极为感激的教士用赞美的声音，推崇君士坦丁一生的作为，使他们可以发挥宗教热情，增进实质利益，获得安全、财富、荣誉和尊敬。君士坦丁支持正统教会的信仰，认为这是政府官员最神圣的义务和最重要的责任。《米兰诏书》是信仰自由的大宪章，赋予罗马世界每位臣民选择自己的宗教的权利，但是这个极为宝贵的权利立刻受到侵犯。皇帝自认了解真理，所以吸取了迫害的典则。对于反对正统教会的教派来说，基督教的胜利给他们带来苦难和压迫。君士坦丁很容易相信，异端教派敢于争论他的理念，反对他的统治，是执迷不悟的犯罪行为，要及时采用严苛的手段，对他们加以节制，将这些可怜的人们从永恒惩罚的危险中拯救出来。
皇帝非常慷慨地对正统教会的教士赐予酬劳和豁免，异端教派却不得享受这些特权，他要求大臣和教谕立刻采取行动，不得浪费时间和减低成效。有些异端的徒众因帝国尚未统一而能苟延残喘，等到君士坦丁征服东部，随着东部行省立即奉行他的诏书，这等于宣告他们完全绝灭的命运。在充满宗教狂热和严词指责的序幕后，君士坦丁绝对禁止异端教派的集会，籍没他们的公共财产，将之作为国家的收入或是供正统教会运用。有些教派抗拒皇室的严厉作风，像是萨莫萨塔的保罗，领导追随的徒众进行直接的反抗；弗里吉亚的孟他努派还是狂热地继承先知的预言；诺瓦替安派严正否认尘世的悔改所能产生的效果；在马西昂派和瓦伦提尼安派的领导之下，亚细亚和埃及形形色色的诺斯替派信徒，又开始重整旗鼓，蠢蠢欲动；摩尼派从波斯传入东方和基督教神学中最欺世盗名的著作。地方行省运用雷厉风行的手段推动皇帝的政策，企图将可憎的异端完全根除，或者至少要能限制他们的发展。一些针对异端的刑事规定是从戴克里先迫害基督徒的法令中复制而来的，而这种“改宗皈依”的方式受到某些主教的赞许，他们过去尝过高压手段的滋味，现在有权诉诸这方面的要求。
有两个微不足道的情况，可以证明君士坦丁的内心没有完全被宗教的狂热和偏见所腐化。在他谴责摩尼教和同宗的派别之前，他决定对相关教义就其本质方面进行精确的探索和调查，但是他不相信他的宗教顾问会公正无私，于是把这件很精细而微妙的工作，交付给一位学问渊博而且行事稳健的政府官员负责。然而他并不知道这位官员是很容易被金钱收买的。另外一件事是皇帝很快被说服并承认他对诺瓦替安派的正统信仰和严谨教规加以禁止是过于仓促的举动。教会之所以对诺瓦替安派产生异议，是他们认为有些戒律条款并非救赎世人的基本要件。为此皇帝特别下了一道诏书，赦免诺瓦替安派教徒在法律方面的罪行，允许在君士坦丁堡兴建一所教堂，尊重他们的圣徒所行的奇迹，邀请该派的主教阿塞西乌斯参加尼西亚的大公会议。同时他用开玩笑的口气，温和地嘲讪这位参加会议的主教，说他的教条太过琐碎。从君主口里所说出的话，自然会被赞美和感恩的心情所接受。
君士坦丁在马克森提乌斯死后，立刻用获得胜利的军队光复阿非利加，他误以为一位受过教化的改宗者能很快适应该地，结果不断产生的怨言和相互的指控给他的统治带来很大的困扰（312 A.D.）。等他得知从昔兰尼到直布罗陀海峡的各行省的广大地区，都因宗教的纷争而动荡不安时，真是感到非常惊异。人心涣散的根源在于迦太基教会的重复选举，而这个教会无论就位阶或富裕的程度，在西部的教会中都名列第二位。凯基利安和马约里努斯是阿非利加相互敌对的两位总主教，等到后者过世，就留下一个空缺给多纳图斯，他因为才识过人而且品德高尚，受到他这一派教徒的坚定支持。凯基利安的圣职任命在前，应该在位阶上具有优势，但是他过于急躁，没有等努米底亚的主教们到达，就自己登上了总主教的宝座，这就算称不上不合法，至少也是不合程序的行为。于是这些主教指责凯基利安，同时推崇马约里努斯，结果这70名主教，因为有人发生丑闻，再加上努米底亚宗教会议上发生了涉及女性的阴谋、亵渎神圣的交易和嚣闹暴乱的议程，使得他们的职权再度受到削弱。
