五四运动的发生，恰好处在这样一个历史阶段。后袁世凯时代的北洋军阀正处于裂变时期，当家的段祺瑞和他的亲信们，志大才疏，自不量力地妄图以武力统一中国，激化了国内包括北洋团体内部的所有矛盾，危机四伏。但比较起来，在后世所谓皖系执政的这个阶段，当政的军人对于当时的代议制政体表现得最为尊重，不仅恢复了民元国会，而且在民元国会因张勋复辟而垮台之后，组织设计了第二次国会选举。固然此番国会选举，遭致诟病颇多，也的确存在着大量的人为操控以及贿选行为，但比起后来的军阀对代议制的无情践踏——曹锟公然贿选，张作霖和冯玉祥扶植段祺瑞搞没有代议机关的执政府，张作霖的军政府，还是要好得多。当时的政府对于民主体制下的基本人权，比如言论、结社和游行集会的自由，还是尊重的。也高度尊重学校的自治，即使是国立大学，也不随意干涉。固然北洋政府的背后站着的是北洋军人，但这些军人却没有用军人的方式来君临天下，控制社会。北京政府如此，各地的军阀也如此，握有实权的军人，是发言权最大的人，但省议会都在运作，可以发出不同的声音。记者批评当道，学生们表达意见，一般不会有军人前去干涉，即便人家骂到了自家头上，最大的惩罚，也无非是查封报馆。这边查了，那边人家再办。出现这种状况的原因，不仅仅是因为当时的军人政权比较弱，北京政府政令不出都门，各省甚至省下面的地方，军人割据，各行其是。其实，即便这些当家军人实力不强，若想压制舆论，干预教育，也是足够用的。就像1926年之后的奉系，控制北京之后，干涉大学，捕杀记者，硬是蛮干，谁也拿他们没办法。
自晚清以来，达尔文的进化论，经过甲午战争的催化，已经成为上流社会的统治性的意识形态。这种意识形态，落实在政体上，往往被解读为民主共和优于君主立宪，君主立宪优于君主专制。从专制到共和，彼此间是沿着进化的路径行进的。袁世凯的帝制，原本无非是力图解决辛亥以来的政体骤变、致变乱相的一种努力，增强因日本提出二十一条导致削弱的自身政权的合法性，但是，在地方势力坐大，积重难返的情势下，反而成了导致自己脆败的由头。因为这种帝制自为的做法，严重违背进化的道理，成为开历史倒车的反动。然而，政治强人袁世凯的挣扎以及脆败，却进一步强化了上流社会进化论的信念，使得即使是些武夫，也不敢对这个被西方证明具有魔力的政体有所轻视，从某种意义上说，此时的当家武人，他们对民主政体尚有幻想。因此，宁可忍受体制对他们的束缚，也不会对体制采取大动作的背离行为。
同时，五四又是一个如此高调占据爱国的道德制高点，如此得人心的政治抗议运动，不仅社会上商人和市民也怀有学生们一样的对于巴黎和会的情感落差，而且因为巴黎和会上的“外交失败”，引发了以往皖系政府亲日政策的所有潜在的危机，各种的不满与冲突，都接着爱国运动迸发出来，北京政府内部，矛盾也开始激化。加上中国社会的传统，学生闹事，往往具有天然合理性，即使无理取闹，社会对他们也有相当的包容性。在帝制时代，每届科考，应试的举子闹事，只要闹得不太过火，都会被优容。在士子与丘八士兵之间，不仅存在着社会地位的悬殊差距，而且有声望方面的天壤之别。士兵天然地就对读书人有敬畏之感，还在晚清时节，士兵们就不大敢轻易进学堂生事，哪怕这个学堂里有革命党需要搜查。进入民国之后，这种军警怕学生的状况，并没有消除。即使有上方的命令，军警在学生面前依然缩手缩脚，怕三怕四。他们尊学生为老爷，说我们是丘八，你们是丘九，比我们大一辈。
在这种情况下，北京政府面对上街的学生和市民，就非常尴尬。一方面，由于五四运动的矛头指向的就是皖系政府，北京学生声讨曹、章、陆，实际上是冲着段祺瑞和安福系来的，到了上海，示威者就直接指名道姓地要段祺瑞、徐树铮下台，毫不留情地将真正的主政者放在了对立面。因此，仅仅出于自保的需要，他们也要将运动平息下去。另一方面，运动高调的爱国道德诉求，以及大得民心的情势，以及大体合法的抗争形式，又使得他们缩手缩脚，无法镇压，一上手，就处于根本丧失话语权的境地，多数禁止学生上街的政府命令，都不得不承认学生爱国热情的正当性，说他们“纯本天良”。既然如此，镇压就谈不上了。随着运动的深入，北洋系的分裂随之日益清晰，地方军阀的分化，越来越多的不满皖系统治的军阀借对学生的声援，表达对皖系的不满，陷于孤家寡人的皖系，只能偃旗息鼓，步步退让。
