加以任何干扰。
虽然源平合战时日本也曾出现过源义经这样的卓越指挥官，但到元寇来袭的时候，日军中却并没有这样的将领，武士们在博多海滩上仍然如一片散沙般毫无组织，因此也根本没有形成一条战线。根据所有现存史料记载，蒙古人在登陆后立刻便开始整队进攻，很快就使日本人陷入了一片混乱。蒙古步兵采取密集的方阵，由盾牌提供保护，以鼓点作为号令，进退自如的战术使日军很难应付。可真正起到决定性作用的却是战船上的弓箭和弩炮。若非这些火力的掩护，蒙古步兵无论如何也不可能获得足够时间完成登陆。按照《元史》记载，蒙古人首先占领了博多海岸附近的一些高地，并将船上的弩炮搬到岸上，才终于将守军逐退。
不过一旦蒙古步兵组成了密集队形，擅长于单打独斗的骑马武士在面对步兵方阵时便束手无策了。以小队作战的武士如果贸然对其发动进攻，便会立刻成为弓箭齐射的打击对象。更重要的是，武士们倾向于挑选身份更高的敌军进行射杀，这一习惯也很难在博多湾发挥作用。武士们根本无法确定异族将领的位置和身份，因此最终射杀的对方将领数量大大低于通常比例。这要算是日本武士第一次领略并非个人性决斗的全面会战。
《八幡愚童训》对战斗过程的记载也十分相似：
“蒙古人从战舰上登陆，骑上马，举起战旗开始进攻。他们敲着战鼓和铜锣，而且还会不时掷出铁制或纸制的炸弹。日本马在巨大噪音的惊吓中无法控制。由于无法控制马匹，武士们也无法迎战敌军。蒙古人在短箭的箭头上涂了毒药，很多人因此丧命。上万名敌军同时放箭，箭矢像大雨一样遮天蔽日。他们的步兵手持长矛，以密集队形前进。
“敌军大将在高地上指挥战斗，在部队需要撤退时敲响代表撤退的鼓点，在需要进攻时敲响铜锣，秩序十分严整。蒙古人在后退时便会掷出铁炸弹，其发出的巨大爆炸声，会使我方陷入混乱，武士们在一片惊恐中耳聋眼瞎，甚至分不清东西南北……”
很明显的是，虽然双方均以骑兵作为决定性兵种使用，但蒙古人的少量骑兵却可以得到有组织的步兵保护。而日本足轻本身却是需要武士保护的，导致骑马武士根本没有任何掩护可以依赖。这样一来，当蒙古重骑兵发动冲锋之后，一旦他们的秩序发生混乱，便可以退回到步兵阵线之后，整理行列之后再次发动冲锋，而骑马武士在遭到对方攻击时却寻求不到这种保护，只得任由对方驱散了。
不过在当天接下来的时间里，武士们虽然没有进行任何有组织的进攻，但却依然能够像蜂群一般与蒙古人进行激烈交战。百道原方向的蒙古军在相当长的时间里都被少贰经资的少量武士阻挡在那里。其所具有的弹性和机动性又使蒙古人无法对其加以决定性的打击。只有当日本守军撤退到预先利用竹排或木栅栏建造的临时阵地时，蒙古步兵才能够找到可以进攻的目标。直到在箱崎登陆的蒙古军击败当面的日本部队，并威胁到少贰经资后方时，后者才开始向太宰府败退。
到当天傍晚，日本人已经被迫向太宰府方向撤退了数公里距离，少贰景资决定依靠水城的防御工事抵挡蒙军进攻。水城本身并非城堡，而是一道在664年修建起来的城墙。当时日本担心遭到中国或朝鲜攻击，便在博多东南修建了水城，以抵挡从博多而来的外国军队。其15米高的城墙在博多湾内陆的丘陵之间延伸，绵延达40公里。外墙以内还建有更高的内墙，在必要时可以将博多湾的河流引入两道城墙之间。由于外墙高度较低，在将空隙灌满之后河水便会向外溢出，阻挡进攻者的行动。这也是这道防线被称为水城的原因。
博多海滩上的战斗
