玄烨是顺治皇帝的第三个儿子，生于顺治十一年（公元1654年）三月十八日。他的生母为佟氏。佟氏的祖父佟养真跟随清太祖努尔哈赤兴兵抗明，是清朝的开国功臣。她的父亲佟图赖是汉军正蓝旗人，也屡建战功。佟氏家族也因此成为八旗汉军中显赫一时的名门大族。顺治皇帝为了缓和民族矛盾，改变在蒙古贵族中选妃的习俗，开始在汉军中选妃后，佟氏被选入清宫。但佟氏不受顺治宠爱，因此，玄烨也遭顺治帝的冷落。
值得庆幸的是，玄烨的祖母孝庄皇太后对玄烨母子格外钟爱。她派自己的侍女苏麻喇姑协助保姆照看玄烨，教他读书写字。她还经常亲自对玄烨加以教诲。祖母的教诲犹如春风化雨滴入幼年玄烨的心田，这不仅在一定程度上补偿了他所渴望的父爱，更重要的是培育了他日后作为帝王不可缺少的品质。
尽管孝庄皇太后一直在用未来君主的标准培养玄烨，但顺治却一心一意爱董鄂妃，希望立她所生的皇子做太子。但谁曾想，董鄂妃生下的皇四子福薄命浅，才3个月便夭亡了。从此，玄烨的处境才有了好转。玄烨6岁时，同哥哥福全、弟弟常宁一同进宫拜见顺治。向父皇请安完毕，顺治便问儿子们有何志向。常宁年仅3岁，不会回答。福全为庶妃所生，年纪长但地位低，他答道：“愿意做一个贤王。”而玄烨则高声回答：效法皇父，勤勉尽力。顺治知道这是太后的授意，开始有了由玄烨继承皇位的想法。两年后，年轻的顺治皇帝一病不起，在孝庄皇太后的坚持下，顺治立下了以玄烨为皇太子的遗诏。
顺治十八年（公元1661年）正月初九，玄烨在孝庄皇太后的亲自主持下，登上皇位，改次年为康熙元年。孝庄皇太后由此又担负起辅佐第二代幼主——康熙的重任。康熙即位第5天，她便向王室宗亲、文武大臣发出谕旨：要报答我的儿子顺治皇帝的恩情，就要偕四大臣尽心协力共辅幼主，这样才能名垂青史。太后的威严与对皇孙的深情溢于言表。四大臣辅政，也是孝庄皇太后同顺治反复考虑后采取的新体制。按清代旧制，由宗室诸王辅佐幼主处理政务。但太后对顺治初年睿亲王多尔衮摄政后独断擅权的往事记忆犹新，所以一改旧制，让元老重臣佐理政务，而把决策权抓在自己手中。除此之外，太后把更多的精力放在指导康熙学习执政上。她谆谆教导康熙，不辜负百姓的期望，宽裕慈仁，慎言谨行，继承祖先基业。
康熙即位时，还不满8岁。他尽管在祖母悉心培育下大器早成，但担负管理国家的重任还为时过早。好在顺治在遗诏中已作安排，委托索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜辅政。四大臣在顺治帝的灵位前曾立下誓言：要竭尽忠诚，不谋私利，不结党羽，不受贿赂，忠心仰报皇恩，全力辅佐君主。四大臣中的索尼、鳌拜和遏必隆都是两黄旗人，是跟随清太宗南征北战的元老勋臣，后来又拥立年幼的顺治皇帝即位。多尔衮擅权时，由于他们忠于顺治，被视为眼中钉，先后被革职、削爵并籍没家产。直到顺治亲政，他们才复了职，并且进一步受到重用。四大臣中的苏克萨哈虽是多尔衮属下的近侍，但他在多尔衮去世后，检举多尔衮殡葬服色违背祖制并企图谋反的罪行，深得顺治帝和太后的信赖。长期以来，他们对顺治和太后忠心耿耿，所以能以异姓臣子的身份位居宗室诸王贝勒之上，担起辅佐幼帝康熙的大任。
辅政之初，四大臣遇事协商，凡欲奏事，一同进谒皇帝或太后，待太后决策后，再由他们以皇帝或太后的名义发布谕旨。辅政大臣虽无决策权，但他们可以入直、票拟并代幼帝御批，后来鳌拜专权乱政就钻了这个空子。
