尽管镇压了叛乱、打败了外敌，但英格兰政府，尤其是议会，却越来越不受欢迎。人们反对其不公平、不公正的筹款方式，反对其某些成员的受贿和腐败，反对其不具代表性。范恩曾提过一个改革议案，但克伦威尔及其他政府领导认为如果真的实行自由选举的话，这个国家还会召回国王——当然，这个判断很可能是对的。
有一个方案提出，议会的现有成员无需经过选举就是下届议会理所当然的成员，并有辞退和选举成员的权利。克伦威尔不同意这个方案，大家也同意延后这个方案。但就在第二天，克伦威尔却听说下议院正在准备通过这个方案。
他立即冲到议会，并在其演讲被打断的时候突然大声呼喊：“得了，我们受够了。让我来做个了断吧，你们再也不适合坐在这里了。”他叫来士兵清场。纵使其他人对解散这个不合宪法的残缺议会不感到惋惜，但接下来该怎么做呢？这仍然是个问题。既然觉得自由选举是不可行的，克伦威尔和其他一些领导就通过委任组成了一个议会，也就是所谓的“贝尔朋议会”（Barebone\'s Parliament），因为其中有个成员名叫赞美-上帝·贝尔朋——一个清教徒的名字。
这个由一百四十人组成的议会（其中有五人来自苏格兰、六人来自爱尔兰）曾一度被视为未来的希望所在，但“圣徒的统治”很快被证明是失败的。军队里所谓的“第五王国派”——他们宣称之前的四个王国亚述、波斯、马其顿和罗马都已经衰落，现在要由圣徒也就是他们自己来接管这第五个王国——被证明并不比议会强。这个议会里的一小部分人，在一天早上早早爬起来，在其他人觉察出不对劲之前，就解散了议会并将最高权力交到克伦威尔手上。
接下来还是那个问题，即怎么办？如何管理？在被统治者同意的基础上建立某种形式的立宪政府越来越不可能，而形势也逼迫克伦威尔走上独裁之路。领袖们欣然接受了新起草的《政府约法》（Instrument of Government）。依照《政府约法》的条款，克伦威尔成为护国公，拥有以前国王的一些权力和责任；由议会而非护国公控制的枢密院协助他进行管理。议会中只有一个下议院，至少每三年开一次会，但其权力已经被《政府约法》严格限制，且不能够制定任何与之相冲突的法律。而历经多个世纪缓慢发展的英国宪法，仍然只是纸上谈兵、不切实际。
在选举新议会议员的时候，新选民的范围被确定：所有保王党人和资产少于两百英镑的人没有选举权。不过，尽管做了这样的防范措施，于1654年召开的新议会还是立即宣称：不是随便一个私人团体都有起草宪法的权利。新议会直接质疑《政府约法》的合法性，并宣称根据选举权，议会的权力要在《政府约法》之上。
克伦威尔为此驱逐了大约一百名不愿签字接受《政府约法》的议员，并再次清洗了议会。在克伦威尔的准许下，剩下的议会成员起草了一部新宪法。要是其中不涉及究竟是议会还是护国公应该控制军队这个问题的话，克伦威尔或许会同意这部新宪法的。但结果是，克伦威尔解散了议会。客观环境还将推着克伦威尔在其宿命之路上越行越远。
在英格兰和苏格兰还有一些小规模的叛乱，但都被轻易平息。
克伦威尔一直面临一个困境，即没有能力在大家都同意的基础上建立一个可以阻止国王复辟、维持清教徒统治的政府。于是他利用当时混乱的局势，放弃了建立立宪政府的主张，走上了军事独裁之路。他将国家分为十一个区，每个地区都由一个少将进行独裁统治。他对所有保王派成员征收10%的收入税，甚至还禁止那些仍旧使用《公祷书》的人做私人礼拜。而不满足于只是维持秩序的少将们，在很多时候开始依照严格的清教主义来改造他们的民众，如对整个安息日的奉行，再如娱乐活动、喝酒、咒骂等方面。
