西太后6月15日的三道上谕，一方面去掉了变法的中枢人物，使光绪与维新派的联系发生困难，一方面又通过抓牢人事权和控制京津间的军队，扼住了变法运动的咽喉。应该说，只要西太后加入了顽固派的阵营，维新变法是没有成功的可能的。这是一场实力过分悬殊的角逐，握有实权的大臣们很少有可能像陈宝箴一样，宁以国家为重，不顾自家前程站在毫无实权的光绪一边的。
但是，当时的现实是，维新派不愿意走太后路线，而且又不恰当地刺激了西太后敏感的神经，从而迅速地造成了帝后的分化对立，所以，维新变法只能在这样恶劣的条件下进行，变法的努力也只能把死马当活马医，勉力而为了。
在这种知其不可为而强为的奋争中，光绪和维新派都作出了杰出的表现，其可歌可泣，不亚于近代史上任何一场重大事件中的志士仁人。维新派和支持他们的士大夫，造成了一种荡气回肠的气势，而这种气势是那些没落但人数众多的顽固派无论如何也没有的。
当翁同稣起程离开北京时，“送者数百人，车马阗咽，有痛哭流涕者”。一位湖南士子含泪对翁同稣说：“吾为天下，非为公也。”这样悲壮而热烈的送别场面，等于告诉顽固派，维新的人们并没有被吓倒。
参加维新的人们中，坚信变法必能成功的乐天派并不多。很多人其实就如梁启超所说的那样，变法“幸则犹可望收政权而保国土，不幸亦可大开民智，而待之将来，中国或可存一线焉”。康有为的弟弟康广仁在给密友的信中说：“伯兄（指康有为。笔者注）规模太广，志气太锐，包揽太多，同志太孤，举行太大。当此排者、忌者、挤者、谤者，盈衢塞巷，而上又无权，安能有成？弟私窃深忧之，故常谓但竭力废八股，俾民智能开，则危崖上转石，不患不能至地。”在他看来，变法能达到废八股开民智的目的，就已足矣。
就这样，参加维新的人们选择了一条艰难备尝的变法之路，不屈不挠地走下去了。
百日维新一开始，康有为曾通过徐致靖之手，保荐他和黄遵宪、谭嗣同、张元济、梁启超五人参加新政。尤其希望光绪重用康有为，说他“其才略足以肩艰钜，其忠诚可以托重任，并世人才实罕其比。若皇上置诸左右以备顾问，与之讨论新政，议先后缓急之序，以立措施之准，必能有条不紊，切实可行，宏济时艰，易若反掌”。光绪旋即安排于6月16日召见康有为和张元济。翁同稣被斥后，光绪坚持原议，照样召见康、张二人，只是把地点选在了颐和园仁寿殿，西太后的鼻子底下，一来以示变法照旧进行，二来宣示自己对皇阿爸无异心和心地坦然。
关于召见康有为的时间，据康自己说是“逾十刻时”大约为两个半小时，而在康之后被召见的张元济则说只有“大约一刻钟光景”。事实上可信的应该是后者（当康进去时，张一直在外等候，时间长短，等候的人应该最敏感）。康有为在其自编的《年谱》里，明显地有所夸大和渲染，让人看起来好像光绪是个好学的小学生，不耻下问，而康有为则像个善教的好老师，循循善诱。不把时间说得长一点（因为光绪仅仅召见康有为一次），康有为这个“帝师”就没多大意思了（以后在海外也就排不起架子，缺乏号召力了）。
光绪与康有为谈了些什么，他们两人天知地知你知我知，可能暗中监视的小太监也知，但光绪没说过，小太监也没留下份“监视报告”，而康有为却留下了一份详尽的“记录”。不过恰是由于这份载于《康南海自编年谱》的记录过于详细，才让人难以全然相信它。疑窦之一是时间不对，既然不可能是康有为说的两个半小时，那么在一刻钟左右的时间里，绝对不可能谈那么多内容。疑窦之二是情景不对，据张元济回忆，他与光绪见面时，恍惚看到窗外有人影（那个时代干特务的没有受过专门训练，技术尚不纯熟），明显处于监视之下，因此，两人并未谈什么变法的实质问题，更多的是谈张元济所办的通艺学堂的情况。张元济“叫起”（官内召见的代用词）尚且有人监视，大名鼎鼎的康有为那就更得有人盯着了。这一点，无论光绪还是康有为都是十分清楚的，所以，尽管双方都渴慕已久，但谈起话来却不能尽兴，更不能畅所欲言。
所以说，光绪与康有为的谈话，最大可能是关于变法的技术性问题（大政方针康在奏折和进呈的书中俱已详陈），比如当时最迫切的翁去后光绪与维新派的联络问题。这反映在康有为年谱上就是康有为要光绪：“惟有擢用小臣，广其登荐，予之召对，察其才否？皇上亲拔之，不吝爵尝，破格擢用。”一段话连用两个“擢”字，可见其急切（康有为当然首期光绪提拔自己，但光绪却别有主意）！关键就是倾向变法的人在军机处里要有位置。其次可能是关于下明诏和交部议的技术问题，因为皇帝上谕一般要由军机处来草拟（承受谕旨，回堂拟写），如果谕旨下到军机处，大臣就可以驳议（即与皇帝商量），如果不由军机处来拟旨，原则上也是可以的，因为军机处原是后添的中枢机构，不由军机处拟旨，下到军机处的就是“明诏”，大臣就只好照办了。只有类似的谈话内容，才符合当时的政治情势，也才与会面的时间相匹配。
《光绪朝东华录》对光绪召见康有为事有记载，与康有为自己所说的两相对照，可以扣掉康说的太多的水分。