600年来从未遭到过外国进攻的水城如今成为了阻止蒙古军进入太宰府的最后一道防线。战斗在10月20日傍晚达到了高潮，水城防御的指挥官少贰景资正带领着两名家臣指挥战斗，远远望见了身高超过两米的汉族蒙古军副将刘复亨。少贰景资立刻拉弓放箭，正中刘复亨胸口，将其射倒。后者手下士兵赶紧将其救走，景资率军追击，俘虏了刘复亨的坐骑。由于失去了重要指挥官，而战船上的弩炮也已经无法再为登陆部队进行支援，蒙古人没能攻破水城，太宰府也终于没有被攻陷。
对日军而言幸运的是，蒙古人并没有选择在岸上过夜。夜幕降临后，蒙古军便开始返回战舰，并在撤退途中烧毁了所有日本民房和箱崎的八幡神社。而在率领朝鲜步兵参战的将领中，甚至还爆发了争论。有人认为虽然高丽军人数不多，但战意高昂，应该继续向内陆推进。但大部分人还是认为军队已经疲乏不堪，而且人数也不多，贸然向对方内陆推进必然会被敌方大军击溃，最终决定将部队撤回船上。事实上，如果蒙古人在第二天继续发动进攻的话，水城以及太宰府几乎肯定就要陷落了。
由于刘复亨身负重伤，其部将已经将本部撤回到战舰上，相邻的蒙古部队也跟着撤回到了船上，这一撤退也宣告了战役的结束。《八幡愚童训》中仅记载着战斗第二天早上，日本平民惊讶地发现昨天还如同乌云一样压在头顶的蒙古大军已经完全不见了，仅剩下一艘战舰搁浅在海滩上。
按照《元史》记载，当夜舰队遭遇了暴风袭击，大量战舰触礁，非沉即伤，人员损失高达13500人，相当于军队总人数的三分之一，高丽的一位将领也在风暴中溺亡。遭受如此惨重的打击，蒙古军只得撤回朝鲜。但真的是一场风暴袭击了蒙古舰队，就像后来1281年那样是“神风”拯救了日本么？按照现代历法，太平洋、日本海的台风季在阴历10月之前早应结束了。即使真的有风暴袭击了蒙古舰队，那也只能是由对流风引起的暴风雨，很难给舰队造成毁灭性打击。
值得注意的是，即使是十分注重“天佑神助”的日本人，也没有在《蒙古袭来绘词》和《八幡愚童训》中记载1274年战役中曾出现自然奇迹拯救日本的情况。仅有远在京都的公卿中纳言勘解由小路兼仲曾在日记中写道：“听说当数以千记的敌舰出现在海上时，一阵逆风刮起，将他们吹回了本国，只有几艘被留在了海滩上。大友赖康抓到了50多名敌军，之后这些俘虏都将被送到京都。”
作为蒙古第一次进攻日本，1274年战役持续时间非常短，双方均宣称自己获得了胜利。《元史》中不仅没有将1274年战役视作一场败仗，而且还在刘复亨将军的传记中写道他率军击败了10万名日军，而撤退只是因为大军已经耗尽了弓箭，无法继续施展弓箭齐射的威力。在这场被称为文永之战的战役中，蒙古远征军有三分之一的部队没能返回朝鲜。受史料限制，后世无法了解有多少蒙古士兵是死在了日本人的箭矢或刀枪之下。如果历史上并没有发生台风的话，那么武士们取得的战果要算是相当大了，而这些战果中大部分都应是在水城附近进行反击时取得的。若果真如此，无论蒙古军是否弹药殆尽，日军所取得的战果也足以迫使蒙古人上船撤退了。
