杀完宗室，接着就该处理隋炀帝留下的那帮大臣了。杀谁留谁？这时候，南北派系的矛盾就凸显出来了。
在政变之前，司马德戡编造谎言说，陛下想要把北方骁果都毒死，和南方人留在南边。从这儿其实已经可以看出当时南方派系和北方派系之间的矛盾了。
事实上，自从隋炀帝上台后，一直致力于提高南方的政治地位，特别是到他统治后期，更是重视南方人。“五贵”之中，虞世基和裴蕴都是南方人。第三次下江都之后，他的这个倾向性就更加明显了。
这个做法从全国一盘棋的角度来看不能说不对，但是，这就威胁到了一直把持政治舞台的关陇贵族的利益，也引起了关陇贵族集团的极大不满，事实上，这次江都宫变，正是关陇贵族集团对隋炀帝抛弃关中，滞留南方政策的一个大反抗。现在，他们反抗成功了，自然，北方势力就要抬头，而南方人士也就要倒霉了。
就拿“五贵”来说，当时宇文述已死，只剩下四贵。这四位大臣都是隋炀帝信任宠幸的人，对隋炀帝的暴政，也都要负连带责任，但是，叛军对他们的处理却并不相同。对属于南方派系的裴蕴和虞世基怎么处理？杀无赦！而对出自北方的裴矩和苏威，就强调情有可原了。
裴矩是个聪明人，看到天下大乱，他早就给自己留了后路，对士卒一向客气，还建言献策，让骁果在江东娶妻生子，所以，骁果对他印象非常好。政变之时，裴矩也被抓起来了，可是，士兵一看见他就说：“非裴黄门之罪。”现在我们这个处境不是裴黄门的罪过，又把他给放了。宇文化及出来安抚士兵，裴矩立刻拜于马首，主动投降，宇文化及也就任命他为右仆射，比原来的官职还高。
苏威就更好办了，他当时已经年过八十，因为跟隋炀帝几次意见相左，很受冷落，早就不再参与朝政，所以，也没有民愤。政变之后，苏威更是积极主动地去参见宇文化及，宇文化及也很受用，特地把官员集中到一起接见苏威，给他很高的礼遇。宇文化及这样做，北方系统，特别是关中籍的官员和士兵当然满意，也都迅速地投靠了宇文化及。
北方派系的官员背叛了隋炀帝，而南方派系的官员却做出了相反的抉择。总的来说，他们对隋炀帝远比北方人忠诚。
先看文臣。隋炀帝死后，宇文化及拥立秦王杨浩当傀儡皇帝，自称大丞相，总揽朝政。文武百官都到朝堂去朝贺，只有给事郎许善心不去。他的侄子一看，赶紧快马加鞭地去找他，说：“天子已崩，宇文将军摄政，阖朝文武咸集。天道人事自有代终，何预于叔，而低回若此？”隋炀帝已经死了，宇文将军现在统摄朝政，这属于天道循环。一个朝代灭亡，另一个朝代取代，这也是咱们司空见惯的事了。叔叔，你何苦还这么执迷不悟，非要替隋炀帝守节呢？
面对侄子只讲利害，不讲伦常的劝说，许善心勃然大怒，坚决不走。
要知道，许善心在南方威望很高。他从小号称神童，当年隋文帝平江南，还说了一句：“我平陈国，唯获此人”，可见隋炀帝对他的评价有多高。
既然许善心名气很大，宇文化及当然也希望他能跟自己合作。可是他现在不来朝贺，怎么办呢？宇文化及干脆派人把他强拉到朝堂上，然后又放开他，希望恩威并施，让他知道厉害，认清形势。
没想到这一招对许善心不灵。宇文化及放了他之后，他一句感谢的话都没有说，拂袖而去。这样傲慢的态度当然让宇文化及忍无可忍，立马又把他抓回来，砍头了事。许善心九岁的时候父亲去世，寡母范氏辛辛苦苦把他抚养成人，这一年，范老太太已经九十二岁高龄了，按说，老年丧子是人生最大的苦痛之一，可是，范老太太听说之后，居然一声都不哭，说：“能死国难，吾有子矣！”我的儿子能够尽忠报国，能够死于国难，是一个好儿子！随后也跟着绝食而死。
