分组讨论一开始就突破了原定的三个议题。产生最大影响的是11月12日陈云在东北组的发言。
他认为对揭批“四人帮”运动中遗留的那些影响大或者涉及面很广的问题是需要由中央考虑和做出决定的。他举了六个问题为例：
(1)薄一波同志等六十一人所谓叛徒集团一案。他们出反省院是党组织和中央决定的，不是叛徒。
(2)1937年7月7日，中央组织部(此时他还未担任组织部长)关于所谓自首分子的决定和1940年他当了中央组织部部长后关于从反省院出来履行过出狱手续，但继续干革命的那些同志，经过审查可给以恢复党籍的决定，也是中央批准的。这两个决定所涉及的同志和在两面政权的情况下做了革命工作的同志，他们不是叛徒，应该恢复党籍。
(3)陶铸、王鹤寿同志等是在南京陆军监狱，坚持不进反省院的一批党员，直到七七抗战后还坚持在狱中进行绝食斗争。这些同志，现在或者被定为叛徒，或者虽恢复了组织生活，但仍留着一个尾巴。在讲陶铸等人的问题时，陈云提出中央专案组所管的属于党内部分的问题应当移交给中央组织部，由中央组织部复查，做出实事求是的结论。
(4)彭德怀同志是担负过党和军队重要工作的共产党员，对党贡献很大，现在已经死了。他的骨灰应该放到八宝山革命公墓。
(5)“天安门事件”是北京几百万人悼念周总理，反对“四人帮”，不同意批邓小平同志的一次伟大的群众运动。中央应该肯定这次运动。
(6)“文化大革命”初期，康生是中央“文革”的两个顾问之一。康生那时随便点名，对在中央各部和全国各地造成了党政机关的瘫痪状态是负有重大责任的。康生的错误是很严重的，中央应该在适当的会议上对康生的错误给以应有的批评。
同一天，别的分组也有些同志提了类似的意见。如西北组就提出了做好重点转移必须平反冤假错案，如解决“六十一人”不是叛徒的问题，要为“天安门事件”性质平反等等，提出要把查清康生在延安整风和“文化大革命”中的问题列入议题等。
陈云同志在党内威信高，考虑得周到，问题提得准确，语言有力。他的发言得到各组出席者的纷纷响应。聂荣臻在东北组，康克清在华北组，宋任穷、肖华在西北组，以及许多人，都就陈云提出的这些问题发表意见，并补充提出其他一些必须由中央考虑做出平反决定的重大案件，如：彭罗陆杨案件，此时罗瑞卿已去世，彭真、陆定一、杨尚昆尚未安排工作；“二月逆流”案件，虽然在“文革”中毛泽东表示过“不要说了”，但解决得还不彻底。
会上提出了不少案子，只有刘少奇这个案件太大，许多人认为提出这个问题时机似乎还不成熟，因此在会上还没有人提出。这都是平反冤假错案方面的问题。另一方面的问题是许多人表示除康生问题必须彻底查处，大家认为还有一些跟着“四人帮”干了不少坏事、民愤很大的人，如对中央机关中的谢富治、吴德、吴忠、郭玉峰等，也揭露了许多事实。在地方上，山东提了王效禹，吉林提了王淮湘。