鳌拜是镶黄旗人，是清朝开国元勋费英东的侄子。显赫的门第和卓著的战功使他青云直上，位至公爵。鳌拜野心勃勃，善于玩弄权术，骄横跋扈，人多惮之。身为四朝元老的索尼尽管德高望重，这时已年老体弱，力不从心了。遏必隆为人怯懦，没有主见，又加上与鳌拜同属一旗，利害相关，所以总是随声附和。苏克哈萨虽然在四大臣中仅居索尼之次，但他资望浅，又与索尼素有嫌隙，与姻亲鳌拜也时常反目，常常在辅臣中处于孤立无援的境地。这样，协商辅政的局面不久便被打破了，大权逐渐落到了一心独揽朝政的鳌拜手中。他任人唯亲，广置党羽，不断扩大自己的势力。大学士班布尔善、吏部尚书噶褚哈、工部尚书济世都是他安插在要害位置的亲信。遇到政事，他们常常私定对策，然后才上奏皇帝，甚至拦截奏章，阻塞康熙同臣下的直接联系，以便把持朝政，架空幼帝。
康熙六年（公元1666年），鳌拜为对自己的正白旗有利，执意调圈已耕作了几十年的旗地，引起土地荒芜和民怨沸腾。户部尚书苏纳海、总督朱昌祚、巡抚王登联名上书反对，鳌拜大怒，硬逼康熙同意处死3人，未能得逞后，竟矫旨将3人绞死。
索尼看到了鳌拜如此跋扈，深感愧对先帝的重托而又无能为力。因此在康熙14岁时就多次上书要求康熙亲政，以削夺鳌拜的权力。
康熙得到祖母太皇太后的允许，按照祖制遂于康熙六年七月初七举行亲政大典。康熙亲政前，索尼已去世，鳌拜的野心进一步膨胀，想越过苏克萨哈和遏必隆，占据索尼的位置，进而成为宰相，更加大权独揽。于是，他拉拢苏克萨哈推荐他，遭到拒绝。旧恨新仇使鳌拜立意除掉苏克萨哈。苏克萨哈自知斗不过鳌拜一伙，为了免除杀身之祸，欲急流勇退，故上书请求去守侯先帝陵寝。康熙不理解苏克萨哈的行动，一面派人去询问原因，一面请议政王大臣会议议处。鳌拜怕苏克萨哈的要求一旦获准，自己也要效仿他交出辅政大权。便给苏克萨哈罗织了心有怨恨等24条罪状，必欲处以极刑。议政王大臣会议在鳌拜的操纵下，奏请将苏克萨哈凌迟处死。收到奏章，康熙十分震惊。他认为苏克萨哈是前朝重臣，又勤勤恳恳辅佐七载，理应酬报，又何罪之有？他当即召见议政王杰书和鳌拜、遏必隆等人，指出复奏有误。鳌拜先发制人，强词夺理地说：“我同苏克萨哈本来没有什么怨仇，只是他欺君罔上，才秉公而断，要对他重重治罪。不然，再有人学他的样子就不好办了。”康熙说：“欺君罔上的人眼下不是没有，苏克萨哈还是守规矩的。”康熙不允鳌拜所请，鳌拜恼羞成怒，瞋目挥臂，连日在金殿上强奏，他的党羽们也亦步亦趋，为虎作伥，终于威逼年少的康熙下了绞死苏克萨哈的命令。面对鳌拜的步步进逼，康熙已经忍无可忍了。但康熙深知鳌拜党羽众多，势力很大，加上他是武将出身，有一身好武艺，不是轻易能制服的，如果稍有不慎就会祸及自身，因此，他在暗中加紧了除掉这个权奸的筹划。由于现有的侍卫大多受鳌拜控制，不甚可靠，康熙第一步先从各王府中挑选了上百名亲王子弟做他的侍卫，组成善扑营，整天让他们摔跤弄拳，不出一年，便个个练得武艺高强。鳌拜听说此事，以为皇帝年少贪玩，并未放在心上。第二步封鳌拜为一等公，鳌拜更觉得平安无事了。第三步任命索额图为一等侍卫。索额图是索尼的儿子、康熙的叔丈人，他同康熙以下棋为名，制定了擒拿鳌拜的整体方案。为了保证行动万无一失，康熙事前把鳌拜的党羽先后差遣出京办事，他又召集善扑营成员进行动员。康熙问大家：“你们惧怕皇上还是鳌拜？”侍卫们齐声答道：“独畏皇上！”这一天，康熙召鳌拜单独进宫议事，鳌拜像往常一样大摇大摆地走进宫内，只见康熙端坐中间，两旁是威风凛凛的少年侍卫。鳌拜见势不妙，还想故伎重演，大发淫威，不料康熙一声令下，少年侍卫们一拥而上，七手八脚便拿下了鳌拜。这个横行数年、权倾朝野的权奸顿时成了阶下囚。康亲王杰书奉康熙的命令审讯了鳌拜。不久，便公布了鳌拜结党专政的30条罪状。最后念其当年搭救清太宗皇太极有功，赦免了他的死罪，让他在监禁中度完了余生。康熙还依据罪行轻重惩处了鳌拜的党羽，罪大恶极的济世等人被处死，其余的被革职降级。与此同时，受鳌拜诬陷的苏纳海等人得到了昭雪。苏克萨哈的后人承袭了他的爵位和世职。康熙对各级官员进行了大规模调换，并下达了《圣谕十六条》，意在刷新朝政，彻底清除鳌拜的恶劣影响。
