隋炀帝一下令，立马，全国再一次动员起来。士兵和民夫又纷纷从全国各地齐集涿郡，向辽东进发。
那么，这一次东征，跟前两次相比，有什么区别呢？最明显的区别就是士气差了。
第一次东征的时候，士兵编队出发，一天一队，跟参加嘉年华似的，就差唱着歌去了。
第二次东征虽然已经知道了厉害，没那么兴高采烈，但是大军开拔，也还算顺利。
到第三次，局面就完全不一样了。士兵的家乡都已经乱了套，谁还有心思到辽东打仗？整天想着怎么开小差，往回溜。按照《资治通鉴》的说法，就是“士卒在道，亡者相继”，一路上逃跑的士兵络绎不绝。
隋炀帝可不能容忍这种局面，一定要警示一下逃亡者。三月二十五日，隋炀帝一行到了临渝宫（今河北抚宁）。在这儿，隋炀帝亲自穿上戎装，搞了一个祭祀黄帝的大典。当年黄帝大战蚩尤，开创基业，现在，隋炀帝想通过祭祀这位远古的胜利者来显示自己的必胜决心。祭祀黄帝跟警示士兵有什么关系呢？隋炀帝专门造了一面大鼓，把抓回来的逃亡者斩首，用人血涂到鼓面上，然后敲响大鼓，号令三军。
这场面够血腥、够恐怖吧？然而照样没用。士兵该逃还是逃，而且越逃越多。今天这个编队没人了，明天那个编队没人了，越往前走士兵越少。隋炀帝一路走还得一路抓逃兵，行军速度越来越慢。前两次讨伐高句丽都是四月份就推进到辽河，但是这一次，直到七月中旬，隋炀帝才到了辽河旁边的怀远镇（今辽宁辽中区）。
要知道，高句丽位于东北亚地区，战争受到天气的严重制约。一般来说，一定要在春天霜冻期结束到夏天雨季到来之间进行，否则运兵运粮都会受困。辽东地区几月结束霜冻？四月。几月开始集中下雨？八月。这样一来，一年之中，其实只有四月到八月这四个多月的时间可以打仗。可是现在，隋炀帝七月中旬刚到前线，这仗不就没法打了吗？
然而凡事都有意外。本来，三次出征中，就数这次情况最差，但若论结果，却偏偏就是这次打得顺利。前两次征讨高句丽的时候，隋朝大军一向是水陆并进，这次也是如此。水军统帅来护儿先从海路登陆辽东半岛，一举占领毕奢城（今辽宁大连北边）。高句丽派军迎战，被来护儿打得大败。接下来，来护儿就要按照原定计划，向高句丽的首都平壤推进了。正在这时候，形势发生了戏剧性的变化。
高句丽的国王高元居然决定不打了，遣使请降，而且，还把大业九年（613）因为杨玄感叛乱投降高句丽的隋朝将领斛斯政五花大绑地押到了辽东城下，算是投名状。
高句丽守城何等顽强，怎么忽然软下来了？很简单，它也打不起了。战争是最消耗实力的事情，隋朝如此强大，两次仗打下来，尚且民不聊生，举国造反；高句丽一个小国，经历了两轮打击，可想而知，受到的损失有多大。再坚持下去，它也要亡国了。所以，尽管这次隋朝的声势不如前两次，那也是瘦死的骆驼比马大，而高句丽就好比一匹瘦马，已经奄奄一息，再跟隋朝这只病骆驼赛跑下去，必死无疑。在这种情况下，国王高元审时度势，干脆投降了。
高句丽几乎是不战而降，隋炀帝又是什么反应呢？按道理讲，不战而胜正是隋炀帝最初的追求，他应该高兴才是。但是，付出如此沉重的代价，劳民伤财地打了三次，最后居然没能亡其国、擒其主，而是就在边境讲和，这其实又让隋炀帝很不甘心。
到底接不接受呢？思来想去，隋炀帝还是接受了。毕竟，眼看着国内动荡、士兵逃亡，时间又一天天耗下去，隋炀帝对打赢这场战争也没什么把握。既然高元请降，正好就坡下驴，接受投降，也算有一个交代了。就这样，隋炀帝下令各路大军停止进攻，接受投降，班师回朝！
隋炀帝要班师，对于整个隋朝军队来讲其实是一件好事。但是，水军总指挥来护儿可接受不了。来护儿是个将军，习惯用比较单纯的军事眼光来看问题。他这边刚打了胜仗，正士气旺盛，眼看就要直捣平壤，这时候撤军，不是半途而废吗？
