20世纪初期，尽管西医已经进入中国数十年，但为绝大多数中国人服务的，仍旧是传统的中医。有意思的是，不到一百年，中医与西医的地位正好换了个，如今是西医当道而中医式微，这其中的种种缘由，颇多可探讨之处。
几千年来，中医是中国人唯一的治疗手段，国人对此有着极深厚的感情与信任感，而对于西医，往往是到了非常时刻、抱着试试看的心理才加以尝试。如同许多新事物一样，国人对西医的怀疑和不信任，也是西医在中国数十年不能够发展的重要原因。
在当时的大多数西医眼中，传统而落后的中医必然会随着不可阻碍的医学发展而逐渐走向自然衰亡，但事实并非如此，至少在西医初入中国的很长一段时期不是这样。1935年，上海的名西医伍连德不得不沮丧地认为，每八个病人中，大概只有一个愿意就诊西医。和中医相比，西医在费用上更高，但这并不是阻碍其发展的主要原因，关键问题还在于中国人的传统习惯。正因为如此，西医界人士在民国成立以后开始寻求政治资源的支持来扩展西医的生存空间，由此也引发了中西医之间的激烈冲突。
最早谈到中医药废除问题的，是1913年9月就任教育部长的汪大燮。他在接见京师医学会代表要求将中医列入医学教育系统时，竟毫不掩饰地说：“余决意今后废去中医，不用中药。所请立案一节，难以照准。”汪大燮的话引发了中医药界人士的强烈抗议，1914年11月，来自全国十九个省的中医代表团来到北平向国务院和教育部请愿，要求政府抛弃废除中医药的政策。后来，废除中医及中医教育的动议也就不了了之。
1925年孙中山北上就医之时，中西医之争再度兴起。孙中山的肝癌病情此时已到晚期，在治疗方案上也出现了两种声音，其中以张静江为首的一些人见放疗的效果不大，因而极力主张请中医治疗，宋庆龄等人也都赞成。但是，汤尔和等西医坚决反对中医疗法，其所在的协和医院（西医院）也态度强硬地声称，如果要服用中药，就必须搬出医院，即便显贵如孙中山者，也不能例外。在这种情况下，孙中山因病情加重而于2月18日搬出协和医院移居铁狮子胡同行辕，改由中医治疗。著名中医陆仲安、唐尧钦、周树芬三人曾共同诊视一周，并开出方剂，孙中山在服药两剂后情况有所好转，当时的外籍西医也对此予以承认。但数日后，孙中山又停止服用中药而继续用西医之法利尿、止泻等对症处理，直至病逝。
民国成立后，随着新文化运动的不断深入，中国传统及文化遭到了前所未有的大批判，作为传统之一的中医也在这场“全盘西化”的浪潮中遭受重创。胡适早年就批评中医“毫无学理，不足为法”；鲁迅则说，“中医不过是有意无意的骗子”；傅斯年在1934年撰文：“我是宁死不请教中医的，因为我觉得不如此，便对不住我受的教育。”新派知识分子们与传统决绝的态度，无疑令社会舆论变得更加不理性，以至于后来还出现了“汉字不灭，中国必亡”等惊世骇俗之言论。
以孙中山的地位和威望，其病情的发展、采用的疗法及疗效，足以成为当时中西医界具有高度象征意义的事件。有意思的是，孙中山与鲁迅之前都曾学习西医，但他们并没有成为成功的医生而是投入到“医世救国”的更大事业中，由此，其对中医的排斥也就并不奇怪了。
1929年2月，南京国民政府卫生部成立了第一届中央卫生委员会，会上突然提出《废止旧医以扫除医事卫生障碍案》（余云岫提出）、《统一医士登录办法》、《限定中医登记年限》、《拟请规定限制中医生及中药材之办法案》共四个“废止中医”的提案，这四个提案最后合并为《规定旧医登记案原则》，其主要内容是：旧医登记限至民国十九年（1940年）底为止；禁止旧医学校；禁止新闻杂志介绍旧医。另外，上海西医余云岫还另向教育部提交了一份“请命令废止中医学校”的提案。由此，民国史上的“废止中医案”风波被骤然引爆，并进而导致中西医界混战近十年之久。
从《规定旧医登记案原则》来看，卫生部实质上是要通过限制中医登记这种釜底抽薪的办法来达到中医快速消亡的目的。因为如此一来，年长的中医老死后，中医界自然后继无人，那中医的灭亡不过是时间问题。
