经过甲午战争的刺激，梦醒的不仅是那些开明的士绅和那些头脑灵活，很快就能转向的士人，连那些头脑冬烘的三家村学究也同样是如梦方醒。当年在甲午之前组织和参与打教闹教的士绅们虽然困惑和焦虑，但是他们并不真的相信他们的天朝最终会灭亡，他们赖以自傲的文化会被连根挖掉。因为“天朝”的马车虽然摇摇晃晃，但还在按部就班地走，士人的生活虽然受到冲击和挑战，但也还能按照老步调走。科举还有魅力，子曰诗云也还有人要听。在他们眼里，洋人无非是“要码头”，“要通商”，一时半会儿不至于伤筋动骨，虽然传教像鸦片那样讨厌，但也不是完全不能忍耐。
甲午战争彻底击碎了他们苟且的梦幻，瓜分中国的话题在西洋和东洋人的话题中流行，而中国人画的瓜分图也在中国人中流行。而且仿佛突然从天而降的严酷情势，一下子把他们逼到了无路可走的境地。说实在的，对多数昨天还在草拟打教揭帖的士人来说，让他们马上转过来从西学中讨生活，不啻是天方夜谭。在中国已经出现西学热和“东学之渐”的情形下，大多数读书人却因“习业已久，一旦置新法而立新功令，自有不适从之势”。
地处山西的举人刘大鹏，在1895年进京会式时，由于受到形势的压力和风潮的感染，因此托人买了些经世书籍来读，并对西学开始感兴趣。可是他所在的地区却因“废学校、裁科考之谣”，士子们“人心摇动，率皆惶惶”。显然，不是所有的读书人都能像梁启超那样“一旦故垒尽失”却能革故从新，毅然沉下心来从头开始。
应该说，这些“人心摇动，率皆惶惶”的士人，因甲午战争刺激起来的民族情绪并不比那些一心要变法的先进分子来得差。对于他们来说，既有战争与割地赔款带来的强烈刺激，又有在一连串反洋教斗争中直接的“委屈”与不平，甚至还有家产与家人的损失。在求新无力，守旧无因的困境中，民族主义的愤激情绪更易于导致他们怀恋旧日的“平静”。困境愈困，压力愈大，他们就更加怀旧。
不知不觉地，随着打教高潮的再次到来，在中下层士人和下层民众中，排外空气开始弥漫，在他们看来，一切祸患之由皆由洋人（包括东洋人）而起，洋人公使在京城骑在朝廷脖子上拉屎，而洋兵则是后盾，洋货与铁路轮船吞噬着中国人的财富，而最可恶的洋教则无异于潜伏各地的内线。中国要想得救，他们自己要想得救，出路只有一条，就是将洋人、洋教并洋物彻底驱逐出中国。
无疑，中下层士人的这种情绪，是与维新派士人当时的行为意向相反的。在康有为、梁启超等人把传教士视为“良师益友”，与李提摩太等人“相见恨晚”时，一些中下层士人再次掀起了全国性的打教高潮，以湖南士绅周汉为代表，一大批新的，语言更为刻毒的反教揭帖被炮制出来，并被迅速地传遍大江南北。双方很快在传教士问题上产生了冲突，维新派将反教的士绅与民众之举视为愚昧，有害无益。谭嗣同认为打教与闹教徒招外人压迫，所谓“从前土耳其之削弱，亦因闹教起事，俄人首兴问罪之师，英、法、德、奥又从而抑勒之，遂至今不能复振”。在他看来，乡绅与农民烧教堂、打洋人，“明知无益，而快于一逞”，实在得不偿失。皮锡瑞甚至说反洋教属于“杀彼以为快心，而不知适中彼计，若而人者非为中国出力，实为外国出力，而助彼以攻我；非为我君分忧，实召外国之兵，以贻我君之忧也”。显然，这种批评是令周汉和他的同志们受不了的。随着维新运动的深入，双方，尤其是落后的中下层士绅这一方的敌意从无到有，而且愈见其深。1898年初，正当维新运动走向高潮的时候，以反教著名的周汉再次跳出来，以“大清臣子、周公孔子徒”的名义散发揭帖，非议新政。由于他反教的“前衍”和现下的举动，湖南巡抚陈宝箴将其逮捕（实际上是很客气的软禁），这一下犹如捅了马蜂窝，周汉家乡宁乡县千余参加县试的童生大闹县学，以示声援。到变法失败之前，康梁诸人已经在民间，尤其是在下层士人中有了类似于李鸿章（签订马关条约以后的李鸿章）这样的名声，被人视为卖国贼和二毛子。
按道理讲，落后中下层士人对维新的敌意与顽固派大臣的反对变革并不是一回事。这些人的动机，半出于对急速变化时势的无奈，半出于民族情绪的冲动。但是在那个特殊的情形下，他们对维新派的敌意却难解难分地与顽固派的种种倒行逆施搅在了一起，成为反对变法者广大的“群众基础”。说来也许会令我们某些好心人气愤，进步的往往缺乏“人缘”，而落后乃至反动的却不乏群众支持。历史总是喜欢与我们的历史观开玩笑。
其实，在洋务运动初起时，大多数士人也是站在反对变革的倭仁辈一边的。不过那时他们起哄挖苦，嬉笑怒骂的背后还有几分底气和自信，可是现在他们已经没有了这份自信，因此，他们要为他们的态度寻找精神和支撑。儒家经典看来是不中用了，他们喋喋的说教，坚定不移的纲常伦理，在洋人那里都等于零。眼光和见识的局限又使他们不能越过国界，结果有人就骂乱投医，把目光投向也属于传统文化体系的下层文化，幻想民间的神魔鬼道，巫婆神汉乃至武术气功能顶事。这一时期的打教揭帖中，以关羽、张飞、玉皇大帝和孙悟空名义发的告示、“神训”多了起来。义和团运动时“天兵天将”大下界的趋势已开始露出端倪，这些神仙下凡的目的只有一个，帮助中国人打教灭洋，回运挽劫。四川帮会出身的余栋臣，因武装打教，获得了相当多士人的称道，而且名声愈来愈大。一时间，一向为清政府严禁的，也为士人所不齿的帮会、民间教门、乡间巫师都变得面目可亲起来。甚至在光绪下诏要求士民上书之时，也有人在大谈奇门遁甲之功用，还有人自称“从师学道在洞中修炼多年，神通广大，今望气知太平之运将至，故奉师命下山立功，以继姜子牙、诸葛孔明而起者”。
可能是受了中下层士人这种动向的启发，顽固派大臣们也开始注意到下层社会及其文化。以往被深恶痛绝的秘密结社与宗教变得不那么面目可憎了。光绪二十二年（1896）元月，江苏徐州道阮祖棠在查探了山东苏北一带的大刀会活动情况之后，在向朝廷的奏报中居然说大刀会“豪侠尚气，除剿贼外并不滋生事端，杀贼亦无冤抑，专心仗义，与盗为仇”。山东巡抚张汝梅也说：“查北方民俗刚强，好勇斗狠是其故习。此项拳民所习各种技勇（此上说的拳民非指义和团，而是指习梅花拳、大小红拳的民间教门和习武人。笔者注），互有师承，以久捍卫乡间，缉治盗匪，颇著成效。”到了后来，刚毅、赵舒翘、徐桐等辈，听说义和团有法术能闭枪炮，简直如获至宝，推许无所不用其极。
从某种意义上说，这也是士人思想的一种变化，不过是在一己文化体系内的变化。显然，这个变化是没有出路的。