治近代史者，一般人们都把1916年到1920年视为皖系统治时期。一个简单的分法，北洋军阀几个大头各占四年：袁世凯四年〔1912—1916〕；段祺瑞四年〔1916—1920〕；曹锟、吴佩孚四年〔1920—1924〕；张作霖四年〔1924—1928〕。不过，严格地说，1916年在袁世凯死后上台执政的段祺瑞，至少在最初代表的并不是一个皖系，而是整个北洋系。即使在北洋内部，也大多这样认为。当时的北洋系，虽然已经存在内部的派系，但尚未明显分化。段祺瑞原本就是袁世凯麾下的第一号北洋人物，而且没有参与洪宪帝制，据说还颇有微词，此时上台执政，不仅北洋系一致拥戴，就连西南方面也表示认可，甚至原来属于国民党系统的一部分人也表示可以接受段祺瑞。
当然，号称北洋三杰的王士珍、段祺瑞和冯国璋，除了王士珍神龙见首不见尾，在政治上没有野心，也没有多大作为之外，段、冯二位，在袁世凯还活着的时候，已经开始形成各自的小圈子。靠近段的，人称皖系，靠近冯的，人称直系。这种事，在中国政坛，从来难以避免，有皇帝在的时候，无论怎样打击朋党，朋党都存在，更何况没有皇帝了。但是，虽然直皖这样的分际有了，彼此之间，却绝非视同水火，泾渭分明。跟过去的朋党一样，说是这个党那个党，但界限并不清晰。北洋系的将领，虽说在一部分人出现了跟冯走得近一点还是跟段更亲昵的分别，但是还有一部分人并没有这样的分别，跟两边的关系还都可以。像曹锟这样人，虽说籍贯上为“直”保定人，但在段祺瑞秉政之初，在冯、段之间，却没有明确的归向，很难说他到底是属于直系还是皖系。至少在他派吴佩孚进入湖南，一口气为段祺瑞打到衡阳之前，没有这样的归向。显然，曹锟虽然有傻子之名，却并非有命令就服从的“傻子”。
真正作为一个庞大的军政体系的皖系，实际上是安福国会成立之后的事情。这期间，完成这个过程，要经过府院之争、张勋复辟和安福国会选举三件大事。
所谓府院之争，就是总统府和国务院之争，也就是总统黎元洪和总理段祺瑞之争。袁世凯之后的北京政府，是临时约法规定的民元体制，介于法国的半总统制和议会责任内阁制之间，一种相对权力关系比较模糊的制度形式。这种仓促形成的制度，本是当年孙中山把临时大总统让给袁世凯之际，为了防止袁世凯专权，而安排的权益之计。这种体制在袁世凯当家的时候，已经被实际上改成了总统独裁制，无论是总理还是后来不伦不类的国务卿，都是挂名的。段祺瑞之所以同意回归临时约法的体制，首先是出于反袁势力的压力，这个压力让老袁众叛亲离，老命不保，继任的他，不打算继承袁世凯的负资产，因此只有改弦更张，回到民元体制，大家都能接受。其次，也因为他对民元体制的看法，并不认为那是半总统制，而只当它是责任内阁制，在责任内阁制下，总理实权在握，而总统只是一个幌子。借此抬出向有菩萨之称的黎元洪做总统，并不耽误他对实权的掌控。尽管让一向为他看不起的黎元洪摆在他的上面论在清朝的资历，黎元洪远不如他，他当军长的时候，黎元洪才是一个小旅长，但在实权和虚名之间，他还是选择前者。其三，向民元体制回归，也是对前阶段袁世凯作为的一种修补，段祺瑞虽然是个武人，但当时对西方代议制的迷信，却是一种大趋势，段祺瑞也不能例外，也幻想着可以通过这种制度的正经运作，获得成效，改变中国的面貌。
然而，遗憾的是，真的操作起来，段祺瑞发现事情完全变了味。在他眼里的责任内阁制，到了总统府那里，则是半总统制。身为国务院的秘书长小徐树铮，视总统为盖章机器，“指挥黎氏画诺”。虽说跋扈了一点，但如果真的是责任内阁体制，倒也不太离谱。但总统府方面却受不了，性子柔和的老官僚张国淦做总统府秘书长时，还能勉强维持“和局”，换了出身报界的参议员丁世峄，双方立即剑拔弩张，斗了起来。双方的秘书长各自草拟有关府院权限的条例，骨子里无非是责任内阁制和半总统制的制度分歧。按道理，这个从临时约法就留下来的问题，本可以通过议会加以解决。但是当时的议会，并没有这种制度上的自觉，刚从帝制结构中走出的议员们，做了民意代表，却只当是在做官。当时之世，不唯握有实权的武人不明白在代议制下的本分是什么，就是民意代表，也是如此。大家对权力纷争有兴致，但于制度建设却无心情。
