戊戌变法进入1898年的9月，新旧两党的对立已成水火之势，裁撤詹事府等六衙门和取消旗人特权，以及光绪在火头上摘掉了礼部六部堂的乌纱，这些举措在京城得罪了太多的人，成千上万丢了差事和被允许去自谋生计的旗人再加上成百上千同样“受伤害”的议员及家属亲友，有能量有地位的，就到西太后面前“环跪”与“哭诉”，其他的人则怨声载道。北京城里，就像到了“谣言世纪”，京城大街小巷，店铺、衙门和民居，一时间讹言满天飞，小道消息满街窜。一会儿说是翰林院也被裁撤，一会儿又传御史们位置也将不保。更可恶的是，还有传光绪购进大量西装，准备改服饰剪辫子，或者传光绪将入教，康有为进迷药，使光绪丧失了本性，甚至传维新派要尽诛满人等，荒诞不经却不胫而走。这些讹言与流传的情景，很有些像农村里的打教讹言的传播。传着传着火药味就出来了，京津两地，有关西太后对光绪不满的传说渐渐多了起来，西太后即将出面干预的传闻渐成满城风雨之势，传得最多的是西太后将借去天津阅秋操之际，下手废掉光绪。
应该说，传光绪的讹言不是真的，而关于西太后的传闻也非实。慈禧如欲搞掉光绪，按当时的情形，并不用那么费事，还得等到去天津借北洋三军之力发动“兵谏”，她在北京举手之劳就可以让光绪变成个废人。但是，沸沸扬扬的谣传却使得新旧两党对峙的空气分外紧张。
我们在前面曾经说过，在甲午战后的一段时间内，西太后对于变法以及交权的问题一度表现出相当的犹豫，虽然内心深处并不愿意放权，但却也不愿背千古骂名，甲午战争期间有言官说她主和并牵制光绪，使她很恼火，虽说处罚了这些胆大“妄言”之人，但毕竟使她有所忌惮。所以在相当一段时间里，虽然她并没有声言放弃干政的权力，可对朝政却相对来说放松了一点缰绳，臣工的奏折十天半月才能大略地看一次，几位很得力的大臣也被光绪罢了官。但是，维新派自瓜分危机以来紧锣密鼓的变法鼓噪中非常旗帜鲜明的“皇帝倾向”却再一次刺激了她的神经，她愈发意识到她根本无法容忍权力的丧失，愈是口头应允“吾不内制”，其内心的失落感就愈强，于是在担心光绪把事情办坏的借口下（这是对人的借口，也是对她自己的借口），再次伸出手来，频繁地干预和关注着“新政”。据林克光先生的研究，慈禧在1898年之前，查阅臣工奏折及光绪上谕不过三五日一次，或者十余日乃至二十余日一次（均由军机处根据慈禧的要求呈览），随着维新运动的发展，查看的次数越来越多，“至百日维新期间则必须每日‘恭呈慈览”’。而且光绪还要经常去颐和园“汇报工作”，而她有时也还官亲自查看监视，根据林先生的考证，光绪在百日维新期间共去颐和园十二次，而慈禧还宫八次。几乎等于牢牢地把光绪拴在了她的裙边。
我们在前面说过，慈禧并不是不愿意变法，但她确实真的不愿意因变法而失去权力。康有为进呈的《俄彼得变政考》和《日本变政考》，说来说去都是皇帝如何如何，如果光绪照样学着干，她这位太后早晚要被晾成千鱼。以她的经验，没有一个班底，光绪的归政就永远是有名无实，所以，她一方面答允光绪变法，一方面又阻止康有为等人成为光绪的顾问，甚至在百日维新一开始就以迅雷不及掩耳之势将翁同稣赶回了老家。之后，又挫败了康有为开制度局（即为光绪准备自己的变法军机处）的图谋。光绪和维新派利用慈禧的政策缝隙，把谭嗣同等人塞进了军机处，慈禧原以为军机章京这样中低级的官吏成不了什么气候，但实际上却一定程度上弥补了光绪自翁同稣去后的缺憾。显然，慈禧对此是相当恼火的（不然不会政变后不分青红皂白将四小军机全杀了）。政变前夕，当光绪与四小军机听了康有为的主意，想开懋勤殿作为制度局的替代，搞一个十人组成的皇帝议政、顾问班底，由于据说清朝前代有开懋勤殿的先例，故想借“祖制”来使之成功。维新派为此很花了一番心计，又是查阅三朝“圣训”，又是组织班底，由徐致靖和王照分别上奏举荐。当然名单里少不了大名鼎鼎的康梁。