特想镇压，又不敢镇压，内部态度不统一，只伸出半只手，还要遭到痛批和痛打，这就是北洋政府在五四运动中的窘境。5月4日那天的逮捕，其实算不上是什么镇压。学生烧了房子，打了人，而且是重伤，被打的章宗祥，浑身受伤50多处。面对这样公然的违法行为，几十个带枪的警察在一旁束手无策，无所作为。几个小时之后，闹够了的学生大队人马离去，警察总监吴炳湘和步兵统领李长泰率领大队的军警才赶到，抓了些掉队的学生交差。在任何一个西方国家，发生了这样的事情，警察都是会毫不犹豫地抓人甚至开枪的。在整个事件中，即使不是站在曹汝霖的角度，从纯粹社会治安的立场，警察实际上也是失职的。事后曹汝霖的抱怨，不能说没道理。当然，我们从中似乎也可以看出，警察在整个事件中，从一开始就不是很“积极”。甚至，事后取证，在现场的派给曹宅的警察“保安队员”，包括在事件中受了轻伤的人，居然没有一个出来指证学生的，每个人都说，当时很乱，他们谁也没看清，不知道是哪个放火打人。当时青青白日，朗朗乾坤，怎么可能看不清呢？可是，大家异口同声地这样说，似乎没有人统一操控。办理此案的京师检察厅的检察官，无奈地在报告里说：“五月十二日复传案内受伤之保安队李昌言等十四名来案，分别验明受伤属实。讯据该队兵等均称，我们所受之伤究竟被何人所殴，因当时学生人数多至数千，当场既未看清，事后亦无法证明。”
虽然有消息说，在火烧赵家楼事件之后，北京政府一度在段祺瑞的坚持下，有心采取更为强硬的态度。曹汝霖回忆说，火烧赵家楼之后，徐世昌将他安置在北海团城保护起来，还给了他和章宗祥一人5万元〔虽然他没接受〕。他到团城第二天，段祺瑞即来慰问，言明这次的事，“他们本是对着我，竟连累了你们。”又嘱咐曹汝霖不要辞职，“看东海〔徐世昌〕如何处置？”恨恨之情，溢于言表。对于徐世昌的不满，也溢于言表。段祺瑞是北京政府的太上皇，此时虽然不做总理，转为参战督办，但他这个督办，却是可以给内阁行文下命令的督办，即使从形式上看，也是太上皇，他不高兴，政府的压力自然很大。于是，政府态度趋于强硬。5月5日，14所有关的大专学校的校长在北大开会，商议解救学生，他们一起去见总统、总理和教育总长，以及警察总监，要求释放学生。但只有吴炳湘冷冷地见了他们，其他的人都拒而不见。这样不给大学校长面子的事，在以前是绝对没有的。5月6日，徐世昌下大总统令，一边训斥了警察总监吴炳湘，一边要求他严加防范，“倘再有借名纠众，扰乱秩序，不服弹压者，着即依法逮捕法办，勿稍疏弛。”但是，被捕学生的消息一经传开，社会各界的舆论一致声讨，各界名流，纷纷致电北京政府，一边倒地谴责政府，声援学生，有消息说，“北洋团体”内的亲冯国璋的人士，也开始思有所为。即使安福国会内部，也有人对内阁表示不满。内阁里，也有不同声音，教育总长傅增湘屡次请辞。原本就滑头的老官僚徐世昌，见势不妙，又把头缩了回去。第二天，即5月7日，就将被捕学生交保释放，由点起五四这把火的林长民和他两个外交委员会的同事，汪大燮和王宠惠保了出去。然后择机由司法机关来处理，意思是把事件交由法律解决，化解危机。应该说，这是一种比较适当的做法。