不张罗修改制度，在当时的情形下，因府院之争，议会也不可能置身事外。只是议会的参与，却更多的是意气之争，帮同吵架。这种参与，使得府院之争更趋复杂化。开始的时候，部分议员很热衷于左袒右袒，居中取势，经常把在议会中的表现，作为进入行政部门做官的契机。在当时，人们还是按照清朝的旧习惯，认为做官才是正经事，所以，借机弄个一官半职，才是议员们真正的追求。但议员做了官之后，非但不会使国会和内阁关系改善，而且往往会因权力斗争牵扯两边的关系，使关系更加恶化。自从前国民党系统的议员领袖孙洪伊入阁，做了内务部长，并跟小徐以及段祺瑞发生激烈的权力之争以后，段祺瑞跟国会的关系变得越来越紧张起来。
当时的中国政局便是如此奇怪，一方面是代议制的合法权力，一方面是实权在握的武人团体，两下两层皮。两层皮，哪个都有实在的意义。代议制有来自西方成功经验的制度迷信的支持，而这个迷信的背后，则是风靡一时的进化论思维，这是近代中国占统治地位的意识形态。可是，真正控制局面的，却是那些枪杆子在手的军阀，只有他们才具有操纵政局的实力。进化论的意识形态虽然强大，但它还是形而上的，真正操作层面的工具价值，还是中国传统的阴谋权术。段祺瑞发现，每当他乐意遵守代议制的规矩时，办事无不障碍重重，什么也办不成，当他玩弄权术，操纵军人干政的时候，反倒要顺利得多。
只是这仅限于日常事务，到了重大决策的关头，“徒恃法律上名义建立于北洋派之上”的总统，依靠国会的配合，还是能给北洋派领袖段祺瑞造成巨大的麻烦。最明显的事件，发生在对德宣战问题上。
时间进入1917年，第一次世界大战已经打了将近4年，交战双方德奥同盟和英法协约两大集团，像两个缠斗已久的巨人，已经精疲力竭。似乎这个时候，外面只要来一个人，手指一捅，一方就会倒下。当时的世界，有这个力量的国家，只有日本和美国，日本不乐劳师远征，更喜欢呆在家里卖军火。最后解决问题，眼见得只有靠美国。跟英国血浓于水的美国，如果参战，选择帮谁，不问可知。但是，已经加入协约国的日本，和即将加入协约国的美国，却都特别想把中国拉进来，让中国给他们出兵，出劳力。但是两家又各有怀抱，都想让中国走自己的路线参战。显然，它们着眼的，不止是参战本身，还有战后在远东的势力份额。
显然，日本人下的功夫比美国人大得多。自日本大隈内阁倒台、寺内内阁上台以来，作为寺内的私人代表西原的说项，段祺瑞政府对日本好感大增，西原的第三次来华，主要目的就是游说中国走日本路线参战。终于，在日本的利诱下，1917年初，中国接受日本参战援助，走日本路线参加欧战。切实行动，把身子靠在了日本人身上。当然，这也埋下了日后美日在五四运动前后暗中较劲的伏笔。
然而，就当时而言，在参战问题上，中国国内一向有两种意见，一种是押宝似的选择一方参战，然后搭便车提高中国国家的地位。段祺瑞和一些亲英美派的政客，就是这种意见，只是段祺瑞和这些政客选择的路线不一样。另一种是两边都不得罪，保持中立。由于英法在中国势力比较大，因此可以选择稍微偏向英法协约一方，比如跟德国断交，但不参战，留有余地，万一德奥同盟胜利，也可以免于尴尬。由于中国在政治和军事现代化过程中，德国一直是样板之一，军人崇德者不在少数，徐树铮就是一个。所以，持后一种意见者，在军政各界，不在少数。而日本的活动，反而增加了这些人的疑虑，用西原的话来说，就是“担心中国会在外交上丧失自主权，更害怕日本会借口加强中国沿海的防御而侵犯中国的领土”。待在总统府的黎元洪，就是后一派的代表人物。黎元洪脾气很好，一般情况下，很少跟人发生冲突，面对强势的段祺瑞，更是如此。但对于中国的参战，他视为事关国运，所以，无论如何，都不肯妥协。