英格兰人可能是最个人主义、也最不愿意顺从管辖或命令的，因此当太多的权力被赋予一个人或是被一个人所攫取，自由和法律不可避免地丧失的时候，克伦威尔的统治将会变成什么样子呢？这是个很有意思的问题。
根据《政府约法》，在议会休会期间，护国公有权拟定条例，而且这些条例还具有法律效力。克伦威尔也的确这样做了，不过现在有些法庭质疑他的这项权力。而克伦威尔也跟之前的斯图亚特王室一样将这些法官撤职，并将一些律师关入伦敦塔。此类一人统治迟早会发生的事情再次在英格兰出现，克伦威尔甚至相信有必要废除出版自由。
1655年，他宣布全国只准发行两份周报，而且必须经过政府代表的编辑。
克伦威尔那用来转移对国内事件的注意力的外交政策也同样为人们所熟悉：法国和西班牙还在打仗，而护国公跟这两个国家都建立了联盟关系。而当他没有从西班牙得到他想要的东西时，他直接派出一支舰队去占领西印度群岛上一些有价值的岛屿，为大英帝国大厦添砖加瓦，如牙买加自此之后就一直是英格兰的领地。当然，战争耗费大量钱财，于是克伦威尔决定在1656年再次召开议会以筹集短缺的资金。看起来肯定有不少人会反对，但护国公也有两样法宝。
首先，少将们已经尽可能让合适的人进入议会；其次，克伦威尔自己也准备禁止那些自己不喜欢的人进入议会大厦。当议会召开的时候，他无礼地驱逐了大约一百人，而后继续和剩下来的人谈判。正如其他所有独裁者治下的立法机关一样，议会正在成为一出闹剧。最终，议会同意拨款，甚至可能还愿意多给呢。因为据说英军俘获了部分西班牙运宝船，四十八车的战利品很快就会运到伦敦。
不管怎样，这个国家正变得越来越难以管束。有人密谋要取克伦威尔的性命，甚至是相当友好、精挑细选出来的议会也有点渴望恢复之前的旧政体。下议院在他们提交给克伦威尔的《恭顺的请愿和建议书》中，请求克伦威尔修改宪法，登基为王。克伦威尔还设立了一个由他自己提名的上议院。另外，他还将放弃使用他过去常常使用的驱逐下议院议员的权力，但仍然为自己及其继承者保留了在选择上议院议员时的否决权。这样，他也就为清教法规修筑了一道防护墙，使其能够有效应对下议院的所有敌意行为。
尽管克伦威尔专断独行、违背宪法，但我相信，克伦威尔自己也真心实意地想要找到一种合法宪法的、一劳永逸的解决方案：这种方案既要与这个民族的特性相符，又要符合旧宪法的基本精神。克伦威尔与英格兰的这个例子相当有意思，因为这是最不愿意顺从于独裁统治的民族，而独裁者也一直在探索某种不那么专制的政府形式。几年前，克伦威尔曾对勒德洛说过，“我也跟其他人一样渴望建立一个民意政府，但是民意在哪里？”现在，当他推出这个新的政府形式的时候，他又说，“是时候摈弃那些不能为人民所接受的专制并寻求解决之道了”。
克伦威尔关心的是自己在职场的晋升和事业上的成功，而不是国家的福祉，从这个意义上来说，他算不上是个有抱负的人。
克伦威尔曾为了某种事业而不是仅为自己而战，他虽赢得了胜利，但最后却陷入僵局，回到了之前斯图亚特王朝时的模式，一切的胜利似乎又都付之东流。但他的信念是对的，接下来的大约四十年时间也将证明不受约束的斯图亚特王室无法治理英格兰。当然，这也是克伦威尔自己的问题所在。
他也探寻民意政府，但如果他真这样做的话，被驱逐的太子查理估计就会回来继续当国王了。“他应该顺从国家的意愿”，或是如果早停止探寻其他形式的政府治理的话，他或许可能赢得国民同意，而斯图亚特王朝也不至于复辟，等等。这些话说起来轻巧，但实际上问题没有那么简单。比如，美国人很欣赏华盛顿那不屈不挠的——你也可以说是顽固的——意志和勇气，当国家已经对他的不屈不挠感到厌烦的时候，他仍然不屈不挠。事实上，克伦威尔并不是一个独裁者，但他的确成功地将其意愿强加给国民和军队。一个民族已经对其之前的目标感到厌倦，而它的领袖仍在执着追求的时候，这个领袖是否值得继续被认可？