召见工部主事康有为于仁寿殿，上深以廷臣守旧阻碍变法为忧。康有为面奏，请皇上勿去旧衙门而惟增新衙门，勿黜革旧大臣而惟擢小臣。多召见才俊志士，不必加其官，而惟委以差事，赏以卿衔，许其专折奏足矣。彼大臣向来本无事可办，今但仍其旧，听其尊位重禄，而新政之事别责之于小臣，则彼守旧大臣既无办事之劳，复无失位之惧，怨谤自息。即皇上果有黜陟之全权，而待此辈之大臣亦祗当如日本待藩侯故事，设为华族，立五等之爵以处之，厚禄以养之，不必尽去也。上然其言。
这份记录也有以结果推测内容的问题，以见前与见后康之表现来看，他未必会建议“不加其官”而只许专折上奏便了事。但不管怎么说，当时的史载，总要可信度大些，因为康有为尚来不及在此大做文章。即使受康的影响，也不会太离谱。
不管怎么说，这次会面还是很重要的，它毕竟是清朝皇帝与维新派首领的第一次面晤，通过这次会晤，康梁真的成了变法的政治顾问，他们对变法进程有了更多的干预。然而这种干预和参与却是通过与康有为原来料想的并不相同的方式完成的。
光绪虽然长于深宫，但并不糊涂，这也许是爱新觉罗家族的特点，不论贤愚不肖，神志都很健全，他十分清楚康有为的心意，也认可了康有为的主意，从而更加认清了康有为的价值。他亲切的姿态和谦逊的态度使得康有为大受感动，可以说他以独特的帝王风范征服了这位一向自命不凡的康圣人，使他从此以后再也不能忘怀于光绪（未见光绪之先，尽管也主张学日本，主张搞君主立宪，但却未必对君主有多么深厚的感情），执迷于保皇，成了他以后政治生涯的一大特点。但是，光绪却决计不把康有为超擢到身边来当顾问，承受这种被召见的旷古奇典的康有为，仅仅得了一个不伦不类的总理衙门上行走六品衔的小官，连梁启超都觉得百思不得其解。
我们前面说过，康梁并非优秀的行政人才，这一点光绪帝通过几番摸底，想必是清楚的；而另一个重要因素促使光绪不提拔康有为，就是这几年他作为启蒙思想家的名声，这种名声太大了，大到了树大招风的地步。总之，这个时候将康有为破格超拔上来，所引发的副作用恐怕大得会令光绪承受不了。
虽然光绪没有提拔康有为，却给了他以专折上奏的特权，有了这个特权，康有为就不用挖空心思代人操刀，而可以源源不断地将主意递上去，以供光绪裁决。从这一点上讲，他与光绪的关系比之未召见前密切了不少。康有为毕竟是维新志士，没有被提拔，虽稍有牢骚，但很快就振作起来，全力投身变法操作。由于光绪不久又引入了谭嗣同等四小军机，康有为的作用就更加突出了。
在召见康有为之后约半个月，7月3日，梁启超由于徐致靖的推荐而被召见。按清朝的典章惯例，只有四品衔以上者方可被召见，由于恭亲王已逝，这一惯例已经被打破，所以康有为、张元济都见到了皇帝。梁启超以白衣举人身份被召见，虽然很少见，但却不在职官召见的惯例约束之内，皇帝有权可以这样做。所以，召见梁启超，从制度角度来看，远不如召见康有为来得重要。
关于这次召见，梁启超在《戊戌政变记》中只淡淡地提了一句：“上命进呈所著《变法通议》，大加奖励。”看来，这次召见双方没有谈得很畅快，梁启超一口广东官话，把“孝”说成了“好”，把“高”说成了“古”，君臣问答，无法沟通，光绪这个世居北京的“外江佬”眼看一时弄不明白梁启超说了些什么，只好留下《变法通议》，叫梁下去歇歇了。《变法通议》是梁启超在办《时务报》时发表的十二篇论文的合集，篇篇精选，字字珠玑，其中的主要内容，其实光绪想必已有所了解（据张元济回忆召见时的情形，说“光绪帝对外边的事很熟悉”）。召见后，梁启超被赏以六品顶戴，让他去办理译书局事务。
梁启超显然对这次召见印象深刻而懊恼万分，那个时代的读书人，有谁不想在皇帝面前一展才华呢？从此以后，梁启超开始让夫人教他讲“官话”（幸好有光绪这一刺激，否则以后清华研究院四大教授之首的梁先生的课就不好上下去了），大概起因就是这次召见。而梁的同志们也认为梁没有按故事擢人翰林，是因他的口音而使光绪“不喜”。
其实，梁启超的懊恼与他的同志们的猜疑都是没必要的，光绪这个人虽然有毛病，但心胸却是很宽阔的，他断不会计较梁启超的口音，而吝惜官职。在召见之前，梁启超的所作所为和文名满天下的情形，他是知道得一清二楚。召见时就算梁能像他老师一般侃侃而谈，最后的结果可能也就是这样。梁的懊恼可以理解，就像什么都会结果老师提问时却口吃得答不上来的小学生一样，但他其实不知道这并没有影响光绪对他的基本看法。光绪的意思，是让梁启超继续在启蒙（包括引进思想）上多措意。当然，光绪的这个意思，并不十分合梁的初衷，与他的老师一样，在那个时候，他们还是以在政坛上一展身手为最大心愿。在变法过程中，梁启超也起了参与谋划与规划的作用，据胡思敬记载，京师大学堂这个在《明定国是诏》里特意单列的“新政”，开办过程“百事草创，学校尤繁赜，礼部不敢主议，诿之总署（即总理衙门。笔者注），总署私属梁启超，启超乃采日本东京学校规则，草议八十余条上之”。与他的老师一样，树大招风，声名在外，所以只好干这种没有名分的实事。