就在这个当口，徐世昌换掉了李长泰，让自己的旧部王怀庆由帮办升为步兵统领，这个涉及京师治安的人事任免，也许不像有些人认为的那样，是政府强化镇压功能。事实证明，后来的王怀庆，并没有如人诟病的那样成为屠夫，反倒跟他的前任一样软弱，对学生下不了手。看来，王怀庆的上任，在很大程度上是老徐为了自己考虑的，让他这个光杆傀儡总统，在军人的众多指挥刀面前，多个保镖，稍微感到踏实一点。尽管政府软了下来，但对于以徐世昌为首的“文治派”而言，应学生的要求，把曹、章、陆免了，显然没有这个胆量，也没有这个意愿。他们都知道，曹、章、陆做的事，背后其实是徐树铮，是段祺瑞，是段祺瑞力主的亲日政策。从某种意义上说，徐世昌也是这个政策的得利者，没有西原借款，第二届国会〔安福国会〕选举就没戏，自然他老徐也就当不上这个总统。但是，作为晚清仅次于袁世凯的重臣，北洋团体的老人，袁世凯的老朋友，徐世昌即使在北洋三杰这等武夫面前，也有点老资格可摆，因此，他不肯规规矩矩地做傀儡，他要利用直皖之间的空隙，做点文章，利用矛盾，抬高自己的身价。因此，此时也不肯乖乖地为段祺瑞做打手，在巴黎和会之后高涨的民族主义气氛中，逆风而上，严惩学生。最佳的方案，就是两边应付，尽量模棱。但是，首先要顾及的还是段祺瑞和皖系的面子。
因此，作为站在台前的政府机关，面对汹汹的学潮，首要的任务，是要把事情平息下去，不能再出现第二次火烧赵家楼事件，否则段督办那边没法交代。于是，5月6日和8日，徐世昌接连发表两个大总统令，措辞严厉地谴责学生，批评下属弹压不力，其实意思只有一个，那就是不许学生再上街。甚至，连5月7日外交协会一干名流张罗召开的国民大会，也被取缔。对保释学生的审判，也如期进行。最让学生和舆论难以接受的是，曹、章、陆三人的辞呈，均被退回，而且各自得到了来自徐世昌的抚慰。其中对曹汝霖辞呈的批复，说曹“体国公诚，为本大总统所深识”。而且强调，此番事件，系曹“因公受累”。同时给了曹汝霖和章宗祥各5万元，秘密安排曹到北海团城静养。
虽然说，这种安抚和慰留，并未脱出旧时官僚对下属态度的窠臼，也未必显示出徐世昌对三人格外优待。但是在那个情势下，却足以引发人们对政府的强烈不满。人们更关心的是，在这安抚背后皖系军阀的动向，显然，他们的动向，很是令人不安。躲在北海团城的曹汝霖说，眼看着上街的学生越来越少，事情大有平息之势，可是林长民的煽惑，又令风潮再起。其实根本不对，真正让运动再火起来的，主要是政府的暧昧，以及这种暧昧背后皖系军阀种种强硬的表态和人们的猜测。在这以后的一段时间里，社会上流言纷起。说政府“徇武人之请，主严办学生，解散大学，更换各校校长”。段祺瑞的大将段芝贵也被扯了进来，说就是他说的，“宁可十年不要学校，不可一日容此学风”。还有说法是，段芝贵的严厉主张，是在军警会议上提出来的。此公当年卷入名伶杨翠喜案，名声本来就不好，借他说事，不由得人们不信。在次年的直皖大战中，段芝贵有上佳的表演，以前敌总指挥之贵，仗还没怎么打呢，就做了吴佩孚的俘虏。此时看来就有预兆。更多的流言，都集中在北大校长蔡元培身上。说是政府压教育总长傅增湘，要他撤换蔡元培，连替换人选都定了，命令已发，送交印铸局盖印去了。甚至传说有某上将，要用往年对付陆建章的手段来对付蔡元培，也就是说杀掉他。最离谱的是说曹、章等人以300万收买刺客，刺杀蔡元培，还要派人焚烧北大校舍，杀北大学生。这些流言，有的有影，有的没影，但流长飞短，一时间却导致人心惶惶。就在这个时候，蔡元培留下一封至今仍旧费人猜度“杀君马者道旁儿”的信，辞职南下。一石激起千层浪，于是原本就不安的校园，再度沸腾。北京学生全体罢课，不让上街游行示威，就分头宣传。这下，军警又有事干了。
出来演讲的学生，组织形式是五四时期具有特色的十人团，10人一队〔有时也不一定10人〕，四出演讲，散发传单，查抄日货。机动灵活，十分便利。这种运动方式跟北京学生的罢课，很快传染到了全国各大城市，一时间，几乎所有的中国学生，从小学到大学，都在做一样的事。北京的警察和步兵统领衙门的军人，开始是阻拦，看见就拦，拦不住只好听之任之。这一阶段档案中的警察报告，只是汇报学生如何演讲，如何散发传单，而警察则“加派长警劝谕”，“委长和平劝解”，“长警等用婉言劝谕”，无奈之状，溢于纸面。进入5月底，眼看运动如火如荼，没有丝毫停下来的意思。