西医派在提案中玩弄了两个小技巧，其一是将中医说成“旧医”，因为中医之前自称自己是“国医”，而“西医”的用词本身就有外来的意思在内。为了提高西医的认知度，西医派将自己称为“新医”，而将中医称之为“旧医”，以新去旧，正好符合了当时人的思维逻辑。其二是将中医和中药分开，其宣称只反对中医而不排斥中药，以尽可能地减轻阻力。
西医派以“中医不科学”为名禁止中医办学，这一招也是辣手的。早在1912年，北洋政府曾以中西医“致难兼采”为由，在新颁布的学制及各类学校条例中将中医药排斥在医学教育系统之外，这在当时就引起了中医药界人士的抗议而未能实行。这一次西医派重提此案，显然是醉翁之意不在酒。
充当“反中医”急先锋的是曾留学日本的上海西医余云岫，他也是当时上海医师公会（西医）的首任会长，废止中医的提案基本是出自于他的手笔。余云岫一向视中医为巫术，甚至直指“中医是杀人的祸首”，必欲去之而后快，提案中“废医存药”的设想，便是他首创的。
西医派后面有个大靠山，那就是国民党中央委员褚民谊。褚民谊早年加入过同盟会，是党内相对资深的“元老”，他曾经留学法国并获得医学博士的学位，但他本人从来没有行过医，因为其博士论文主要是关于兔阴具有阴阳两性的发现和论述（兔子雌雄难辨的现象分析），与真正的医术还相差很远。
褚民谊在中央卫生委员会上演讲说：“中国卫生行政的最大障碍，就是中医中药，要是行政上了轨道，如果不把中医中药取消不能算是革命。日本能够强大，全靠明治维新，明治维新能够面目一新的民间运动，就是废止汉医汉药。所以要有卫生会议负起责任，通过全国专家所拟定的提案，交由政府执行，才能算是完成了革命大业。”
褚民谊的话颇多不通之处。首先，革命并不是社会进步的目标，甚至不是唯一的手段，以革命的名义去推动医学进步，这非但是一相情愿，而且是一种不计后果的伪科学方式；其次，日本之所以能够强大，主要原因是将国家最优质的资源优先发展军事和军工，以军国主义的方式打造一个地区军事强国，这与维新无关，与废止汉医汉药更是毫无关系。
事实上，日本非但没有废止汉医汉药，还利用庚子赔款在上海设立了一个自然科学研究所，其中就有专门研究中医中药的部门，譬如最反对中医的余云岫，就曾在民国及其日伪时期做过这个研究所的委员（该研究所比731部队更早地使用中国人做人体实验）。有意思的是，余本人虽然留学日本，但其习医是在30岁之后的事情，之间还因为回国参加辛亥革命而被打断，直到38岁才完成学业，其求学过程难免有“半路出家”之讥。有意思的是，余云岫虽然一心一意反中医，但其所出的著作却都是在中国古代医学史的基础上所撰述的，其对西医科学的发展并没有做出任何实质性进步的论述。
更吊诡的是，那些反中医态度甚坚的知名人士，如汪精卫、褚民谊等，最后都投入了日本人的怀抱做了大汉奸。孙中山病危之时，汪精卫一度转而支持中医疗法，这遭到了孙中山的主治西医汤尔和的强烈反对并在北京《晨报》上发文指责，汪精卫随即作《答汤尔和先生》一文，对汤尔和贬斥中医的态度予以回击：“凡是有科学思想的人，都是很虚心的，都知道现在的科学对于世界万物所知道的还很少，所不知道的还是很多。例如癌病，科学今日尚未能发现特效药。至于将来能否发现，是科学家发现还是非科学家偶然发现而为科学家所注意，现在无人敢说肯定的话。如果有人肯定说非科学家不能发现特效药，科学家尚未发现，其它一切人类便无发现之可能。那么，我要以汤先生的话赠他道：‘这是名为科学家，实则顽固派。’”
民国初年，一些新生的流派或主义最喜欢做的事情就是自封为“科学、民主、革命”的代表，然后动辄给反对派及不同意见者扣上“迷信、保守、反动”的大帽子，以为这样就代表了进步的潮流，实际上这种事前假定的正确和不容讨论的专横，往往起到适得其反甚至反动倒退的效果。汪精卫的最后一句话，指斥的就是这种不理性的现象，这实际上已经脱离了对具体科学的讨论而上升到“什么是真正的科学精神”的层面了。