许善心母子原本是陈朝人，而陈朝恰是被隋炀帝带兵所灭，现在这一对母子居然为隋炀帝殉节，也算是对隋炀帝这些年厚爱江南的充分认可了。
再看武将。这些政变的骁果，最初的目的就是回家乡，现在既然政变成功，接下来就要开拔回乡。宇文化及也学习隋炀帝，建立了一支跟皇帝一样的护卫仪仗。隋炀帝不是训练了几百个骁勇的官奴组成给使营吗？此时，宇文化及直接把他们接管过来，让他们接着给自己当亲兵，还给他们指派了一个领导，折冲郎将沈光。
沈光号称“肉飞仙”，当年在隋炀帝二征高句丽的时候脱颖而出，从此就成了隋炀帝的贴身宿卫。现在，宇文化及让他统领给使营，沈光心里难过，可是又没有办法。正在这时候，另外两个南方籍的将领，一个是大隋烈士麦铁杖的儿子麦孟才，还有一个叫钱杰，找到了沈光，对他说：“吾侪受先帝厚恩，今俯首事仇，受其驱帅，何面目视息世间哉！吾必欲杀之，死无所恨！”我们都受了先帝极大的恩惠，现在低头为仇人做事，受他驱使指挥，还有什么脸见人！我们一定要杀了他，为先帝报仇，就算死了也没有什么遗憾的！
沈光一听，潸然泪下，慨然回应：“是所望于将军也！”我也想报仇，现在就等将军牵这个头了！
三个人意见一致，预谋在凌晨发动政变，突袭宇文化及，给隋炀帝报仇。可惜事前走漏了风声，被宇文化及知道了。宇文化及一听麦孟才和沈光合谋算计他，大惊失色道：“此麦铁杖子也，及沈光者，并勇决不可当，须避其锋。”这麦孟才是麦铁杖的儿子，肯定不得了。他和沈光都勇不可当，我还是躲起来，避避风头吧。于是，宇文化及赶紧从大帐里溜了出来，同时派司马德戡率领大军包围了军营，逮捕麦孟才。
沈光一听军营里传出喧哗声，马上知道事情败露了。怎么办呢？他连甲胄都没有穿，直扑宇文化及的大营，想要以一己之力杀死宇文化及。可是，进来一看，宇文化及早就不见了。这时候，司马德戡已经领兵包围了大营。沈光大吼一声，杀出重围，他手下的几百给使也都纷纷拿起武器，奋勇杀敌。后来，到底寡不敌众，被司马德戡一一剿灭。尽管事功不成，这几百个人无一投降，也算是以鲜血报答了隋炀帝的知遇之恩，厚待之情。
这还不算。中国人讲究生荣死哀，视死如生。事实上，隋炀帝的丧事也是由南方人操办的。隋炀帝死后，不是被萧皇后草草埋葬了吗？宇文化及走后，留守江都的右御卫将军——江南人陈棱又把遗体重新装殓，按照天子礼数，安葬在吴公台，此后直到唐朝贞观年间，才又改葬到位于今天江苏扬州曹庄的雷塘（关于雷塘和吴公台的位置关系，学术界有不同看法，此处不作详细辨析）。安葬吴公台的路上，陈棱“衰杖送丧，恸感行路”。陈棱为隋炀帝披麻戴孝，哀伤之情让行路之人都为之感动。
其实，从这些江南人的表现可以看出来，面对作为亡国之民的江南百姓，隋炀帝没有粗暴对待，相反，他尊重他们的文化成果，提高他们的政治地位，江南人民还是颇为感念的。只是，隋炀帝这个步子走急了，过于忽略当时还很强势的关陇贵族集团的利益，因此终被关陇贵族集团抛弃。
就这样，因为天下的反叛，更因为江都宫变，一代枭雄隋炀帝走完了自己的悲剧人生。那么，在他之后，已经四分五裂的天下，又会向何处去？