年仅16岁的康熙在战胜鳌拜集团的斗争中，显示出惊人的魄力和才智。从此，他便将朝政大权牢牢掌握在自己手中，开始充分施展自己的政治才能。
康熙亲政后，经过一番考虑，将当务之急的治国大事列出，然后亲自书写了“三藩、河务、漕运”的条幅悬挂在宫中柱子上，以随时提醒自己。由此可见解决三藩是康熙朝夕不忘的首要大事。三藩，是指明朝降将吴三桂、尚可喜、耿仲明三个藩王，他们分别盘踞在云南、广东、福建三个省区。三藩王在明末清初先后降清，为清兵入关立下了汗马功劳。吴三桂被封为平西王，尚可喜和耿仲明也分别被授予平南王和靖南王的封号。
尚可喜因为年老多病，已把藩事交给儿子尚之信主持。尚之信残忍狂暴，酗酒嗜杀，连老子也不放在眼里。他曾经割下行人的肉喂狗，甚至无故刺死尚可喜派来送信的官监取乐。尚可喜担心儿子早晚会闹出事来，同时也不甘心受他的挟制，便在康熙十二年（1673）春上书，请求回辽东老家养老，早已有撤藩打算的康熙遂命令撤掉尚藩，将其全部兵士撤回原籍。消息传来，吴三桂和已承袭靖南王爵号的耿精忠（耿仲明之孙）都惊恐不安，他们也上书假意要求撤藩，来试探朝廷的动向。
康熙召集了众臣议定撤藩之事。大部分人持反对意见。他们提出了种种理由：有的认为撤藩后要派军队去原藩地镇守，劳费太大；有的为吴三桂说情，说他镇守边关，地方安定，没有谋乱的征兆。议政王贝勒大臣们也议论纷纷，莫衷一是。只有兵部尚书明珠、户部尚书米思翰、刑部尚书莫洛等少数人坚决主张撤藩。20岁的康熙皇帝力排众议，做出了最后裁决：“从其所请，将三藩全部迁到山海关外。”他指出，三藩王手中都握有重兵，已形成了尾大不掉之势，吴三桂等人怀有野心，蓄谋已久，如果不及早除掉三藩，势必养虎成患，危害天下。于是，康熙派侍郎折尔肯、学士傅达礼赴云南，户部尚书梁清标赴广东、吏部侍郎陈一炳赴福建，催促办理撤藩事宜。
吴三桂当年为报家仇勾引清军入关屠杀农民起义军，使清兵得以长驱直入。他事明叛明，降清又心怀异志。镇守云南后，吴三挂利用独占一方的特权，招降纳叛，横征暴敛，不断扩充实力，在三藩中势力最大。他的野心也随之膨胀起来。他以藩府名义任命的官员，吏、兵二部不得干预，他推荐的被称为“西选”的官员遍及天下。凡要害地方，他都千方百计安插进自己的死党。他的儿子吴应熊被选为皇太极之女的额驸（即驸马），从而成为吴三桂安插在京城的耳目。吴三桂属下有53佐领、士兵1.2万多人。每年朝廷向吴藩支付的俸饷就达900多万两白银。吴三桂还自行征税、开矿、铸钱，与西藏互市茶马，聚敛财富，秣马厉兵。诡计多端的吴三挂在加紧准备叛乱的同时怕露出马脚，遂大兴土木，搜罗美女，做出安于享乐、胸无大志的样子来麻痹朝廷，暗中加紧操练，待机而动。
康熙十二年（公元1673年）冬，吴三桂认为时机已到，遂自封为“天下都招讨兵马大元帅”，举起“兴明讨虏”的旗帜，公开叛乱。
吴三桂公开叛乱后，他分布在各地的党羽纷纷响应。各地的告急文书频频传至京城，举朝震惊。原来反对撤藩的人乘机诋毁，认为吴氏叛乱是撤藩引发的。大学士索额图竟要求杀主张撤藩的明珠等人以谢叛逆。年轻的康熙皇帝临危不惧，严厉驳斥了这些护藩的论调。他说：“三藩势焰日炽，撤亦反，不撤亦反，因此决不仿效汉景帝诛晁错以平七国之乱的做法。”随后，康熙下达了武装平叛的命令。