无论此战是出于何种原因致使蒙古军只战斗了一天便撤回朝鲜，忽必烈都并不认为是蒙古军失败了，甚至还有可能会满意地认为远征军已经完成了任务。而对返回本土的高丽将领们而言，胜利或者完成任务的欣慰早已因朝鲜国力被压榨殆尽而冲淡了。大军返回朝鲜之后，高丽都城开城成为了远征军的首个落脚点，同时200名日本俘虏也被进献给了高丽国王。1275年初，蒙古将领们返回元大都，随行的还有一位朝鲜将军，其任务是将高丽国王的书信带给忽必烈，请求后者暂缓再次出兵日本的时间，以便让高丽能够休养生息，恢复国力。向蒙古人缴纳的重税、镇压三别抄之乱、建立远征舰队以及最后的远征本身给高丽的经济造成了巨大打击。如果蒙古人在未来的远征中仍然需要朝鲜人参与，就必须给予他们足够时间恢复国力。
1275年2月，忽必烈再次派出使团前往日本。使团担心刚刚与蒙古人进行了一次交战的日本人会对他们施以报复，因此花了整整两个月时间才抵达太宰府。此后这支使团出发前的担心便成为了现实，日本人为了报复蒙古人在对马、壹岐两岛上的屠杀，将使团送到了镰仓附近的江之岛全部斩首示众。直到使臣们被杀一个月之后，幕府才将忽必烈的新国书送到了京都朝廷手中，其内容与之前的国书没有太多区别，幕府和皇室也都没有给予回应。
由于注意力一直被吸引在了南宋方面，直到七年之后，忽必烈才得知使节团被全体斩首的消息。在此期间，他从将领们的口中听说日本人在1274年战役中已经被震天雷和步兵方阵吓破了胆，因此沉浸在日本即将降服的美梦之中，但同时却也并不放松军备，很快就开始了第二次远征的准备。大量蒙古军队被调入朝鲜半岛，高丽国王也受命重新建造一支远征舰队。不久之后，由于征服南宋首都临安的战役进入白热化阶段，围攻襄阳时的苦战又使忽必烈认清了进攻南宋所面临的巨大困难，朝鲜所接到的动员令暂时中止，蒙古将全部人力物力都集中到了中国战线上。在1275年临安陷落后，南宋依然抵抗了四年之久才彻底被蒙古征服。忽必烈及其谋臣们在战前即已经预料到了这一点，而且这位大汗还认为一旦中国被征服，只要给予其一定时间恢复战争所造成的创伤，中国南部地区的船只建造能力绝非朝鲜可比，蒙古的海军力量也能够得到极大加强。
七年的休战期也使日本得到了喘息之机。虽然日本国内一片狂喜，但北条时宗却能够认清，已经吞并了几乎整个亚洲大陆的蒙古人，迟早还会返回日本再做一次决斗。根据北条时宗的命令，全国所有六十五岁以下的男子都被编为预备役部队，甚至以往只负责保卫寺庙的僧兵都接到了随时准备前往博多的命令。在赏罚1274年战役中参战的武士时，所有在战斗中表现怯懦的御家人均受到了严厉的惩罚，另外则有120名左右的御家人因英勇战斗得到了封赏。九州专门组建了保卫海岸的部队，九州以外的御家人也开始逐渐被征调到博多附近。北条时宗的弟弟北条宗赖则被任命为本州最西端的长门国守护，负责保卫这块本州岛上最容易遭到攻击的地区。在日本于1277年首次得知南宋都城已被攻克之后，国内的紧张气氛再次升级，战备工作也开始加速。
两次蒙古入侵之间日军在博多海滩上修建的城墙
1276年，日本提出了一个大胆的计划，由守护少贰经资率军突袭朝鲜，毁灭对方的港口，以阻止那里的舰队再次驶向日本。按照计划，行动所需的士兵和战舰由九州本地负责，本州岛西部各国则为其提供物资和其他支援，九州地区甚至已经要求各家族武士上报手下拥有的足轻、武器和战船数量。不过这一胆大妄为的计划最终还是被取消了。