就这样，在最后参战问题上，府院之争走向了决裂，而国会站在了总统一边。段祺瑞为了能让对德参战案得以通过，动员了督军团施压没有用，采取了下三烂的公民团包围国会这样袁世凯的故伎，由于玩得过于拙劣，最终不但没能成功，反而惹翻了多数的议员，闹得沸反滔天，北京政局大乱。最后，黎元洪不顾督军团的反对，以不太合法的方式，罢免了段祺瑞，段祺瑞负气出走天津，天下更乱了。
罢免了段祺瑞的黎元洪发现，采取如此决绝的办法跟北洋派闹翻，结果是得罪了所有无论如何都不能得罪的人，各地军阀反声震天，杀气腾腾，自家的地位岌岌可危。免了段祺瑞之后，居然在北京找不到一个人肯出面组织政府，接替段祺瑞。按当时的情形，他自家的性命，也随时可能被随便一个什么武人提一旅之师就给灭了。无奈之下，病笃乱投医的黎元洪，只好接受辫帅张勋的进京调停。作为前提条件，是必须解散其实是支持他的国会，可是，签署解散命令，都没有人附署，最后还是步兵统领江朝宗出来给他解了围。各地的军阀，明明知道张勋这个前清的孤臣孽子，来北京多半是要拉出小朝廷复辟的，但却纷纷纵容这个脑后拖着辫子的江西老表出头为他们火中取栗，只有在天津的段祺瑞，声音不大地警告张勋不要复辟，但也很快就淹没在各地武夫一片叫好声里。
当张勋率领5000辫子军进入北京城之后，一头扎进了宫里。复辟大戏开锣，遗老遗少粉墨登场。迟钝的黎元洪，这时才发现自己上了当。赶紧躲入日本使馆，发表两项命令，托人带到天津拍发。一项是委托在南京的副总统冯国璋代行总统职权，一项是重新委任段祺瑞为总理，主持讨逆。
接到命令，段祺瑞忸怩了半日，虽然有点不情愿，最终还是接受了委任。接受全权委托的段祺瑞，知道这等于黎元洪向自己递出了降书降表，府院之争从此画上句号。但在得意之余，却发现自己没有一兵一卒可以调遣，也没有一分钱可以供支配。显然，在那个时候，钱有时候比兵更有用，有钱，不愁买不来兵供他调遣。此时，亲日的曹汝霖为他雪中送炭，从日本三菱公司北京分公司借来了100万日元，随后又弄到了盐余款50万。有了钱之后，段祺瑞先用钱收买了驻扎在北京附近的第八师师长李长泰的小老婆，然后靠这妇人的枕边风，说动了这位国军精锐师的师长，随后，第十六混成旅冯玉祥部和第三师曹锟部也响应讨逆，陆续聚拢四五万人，对付5000辫子军，已经绰绰有余。于是，段祺瑞于1917年7月3日于天津马厂誓师，兴师讨逆。此时，过去跟张勋推杯换盏、称兄道弟的各省军阀，呼啦一下全部变了脸，5000辫子兵，当然守不住小朝廷，害得张勋复辟未成，连自己的老窝徐州并辫子军都丢了，从军阀盟主，变成复辟元凶，而段祺瑞，则成了再造共和的英雄。从此，中国政局进入了段祺瑞的全盛时期。
全盛期的段祺瑞，名副其实地可以称为皖系首领。第一，派系的界限清晰了，自家不仅有了嫡系，而且在“北洋团体”中，也有了亲疏之分。第二，不止身边若干追随者和幕僚，而是有了一大队的文臣武将。严格地说，此时的皖系，有两个东西是标志性的，一是用日本的借款，编练嫡系武装参战军，有了亲自掌握的嫡系武装。二是建构了一个听话的代议机构安福国会，有了一大群听招呼的议员。
编练嫡系武力，兹事体大，由他亲自抓，具体由他的两员哼哈二将之一的靳云鹏来操办。而操办国会，则由他的哼哈二将的另一员徐树铮出面。这样两件费钱的大事，背后的支撑者是日本，具体地说也就是我们讲过的西原借款。由于日本方面金钱橄榄枝的舞动，在北洋时期历届民国政府中，段祺瑞的皖系政府，是最亲日的。用日本人的钱建构了一个自己的帝国，却也因为这来自日本的钱，最后还是让这个帝国变成了泥足巨人。从某种意义上说，恰是这两件事，让他得罪了原来自家盟友，文的方面是梁启超和他的研究系，武的则是曹锟、吴佩孚，甚至还有东北的奉系张作霖。