这时其他两藩也举起了反旗，一时战火燃遍了大半个中国。康熙认为吴三桂是三藩之乱的祸首，灭掉吴三桂，其他叛军就会不打自散，于是他确定了重点打击吴三桂的策略。康熙任命勒尔锦为靖寇大将军，命令他由湖南进剿叛军，严防叛军东犯湖广；又派将军瓦尔洛进驻四川，断绝叛军入蜀之路；同时命莫洛率兵驻扎西安，阻止叛军进兵西北。
曾经嚣张一时的吴三桂在康熙周密的布署和接连打击之下，见大势已去，还想垂死挣扎，急急忙忙演出了登基称帝的丑剧。康熙十七年三月，吴三桂派人在衡阳草草修建了百余间庐舍，用黄漆涂刷房顶权做皇宫。三月十八日，吴三桂匆匆登上了临时搭成的祭坛祭祀天地，改国号为周，彻底扔掉“复明”的遮羞布，将自己的狼子野心大白于天下，处境不仅没有好转，反而更加孤立。此时，清军的攻势更加锐不可挡，吴氏小王朝日益陷入内外交困的境地。年已67岁的吴三桂惶惶不可终日，仅仅做了不到5个月的“皇帝”，突患中风噎嗝症死去。吴三桂死后，由儿子吴世璠继皇位。
康熙十九年年，康熙下令清军分三路进军吴三桂的老巢云南，向叛军发起总攻。不久清军攻入云南，将昆明包围得水泄不通，守军大都投降，吴世璠走投无路，最后只好穿戴着皇帝衣冠服毒自杀。康熙二十年（公元1681年），历时8年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。
三藩之乱被平定后，康熙决意收复台湾。当时统治台湾的是郑成功12岁的孙子郑克王爽。
明末国势衰败，兵备废弛，台湾岛遂被乘虚而入的荷兰殖民者占领。康熙元年二月一日，仍在坚持抗清的郑成功收复了被侵略者霸占38年的台湾。就在这一年，郑成功之子郑经在属下的拥立下自称为王，统兵反对郑成功。年仅39岁的郑成功在病中突然遭受如此沉重的打击，忧愤而死。三藩之乱中，郑经曾与耿精忠合谋进攻广东，约定事成后平分天下。耿藩降清之后，郑经仍旧纠合部属骚扰沿海一带，烧杀抢掠，一派海盗行径。郑经这时已经背弃了郑成功据台抗清复明的初衷。在清军的打击下，郑经很快在东南沿海失去了立足之地，率部回到台湾。康熙二十年（公元1681年）郑经死后，他的长子即位，但不久就被侍卫冯锡范等人绞杀。冯锡范又拥立自己的女婿、郑经的幼子郑克王爽为王，篡夺了大权。此时，郑氏集团已经失去了人心，台湾政局动荡不安。
三藩基本平定后，康熙接受了福建总督姚启圣的建议，决定乘郑氏集团内乱的时机用武力收复台湾。康熙用武力收复台湾的决心已下，任用得力的军事将领便成了当务之急。姚启圣曾经多次保举郑成功旧部施琅任福建水师提督，后来施琅又得到别的大臣的大力推荐。但由于施琅为降将，遭到不少非议。康熙力排众议，于康熙二十年七月向议政大臣们郑重宣布：任命施琅为福建水师提督，加封太子少保。
施琅走马上任后，立即着手调整兵力，训练水师。为了等待适当的时机，出师时间一拖再拖，转眼到了康熙二十一年，一时群言四起。这期间，施琅与姚启圣又在进剿安排上意见相左，施琅三次上书要求授予他专征权，由他统领军队自行进剿。尽管康熙对一再推迟出兵也有不满，但他没有被舆论左右，考虑到海战须蹈不测风浪，事先很难猜度，他采取了十分慎重的态度。他用人不疑，为了确保战斗胜利，同意了施琅的请求，给予他专征大权。
康熙二十二年七月，施琅率领2万多名官兵，分乘230多艘战船，直捣澎湖。清军战舰云集海面。争先恐后进攻，反而影响了攻势，又赶上潮落风逆，施琅的指挥船顺流而下，陷入重围。提督衔署右营游击蓝理奋不颐身地冲入重围，与施琅合力攻打，4艘敌船被打沉。激战中，蓝理被炮火击中，肠子流出，但稍加包扎，又投入了战斗。施琅也不顾自己血流满面，仍然指挥着战船突围。初战失利后，施琅对水师进行了短期整顿，遂与郑军展开了决战。清军船队以5只船为一个作战单位，称为“五梅花”战术，相互配合默契，以5打1形成局部优势进击敌船。