在商讨对朝鲜半岛进行突袭的同年，日军开始在博多湾海滩上修建一道石墙，希望借此先将蒙古军封锁在海滩上，再发动反击将其赶下大海。石墙与海岸线距离在50米左右，外侧面向大海，高2米，外侧石头垒成，内侧则为一道倾斜的土坡，骑马武士可以直接沿土坡骑马登上城墙。石墙建成后全长达20公里，能够将博多湾沿东西方向完全保护起来。日本原计划专凭武士之力，便可在两个月时间完成城墙的建设，但由于资金和人力的缺乏，其实际建造速度要远比计划更慢。不久之后，九州的其他庄园主们就接到命令，要求其提供资金和劳工。不过日本人忽略了一个事实——虽然博多湾无疑仍将是蒙古再次入侵时的首选登陆点，但由于蒙古人占据着绝对的制海权，石墙本身并非无法从东西两侧迂回。而若非一场大风暴摧毁了蒙古舰队，这一情况在1281年战役中几乎成为了现实。
南宋的残余势力最终在1279年被蒙古消灭，不久之后，忽必烈即命令长江下游各州建造600艘战舰。他也开始与宋朝降将们拟定如何从中国起航进攻日本的计划。同时，忽必烈最后一次派出使团警告日本，如果还不臣服于蒙古，1274年的远征就将再次上演，并且规模还要更大。使团到达博多后很快就像之前的使者们一样被日本人处以斩首。一个月后，一位原宋朝的官员写信警告日本人，宋朝已经在蒙古人手中灭亡了，现在日本可能也要面临同样境况。
1280年秋，忽必烈在行宫中将帝国最高级官员们召集在一起，讨论如何对日本展开进一步攻击。与1274年的计划相同，忽必烈仍然希望在登陆博多之前彻底摧毁对马、壹岐两岛的防御力量，而且忽必烈也充分认清了日本人是要比他先前所想象得更为强大。新的远征与1274年战役相比规模扩大了很多，战舰上甚至还搭载了一些农具，证明蒙古人已经做好了永久占领日本的准备。此外，由于原南宋军队已经被完全掌握在了忽必烈手中，这位大汗能够从朝鲜半岛和中国两个方向上同时对日本发动进攻，他能够动员的人数、战舰数量也要远远超过1274年。
此外，忽必烈还向国内的死刑犯们宣布，只要他们愿意参加远征，便免去他们的死刑，而按照中国传统还在服丧中不能上战场的汉族士兵也被强行征召。在经过了短暂的喘息之后，高丽再一次受命动员几乎全国之力支持远征。在对马海峡的对面，日本人也已经认清对马岛和壹岐岛在蒙古舰队面前是根本无法防御的，因此将全部力量都集中在了博多湾，放弃了外海的两岛，并没有向这两处增添一兵一卒。
1281年蒙古舰队的航行路线
关于1281年的第二次远征，大部分说法认为朝鲜派出了900艘战舰和4万名士兵，而中国方向则派出了3500艘战舰和10万名士兵。这一数字肯定有所夸大。不过，由于收编了南宋军队，第二次远征人数肯定是要远大于1274年战役的。日本方面虽然完全没有任何资料记录其参战总人数，但由于很多九州以外的武士也被征调到了博多地区，其数量肯定也要比1274年大得多。
忽必烈在1281年1月下达了再次远征日本的命令。由朝鲜半岛出发的东路军进军路线与1274年相同，经由对马前往壹岐，之后再到博多。江南军则从中国东南沿海地区起航，跨过近800公里的海洋，直接驶向壹岐岛附近与东路军会合，其后两军一同登陆博多。蒙古大将阿剌罕作为两军的统帅随江南军出发，江南军本身则由汉将范文虎指挥。对蒙古人而言不幸的是，阿剌罕突然因病去世了，而在忽必烈任命的接任者阿塔海赶到之前，江南军便已经起航了。这一连串的不幸和延误遂使蒙古人两支部队失去了统一指挥，对于后来东路军和江南军在日本海的延误，这要算是一个主要原因。
