总理衙门问话过后，中枢维新开始进入倒计时。不管怎么样，康有为进呈的两部书外加一连串奏折（包括代替别人拟的），总算是为光绪和翁同稣打了气，特别是光绪，爱新觉罗家族不甘沉沦的血液使他进入了前所未有的亢奋期，他觉得无论如何也要拼上一下，用梁启超的话来说就是：“与其亡国而为轵道之降，煤山之续，既丧国厚身，贻谤千古，不如姑冒险变法，幸则犹可望收政权而保全国土，不幸亦可大开民智，而待之将来，中国或可存一线焉。”光绪当时是不是就真的像梁启超所说的那样想的，于史无考，我们没法证实。光绪可能不会料想到西太后的政变（在他内心深处，仍认为在复兴清朝的问题上，西太后是与他有共识的），至少不会预料到变法会如此短命，而西太后的手段会如此决绝，以致将新政全废，变本加厉地反动。但他应该知道变法是有风险的。既然年轻的皇帝决定要冒险，那么他肯定要走到底，只要西太后不伸手阻止他，变法就会进行下去，这是一种行动时的思维定式，或者叫思维惯性。
恰在光绪痛下决心的时候，耄耋的恭亲王奕终于挡不住大自然规律的召唤，一命归西。奕这一死，对光绪是福是祸虽很难说，但至少在眼前，少了一个位尊权重又爱哕唆的人，光绪觉得可以放开一点手脚了（军机处资格最老的变成了翁同稣，依惯例，只要翁老先生点头，别人就不好意思说别的）。
1898年5月29日，御史杨深秀和侍读学士徐致靖上奏，请光绪特降谕旨明定国是（这是抄日本的变法版）。当天，光绪就将奏折送到了颐和园，实际上是借“舆论”给西太后施加压力。老谋深算的西太后知道此时光绪如箭在弦上，已不能不发。虽有一肚皮不满意，她也知道这时如加拦阻，一则师出无名，二则时机未到，故而深藏不露，未置可否。6月9日，光绪来到颐和园向西太后请安，再次硬着头皮向他的皇阿爸陈说了诏定国是的必要，西太后表示同意。喜出望外的光绪旋即命翁同龢草拟明定国是的诏书，呈西太后审阅。第二天，迫不及待的光绪再次去颐和园请安，据翁同龢这天的日记：“上奉慈谕，以前日御史杨深秀、学士徐致靖言国是未定，良是。今宜专讲西学，明白宣示。”西太后这次居然是格外地宽容，不仅连连称是，而且明白宣示让他们“专讲西学”。无怪乎翁同龢会兴奋异常，连日忙碌，连生日都不过了。而光绪则于6月11日回官当天，一刻也没耽搁地就召集军机大臣，颁布《明定国是诏》。
《明定国是诏》是百日维新的号角，也是有清一朝关于近代化变革最有价值的文献，值得一抄。
谕内阁：数年以来，中外臣工讲求时务，多主变法自强。迩者诏书数下，如开特科，裁冗兵，改武科制度，立大小学堂，皆经再三审定，筹之至熟，甫议施行。唯是风气，尚未大开，论说莫衷一是，或托于老成忧国，以为旧章，必应墨守，新法必当摒除，众喙哓哓，空言无补。试问今日时局如此，国势如此，若仍以不练之兵，有限之饷，士无实学，工无良师，强弱相形，贫富悬绝，岂真能制梃以挞坚甲利兵乎？朕唯国是不定，则号令不行，极其流弊，必至门户纷争，互相水火，徒蹈宋明积习，于时政毫无裨益。即以中国大经大法而论，五帝三王，不相沿袭，譬之冬裘夏葛，势不两存。用特明白宣示，嗣后中外大小诸臣，自王公以及士庶，各宜努力向上，发愤为雄。以圣贤义理之学，植其根本，又须博采西学之切于时务者，实力讲求，以救空疏迂谬之弊。专心致志，精益求精，毋徒袭其皮毛，毋竞腾其口说，总期化无用为有用，以成通经济变之才。京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办，著军机大臣，总理各国事务王大臣，会同妥速议奏，所有翰林院编检，各部院司员，大门侍卫，候补候选道、府、州、县以下官，大员子弟，八旗世职，各省武职后裔，其愿入学堂者，均准入学肄业，以期人才辈出，共济时艰，不得敷衍因循，徇私援引，致负朝廷谆谆告诫之至意，特此通谕知之。