战斗从清晨一直持续到傍晚，矢石如密集的雨点，炮火遮住了天空。经此一战，郑军主力几乎全军覆没，台湾的门户被打开了。困守孤岛的郑克王爽见大势已去，不得不派人向清军送上降表。收到降表，康熙认为：如果不准许其投诚，郑军残部还可能流窜他处制造事端，不如招抚为善。他还决定对归降的郑氏大小官员加恩予以安置。康熙的谕旨打消了郑克王爽最后的疑虑。八月十三日，施琅率领的清军在鼓乐声中登上台湾岛，郑克王爽率属下列队恭迎。至此，台湾又回到了祖国的怀抱。
台湾回归后，围绕台湾的弃守朝廷中又出现分歧。有人以台湾孤悬海外为理由，主张把台湾人全部迁进内地，放弃台湾。有人竟然主张把台湾赐给荷兰人，令其世守输贡，以示圣朝天威。旋琅为此专门在台湾进行了实地考察，据实据理驳斥了弃台的论调。他上书康熙，力陈台湾为江、浙、闽、粤四省安全的要害，为东南之保障，弃之必酿成大祸，留之则永固边防。因此，台湾不仅不能放弃，还必须加强防务。康熙接受了施琅的建议，在台湾设立台湾府和台湾、风山、诸罗三县，并向台湾派遣了8000名驻兵，向澎湖派遣了2000名驻兵。这样就大大增强了东南海防，并且促进了台湾经济文化的发展。
东北地区一直被满族视为祖先的发祥地。十七世纪，沙俄将侵略魔爪伸向了这块肥沃的土地。沙俄的侵略，是康熙的心腹大患。亲政以后，他便密切注视着沙俄的侵略活动，多次派人了解东北地区的地形、交通及风土人情各方面的情况。但由于当时先是明末农民起义未平，后又有三藩之乱，康熙对沙俄侵略的反击还顾不上。康熙二十一年（公元1682年）春，三藩之乱刚被平定，康熙率文武大臣赴盛京告祭祖陵。大典之后，他立即巡视了乌喇地区（今吉林市），并率属下围猎习武；还泛舟检阅了水师。开始了武装抗俄的准备，同时他也没有放弃和平解决中俄边界争端的努力。
但沙俄政府无意进行和谈，反而趁清政府全力平定三藩收拾残局，收复台湾等用兵之际，扩大了对中国北方领土的侵略。在这种情况下，康熙决定进行武装反击，驱逐沙俄侵略者。康熙二十一年，康熙派郎谈、彭春以捕鹿的名义到前线实地勘察地形，调查沙俄的侵略活动。次年，康熙又决定派兵于第二年秋天到黑龙江流域永久驻守。开赴黑龙江地区的清军受到当地各族人民的欢迎和支持。军民共同打击沙俄侵略者，到康熙二十二年，黑龙江流域中下游地区的沙俄侵略者基本被肃清，只有雅克萨还被沙俄侵略者盘踞着。
在黑龙江地区各族人民的支持下，清军为收复稚克萨做了大量准备。在清军进攻雅克萨前，遵照康熙的谕旨，清政府向沙俄一再表示和平解决边界问题的愿望，但沙俄方面置之不理，仍然继续在雅克萨进行战争准备。康熙二十四年六月，清军兵临雅克萨城下。
六月二十四日，彭春率领的3000大军分水陆两路夹击雅克萨城。第二天清晨，清军派出林兴珠的藤牌兵阻击来自黑龙江上游的哥萨克援兵。藤牌兵头顶藤牌，裸身入水，手持大刀前进。由于有藤牌遮蔽，敌人的刀枪无法施展威风，清兵的大刀却所向无敌。敌人见状，又惊又怕，大喊着“大帽子鞑子来了”竞相逃命。大部分援敌就这样被藤牌兵击溃了。当晚，清军发动了猛烈的攻势。他们在城南佯攻，牵制敌人的兵力；又在城北架起红衣大炮进行主攻。经过一夜激战，雅克萨的塔楼、城墙全被摧毁，还击毙了100多名敌人。城内还聚集了一小撮顽敌，于是清军在城下三面堆积柴草，准备焚城。走投无路的侵略者被迫向清军投降，他们的头目托尔布津向清军统帅立誓，永远不再来雅克萨捣乱。遵循康熙的旨意，清军统帅彭春接受了敌人的投降，将他们免死放归。有45人自愿留在中国，也得到了准许。这些曾经在中国的土地上横行多年、杀人越货的“罗刹”，如今在中国军民的打击下，一个个赤身露体，光着脚狼狈逃离了雅克萨。降敌离去后，清朝将雅克萨城堡彻底摧毁，撤回了瑷珲。