1281年5月3日，东路军从朝鲜起航。可能是由于军队规模要比上一次远征更大，因此舰队前往对马所花费的时间要比1274年更多。舰队在5月21日和26日分别攻击了防御薄弱的对马、壹岐两岛。在对马岛上，宗助国之子宗重尚步其父亲的后尘，在与蒙古军作战时阵亡。《八幡愚童训》中对此仅记载了幸存下来的居民情况，而并没有记载蒙古军与日本守军的战斗。《元史》则记载说岛上300名平民遭到屠杀，有些居民逃到了山谷中，但蒙古士兵循着孩子的哭闹声找到并屠杀了他们。19岁的少贰资时率领大约100名郎党在壹岐海岸迎战蒙古军，但被后者战舰上搭载的弩炮所击退，少贰资时也在战斗中阵亡。
按照计划，东路军应在壹岐岛暂停行动，等待预计于6月中旬抵达的江南军与其会合后一同向博多湾发动进攻。但东路军指挥官忻都和洪茶丘却没有等待江南军抵达便先行率领舰队驶向九州，希望自行攻占博多。这是个非常鲁莽无谋的决定。也许蒙古此时并不知晓日军在博多海岸建起了城墙，但两次远征之间的七年间隔中，日本人也肯定已经向此处调集了大批增援军队，再加上1274年战役时日军所表现出的战斗力，任何明智的指挥官都会认清，只有集合起一支数倍于日军的大军，才能突破博多的防线。
东路军在6月6日即开始攻击日本，而且其攻击目标还不仅限于博多湾，同时还分派出300艘战舰越过下关海峡攻击本州岛最西端的长门国，以掩护自己的左侧翼，并使长门守军不敢对九州加以救援。这一行动虽然并未能给日军造成太大损失，但却在遥远的京都引发了一阵恐慌，一部分人认为既然蒙古人已经出现在了本州，那么九州肯定早已落入敌手了。幸运的是，在流言扩散开来之前，长门守军便将蒙古人赶下了大海，后者只得撤回壹岐岛。
在长门受到攻击的同时，东路军主力则驶向了博多湾。日军对此早有准备，早在1280年4月，奈良的幕府首脑们就在一封写给大友赖康的信件中告知对方，博多在未来仍将是蒙古入侵的首要目标。信中同时还强调，如果蒙古人再次入侵，那么御家人之间必须协调一致，共同作战。
在博多海岸上修建的石墙在战斗中也被证明是非常有用的工事，一些蒙古战舰靠岸后，立刻就遭到了石墙上的弓箭射击，无论是城墙上的步行武士还是在土坡上作战的骑马武士均能发挥自己手中弓箭的威力。虽然蒙古人所受的伤亡不大，但石墙却使其根本找不到能够登陆立足的海滩，只能转而占领湾内的志贺岛和能古岛，准备以这两个岛为起点迂回城墙的侧翼。出乎蒙古人预料之外的是，日军没有坐等蒙古人发动进攻，而是主动向对方发动了攻击。志贺岛与博多湾海滩之间由一条宽度很窄的沙洲相连，日军便从此处突入志贺岛。夜幕降临之后，日军还会乘着小艇对蒙古战舰进行突袭，有些小艇将桅杆锯断，用作武士、足轻们登上蒙古战舰的跳板。有时日本人还会用铁钩钩住对方战舰，甚至于那些找不到小艇的人，干脆脱掉铠甲，带着一把刀便跳下海游过去参战。
可惜的是，史料中并没有记载太多参加突袭的武士姓名。《八幡愚童训》中曾记载着一位名叫草野次郎的武士，率领手下郎党在夜间驾船冒着对方弩炮的火力攻击一艘落单的蒙古战舰。草野用自己的桅杆当做跳板登上对方战舰，展开了激烈的白刃战，成功砍下了21颗头颅，并一把火烧毁了对方战舰。
日本武士乘坐小舟攻击蒙古战舰的情景