几百字的长诏，调子实在是很温和，西太后绝对没有什么理由来枪毙它。不是草拟者翁同龢的思想水准与张之洞辈差不多，就是光绪与翁同稣过于担心西太后的反对而以烟幕过关，但更可能的是两者兼而有之。
既然不便驳议，西太后也就顺水推舟，不去驳议了。不过这时的西太后，由于那两本书和康有为一系列奏折的刺激，顽固派大臣们的话已经很入耳了，她真的要出来给光绪下绊了。她明白，只要允许光绪变法，听任变法搞下去，她就只有回宫扎花的一条路了。为此，她不仅深恨康梁，而且恨上奏请定国是的杨深秀、徐致靖。
对光绪的种种活动了如指掌的西太后，非常清楚翁同龢此时在变法事业中的分量，她早就从别的顽固派大臣那里知道了翁在军机处的种种表现。据说，西太后曾于明定国是诏颁布之前召集庆亲王奕譞、刚毅和荣禄开会，刚毅等人哭求西太后出来干预。还有消息说荣禄曾通过李莲英进谗，说翁同稣“劝帝游历外洋，后闻大骇”。其实，就是没有这些人的进谗，西太后也未必会放过翁同稣，只要她不再想让变法搞下去，搞掉翁同稣就等于给变法釜底抽薪，同时也敲山震虎，给光绪和康梁一点颜色，一个警告，最好能让他们自动收摊。
所以正当光绪君臣兴高采烈，准备大干一场的时候，西太后的网已然悄悄撒开了，首先落网的就是热心变法人中地位最高的翁同稣。翁同稣在他同时代人中是个仕途顺畅的幸运儿，其父翁心存，官至极品，为体仁阁大学士，是道光、咸丰两朝的重臣，其兄翁同书、翁同爵均官至督抚，而他自己科场得意，高中状元，尔后一路顺风升上去，贵为帝师、军机大臣、协办大学士，一生没有做过外官，一度与西太后的关系也不错。那是在祺祥政变之后，西太后想学点历史，于是请翰林公们来讲，结果翁同稣不愧为状元，讲得头头是道，“指陈古今，讲明道理，侃侃谔谔，无所忌讳”。深得西宫太后欢心。此人是标准的世家子弟，只不过没有纨绔气，而于经史上用力不少，可是论到政治经验，比起西太后来，只能算个雏。翁同稣被开缺前，居然对西太后的阴谋一无所知，一星半点的火药味都没闻出来。这一天（6月15日，即明定国是诏颁后第四天）本是翁同龢的生日，官做到这个份上，每逢诞辰，同官下属，弟子门生以及亲朋好友总要来庆贺，开宴唱戏热闹几天都不为过。然而翁同稣却没有在家等着当寿星，一大早就入军机值房照常公干，但是，翁同稣所接到的第一个公务，却是将他开缺的朱谕。
1898年6月15日，光绪皇帝突然发布了三道上谕：一、命王文韶晋见，以荣禄暂署直隶总督兼北洋大臣（随后实授）；二、以后凡授二品以上的官员，均需“着折恭旨皇太后前谢恩”。第三道最为奇特：“协办大学士户部尚书翁同稣，近来办事多未允协，以致众论不服，屡经有人参奏。且每于召对时咨询事件，任意可否，喜怒见于辞色，渐露揽权狂悖情状，断难胜机之任，本应查明究办，予以重惩。翁同稣着即开缺回籍，以示保全。”
有人参劾，理应查明究竟，然后查办或者开释，但偏偏不查就干脆开缺，还说是以示宽大保全。什么“任意可否”，“喜怒见于辞色”之类，大抵就是“莫须有”，明眼人一看便知端底。
显然，这三件上谕均非出自光绪本意，而是6月15日光绪去颐和园请安时，西太后事先拟好，强迫他发出的。这一闷棍来得太突然，刚刚进门时还像他师傅一样兴奋的光绪面对这突如其来的变故，一下子就晕头转向，不知所措，由于他毫无思想准备，以致连一句反抗的话也说不出来，就乖乖地就范了。而且连向他师傅事先通报一声都不敢。