西太后最不愿意的事就是让光绪拥有自己的班底，但是维新派几次三番地要凑成这样一个班底，皇帝权力的加强，就意味着她的权力的失落。对她这样一个极其功利的人来说，变法的措施怎样，她倒并不是很在乎，连废八股这样的举措她都很痛快地答应了，旗人们如丧考妣的哭诉，她也未必真的放在心上，她最关心的还是她的权力。任何对她权力的挑战，她都要坚决而不手软地回击过去（庚子年，为了一份向她权力挑战的假照会，她居然敢向全体列强“宣战”，可见其护权心之切）。光绪免掉怀塔布等六部堂的职，已经很令她不快，因为这些人毕竟是她所亲擢，否定了他们也就等于否定了她过去权力的轨迹。而在她最敏感最不情愿的问题上，光绪和维新派一而再，再而三地生事出戏，尤其不能让她容忍。所以当维新派关于谋开懋勤殿的消息（有奏折在）传到她那里时，据说她大怒不止，说：“小子以天下为玩弄，老妇无死所矣！”而光绪到颐和园请安时，慈禧果然脸色阴沉得吓人，结果光绪根本就没敢再提此事。从他以往与慈禧的交往经验来看，觉得他这位皇阿爸此怒非同小可，很可能要不再让他干下去了，如果他要坚持，“则朕位且不能保，何况其他？”于是在驻跸颐和园期间，就给了杨锐一份口气急迫，语意惶惶的密诏。
在另一方面，北京街谈巷议的政变之谣，也令维新派嗅出了火药味，深感手无寸铁之忧。于是，谭嗣同开始向他过去交结的江湖豪侠求助，与他同样任侠的毕永年到京，在京师开镖局的武林高手大刀王五也与他有联络。当然，维新派也明白，指望这些扛湖好汉毕竟难以济事。于是，他们又开始打当时中国最精锐的北洋诸军的主意，想为光绪拉一点武力后盾，康有为曾经想到过一度赞助过强学会的聂士成，于是做工作让与聂有交情的王照前去游说聂士成，然而王照根本不同意，认为这样做反会坏事。紧接着，他们的主意又打到了同样赞助过强学会的袁世凯身上，康有为连上奏折，请光绪法效日本明治维新，成立参谋本部，“选天下虎照之士，不贰心之臣于左右，上亲擐甲胄而统之”。同时，徐致靖上书保荐袁世凯，请予重用。光绪立即传电召见袁世凯，袁遂于9月14日抵京。心里发空的光绪当然也希望能有一支全式洋操并由洋枪洋炮武装起来的军队为其撑腰。所以袁进京当天光绪即破格将袁从正三品的按察使擢升为正二品的兵部侍郎，并于16日召见袁时，当面告诉他“此后可与荣禄各办各事”。明白宣示他可以不再受荣禄节制，独当一面。
这时候，康有为已经明白地与同志密谋，“欲效唐朝张柬之废武后之举”，之所以保举袁世凯，就是要让他当张柬之手下的武将李多祚。当闻之光绪破格提拔袁世凯的消息时，康有为与梁启超正在吃饭，康“乃拍案叫绝曰：‘天子真圣明，较我等所献之计，尤觉隆重，袁必更喜而图报矣。’”显然，并未将密谋详情告之光绪的康有为以为光绪已心领神会了。其实不然，光绪听信维新派提拔袁世凯之举，固然是在为自己抓兵权，但此时的他尚无此胆量敢想“效唐朝张柬之废武后之举”，康有为实际上是谬托知己。其实，光绪非但没想过康有为的大胆密谋，而且还与赐密诏令杨锐等四小军机商量办法的同时，下密诏让康有为出京督办官报，密诏的内容让人感到很亲切：“朕今命汝督办官报，实有不得已之苦衷，非楮墨所能罄也。汝可速出外，不可迟延。汝一片忠爱热肠，朕所深悉。其爱惜身体，善自调摄，将来更效驰驱，朕有厚望焉。”但实际上是暂时“放逐不用”的意思，因为是不得已而为之，所以说了些安慰的话（当然，如形势允许，光绪是乐意用康的）。在这个时候让康有为火速出京，我看并非只是像大家公认的那样，是什么“保全”之意，好像光绪已全然料到了以后的种种事情。如果是保全的话，那么其他人（至少梁启超）是不是也需要保全呢？否则他日东山再起，只有一个康有为岂不势单力薄？而且，真要保全的话，应该让康出国，不然，就算在外地，也是有危险的。