第二天，濑户内海的水军头领、同时也是伊予国御家人的河野通有也不甘落后。其父河野通信在1221年的承久之乱中效力于幕府一方。在受命前往九州驻防后，通有为显示自己的英勇，居然大胆地带领手下站在了城墙外侧！之前在1274年战役时，通有率领着500人从濑户内海前往九州，但等他赶到之后发现蒙古人早已经消失不见了。通有还曾前往大三岛的大山只神社祭拜，希望能够得到机会再战蒙古，按照佛教真言宗的规矩，祈祷者应将祈祷内容写在木片上，在祈祷完成后烧掉。河野通有则不然，他将愿望写在了纸上，烧掉之后将灰烬全部吞进了肚子里，现在他终于得偿所愿了。
河野通有在1281年参加了志贺岛的战斗，由于前一天晚上草野次郎的壮举已经传遍了全军上下，河野决定自己要更进一步超过草野。《八幡愚童训》中写道，一只苍鹭从河野部下的弓箭袋中叼起一支箭，扔到了蒙古舰队中间。河野认定这是对上天表现出的吉兆，因此他不顾恶劣的海况，在大白天就带着叔父河野通时以及两艘船出海冲向蒙古舰队。面对着两艘孤零零的小船，蒙古人非但没有提高警惕，反而认为河野是前来投降的，一直让他驶到了近前。直到河野放倒桅杆，登上蒙古战舰，对方才开始还击。河野通时当即被一箭射死，通有也被箭矢先后射伤了肩膀和左臂。但由于拥有完备的铠甲保护，日本武士还是在接近的白刃战中占据着绝对优势，船上大批蒙古兵被杀，通有甚至还俘获了一名蒙古指挥官。由于河野通有的英勇表现，他在战后受到了十分优厚的封赏。
在日军激烈的反攻下，东路军似乎是在精神上受到了不小震撼，虽然日军也在两天的战斗中筋疲力竭，但东路军最终还是被赶回了壹岐岛。如果不是东路军指挥官鲁莽进攻，这支军队本应在这里等待江南军会合再发动进攻。东路军最终在6月28日回到了壹岐岛。
1281年7月初，从扬子江出发的江南军抵达了日本海域。这支大军据称拥有多达3500艘战舰和10万名士兵。在与受挫的东路军取得联系之后，两军会合到了一起，开始进行战斗序列的重组。由于军队规模过大，两支舰队又并没有统一的指挥，重组工作耗费了将近半个月时间。直到当月月底，舰队才重新起航向日本本土推进。由于舰队已经获悉博多沿岸防御极为坚强，舰队目的地改航博多以西的鹰岛以避开石墙。
7月30日，未等蒙古人登陆，鹰岛附近的日本守军再次先声夺人，对蒙古舰队发动了袭击，当夜整晚双方都在激烈战斗。这场战斗的情形与一个月前博多湾之战相似，日军分乘小船对蒙古舰队发动突袭。已经吃过日军突袭苦头的蒙古人采用了更为紧密的队形，以浮动的海城来迎战日军。虽然这种战术有效地遏制了日军突袭，但在后来“神风”的袭击中，密集舰队中船只的互相碰撞，却成为了蒙古舰队覆没的重要原因之一。
风暴过后正在海面上收容蒙古军幸存者的日军
到第二天破晓时分，日军退出了战场。他们已经无力阻止蒙古人从博多西侧登陆，绕过石墙进攻博多并直捣太宰府了。《元史》写道，蒙古舰队击败日军小船的攻击后，日本举国震惊，市集中甚至连大米都不卖了，天皇本人亲自前往八幡神社祈祷，愿意用自己的性命换取日本胜利。事实上，由于九州距离京都路途遥远，即使天皇真的曾许下这些誓言，也是在蒙古舰队覆灭之后了。
就在日本人认为蒙古舰队攻陷博多和太宰府已经不可避免时，一场被日本人称为“神风”的台风却拯救了整个日本。马可·波罗的游记则使这一灾难性的事件成为了第一件在欧洲家喻户晓的日本历史事件：
“正在此时，从北方刮起了一场大风暴，（蒙古）士兵们认为如果再不撤退，整个舰队就将毁于一旦。因此他们全体登舰，离开了该岛（鹰岛），驶向外海。这支舰队刚刚航行了四里，暴风便袭击了他们，由于编队十分密集，很多船撞在一起，沉入了海底。”
