对比他的军事手段，1806年末拿破仑开始运用经济手段对抗英国。11月21日，他发布了所谓的《柏林敕令》，在他的影响和控制之下关闭所有对英国通商的港口，实际上涉及大陆所有港口，并宣布封锁英国所有口岸。一年以后，几乎就在这一天，英国发布了一系列枢密院君令中最严厉的一个，宣布封锁所有法国港口，任何船只不许进入任何法国港口，除非它首先停靠英国港口。几周后，拿破仑扣留了应该抓捕的船只，如果船只在法国控制的任何港口卸货之前曾经到过英国港口。这些只是两位领导人所采取的更重要的措施和反制措施的一部分，正在变成世界范围内的斗争。所有这一切严重侵犯了中立国的权利以及那时已经达成的国际法。拿破仑1796年的敕令引起同样性质的一场小规模竞争，直到五年后他放弃了这项政策，几乎使自己卷入了同美国和其他中立国的战争。然而，这些控制经济的早期努力相对而言是不重要的，但后来，他实际上把权力延伸到整个大陆，他禁不住又一次企图通过扼杀英国的商贸，使这个依然不屈的大国坐下来讲和。
在战争的后来岁月中，英国的确被迫遭受了可怕的艰难和贫困，我们将在下一章专门讨论。已经习以为常的和日益增长的世界贸易的大部分被迫中止，在这个岛国不仅造成严重的食品短缺和随之而来的缺货行市，还有失业，因为快速增长的工业人口生产的商品失去了市场。另一方面，拿破仑没有充分估计到他的敌人的坚不可摧的顽强，也没有充分估计到这个事实，即他的政策将会激起新的敌人。那些年主政英国的坎宁、卡斯尔雷和其他托利党人丝毫没有法国皇帝的天才，但他们有人民作为坚强后盾，以及一种与他进行不屈斗争的不可动摇的决心，最后大陆半数的人民将被迫下定同样的决心。
如果说控制了海洋的英国因贸易的崩溃而受尽了苦难，大陆人民也一样，他们需要食品、热带产品，以及英国独家生产的制造业商品。使他们像英国人一样挺身而出的，也不是主要由拿破仑导致的匮乏，而是他们认识到必须为自己的自由和独立而战斗。事实上，英国逐渐被那些人认作朋友和救星，在拿破仑为维持其大陆体系作为真正的反英国武器而认为有必要采取的措施中，这些人正在被迅速疏离。
诚然，英国获得了大部分剩余的热带地区和其他边远的物资补给地区：1806年重新且永久地获得了开普殖民地、印度洋的法属岛屿、富庶的荷属爪哇岛、西印度群岛，以及南美洲的法属和荷属岛屿及大陆，包括荷属圭亚那、库拉索岛、马提尼克岛、瓜德罗普岛，以及丹属（Danish）诸岛。战争结束时这些岛屿许多都归还了，但是英国取得了与它们的贸易，而其敌人看到他们富庶的热带帝国正在消失。在这个时候，英国开拓了自己的市场，开启了与南美的西班牙殖民地的有利可图的联系，尽管这种联系还很脆弱，这些殖民地那时已经在考虑反叛西班牙了。
另一方面，沿着大陆的整个北部、西部和南部海岸线，有不计其数的港埠，英国利用它们来做走私贸易，为人民提供急需的商品；还有一些入口，日益成为拿破仑徒劳地力求使之严密无隙的大陆体系中的漏洞。由于教皇拒绝关闭他的口岸，拿破仑占领了教皇国并最终把教皇逐出流放，给他与天主教的关系造成了灾难性的影响。他要关闭西班牙港口的努力与那里的人民起义和随后的半岛战役有很大关系，后者是他倒台的决定性因素之一。如荷兰一样，达尔马提亚（Dalmatian）海岸被兼并，全然不顾海岸以东的德意志国家的权利。瑞典没有采取实际行动去执行敕令，而俄国逐渐与法国产生裂痕，实际上逐渐把对外贸易恢复到正常状态。1811年是最关键的一年，尽管枢密院君令直到1812年才废除，因太晚而未能阻止美国加入反对英国的战争，其原因我们将马上讨论。到那一年，拿破仑的权力基础正在迅速瓦解。
拿破仑决定镇压西班牙的叛乱，把英国人赶出葡萄牙，并把他的一位最好的助手马塞纳派遣到那里；而英国人由从印度召回来的亚瑟·韦尔斯利爵士即后来鼎鼎大名的威灵顿子爵和公爵指挥。我们不需要详述这场战役中时运的变迁兴衰，直到1813年法国人最后被逐出整个半岛。威灵顿工作的主要和无比重大的价值在于他消耗着皇帝的军事资源。
1812年拿破仑向俄国宣战。他不得不丢下西班牙这个烂摊子，在他致命的远征中带着六十万人向那个帝国长驱直入。俄国人不断后撤，诱使他前所未有地深入国土，其间只有过一次交战。10月他到达莫斯科，发现是一座空城，次日火光冲天。面对俄国的冬天在平原上无处掩身、没有补给的恐惧，他也不曾事先安排，这位看似不可战胜的征服者开始了他历史上灾难性的撤退。白雪皑皑，大地冰封，雪虐风饕，他带向灭顶之灾的六十万人中，只有不到两万在返回途中步履蹒跚地走出他们进来要征服的帝国边界。
大事一件接一件地上演。拿破仑招募了一支新的规模较小的男童子军。他的人力资源消耗殆尽。奥匈帝国加入俄国反对他。他在德累斯顿战役中又一次获胜，但在莱比锡战役中遭到惨败。1814年春，俄国人、普鲁士人、奥地利人进入巴黎，把这位沦落的皇帝流放到厄尔巴岛。波旁王朝复辟。