但几年以后，汪精卫对中医的态度突然判若两人，而其态度的转变可能与褚民谊有关。褚民谊是汪精卫最得力的亲信，其老婆也是汪精卫夫人陈璧君的人。据传，此女相貌丑陋，仪态庸俗，当时只是陈璧君的一个丫头，不知为何会跟褚民谊搞上。有人说，褚民谊因经常出入汪公馆，自己行为不检点而搞大人家的肚子，最后在陈璧君的逼迫之下才不得不结婚。褚民谊本人有才华而且很会玩，但他从来不带老婆出席正式场合……实事求是地说，褚民谊在这个问题上的确有点吃亏，但其慑于汪、陈的势力，也只好忍气吞声了。当然，这是题外话了。
在废止中医药的消息传开后，就像一颗火星溅到了油锅中，顿时医界鼎沸，社会震动，舆论一片哗然。令西医派没有想到的是，中医界的反应极为迅速有力。在上海著名中医丁仲英、谢利恒的领导下，年轻的中医张赞臣、陈存仁利用他们开办的《医界春秋》杂志及《康健报》发行网络，向中医界发出召开全国联合抗议大会的呼吁，并很快得到各地中医组织的积极回应。半个月后，全国各地的中医代表281人聚集上海，并于3月17日在上海总商会召开抗争大会。当天，全上海的三千中医停诊，九百家药店停业，中医学校及药业代表也参加了这次会议。
会上，各地代表群情激奋，有的甚至是声泪俱下，因为北洋时期的中西医争论还仅限于打嘴仗，但这次却要来真格的，一旦提案通过，那中医、中药产业及其相关从业者就面临着失业的危险。尽管余云岫试图用“废医存药”的策略来分化中医和中药，但中药界很快识破了其伎俩，如当时上海中医学会的成员陆士谔就一针见血地指出“国医国药之关系，有若唇齿，国医今日亡，国药即今日亡”，如果禁止中医的话，谁还会光顾全国数十万家中药店呢？西医能够开中药处方吗？
中医抗争大会非但得到了中药业界的全力支持，其他的商会组织如上海总商会、全国商业联合会、国货维持会等也都表示支持。当时的舆论对此也极为关注，中西医界各派出文笔甚佳的代表在报纸上大打笔仗，双方剑拔弩张，直面对峙，使得争论陷入了白热化。
在争论最高潮的时候，褚民谊甚至亲自出马，写下长文为“废止中医”政策辩护，而《申报》编辑在接到这位中央委员的文章后（必须头版刊登），考虑到中医的弱势地位，事前将文章透露给上海中医界的笔杆子陈存仁，让他也在当天写下文章进行反驳，结果两篇文章同时刊登，互打擂台。一个年轻的医生发表反驳中央委员的文章，这在当时是极为轰动的。
共同的威胁使得一向单打独斗的中医界和中药界团结起来，并创立了统一的组织“全国医药团体总联合会”。3月20日，在抗争大会闭幕后，联合会决议将“3月17日”定为“国医节”，并推出5名代表前往南京请愿，由此走出了抗争的实质性一步。
请愿团到达南京之时，正值国民党召开第三次全国代表大会，党国政要正聚集一堂，这为请愿团开展活动提供了极大的便利。按之前制定的策略，请愿团决定重点拜访国民政府五院院长（即行政院、立法院、司法院、监察院、考试院）和中央党部，对于西医派盘踞的卫生部反而暂时搁置不理。
请愿团最先拜谒的是行政院院长谭延闿，据团员陈存仁回忆，还没有等他们开口，谭延闿就说：“中医决不能废止。我做一天行政院院长，非但不废止，还要加以提倡。”说完，谭院长还当场伸出手腕，请团长谢利恒为他诊脉并开处方。次日，各大报纸便将这张方子登了出来，对中医派大造声势起了很大的作用。
在访问监察院院长于右任时，那就更简单了，因为于右任一向是最赞成中医的，因而他在接见中医代表团时说：“我一生都看中医吃中药，在我们陕西，全省只有一间教会办的西医院，一共只有三个西医生，绝大多数老百姓有病都是靠中医治理。所以，中医对国人的健康保障有很大的贡献，现在西医褚民谊等当政，想把中医消灭，这等于洋教徒想消灭全国的和尚、道士一样，那怎么可以呢？”不仅如此，于右任还提议：“中医该另外设一个机关来管理，要是由西医组织的卫生部来管，就等于由牧师神父来管和尚一样。”
请愿团到立法院请愿时，院长胡汉民因为有病休息，由法制委员会主任委员焦易堂出面接待，焦易堂本人是倾心于中医和国粹的，他表示请愿团尽可放宽心，因为“这件事首先要立法院制定法律，三读通过才能实行，卫生部是不能独断专行的”。