但是战火刚刚平息，托尔布津等残匪便纠合了尼布楚方面的援军卷土重来，又窜回雅克萨。他们在原城堡的附近重新构筑了工事，妄图永久霸占这块中国的领土。消息传到北京，康熙立即命令清军速备战船再攻雅克萨。他又亲自召见郎谈，作了战斗的具体部署，要求清军全部彻底地消灭雅克萨守敌，然后在雅克萨驻兵把守。
康熙二十五年七月，第二次雅克萨之战开始了。清黑龙江将军萨布素率领2000大军，从水陆两路向雅克萨发起猛攻。与此同时，康熙皇帝继续向俄方提出举行谈判的建议。清军在雅克萨城外挖掘工事、建立堡垒围困敌人。城中出击的敌人多次被清军击溃。经过两个月的激烈战斗，敌人遭到了毁灭性的打击，城中只剩了100多个残兵败将，托尔布津也被击毙。清军在城的南北两面修筑炮台，准备炮轰雅克萨。此时，清军的胜利已是指日可待了。迫于清军的强大攻势，俄方不得不同意通过谈判和平解决边界问题。清军遂于这年的十二月十日解围，等待两国的谈判。
双方全权代表在经过多次谈判，中国做出了一些让步之后，康熙二十八年（公元1689年）九月七日，中俄双方达成了和平解决边界问题的协议，这就是历史上著名的《尼布楚条约》。《条约》明确规定，以外兴安岭至海、格尔必齐河和额尔古纳河为中俄两国的国界，确认了黑龙江和乌苏里江流域都是中国的领土。中国将尼布楚割让给俄国。条约的其他条款还就两国贸易、边民等事宜做了规定。条约的内容，曾用满、汉、蒙、俄、拉丁5种文字刻成界碑，高高竖立在中俄边界上。它带来了中俄东部边境100多年的和平，也成为康熙抵御沙皇侵略、维护国家主权的历史记录。
康熙收复雅克萨之后，立即着手平定噶尔丹分裂祖国的叛乱。噶尔丹是漠西厄鲁特蒙古准噶尔部的头领。康熙十年噶尔丹夺取了准噶尔部的统治权后，又用武力并吞了厄鲁特蒙古的其他各部，占领了青海和新疆天山以南的广大地区。当时，除了漠西厄鲁特蒙古外，还有漠南蒙古和漠北喀尔喀蒙古。漠南、漠北蒙古早就归顺了清朝。为了吞并喀尔喀蒙古，噶尔丹自康熙十三年起，便经常派人到沙俄进行秘密活动，寻找靠山。长期以来，沙俄就伺机将侵略魔爪伸进厄鲁特各部，但是他们的武装入侵和诈骗活动一直未能得逞。因此他们与噶尔丹一拍即合，相互勾结起来，准备攻打喀尔喀蒙古。
康熙二十七年，噶尔丹向喀尔喀蒙古发动了突然袭击。他配合沙俄侵略者，击溃了土谢尔汗的蒙军，将库伦城化作一片废墟。在追击喀尔喀蒙古的途中，噶尔丹叛军大肆烧杀抢掠，人们丢下帐篷器具、马驼牛羊，昼夜不停地向南逃命，一时死者相枕，道路为之堵塞。这时沙俄乘机胁迫喀尔喀蒙古的上层人物叛国投俄，遭到了宗教首领哲布尊丹巴等人的坚决抵制。在哲布尊巴丹的率领下，喀尔喀蒙古归附了清朝。康熙派人抚慰了来归的喀尔喀部，发给他们生活用品，将他们暂时安置在科尔沁草原。康熙二十九年，噶尔丹以追击喀尔喀蒙古为名，再次发动武装进攻。他带领的2万名叛军自呼伦池南下，杀进了内蒙古地区。叛军的前锋一直打到距离北京仅900里的乌珠穆沁，京师震动，许多店铺停止了营业。
对噶尔丹的叛乱，康熙曾经给予多次规劝，要求他罢兵息战，归还喀尔喀蒙古的故地。同时也加强了塞外的兵力，做了武装平叛的准备。面对不断恶化的局势，康熙决定亲征噶尔丹，捣毁叛军的巢穴。当时朝中多数大臣主张同噶尔丹妥协。他们认为噶尔丹地处僻壤，他的叛乱无碍大局，应当治以不治，任其自然，同时大军远征茫茫沙漠，胜负很难预料，因此反对康熙亲征。康熙则认为噶尔丹一日不除，边陲就一日不宁，只有平定叛乱，才是万年之计。他排除了各种干扰，为保天下大一统的局面，毅然率军亲征。