不管怎样，克伦威尔在大众认可的基础上抓住机会建立了政府。其中也有之前国王政府里的一些机构，如上议院和下议院，尽管称谓可能有所不同。没有人知道他是否想过要当国王，但纵观其人生历程，尤其是考虑到军队并不反对，他本可以自立为王的——即使出于恢复这个民族所深深喜爱的旧体制而非出于个人野心。但他婉拒称王，而是走了一条新路。不过，这条新路最终还是失败了。
当议会于1658年召开第二次会议时，曾经被克伦威尔驱逐出去的好几百人重回议会。当然，他为此也不得不让他的很多支持者进入新的上议院。不过，此时上议院遭到了下议院的攻击。两周后，克伦威尔解散了议会，并说“我们之间的是非就交由上帝来裁决吧”。英格兰此时在海外还获得了一些胜利：布莱克在特讷吕弗海战中大胜西班牙人；击败了一支西班牙军队；敦刻尔克投降。
不过，在英格兰助手杀死一名垂死的敌人时，法国这颗新星开始升起，而法国也将取代西班牙成为英格兰以后的强劲对手。克伦威尔的外交政策看起来也错了，他的目光过于短浅，没有洞察到结盟新时代的到来。
克伦威尔大限将至。即使他拥有钢铁一般的力量和勇气，过去十五年的压力也太多了。
1658年8月30日，当一阵大风暴席卷英格兰时，他虚脱了。他的敌人说恶魔来索他的命了。
9月3日，克伦威尔去世。一个很了解他的人说，“我认为，一个伟大的灵魂是不甘于停留在肉体内的”。
克伦威尔去世后，共和国所剩日子也就不多了，而且还不怎么体面。克伦威尔和平地将其护国公的位子传给了他的儿子理查德。而理查德这个人要比他父亲逊色许多，虽然也曾有一段时间比他的父亲更受欢迎，因为他不是军人，也没有那么清教徒化——一大部分民众已经对这两类人感到厌倦了。不过，理查德很快就和军队发生冲突。他的第一次议会于1月27日召开，而2月22日军队就强迫他解散议会。他自己也于5月25日退位，他的护国生涯由此结束。
在这个月的早些时候，军队邀请四十二名残缺议会的成员、长期议会的剩余成员召开议会。但议员们立即显露出愚蠢和傲慢，他们要求控制士兵，宣称所有克伦威尔的法规都是非法的，并坚持要求返还克伦威尔统治期间征收的一切税收。当这些人中的大部分被少将们带走后，立刻发生了预料中的变化：朗伯认为议会在军队的领导下也可以运转得很好，就像军队在议会的领导下也运转良好一样。而当他镇压一次保王党叛乱的时候，他也派军队清洗了议会。
士兵们而后试着在没有议会的情况下进行治理，但军队内部吵得一塌糊涂，于是不得不召开残缺议会。局势正变得越来越不可容忍，在苏格兰统军且一直远离政治的蒙克将军决定来终结这一切。他于1660年元旦越过边境向伦敦进发，费尔法克斯也加入他的阵营。他在伦敦发现残缺议会已为所有人鄙视，于是宣布通过自由选举组成新议会。在压力之下——但没有发生暴力事件——残缺议会投票解散自己，非同寻常的长期议会终于3月份宣告结束。
4月4日，被驱逐的查理太子签署了《布雷达宣言》（Declarationof Breda），宽恕了所有参与反抗斯图亚特王室的人、赦免了所有议会可能豁免的人、保证现在的所有者对之前被没收的财产的占有、承诺支付给士兵们军饷、同意颁布“良心自由”法，所有都与议会后来的决定保持一致。根据宣言，新议会由两个议院组成，“根据这个王国古老、基本的法律，政府由，也应该由国王、上议院和下议院组成”。这艘国家巨舰终于归港。复辟的故事，我们留待下一章再具体介绍；在转向一个大不相同的新阶段之前，我们先来简短地看看英格兰在战争和共和国时期的坎坷生活的几个方面。