借所谓弹章来处置她不喜欢的大臣，是西太后惯用的老伎俩，因此而落马的数以十计，也很凑巧，只要谁得罪了太后，很快就会有弹章飞到，一到这时，西太后就连查也不查，一纸上谕，就将之打发掉了。
当年涉及翁同稣的弹章只有两件，那是在康有为呈上《俄彼得变政考》和《日本变政考》之后发生的。一是安徽布政使于荫霖上折指责李鸿章、翁同稣和张荫桓在与德国交涉胶州湾事件中措置失当，“误国无状”（4月28日）。二是御史王鹏运的《大臣误国请予罢斥折》，说翁同稣与张荫桓“明谋纳赂”（5月29日）。这两份弹章，前者有点像好事者没事找事地对管事人的指责，可能没有什么背景，而后则明摆着是有意为之的“把柄式”攻击。晚清大僚可能没有几个人真的是清廉的，张荫桓的名声更是不好，捐班出身，还老有肥缺，连他自己也承认出使外国回来就给西太后、光绪以及“皮硝李”（李莲英）送礼。翁同稣久掌户部，是不是干净说不清楚，这种“纳赂”的事恐怕谁都多少有点，早不说晚不提，单单这个时候拿出来做文章，而且偏拉上个张荫桓（让人更易于相信），这位马台公的醉翁之意，不问可知。
西太后借“群众呼声”（众论不服与有人参劾）赶走了翁同稣，这一招打在光绪的要害上，也打在变法运动的要害上。据梁启超讲，光绪为此“惊魂万里，涕泪千行，竟日不食”。6月16日，翁同稣身着素服，到宫中与光绪告别，君臣相对，心中无限悲戚，纵有千言万语，不知从何说起，“上回顾无言，臣亦黯然如梦”。第二天，翁同稣的弟子张謇奉旨到乾清宫引见，看见光绪帝“神采凋索”，而他自己也感到无限悲哀。旋即隐归江南，不问政事。康有为也自感“甚为灰冷”，原来进步士大夫常去游玩议政之地的陶然亭一带，笼罩着一片低迷戚惨之气：“城南士大夫人心惶惶。”
尽管如此，西太后妄图将变法就此吓退，以达不战而屈人之兵的目的却未能达到。西太后眼里的光绪，已经有太多的懦弱怕事的印象，她忘记了光绪现在已经是一个二十七岁的年轻人了，很难让他将一件眼看着已经做了一半的事搁下来，他虽然懦弱，但他毕竟是皇帝，有着皇帝的自尊，他不甘让人笑话他离了师傅就什么也做不成。所以，只要西太后不明确阻止他，他还是要走下去。现在看来，梁启超对他的描写显然有些过分，难过肯定免不了，但“惊魂万里，涕泪千行，竟日不食”远不至于，因为就在翁师傅被逐的同一天，光绪还召见了康有为和张元济。其实，真正被吓坏了的倒有可能是梁启超自己。他在7月4日（五月十六日）写信给友人时，透露出很浓重的悲观情绪：
大率有上开新折者则无不应，盖上下之电力、热力皆以相摩而成也。常熟（指翁同稣。笔者注）去国，最为大关键，此间极知其故，然不能形诸笔墨，俟见时详之。南海不能大用，菊生（指张元济。笔者注）无下文。仆之久不察者，率由此而生也。仆已于前日举行察看之典，未知下文如何耳。初时极欲大办，今如此局面，无望矣。
梁启超才华横溢，思想进步，可惜就是胆力与韧力不如乃师。康有为此时虽然也预感到大事不妙，可是一向以“拗康”著称的他，怎么肯被人不战而胜，知不可为而强为，正是正统儒者的行事风范，而康有为恰是这种风格的儒者，他一生抱定一个目标就不肯轻易放弃，更何况此时尚未到绝望之境，连光绪都在硬挺着呢！所以，实际上西太后的这一“杀青”，倒反而刺激了维新派和光绪，使他们逆反式地加快了动作。西太后一击之下，明明击中了要害，但却意外地发现对方并没有倒下，因而自己也感到意外。在相当一段时间里，居然不知如何动作才好，只是到了维新策划军事冒险，才给了她一个比较好的借口，否则西太后的反动固然十拿九稳可以得手，但在舆论上则好像有点说不过去，她将怎样老着脸皮走出帘来训政呢？