当请愿团到林森家（后来的国民政府主席）拜访时，林森当场表态：“这件事荒谬得很，都是卫生部几个西医和褚民谊搅出来的，相信全国人民都会反对，国民政府奠都南京之后，第一件引起全国反对的大案件，就是你们这件事情。”说罢，林森又请陪同来访的南京名医陆仲安诊脉。原来，林森患有气喘病，一向是请陆仲安看病的。
另外，请愿团又拜访了党国要人叶楚伧、李石曾、张静江等人，都取得了非常好的效果，因为这些人都站在中医一边。西医派本以为他们控制了卫生部便可以只手遮天，但在中医派的抗争之下，才发现他们依靠的汪精卫、褚民谊等人在国民党高层实际上处于孤立的状态。就连地方上的巨头，如冯玉祥与阎锡山也都致电中央力挺中医，特别是一向传统的阎锡山，更是态度坚决。
3月24日，蒋介石亲自接见请愿团，时间虽然只有五分钟，却具有一锤定音的效果。蒋介石在与请愿团成员一一握手后说：“你们的事，我都知道了。我对中医中药绝对支持，你们放心好了。”会见最初，蒋介石说带有宁波口音的国语，他见请愿团成员都说上海话，于是改用纯粹的宁波话与他们交谈。接见结束时，蒋介石还透露，关于提案的批谕将从速发布。
在请愿团节节胜利之时，卫生部部长薛笃弼被这件事弄得很被动，因为他原本是冯玉祥的部下，这次受冯玉祥的推荐就任部长一职，谁知道一上任就遇到这个麻烦事。更让他着急的是，中医请愿团在遍访党国要人时，却把他晾在一边，而这时冯玉祥也来电责问，更是让他左右为难。最后，薛笃弼也只好放下身架，亲自接见了请愿代表并当场承诺：该提案虽获通过，但暂不执行；改称中医为国医；同意成立“中医学社”。
在接见请愿团的过程中，还有这样一个小插曲：薛笃弼还邀请了从西北考察回来的哈定博士来演讲考察经过，卫生部的很多司长都是西医出身，他们用英语与哈定博士谈话，谁知哈定博士却只说中国话，整个演讲过程都是使用国语来讲述的。
数日后，请愿团回到上海，蒋介石的批谕也下来了，卫生部的几项提案全部撤销，只交立法院作参考。至此，请愿团的抗争大获成功。这次中医抗争的胜利说明，中医理论尽管不符合西医理论，但中医能治愈疾病并已延续上千年，这是不争的事实。西医派主张废止中医，从根本上剥夺中医的发展权利与机会，这无论如何都不能算科学而只能称之为专横霸道，这也难怪中医药界人士对此极为愤恨。社会各界也大多对中医药界表示同情与支持，在他们看来，西医派不过是企图用牺牲中医药界的方式来换取他们的发展空间与职业利益罢了。
中医能够取胜的另一个重要原因是，当时西医还远未普及，绝大多数的中国人仍旧依靠传统的中医药来治病。正如时人所言：“全国中医有八十三万人，药铺有二十余万家，而全国西医不过六千人，多数集中在都市，无数县份和乡村，一个西医都没有，人民一旦有病，唯中医是赖，怎样能说废止就废止呢？”
这次“反中医”抗争的胜利，与中医药界的迅速反应和成功的组织有莫大的关系。本来西医派自以为掌握了卫生部的大权，而中医药界一向是个体营业，漫无组织，应该不难对付；但在生死存亡、利益攸关面前，中医界、中药界实现了空前的大团结，随后组成了的全国医药团体总联合会，形成了强大的影响力，并为请愿团向卫生部抗争提供了强大的后盾，这“民敢与官斗”的结果，恐怕也是西医派所未曾预料的。
尽管1929年的抗争取得了胜利并于次年成立了中央国医馆，但中医药行业在之后的发展中仍被无端非难，如1933年《中医条例》的出台就遭到时任行政院长的汪精卫的阻挠，他不但反对该提案，还提出要废除中医中药，并主张“凡属中医应一律不许开业，全国中药店也应限令歇业。以现在提倡国医，等于用刀剑去挡坦克车”。对此谬论，中医界严厉斥责汪氏“亡国未足，必灭种而后快”，汪精卫眼看不能阻止提案，随后又写信给立法院院长孙科，劝说其共同阻止通过《中医条例》。
直到1935年11月，以冯玉祥为首的国内外82名代表在国民党第五次代表大会上提出，政府应对中西医一视同仁，尽快公布《中医条例》；国家医药卫生机关增设中医；允许设立中医学校，这才使得历经数年不得通过的《中医条例》正式颁布，卫生署（原卫生部改卫生署）内也设立了专门中医委员会管理中医事务。