我以为，让康有为出京，给他一个微不足道的差事，目的主要是给慈禧发一个妥协的信号，告诉慈禧我已经主动将你最讨厌的人“放逐不用”了，以缓和紧张的关系。由于空气太紧张，光绪感到了危险，所以希望康赶紧走，好尽快地缓和气氛。他以为从前赶走了翁师傅，慈禧还让他变法，这回他主动放走了康有为，慈禧也会因此而继续让他把变法之局维持下去。
但是，由于光绪为了保全康有为的体面，照顾到他一片忠君爱国的苦心，下的是密诏，本来设想康有为接诏后会很快从京城消失，自然这个妥协的信号就传到慈禧耳朵里了。没想到康有为正在忙于策划军事密谋，并没有马上走，所以这一信号等于失效，然而西太后此时已经失去了耐性，开懋勤殿与召见袁世凯这两件事过于强烈地刺激了她的敏感区，当年她搞祺祥政变也是联络了恰在北方的胜保军，方得以一举成功，她岂有不知军权的要紧？所以当袁世凯刚刚见过光绪，那边荣禄就借口什么英国军舰的调动让他回天津。
慈禧太后终于要下手了，当然，这时的她还没想到要“破帘而出”，赤裸裸地站在前台。她只是悄然地收回了光绪处理政务之权，据林亮光先生的考证，从9月18日起（正式训政是21日），光绪处理日常政务的决定权（大事之权一直没有）已然被收回。从18日到21日政变，光绪对奏折只能看看，任何奏折“均签拟办法，恭呈慈览，俟发下后，再行办理”。与18日之前“均俟分别办理后，再行陆续恭呈慈览”形成鲜明对照，显系两番境界。
而前面讲到的光绪给杨锐的密诏，杨锐接诏后把它带到了家中，出于温和派的心肠，他自己拟了几条办法呈上，而没有马上将诏交给谭、林、刘三人，当谭嗣同、康有为等人看到密诏，光绪已然无权。这份密诏，显然起到了使康有为等人加速施展军事密谋的作用。9月17日深夜，趁袁世凯尚未回津之际，谭嗣同夜闯法华寺袁之寓所，孤注一掷将密谋和盘托出，劝袁率领他的七千新建陆军火速进京一面保卫皇帝，一面包围颐和园，而这边康有为已经布置毕永年人袁军中监视袁之行动，并让他在袁兵围颐和园时，率百人“奉诏往执西后而废之”。
不问可知，这是一种典型的纸上谈兵式的军事冒险。且不说维新派急来抱佛脚，与袁世凯交浅言深，极不妥当（毕永年的看法是对的，他认为袁系李鸿章系统的人，李鸿章不动，袁世凯当然不会动），就算袁世凯愿意干，他首先要面对北洋另外三支军队（聂士成、宋庆、董福祥）四五万人之众，其中装备最好，战斗力颇强的聂军，已经有所准备（袁军装备虽优，但从未经过战争）。而京城旗兵护军营、骁骑营、火器营、健锐营、神机营总计有五六万人，其中神机营、火器营也全系新式装备，再加上步兵统领手下的满汉各营，总计不下十几万人，这些兵马就算都是豆腐渣，也能挡住袁军使之抓不到慈禧。况且，袁世凯的新建陆军自成立以来，一仗未打，到底有多大战斗力尚属未知之数。所以，除非是精神病，任何一位头脑健全的统兵将领也不敢贸然轻举妄动，拿着鸡蛋往石头上碰。后来大家都骂袁世凯，其实以当时情势而论，袁也确实没法动。袁世凯的真正可恶之处在于他后来的告密，没有这个告密，至少顽固派的反攻倒算不会如此之甚，甚至可能血腥的屠杀会代之以流放等较轻的刑罚也未可知。
其实，维新派中间许多人都不同意这种军事冒险，徐致靖之子徐仁镜就表示过异议，据毕永年讲，谭嗣同也不同意拉袁，并“与康争过数次”，但康有为执意要干，勇于任事的谭只好慨然自任，姑且一试。从这件事情看来，康有为的确既非政治战略家，又非策略家，进行这种毫无把握的无谓冒险，非但于事无补，而且于大局贻害无穷，实际是帮了顽固派的大忙。显然，事过之后，康有为他们也意识到了此举的失误，所以矢口否认。但是大错已铸成，后悔也晚了。