当局有点着急，态度转为强硬，开始动手抓人。5月22日内务部的训令，口气还相当和缓，承认学生的爱国热诚，“原为国民朝气”，学生“集众演说、散布传单等情事”，偶一为之，也是可以的。只是担心“若长此纷纭，人心将因之不靖”，而“不良分子，搀入其中，乘机鼓煽，难保不别生事端”。然而到了第二天，内务部的训令，就变得有些杀气了：“近闻京师地方排日风潮，愈演愈烈，竟有制成泥偶，指作日人，陈列道路，加以种种污辱。又各学校所组织之学生演说团游行街市，所有旗帜及宣言，有指日本为敌国，日人为敌人字样。似此昌言不讳指斥日本，不惟妨害国家交谊，亦且扰乱地方治安。且现闻安徽芜湖地方，并有击毁日人商店，殴伤日人情事。万一京师地方亦遇有前项同一事实发生，殊非所以慎重邦交、维持治安之道。合亟令行该厅密行查察，分别依法办理。”接下来，5月25日，徐世昌又下了一道大总统令，强调对于上街的学生，如果制止不了，“应即依法逮办，以遏乱萌”。学生根本不理，依旧上街演讲和查抄日货，直到进入6月，政府感到不抓人不行了，才开始动手抓人。由于学生非常多，每个学校每天都会派出十队八队的十人团，“同时至少有二三千人”，抓不胜抓，抓多了也没有地方关，于是就把北京大学法科占了，改做临时拘留所，关押被捕的学生。没想到学生越抓越多，法科装不下了，最后临时拘留所又扩张到了北大理科。
即使政府已经开始抓人，但主动进攻的一方，依然是学生。虽然有传说，被捕的学生可能被枪毙，被抓进去的清华学生李先闻，最初也感到“有些害怕”，被抓的人，心里都有点感到有点没底。但是，这点担忧，并没有减弱学生的冲劲。因为，很快他们就发现，其实军警对抓人并不积极，即使被抓了，好像也无所谓。在某种程度上，是学生主动找军警来抓他们。据时人回忆，6月1日运动中成立的北京学生联合会决议，从6月2日起分队外出演讲，如果2日外出的学生都被捕了，那么3日就加倍再出，如果3日再被抓，则4日全体出动。6月2日的一份北京警察报告，很有意思：
为报告事。窃本月二日有北京大学学生因卖国货，不听劝解，在职署顽赖不肯走去等情，业经电禀，奉谕送厅办理在案。谨将情形禀陈钧阅。先是于前几日间即每日有清华学校、北京大学等各校学生，在职区界内各处分起售卖牙粉、仁丹及零星货物，均经职署婉言劝解，每一起至动须劝导、辩论许久始去。本日下午二时余，又据东安市场巡官白祖荫电称，有北京大学校学生刘仁静、陈用才等二名，在市场南门内售卖国货，并有该校学生牟谟用大洋一元购买，故意因钱惹人注目。经巡官、巡长等婉言劝说，而该学生等大声疾呼，谓警察阻制人民买卖自由，并齐声喧嚣。现在办公室内等情。当经电饬婉劝，令其到署。经职在外接待室内接见座谈，告以不可卖物之理由并警察劝阻之用意，劝至三小时之久。其时并该校执事人林冠英自行到署，帮同劝说。该学生等坚称警察为不法之干涉，既被巡警送来，即不能走等语。该管理员无法，先行走去。复经职多方譬解，该学生等见又有巡警送学生来，始行走去。于是又将第二起学生接见，一名蔡鬯贤，一名王汝楠，均系北京大学学生，其劝说辩论情形大略与第一起之学生相同。正劝说时，而第三、四、五起学生相继而为巡警送至，共计钟笃余等七名，均系北京大学学生也。其所执之理由则谓售卖国货并不犯法，巡警干涉即为滥用职权，送其到署则为违法逮捕，不但不能停止卖货，如无稳妥之答复即不能去署等语。职以彼等蓄意矫情，故婉譬曲解，百端劝说。不料该学生等无理顽赖，决不转圜。乃经电禀将其送厅，而该学生又只推出二人代表到厅，其余五人在署候信。遂先将钟笃余、张国焘二人送厅后，又向在署之陈锡等五人劝解良久，始终坚执既不赴厅亦不走去。后据要求非有先赴厅学生之电话，彼等不能出署等情。在职署本不难强制将其送厅，惟该生等势必叫嚣，殊于观听有碍，于是复电知司法处令学生通电话后，在署之陈锡、倪品真、刘宝华、龙石强、刘云汉等五名始允赴厅。此本日学生顽赖之情形也。查该学生等蓄意顽赖，本无足计较，惟分起相继而来，实于警察公务上大有妨碍。除已电陈外，理合报告鉴核。谨票。