与1274年战役中颇受争议的所谓“逆风”不同，这次的台风得到了战斗双方所有资料的佐证。由于长时间挤在船舱中、进攻受挫、不断遭到日军骚扰，蒙古远征军在第二次进抵博多时的士气此时已经跌落到了出航以来的最低点。在东路军登陆志贺岛之后，舰队中还暴发过瘟疫。从5月份起航以来，舰队已经在海上行动了两个月，时间每拖延一天，台风季就更为临近。《元史》则对此写道，当蒙古人在鹰岛附近看到海面上倒映的山影，便开始怀疑其附近海域水下有大量暗礁，不敢过分靠近。之后他们又看到一条巨蛇一样的水怪浮出了水面，海水散发出浓重的硫磺气味。此外，还有不少诡异的凶兆发生，导致蒙古军士气大跌。
台风开始肆虐时，蒙古舰队仍然停泊在鹰岛和九州本土之间的海域。由于舰队中很多战舰都挤在一起，在狂风之中，战舰互相拉扯、相撞，士兵们很多被吹到大海里，船上的人完全无法救援落水者，只能眼睁睁地看着他们淹死。很多战舰被大风直接掀翻，倾覆沉没。其余战舰也大多撞上了暗礁，或者被吹到了岸边动弹不得。而早先已经驶到了外海的战舰则纷纷砍断锚绳，试图驶出风暴。
关于蒙古大军究竟有多少人死于暴风一直存在争议。根据朝鲜史料记载，东路军在出发时拥有26989名朝鲜士兵和水手，其中7592人没能返乡，损失比例达到了30％。中国和蒙古方面的史料在数字上远不如朝鲜方面详细，仅记载了损失比例达到六到九成。而且除士兵的损失以外，由于装载辎重的船只停泊位置必然要更接近外海，因此损失肯定也要更大。无论实际数字到底是多少，这场风暴都使蒙古军立刻丧失了战斗力，一度落水的范文虎立刻集结起了全部仍可跨海航行的战舰开始撤退。在舰队撤退后，仍有成千上万的落水士兵要么抱着浮木在海上漂流，要么仍留在佐须浦和鹰岛海岸上。在岸上安然度过风暴的日军立刻冲到岸边对这些幸存者发动进攻，据称被杀者多达数万人，只有南宋士兵们幸免。
一位原南宋军的幸存者后来回忆道，风暴来袭之后的第五天，范文虎率领着所有能够张开帆的战舰撤退了，将大批残兵抛弃在了鹰岛的山下。此时人们已经三天未进粒米了，将士们聚在一起推举出一位指挥官，准备率领大家砍伐岛上的树木，自行造船回国。但到了台风来袭后的第七天，日本人出现了，很快便将幸存者们斩杀殆尽，仅剩的士兵则被扣做俘虏。两天后，当俘虏被送到博多之后，日军杀死了所有蒙古人、朝鲜人以及早就臣服于蒙古的北方汉人，仅放过了新近才被迫加入蒙古军的前南宋士兵们，但仍将他们充作奴隶。
与主要由汉族士兵组成的南路军相比，主要由朝鲜人组成的东路军由于在1274年远征中积累了一定经验，而且在台风袭来时的泊地位置距风暴中心较远，其损失比例要远小于南路军，这一点也得到了日本资料的佐证。不过按照日本史料记载，日军仅俘获了2000名左右的俘虏，可能这一数字并未包括被俘后遭到屠杀的蒙古、朝鲜以及北方汉族士兵。
在那之后，虽然忽必烈在盛怒之下仍然希望再对日本发动第三次进攻，甚至下令江南重建舰队，但各地的起义使准备工作不断拖延了下去，到1291年忽必烈去世后，蒙古人统一整个东亚的野心也随之破灭了。