黄炎培曾在回忆录《八十年来》中提到，当时已近90的马相伯马老先生在听说废中医引发的风潮后，不以为然地说：“你们不要过誉西方文明，要知这一切都是近百年来事。我年轻时到外国去，亲见他们还没有好的医药，生了病，用蚂蟥斜贴在太阳穴上，说百病都会消灭的。”马相伯生于1840年，因为家庭信教的缘故，他从小便接受了基督教会的教育并在外国游历过，对西学有相当的了解，这话说得还是比较公允的。
余云岫提出“废止中医案”有四点理由，一是中医理论皆属荒唐怪诞；二是中医脉法出于纬候之学；三是中医不能预防疫疬；四是中医病原学说阻遏科学化。这种说法固然有一定的道理，比如中医在应付大型的公共卫生危机、防止疫病等方面确实不如西医，但中医有中医的理论体系和治疗效果，一棍子将其打死，完全封杀中医向科学化发展的空间，这就难称“科学”而不免“营私自利”之讥了。
理性客观地对待中西医之争，最好的方式是以疗效说话，使中西医在同等条件下共同竞争、彼此共存、交流融合、取长补短，而不是通过霸占行政资源、鼓动不理性的舆论等不正当的手法进行排斥和打压，这种试图垄断的专制主义不过是贪图私利的表现而决不能代表真正的科学，其与真正的“科学精神”更是风牛马不相及。
中医有一句名言，叫“上工治未病”，也就是扁鹊阐述的“良医治未病”的哲理：最高明的医生治于未发之时，一般人不知道他事先能铲除病根，因而他的名气反而不大；次等高明的医生治于初起之时，一般人以为他只能治些小病，所以他的名气只传于乡里；而再次的医生治于病情严重之时，由于效果显著，因而大家反而认为其医术高明。
医昭也在《健康密码：医疗全策略》一书中总结说，中医注重整体化治疗，起效慢但着重于从根本上祛除病根，而西医分科明晰，强调个体化治疗，起效较快，所谓“头痛治头、脚痛医脚”；中医“望闻问切”，诊治手法简单便利，费用低廉，对人体没有伤害，但给人感觉不够精确，西医则依靠各种医疗设备，如X光、CT、核磁共振等等，精确但费用很高；中医重视治疗质量，不做无谓的治疗增加病人的痛苦，而西医往往使用兴奋剂、呼吸机甚至化疗等残忍的方法等来维持无谓的治疗。事实上，对于癌症晚期或艾滋病等不可挽回生命的疾病，很多只是增加了病人临死前的痛苦。就这点而言，中医以调理为主，注重人文关怀，不作无谓的治疗，反而是值得提倡的，譬如巴金先生在死前就说他是为别人而活……身体上插满管子的生存维持对一个有尊严的老人来说，的确是一种无奈的屈辱。
民国时期的反中医，很大程度上是五四运动后的“反反文化”在“科学神圣化”幌子下的愚昧行动，如褚民谊“为了革命非扫除中医不可”的主张。这种“为反而反”的“反反文化”，如反传统、反儒家、反中医、反父慈子孝、反贤妻良母，过去的一切都要反，等等，本身就是一种可笑的偏激与无知的愚昧，而将“科学神圣化”、“西医神圣化”，不过是一种打着“科学”旗号的伪科学，其与真正的科学精神是背道而驰的。
当然，作为中国的国粹和宝贵的历史遗产，中医要在将来得到继承与发展，使用现代语言并引进现代科学的方式进行理论构筑与实践，也属当务之急。另外值得一提的是，民国时期的反中医和今日之反中医，虽然历史背景不同，但事实的真相大多为“因无知而反”、“因私利而反”，今日之西医西药在资金、宣传等方面远占优势，其中有多少利益集团如西药公司等在背后推动，目前还不得而知。但不管怎么说，鼓动“为反而反”的非理性情绪和思维，对一个国家的古老传统与行业进行精心而肆意的攻击并欲去之而后快，恐怕满足的只是部分利益集团的一己之私，而在巨大的历史责任面前，就不是这些人所能承受的了。
在过去的一百年中，中国的传统及文化遭到了不公正、非正常的沉重打击，当今绝大多数的国人都已经丧失了文言文阅读的能力，对传统及文化也已无知到无以复加的地步。由此可以想象，以古文为载体的国学、国粹，包括中医在内，如今的现代人已经极为陌生，形同天书。如今再回顾这段历史的时候也许会发现，受损害的不仅仅是中医，数千年来国人曾为之骄傲的历史、传统、道德、文化、价值，如今还剩下多少呢？这所有的一切，都是需要自称“中国人”的人们去反思的。