这些学生中，不仅有后来中共创始人之一的刘仁静，还有一个也是中共创始人，但更为有名的张国焘，这两位都是当年的特别能战斗的五四青年。几乎是只要警察一碰他们，就指责警察违法，到了警察署，就不肯走，无论自称“职等”的警察怎样劝，都不行，非让警察把他们抓起来不可，警察不道歉，誓不罢休。匡互生回忆说，到了6月4日，军警不仅不敢再抓捕学生，而且极力苦劝学生不要再外出演讲，“甚至于有跪地哀求的”。都说警察抓学生是猫捉老鼠的游戏，但是在这个时候，我们看到，这里，学生是猫，警察才是老鼠。
不仅如此，我们还在当时的各种记录中，看到军警被学生的演讲和行为感动的场面。当时编的《五四》一书，有这样的记载：
讲演一事愈干涉而学生愈热心。犹忆某日前门外有某校讲演学生一团，正讲至兴会淋漓之际，忽来警察一队驱逐听讲者，学生泫然哀之曰：‘汝所冠非中国之冠乎？汝所履非中国之土乎？汝所衣、所食、所仰事、所俯畜非皆中国国民之血汗乎？汝不见吾国租界上替人服役之印捕之无聊乎？汝不见朝鲜亡国后全国军警尽易日本人乎？奈何我辈为救汝中国而讲演，而汝反助彼仇人而驱逐听讲者乎？呜呼！我最亲爱冠警冠、佩警刀之同胞乎！汝纵不为国家谋生存，汝独不为汝自身谋生存与汝所仰事、所俯畜谋生存乎？’学生辞犹未毕，警察皆感激泣下，听讲者亦泣。
当时的场景，学生的说词有没有这样的文绉绉我们不得而知，但学生对于军警这样动之以情、晓之以理的反“劝阻”，而且劝说奏效的事，肯定是有的。匡互生的回忆中，就多次提及军警被学生所感动，不仅外面抓人的军警被感动，连负责看守被捕学生的军警，也被感动，甚至大骂“段、徐、曹、章卖国的不是”。
在上海，这样的场景也所处可见。跟其他地方的军警一样，他们对于学生都比较客气，不敢轻易动手动脚，要动粗，也只冲着市民。但是，学生跟北京一样，主动出击。复旦大学的学生整队入城，确定战略为：“同学中有一人被捕者，当全体肃然随之。捕者为警察，全体即入警厅；捕者为兵士，全体即入护军使署。既抵该所，有所诘问，当取同一之回答，其答语即‘国贼未除，不容不毅力坚持’。设有非法苛待，吾等数百人当肃然跪对国旗，勿作一语。”面对这种架势，即使警察有心抓学生，都会打退堂鼓。事实上，上海的军警，基本策略对学生是不抓的。复旦的学生出来，沿途军警就像没看见一样。凡是被抓的学生，大抵跟北京近似，都是学生主动“找抓”，甚至“欺负”到警察门上去找事。《时报》报道，6月5日，居然有百余学生来到上海警察厅，“摇铃演说，言政府如何野蛮，欺压同胞，谄媚日人。警厅派出巡士多名，劝阻驱散。各学生不听，于是用强迫手段拘拿，各学生态度文明，既不抗拒，又不走散，口中大呼同胞看看，当被拘住数人，带入厅中，各学生全体随之入门。嗣上海县知事沈宝昌闻信到厅，与徐厅长晤商之下，立将各学生释出”。所谓“同胞看看”，就是大喊大叫：“看哪，警察抓人啦！”不仅如此，当时还有学生手持白旗一面，上书“徐国梁忠心卖国”字样〔徐国梁即上海警察厅厅长〕，当街演讲，警察劝阻不听，因阻碍交通之由，将之带到警察厅。骂人骂到警察头子头上了，这位在报人眼里十分凶恶的徐厅长也没有因为骂了他，把这位学生怎么样，随即释放。“该生还复自由后，仍与同学照旧进行演说。”学生出来演讲，警察如果干涉，就非要警察带入警署，然后警察再给他们放出来，有被拘三、四次，“被释三、四次者”。就这样，报纸还是满天报道，学生被捕，遭到迫害，云云。
跟在北京一样，上海也有被学生感动的军警。据《申报》报道，复旦大学的学生到警察厅周围演讲，“大讲段、徐、曹、陆等卖国之情形，警兵旁立倾听，非特不拘人，且多颔首称是。”进入南洋公学的士兵，据说也在学生“告以大义”之后，“为之惶愧而去”。上海的学生比起北京的同辈来，对付警察，还会调侃。据当时人讲，学生在送食物给自己人的时候，有时候看见士兵在“荷枪守备”，遂将“特制馒头数百枚，以飨各士兵”，一边说着风凉话，说是感谢他们“帮同救国”，结果士兵“颊顿飞红，坚不肯受。”