康熙二十九年六月，康熙亲临塞北，指挥大军迎战噶尔丹。八月，清军在乌兰布通与叛军交战。噶尔丹依山面水布下“驼城”，用来抵挡清军的攻势。“驼城”是将骆驼捆绑卧地，在驼背上堆放箱垛，再加盖湿布布置而成的。叛军满以为“驼城”坚不可摧，易守难攻。可是在清军猛烈的炮火攻击下，骆驼非死即伤，反而成了叛军逃跑的障碍。驼阵被攻破了，清军大队人马掩杀过来，直杀得叛军横尸遍野，大败而逃。噶尔丹带着残兵败将，好不容易才突出重围。以后康熙又经过二次亲征，终于平定了为时10年的噶尔丹叛乱，粉碎了沙俄分裂中国的阴谋，巩固了西北边疆。
康熙深知，贪官污吏的勒索和压榨是激起民变的直接原因。为了清王朝的长治久安，他十分重视整饬吏治。他采纳了“民生安危视吏治，吏治贪廉视督抚”的建议，特别注意处置腐败的高级官吏。
山西巡抚穆尔赛一贯贪酷不法，康熙对他的劣迹也时有所闻。一天，康熙向大学士勒满洪等人查询穆尔赛为官是否清正，他们竟徇私包庇，欺骗圣听，妄图掩盖穆尔赛的丑行。康熙对外官与京官相互勾结、贪赃枉法的现象早已深恶痛绝。所以在查明穆尔赛的罪行后，不仅将他革职收审，判处绞刑，还给勒满洪等人连降两级的处分。
湖广总督蔡毓荣在平定三藩时任绥远将军。接受攻打吴氏巢穴昆明的命令之后，他按兵不动；等他人攻破城池，他反而大肆抢掠本应充公的吴氏财物，然后对贵戚重臣广行重贿，将他人战功贪为己有，由此竟然升官进爵。蔡毓荣的罪行败露后，也受到了严惩。
在惩治贪官的同时，康熙多方扶持清官廉吏，大加褒扬，以起到移风易俗、扶正抑邪的作用。但在当时贪风盛行的官场上，为政清廉者实属凤毛麟角，因此康熙一朝大树廉吏的榜样。被康熙誉为“天下廉吏第一”的于成龙就是一个受百姓爱戴的清官。早在顺治朝任广西罗城知县时，于成龙便插棘为门，累土为几，他清贫的生活和卓著的政绩一时传为佳话。康熙十四年秋天，黄州发生了严重的自然灾害，于成龙发放的赈济粮救活了几万灾民的性命。后来他离开黄州赴福建按察使任所时，几万黄州百姓送行到九江，哭声与江涛声连成一片。于成龙的廉能勤政，深得康熙赞许。康熙二十年，他特地在懋勤殿召见于成龙，称他为“当今清官第一”，还赏赐白金、良马、御诗等，勉励他始终如一，保持气节。于成龙自此为政更加勤勉，常常通宵达旦。他善于微服私访，升任两江总督后，属下官吏不敢为非作歹，不久江南风气大为改观。但是，深受康熙信任、政绩卓著的于成龙后来受挟私报复者陷害，被迫离任。康熙又特下诏令留任。他去世后，遗物只有一袭棉袍和一些盐豉。康熙始知于成龙的确一生廉洁，所谓后来变更素行的说法纯系欺罔之语。为官清正反遭非议，康熙感慨不已。为了使廉风发扬光大，他特地为于成龙题了“高行清粹”4个大字。
康熙对于成龙的去世十分痛心，他询问廷臣：“当今像于成龙这样清廉的还有几人？”廷臣当堂举荐了张鹏翮等7人。康熙南巡经过张鹏翮的任所兖州府，发现果然名不虚传，从此一再提拔重用。陈瑸是康熙晚年时出现的清官。他认为，贪取一钱与取千百万金没有什么差别。因此，他的衣食住行都十分俭朴，对不义之财分文不取。他独自骑马带着行李到山东首府济南赴任，官吏们谁也没有认出他就是新任巡抚。康熙称他为苦行老僧，并说：“陈瑸出身非世家大族，又没有门生故旧，天下人对他的情操交口称誉，不是确有实事，哪能名闻遐迩？”因此，康熙在他病故后追授礼部尚书，荫一子入监读书，以表示对清廉之臣优礼有加。
由于康熙对整饬吏治坚持不懈，不断清除贪官，褒扬清官，在一定程度上保证了国家机器的正常运转。但是当时的官吏日渐腐败，加上俸禄也确实偏低，已经积重难返，康熙费尽苦心进行的察吏，也只能是小修小补，并不能从根本上扭转当时的政风。