这些产生争执的党派，他们的主教仍然争权夺利，互不相让。有人由于过去把《圣经》私下送给戴克里先的官员，犯下不可饶恕的罪行，受到对手的群起而攻，地位岌岌可危。双方相互攻讦，同时进行私下的活动，像是有人证实阿非利加的基督徒，在上次的迫害期因宗教信仰吃尽苦头后，态度还是没有改过自新。分裂的教会没有能力进行公正的裁判，皇帝为了平息双方的争论，陆续成立五个法庭很慎重地审理本案，整个审判的过程从最早提起上诉到最后的宣判，拖延了三年之久。意大利禁卫军副统领和阿非利加拥有代行执政官头衔的总督，负责进行全面的调查。两位主教的贵宾把处理报告带到迦太基，里面是罗马和阿尔勒御前会议所下达的敕令，以及君士坦丁在神圣宗教会议中至高无上的裁决。整个案件对凯基利安有利，全体一致承认他是阿非利加真正合法的总主教，具有民事和教会的全部权力。将教会的位阶和财产判给他所指定的主教，对于皇帝而言毫无困难，君士坦丁将多纳图斯派的主要领导阶层全部放逐。
然而这件案子要求公正处理的呼声甚嚣尘上，在受到关注后又重新进行判定。或许他们的冤情不是没有根据，完全是宠臣奥修斯运用狡猾阴险的手段取得皇帝的信任所致。欺骗和贿赂的影响力，可以使无辜者受到惩处，有罪者加重刑责。不过，这种不公正的情况要是发生纠缠不清的争执，在专制政体看来只是微不足道的缺失，何况类似的案例多如牛毛，后代子孙觉察不到，很快就会遗忘。
这次事件要不是导致了教会的分裂（315 A.D.），发生重大的影响，也不会在历史上占有一席之地。阿非利加的行省忍受了300年的痛苦，靠着基督教本身的力量才完全平息下去。多纳图斯派受到争取信仰自由和发挥宗教狂热的激励，以不屈不挠的精神拒绝服从篡夺者，他们认为凯基利安的当选有争论，教职的权力不被他们承认。凡是有人接受凯基利安叛教者和邪恶的党派，使自己获得圣职任命，多纳图斯派就将这些人全部逐出教会，这样他们也失去了与人类社会和宗教正常的交往。他们极为欣喜而又充满信心，认为欧洲和亚洲的主教受到罪行和分裂的影响，使徒的继承权已经断绝，正统教会的特权如今只属于所选定的阿非利加信徒，只有多纳图斯派的信仰和纪律，才能够保证教会正直纯洁不受任何污染。他们用毫不通融的态度坚守着顽固的原则，要是一个改信者，或者是来自东方遥远行省的圣职人员被派到阿非利加，他们都会怀疑这些人的合法性，视之为异端或分裂分子。对于这些人所主持的洗礼和任职，他们还要再重复一遍这些神圣的仪式。这些教徒在获准接受多纳图斯派的圣餐礼之前，无论是主教、处女或是纯洁的幼儿，都要蒙受公开认罪的羞辱。要是多纳图斯派得到一座教堂的所有权，而它过去曾被正统教会的敌手使用过，他们就会像获得一座偶像崇拜者的庙宇那样，用猜忌的心理很小心地处理以净化这个亵渎神圣的建筑物。他们洗净进出的道路，重新粉刷墙面，焚毁木制的圣坛，熔掉金银器具，把作为圣餐的面包丢给狗当食物，用尽一切侮辱的手段，在宗教的派系之间激起永恒的仇恨。虽然这两个派别混杂在阿非利加的城市里，彼此有相同的语言和习惯，同样保持着宗教的狂热和知识，也有同样的信仰和崇拜仪式，但却存在着无法化解的嫌恶之情，酿成了水火不容的分裂局面。多纳图斯派受到帝国政府和教会的排斥，毫无权势可言，却仍旧在有些行省保有人数上的优势，尤其是努米底亚，有400位主教承认总主教的管辖权。
但是教派坚强不屈的精神有时会被人抓住要害。原本分裂的教会由于内部的离心离德，造成的后果更是惨不忍睹。多纳图斯派的主教有四分之一追随马克森提乌斯自立门户，他们最早的领袖规划出狭窄而孤独的道路，要与人类的大社会分道扬镳，不相往来。与他们差异不大的祈祷派，竟敢大言不惭地宣称，等到耶稣降临世上进行最后的审判时，必然发现真正的信仰保存在恺撒里亚·毛里塔尼亚几个无名的村庄里。