武汉的军警，也同样对学生缩手缩脚，也同样容易被感动。运动初起，因执行北京政府禁令，湖北督军王占元对于防堵学生相当卖力。这个滑头军阀，名列直系的长江三督，但却经常首鼠两端。由于段政府南征，很多部队要过境湖北，也不容他不听话。只是，对于在防堵中抓的学生，他却没有为难。据当时的报道，武汉私立政法学校的学生，因外出演讲，被逮至某团兵营，“后旋由该团三营营长贾万兴〔河南人〕出为接洽。略谓；诸位热心爱国无不感佩，敝营兵士梭巡，原所以防奸人滋事，奉令解散诸位之演讲而已，实非敢擅于逮捕。今诸位既已至此，鄙人自当呈报团长，转请督军送诸位回校。于是乃一面谕令护兵优礼招待，一面置酒备饭自陪畅叙。各学员等亦将联合会之宗旨及讲演之要义，逐一详告，饭后复令于楼上安置铺盖，请事憩息。各学员又复随时演讲，各军士多被感动，均各屏息倾听。至于各警署捕去之学生，虽云亦甚优待，然究不若该营长之特色云。”
尽量不碰学生，似乎成了当政者的某种禁忌。手握参战军一个师的重兵，身为济南镇守使的马良，是回民，脾气火爆。作为段祺瑞爱将他，在五四运动中，自然要站在主公一边，即使出于报恩，也得表现一下。相对而言，由于济南作为五四运动由头的发生地，运动的火爆程度也非同一般，据当时人讲，在群众大会上，会议主席想要致辞，说得不对学生口味，都被哄下。与会的群众上街游行，不仅砸了倾向政府的《昌言报》报社，而且把报社的经理和主编捆起来，前胸后背贴上卖国贼和汉奸字样，背插亡命旗游街示众，在这个过程中，主编和经理不断地挨打受折磨。到了这个地步，学生和市民还意犹未尽，径直将人押到省长公署，逼省长表态。即便如此，马良的“表现”，也对学生没有多少办法，据说只打了两个学生的手板。却找了一些回族市民的霉头，说是我自己抓自己人，别人总不好说什么。抓了几个领头的回民领袖，杀一儆百，杀了其中的三人，制造了五四运动中，最大一次镇压事件。这个事件，在山东督军张树元向北京的电报中，变成了“莠民假借学生名义”做的，干脆跟学生一点干系都没有了。尽管如此，学生却没有因此而放过马良，山东和天津两地的学生一拨一拨地上北京请愿告状，声讨马良，造谣说马良主张中日合并，云云。
碰到学生的事儿，也不是没有，军警要围堵学生不令上街，无论军警如何客气，只要学生执意要冲，也难免磕碰。湖北督军王占元的麾下军警，就摊上了这样的事。6月1日，武昌高等师范学校大门口，有学生受伤了，报界哄传，军警镇压，武昌出了当时轰动全国的流血事件。对于事件，武昌高师学生的通电是这样说的：
自外交失败，各界呼号，生等曾洒一掬热血，通电中外，警惕国人，纯以爱国为主，并无越轨情事。不图六月一日，正值星期，晨光未曙，校外遍围军警，声势汹涌，阻止出入，生等念身居校内，横遭囚禁，不胜骇异，群集校门与之理论。该军士不惟置若罔闻，反而用刺刀乱刺。陈君开泰退避不及，身中数刀，立即晕倒，血流满地，生死未卜，其余受伤者十数人。该军士后欲开枪射击，幸将二门紧闭，未令屠杀。举校痛哭，惨状难言。
王占元在给北京的电报上，则是这样说的：
因有北京学生代表来鄂，各学生拟在消岔宝通寺开会欢迎，定期旧历五月一、二两日举行露天演说。各学校学生悉数齐集，往军、省两署及各衙署繁盛街市派人讲演，印发抵制日货传单，情形极为激烈。并探闻汉口匪人有乘机混杂，希图扰乱情事。当时传谕各校长积力劝阻，非得校长允许，无事不令各学生出门。一面令饬警察在各校门首附近严密调查，不许外来代表入校煽惑。复据警务处长崔振魁面禀，以警察不敷分布，请派军警巡视弹压，复令卫戍司令派兵士数排游行照料，一日无事。次日午后……国立师范有学生数十人，因警察防止不便，各持木棍、石块向警察痛击，警察无力抵御，遂邀同附近军队往劝解，因群持木棒，势甚汹涌，不得已用枪托搪抵，致有一生误触刺刀，伤及腿部，现已送院调治。
