《山海经》按黄道十二宫、二十八星宿划分方位，分为山经、海外经、海内经及大荒经四个部分。
山经：
山经指的是陆地，记录沿途所经过的山脉、地势、地理及动植物生态系统，分为南山经、西山经、北山经、东山经及中山经五个部分。顾名思义，这里详说的就是方位在南、在西、在北、在东及中部山脉的情形。
海外经：
海外经指的是水域，记录居于正南、正西、正北及正东四个方向的地理情况及生态分布，共分四个部分：海外南经、海外西经、海外北经及海外东经。
海内经：
海内经指的是介于外海与内陆之间的水域，同样分为四个部分：海内南经、海内西经、海内北经、海内东经。
大荒经：
大荒经远在外海的大陆上，分为四个部分：大荒东经、大荒南经、大荒西经及大荒北经。除了这四部分之外，内陆还有一些不明水域，这部分的资料汇总为海内经。
需要说明的是，此书的山经部分，应该是远古时代的文字记载，但是自从海经开始，包括了海外南经、海外西经、海外北经、海外东经、海内南经、海内西经、海内北经、海内东经、大荒东经、大荒南经、大荒西经、大荒北经及海内经等十三个部分，却是源自于一幅古画，是对图画上的人物与动物的文字性描述。这幅画，很有可能就是汉宣帝时代在石穴中发现的那幅远古壁画。但是有关这幅图画的记载，却与山经部分浑然天成，是一个整体。
由此可见，《山海经》一书应该是曾经失传，但在汉宣帝时代又被“抢救”了回来。按照书中的记述，在内陆、内海、外海及大荒，不同地带的动植物生态系统迥然有别，总结起来规律大致如下：
越往内陆，越是靠近内海，生物的进化程度越低，其中不乏原始物种。
越往远处，越往大荒之外，生物的进化程度就越高，其中有很多未来物种。
越是进化程度高的物种，越是与我们的未来息息相关。
越是进化程度低的物种，越是与我们的传统丝丝相扣。
在这里，我们传统文化的背景与生物进化理论形成了一个令人惊讶的悖论。
何以如此？
这正是我们需要在书中所要寻找的答案。