有道是将在外，君令有所不受，来护儿集合三军，搞起了动员。他说：“大军三出，未能平贼，此还不可复来。劳而无功，吾窃耻之。今高（句）丽实困，以此众击之，不日可克。吾欲进兵径围平壤，聚高元，献捷而归，不亦善乎！”我们已经是第三次出兵了，从现在的情况来看，基本上也不可能再有第四次。既然是最后一战，就一定要打个明明白白，分出胜负来。现在高句丽已经是困顿不堪，只要我们坚持一下，就一定能够直捣平壤。到那时候，我们押着高元回去献捷，该多么荣耀！现在的机会千载难逢，不管皇帝怎么样，我是下定决心要接着打。我宁可得罪皇帝，也绝不撤军！希望大家跟着我，再拼一把！
皇帝要和，来护儿要打，那么，这仗到底是打还是不打呢？就在这关键时刻，来护儿的副手崔君肃站出来，对下面的将领说话了。他说：“若从元帅，违拒诏书，必当闻奏，皆获罪也。”这不是军事问题，而是政治问题。皇帝已经下令撤军了，你们要是跟着元帅，那就是反抗皇帝，我一定会向皇帝报告这件事，那时候，你们全都吃不了兜着走。
这个场面太熟悉了，这多像一征高句丽的时候，将军于仲文面临的局面！当时，高句丽的宰相乙支文德到隋军大营来诈降，于仲文希望活捉，但是，监军发话说：皇帝有令，凡是投降的人，都来去自由，你们若是活捉他，我一定禀报皇帝。结果于仲文万般无奈，只好放走乙支文德，坐失良机。
现在，又轮到来护儿来面对这个局面了。崔君肃拿皇帝这顶大帽子一压，谁还敢再跟着来护儿？下面的将领纷纷劝来护儿撤军。众心不附，来护儿也不敢再坚持，只能是长叹一声，撤军了。就这样，大业十年（614）的八月四日，隋炀帝从怀远镇班师回朝，第三次东征就此告终。
按说，这是在高句丽投降基础上的凯旋，算是得胜还朝，应该非常风光吧？才不是。当时已经天下大乱，因此，这支大军虽然没有被高句丽人追杀，却被自己人打劫了。
隋炀帝从辽东回师，要经过河北地区，而河北地区当时已经成了起义军的天下。就在隋炀帝御驾途经邯郸的时候，早有一支起义军盯上了皇帝的资装。这支八千人的部队就埋伏在路边，等隋炀帝的护卫队过去之后，一拥而上，把后勤部队冲得七零八落，夺了隋炀帝的四十二匹御马，扬长而去。连御马都让人给劫走了，隋炀帝当然是心惊肉跳，国内都乱成这个样子了，还算什么得胜还朝！
更让他郁闷的事情还在后头。隋炀帝回到大兴城时，已经是冬天了。眼看就要过年，按照惯例，元旦的时候要进行大朝会，四夷的君主都得来朝觐皇帝，表示臣服。现在，高句丽既然已经投降，隋炀帝就要征高元入朝。
那么，对待隋炀帝的征召，高元什么反应呢？高元根本没反应。入朝多不安全，反正你已经撤军了，难道还能再打回来不成！所以，他连理都没理。
这可让隋炀帝太没面子了，当年之所以要打高句丽，直接原因就是高句丽不肯朝觐。现在，劳民伤财地打了三次，国内也因此乱成一团，结果居然跟没打一样，高元照样不朝觐，这不是最大的羞辱吗？
本来，这次大朝会就是要借助高句丽向四夷示威，让他们看看，顺我者昌，逆我者亡，重申一下以隋朝为主导的国际秩序。现在，都城已经披上了节日盛装，鱼龙百戏也已经上演，四夷君主都来了，可是，高句丽的国王却不见踪影，这不是在打隋炀帝的脸吗？付出了那么大的代价，结果却只收获了羞辱。这真叫不败而败，而且是惨败。
面对此情此景，隋炀帝真是难掩心头悲愤。大朝会之后，他回到长乐宫，喝了个酩酊大醉，趁着酒意，写下了一首五言诗。这首诗大部分已经失传，只保留下了最后一句：“徒有归飞心，无复因风力。”我空有一颗想要雄飞的心，但是，却再也没有借助长风，凌空翱翔的力气。诗成之后，隋炀帝让身边的美人反复吟唱，自己忍不住涕下沾襟，旁边的侍从也都跟着唏嘘不已。这个雄心勃勃、一心想要超越汉武帝的皇帝终于认输了。
万般无奈之下，隋炀帝把一腔悲愤都发泄在了叛臣斛斯政的头上。隋炀帝下令，把斛斯政押到金光门外，绑在柱子上，让文武百官都来射箭，把斛斯政射得跟刺猬一般，然后再千刀万剐，剐完之后，再分给百官品尝。按说，吃人肉够恶心吧，可是，有些官员为了表现自己对叛臣的痛恨，居然吃了一块又一块，一直吃到饱为止。可就算千刀万剐，就算把肉吃光，就算挫骨扬灰，对于局势，又能有怎样的影响呢？