到此时为止，日本与亚洲大陆之间的第一次决斗落下帷幕。若专以战争而论，双方在战争中采取的战术都不高明。蒙古人在1281年两次对博多发动进攻，但直到在石墙面前头破血流之后才想到利用制海权对石墙左翼进行迂回，时间上的延误最终使舰队成为了台风牺牲品。日本武士虽然精于个人决斗技巧，但却根本不足以弥补战术和秩序的缺乏。武士们第一次见识到了军队在经过统一训练后所能发挥出的巨大威力。自此之后，日本人才逐渐认清步兵和冲击力以及火器的重要性，到二百年后战国时代开始时，终于发展出了具有相当组织性的步兵部队，骑兵也开始以冲击力，而非火力作为主要作战手段。
不过与此同时，双方却在行政方面均有着卓越的表现，蒙古能够完全利用舰队将多达10万人的部队运过大海，其所花费的成本和行政组织的复杂性几乎是公元前480年薛西斯动员30万人远征希腊后再未曾出现过的。作为一个经济以及农业相对落后的国家，日本在博多海岸供养万余名武士和大批足轻，也必然是十分困难的。
对镰仓幕府而言，击败蒙古却并没有给它带来任何好处。与此相反，幕府却陷入了自建立以来最大的危机。在战斗结束之后，幕府必须对武士们进行合理的封赏，但神官和僧侣们却声称蒙古舰队因神风而灭亡是自己的功劳，武士只能位居其次。此外，佛教与神道教之间也发生了冲突，佛教信徒认定是八幡菩萨掀起了神风，神道教神官则声称是天照大神掀起了神风。幕府被夹在三方之间，而日本的庄园早在幕府建立后便被瓜分一空，可以用来封赏各方的土地很少，根本无法满足各方要求。而且在1281年战役结束后，镰仓仍然担心蒙古人会再次发动入侵，因此命令全国、尤其是九州的御家人必须轮番前往博多驻防，并负担一部分徭役来整修当地防御工事，使原本便因幕府无法给自己合理封赏而不满的武士们愈发愤怒，而寺院、神社却借神风之名复兴了声望，再加上皇室希望借幕府权威削弱之际恢复权力，导致了镰仓幕府的灭亡。镰仓的大门虽然并没有被蒙古人敲开，但砸在门上的重锤，终于还是带着整个幕府一起倒塌了。
不过对整个日本而言，1274年和1281年两战无异于萨拉米斯海战和普拉蒂亚会战之于希腊。若蒙古军队成功征服日本，那么日本便将被纳入到亚洲大陆式的中央集权统治中，日本皇室有可能遭到毁灭，正在萌生的地方大名阶级也将被蒙古人彻底消灭。即使数十年或百余年后日本能够重新获得独立，其文化和政治体系届时也肯定已经再一次大陆化了。公家与武家分立的二元政治将不复存在，足利尊氏、楠木正成、织田信长、德川家康等人也将不为人所知。1281年的最终胜利虽然是台风带给日本人的，但却也使大陆此后再也没有对进攻日本提起兴趣，保证了日本未来数百年内的历史和文化发展不受大陆影响。作为日本本土所受到的第一次入侵，直到1853年黑船来航事件前，日本也再没有受到外敌威胁。
一支像蒙古人那样强大的舰队，却在博多外海自行毁灭，这使日本人开始坚信自己的土地是有着神祗保佑，而在这片土地上所居住的所有人，都是这些神祗的后代和子民。自此时起，民族国家的概念开始萌生于日本人心中，虽然日本在之后数个世纪中战乱不断，17世纪至19世纪末又经历了250年的诸侯割据时期，不过其在明治维新时所爆发出的民族凝聚力却无疑是在这两场大战中铺下了第一块奠基石。昔日互相争斗的武士第一次为了同样的目的站在统一战线上抗击外国入侵，而上至天皇下至百姓的全体日本人也不停为战胜祈祷。随着与蒙古的战斗，日本彻底退出了以中国为中心的东亚大陆政治圈，并转而开始敌视大陆。尽管这一情况在室町幕府时期曾有所回潮，但其大势却无法逆转。若说蒙古的入侵同样为日本在16世纪和19世纪以后对大陆不断发动进攻拉开了序幕，也并不为过。