两造都说对方来势“汹涌”，看来至少冲突比较激烈。督军说学生各持木棍，显然属于夸张，但军警是堵，学生在冲，论势头，应该是学生更足，但军警手里有家伙，混乱中，刺刀虽说未必是像督军说的那样，被“误触”，但也未必像学生所说，军警用刺刀“乱刺”。后来记者探视受伤的陈开泰，明显倾向学生的报道，也是说陈的伤在腿，倒的确很重，刺刀由左腿穿透到右腿。说明伤人的军士，刺刀是向下的，应该还是有所节制，并非“身中数刀”。显然，就像督军渲染学生手持木棍、石块如何凶悍一样，学生所说的军士欲开枪屠杀，也不大可能，真要开枪的话，学校的门是挡不住的。自然，学生所说另外受伤的几十人，后来也没了下文，最大的可能，是当时张大其辞的渲染。
虽然受伤者很快就伤愈出院，但事件却引发了轩然大波，各地一致声讨，要求罢免王占元，连人称安福国会的国会议员，都提出质询案，几十人联署。迫于压力，王占元不仅随即派人去医院慰问伤者，送了50块钱〔这对于一向有吝啬之名的王占元来说，真难为他了〕，而且还督促湖北警察厅长何佩瑢将直接负责的警务处督察长撤差，将警务处长一并记过。看来，伤到了学生，事情还真就是不小，连割据一方的军阀，也得让上不止三分。
运动中，抓学生并将之送上法庭，最后一次“公演”，是天津的警察头子杨以德扮演反面角色。天津是直隶的地盘，直隶督军是曹锟，省长是曹锟的弟弟曹锐。一般来讲，凡属于跟段祺瑞走得比较近的人，对于执行中央政府禁令，弹压学生相对积极一点。曹锟当然不算是皖系人物，但是，在此前一段时间里，跟冯国璋也走得也不近，远远不及长江三督〔江苏李纯、江西陈光远和湖北王占元〕，基本属于在尚未界限分明的直皖之间骑墙的人物。在段祺瑞第二次对南方用兵之际，由于许愿给曹锟一个副总统，所以，曹锟对于南征一度相当积极，手下参战的大将吴佩孚战绩也特好，一直打到了衡阳。但是，到了五四运动爆发的时候，曹锟的副总统飞了，而且湖南督军也没给吴佩孚，因此，曹锟集团跟段祺瑞已经离心离德，曹锟和曹锐尚未撕破脸皮，但是，吴佩孚已经公开叫骂了。因此，在直隶的地界上，按道理对于学生运动，军警是没有弹压的积极性的，只是天津这个地方例外，一方面它是北方第一大商埠，对外口岸，日本势力很大，另一方面它离北京很近，直隶首府保定对它的影响，远不及北京。五四运动爆发以来，天津警方一直直接听命于北京，因此，才有1920年初对学生的逮捕。
逮捕学生的起因，是魁发成事件〔事件详情，参见《抵货运动的是是非非》一章〕。魁发成料器店，有日本人的股份，冲突中，也有日本人参与。加上刚刚发生了福州抵货学生跟日本人的冲突事件，北京政府特别担心在京畿之地，也发生类似的事件。作为天津警察头子的杨以德，更是担心这一点，所以，才大动干戈，抓了学生。虽然学生在这个事件中，的确违法了，按说被逮也不为过。但抓了人的杨以德，却心虚得紧，不断跟被捕的学生套近乎，强调他对学生的爱国热情表示赞许，他跟南开的校长张伯苓关系怎样好，对这些出身官宦家庭的学生的父辈怎样有交情，他跟学生没有私仇，他自己过去怎样爱国，怎样在外国人面前不含糊，他这个人怎样仗义。到被捕学生移送检察厅之后，坐监的学生，在拘押期间，居然可以读书，开讨论会，开晚会，茶话会，“有游戏，有演说，快乐得很，并且吃了些茶点”。唱京剧，大鼓书，演相声，滑稽戏。玩够了要聚餐，派人出去买酒，看守所所长说按规矩不能喝酒，学生了发了脾气，所长只好妥协，任这些学生喝酒猜拳。哪里是在坐监，分明属于度假。最后，上了法庭，一场官司，学生在法庭内外，慷慨陈词，扬眉吐气，最后法官草草审完，匆匆开释。凡是坐了监的学生，都成了英雄，受到万人空巷的欢迎。