袁世凯将维新派的“效唐朝张柬之废武后之举”和盘托出给荣禄之后，本来还不好意思破帘而出的西太后，马上找到了借口，从而“训政”就变得理直气壮，本来很气短的她，突然之间很委屈了起来。光绪的处境一下子变得空前的恶劣（据说当时西太后曾决意马上废掉光绪，但狡猾的庆亲王奕勖却知道现在还不是时候，“跪其前婉求”，据说连跪了四小时，最后吓得屎拉了一裤裆，总算慈禧暂止了初衷），在他余下的十年的生命里，实际上过的是汉献帝也不如的囚徒生活，在残酷的虐待下，光绪本来就孱弱的身体受到了极大的损害。据邓之诚《骨董琐记》所载之光绪医案说“皇太后恶人说皇上肝郁，皇上恶人说自己肾亏”。而实际上光绪肝肾两亏，都到了病入膏肓的地步，而所谓的“肝郁”，实际上就是长期囚禁所致，而且这是光绪致死的主因，慈禧全力讳此，证明在此之前已有人诊断如此，年轻的光绪居然硬是没活过老耄的慈禧。慈禧也很奇怪，好像一直在跟光绪赌气地活，把光绪“靠”死，然后就咽下了气，到死她也没把权力让出来。
更为惨痛的是，由袁告密（间接是因为军事冒险）导致的顽固派疯狂反扑，好容易聚拢起来的维新力量因而元气大伤，中国当时最优秀的人士非死即逃。死的一去不复返，而逃的在相当一段时间里脱离了本应生存在其中的母体，也很难对中国的进步有所贡献。而且，好容易造就的维新事业，不旋踵就被摧残殆尽，甚至连洋务事业都受影响。政变刚过，据当时报载：“近日以来，凡都中士大夫有谈及西学新法者，同僚之中均闻而却避。盖恐人指之为康党，以致罹于法网。故自同文馆以外，竟无人敢言声光化电之学，念爱皮西提（ABCD。笔者注）之音。”连荣禄倡导的武科举考试改革，也一复其旧，再试刀矛与举石担。油滑如盛宣怀也感到忍耐不下去了，居然跳出来上书庆亲王奕勖，说：“训政以来，百事皆归旧辙。而环海疑议纷腾，以为更新不求实际，复旧又似太激。”进一步，他又致函温和派的军机大臣王文韶，强调这种复辟会导致洋人的不满，从而使清廷的日子不好过：“但（外人）以维新冀望中国者，不能无疑于深宫一意守旧，从此无振兴之日。……久而久之，难免各国愈生玩视之心。”戊戌政变，将中国带入了自近代以来的最黑暗的时代，腐朽势力借西太后强烈的揽权之欲，一手扼杀了中国的进步，也扼杀了中国的机会。
这次西太后权杖下的政变，虽说轻而易举，似乎又理直气壮，但是破帘而出，重掌大权的她看起来并没有感到胜利的快畅。作为失败者的维新派，无论逃亡的康梁，关在狱中的徐致靖，还是开刀问斩的谭嗣同等六君子，其实比她更理直气壮，听任顽固派造谣说“康有为进红丸谋弑皇上”，也丝毫不能掩去维新派救国为民，乃至忠君爱国的光辉。作为胜利者的她，不仅没有像他们祖先雍正那样，敢于和反对者对质面审，甚至连最起码的审讯都不想也不愿做，匆匆而且草草地将六君子拉到菜市口一刀杀掉。第一个跳出来上奏恭请她“老佛爷”训政的杨崇伊，虽然慈禧给了他几句类似“你是于国家有功之人”的好听话，但却不予重用，让这位跳梁小丑白白地上蹿下跳了一通。这些行为，表明了西太后内心的矛盾与惶惑，毕竟，把权公开地揽到了手里之后，心还是发虚，一来中国积弱危亡之势并未改变，她也知道，不变法前途无望，然而她此时却只能背道而驰。二来担心光绪与她的年龄差距，也许有一天光绪会因年龄的缘故不战而胜，那时，她的名声将大堪忧虑。三来，站到前台之后，权力无人与之分享，治国的责任也再无别人与之分担，严峻的现实，列强的威迫将统统落到她一个人脑袋上。她可能还没有意识到的烦恼是，因为这场政变，她将被永远钉在历史的耻辱柱上，老派人物骂她是女主之祸，而新派人物诋之为顽固派乱政祸国。