当然，看当时人编的资料，也不断有军警如何残暴，学生挨打，甚至流血的报道，但比照后来的事件进行就知道，这种说法，多为宣传的需要，众多被打受伤的人，好像没有几个进了医院，更看不到对伤员慰问方面的报道。比如武昌高师事件，学生方面说伤了几十人，但真正在医院里接受各方慰问的，只有陈开泰一人。而且据1949年之后大陆当事人的回忆，在五四运动已经被抬到天上的情况下，军警的残暴，如果真有的话，按情理，应该大肆渲染的，却恰恰没有这种渲染。相反，在当事人的回忆中，连最残暴的济南军警，都相当仁慈，军警要关城门，学生将腿塞进门缝，他们就不敢关，结果让学生涌了进去。还有人回忆说，当时的军警根本不敢用刺刀碰学生。五四当口，上海警察厅厅长徐国梁有篇对警察的“慰谕”，很有意思，抄在下面，人们可以从中看出当时军警真实态度：
近来学生罢课，商家罢市，大家兄弟昼夜四班巡逻，辛苦的了不得，本厅长很过意不去。大家兄弟到上海几年，遭过几次变乱，个个皆能守秩序，服从长官的命令，当长官的非常的欢喜，非常的相信。这一次又碰着这宗风潮，我们警察向来以保护人民生命财政，维持地方秩序为天职，望大家仍旧遵我们的章程，尽我们的天职，服从上官的命令，不要听他人的煽惑，在公时不要与路人闲谈，下公后自己休息休息，不要无故出门。我们漂洋过海，几千里路跑在此地，好容易每月赚了几块钱，养我们的妻子老小一家人家。一旦要变了主义，受了匪人的骗，小则差使撤掉，大则性命攸关。本厅长与大家兄弟相处七年之久，同生同死，真不容易。况且又是同乡居多，所以将肺腑的话告诉于你们，你们千万记在心里。再遇着学生成群结队，须力去解散他们。遇着他们拿着旗子棍子的，就赶速没收过来。如若他们不服从，就到本署报告官长，请示办法。总要和平，不要激烈。他如要骂，我们假装听不见。他如要骗，我们不要受骗。我们听他的话，要绝对的不听。如要说出非法的言语，你们就立时将他们拿住，送到署内，自有办法。这几天之内，大家要格外辛苦辛苦。本厅长心中有数，决不能辜负你们一番劳苦。特此传谕。
上海的警察，都是山东人卢永祥从山东带来的老乡，跟上海护军使的军队一样，都是当年的庄稼汉。维持秩序，当然是警察的任务，但是，一方面，徐厅长担心因山东问题而起的五四运动，使得这些山东乡亲组成的警察们受到“煽惑”，军心动摇，一方面，又要让警察们尽量克制，别跟学生发生冲突，把事情闹大。在这样缩手缩脚的方针下，警察能做点什么，做到什么地步，可想而知。上海如此，别的地方也差不太多。
五四发生的时代，是个军人当家的年月。按理说，但凡军人政权，都有几分强横，但是，当时当家的段祺瑞更多以为自己是政治家，而非军人，比起他的老主公袁世凯来，他更乐意尊重民主体制的一些规矩，在议会不听话的情况下，不是简单地废掉它，而是另起炉灶。因此，尽管段祺瑞推动了武力统一，激化了各方面的矛盾，但他所掌控的北京政府，跟袁世凯时代相比，毕竟是个弱势政府，武力统一所用的武力，基本上要靠金钱购买，钱花出去不少，但效果不佳。各地的军头，有钱的主儿，不肯出兵，肯出兵的，不是地盘差，就是散兵游勇，像曹锟、吴佩孚这样别有怀抱的主儿，非常少。到了前线，个个都要饷积极，打仗消极，出工不出力。即使皖系的嫡系，也未必真心拥戴其武力统一的政策。五四运动之所以爆发，是因为国人感到了前所未有的“委屈”，这种委屈，不仅学生有，多数上层人士也有，甚至部分军头也难以无动于衷。普遍的委屈汇成爱国主义的洪流，在这个洪流面前，任何人都不敢公然对抗，尽管手里有枪，但绝没有任何一级政府敢于自甘被人扣上卖国的帽子。但是，在运动当口，只要有所举动，就难免背上卖国的黑锅。在军阀混战的时代，一个军头背上这样的黑锅，不仅意味着得罪了当地的绅民，而且意味着在日后可能的战争中，丧失了生存的合法性，在战前的电报战中，自己先失一局。
因此，尽管北京当局特别想把运动压下去，但却始终不敢用强，各地军头皮里阳秋，首鼠两端，而且个个都积极地跟曹、章、陆划清界限。所以，运动不仅没有在各地军警的阻拦中消退，反而如火如荼地越卷越大，直到运动中人自家没了热情，才自然退潮。唯有作为嫡系的嫡系的参战军师长马良，有了一点强硬镇压的表示，也很快淹没在铺天盖地的抗议声中，被诬为主张中日合并的卖国贼，不得不销声匿迹。