康熙统治初期，尽管各地的反清斗争已经被基本镇压下去，但是民族矛盾仍然相当尖锐。三藩之乱就带有明显的民族色彩。尤其还有相当多的汉族知识分子采取不合作态度，这一切都构成了对清王朝的潜在威胁。康熙认为，士为四民之首，要争取民心，扭转汉族人民的反清情绪，关键在于促使汉族知识分子转变反清立场。于是，康熙采取了种种措施争取和笼络汉族知识分子。
他首先从尊重汉族历史传统与儒家文化开始。例如在他南巡时，曾多次亲自拜谒明太祖的陵墓，并亲笔写了“治隆唐宋”的匾额，悬挂在陵殿前。他还提出要查访明室后代，授予官职，让其看守陵墓。后来没有查到，便改派清朝官员按时致祭。他还亲临孔庙祭祀，对孔子的后裔大施恩宠，从感情上对汉族士大夫进行笼络。
除了进行传统的科举考试外，康熙还于康熙十七年（公元1678年）特设“博学鸿词科”，千方百计吸引明代遗老及各种人才参政。康熙还要求各级官员都要将自己知道的学行兼优之士举荐给朝廷，以便他亲自考察录用。经各地官吏推举，有143人参加了康熙十八年的体仁阁考试。清政府给了应试者十分优厚的待遇，除了发给往返路费、衣食费、柴炭银外，康熙还亲自赐与了丰盛的筵席加以款待。表面上考试进行得郑重其事，康熙还亲自阅了卷，但实际上对应试者十分迁就，百般照顾。严绳孙只作了一首诗，潘耒、施闰章的诗不合韵律，都被录用。彭孙遹故意将词写得言词不通，也被录为一等。可见，为了广泛招揽人才，康熙不拘一格，确实花费了一番苦心。这次考试录用的50人都被授予了翰林院的官职，奉旨编修明史。高官厚禄和种种特权使这些人逐渐放弃或动摇了反清立场，落第的文人学士也无颜再以明代遗老自居了。博学鸿词科的设立确实起到了一箭双雕的作用。
但是应试的只是当时汉族学者的二三流人物，而顾炎武、黄宗羲、李颙等著名学者始终拒绝应试，康熙对他们也采取了宽容的态度。关中大儒李颙以身体有病为理由拒不应试，被强行从家乡抬到西安，李颙便绝食抗议，连续6天汤水不进。清朝官员无可奈何，只好又派人将他送回。后来，康熙来到西安，指名要见李颙，李颙托病推辞。康熙不仅没有怪罪他，还亲题了“志操高洁”的匾额赐给他的儿子以示褒扬。太原的傅山被役夫用床抬到京城外30里的地方，誓死不入城，京中的王公大臣们慕名纷纷前来看望，傅山大模大样地躺在床上，既不迎送，也不施礼。结果地方官员只得以傅山老病为由奏请免试，得到康熙的准许。康熙所以能够容忍这些人抵制考试的种种大不敬行为，一方面是因为他们名满天下，影响极大，不愿意轻易触动他们，另一方面他们拒绝出仕，只是退居家中讲学著书，还没有直接触犯清王朝的统治。
不过，康熙朝也发生了十几次文字狱。如果说发生在康熙亲政前的庄廷钅龙一案与他没有直接关系，那么发生在康熙五十年至五十二年（公元1711年～1713年）的戴名世一案，便确系康熙所为了。戴名世是安徽桐城人，自幼聪颖好学，喜读史书。晚年他身居故里，整理了《南山集》一书。书中记载了南明诸王的史事，并采用了同乡方孝标的《滇黔纪闻》中的一些史料。戴名世还主张以桂王死后的第一年作为清的定鼎之年。戴名世57岁才考中进士，担任了翰林院编修。谁想到59岁这年便大祸临头，他的《南山集》被左都御史赵中乔告发为诽谤朝廷之书。结果戴名世被判凌迟处死，戴氏、方氏家族16岁以上的男子全部被判处斩，女子及15岁以下的男子被没为家奴。族人的所有职衔全都被剥夺。到结案时，经“宽大处理”，戴名世才免遭凌迟，改判为处斩，方孝标这时已死，还被剉尸。只有族人方苞幸免于难，他原也被判处斩，只因其文章早已名满天下，康熙怕引起众怒，才下令“免治”，但仍然一度被编进汉军旗中受到管制。平时与戴名世有交往的官员，有30多人被降职。受到案件牵连的，多达300多人。
由此可以看出，出于巩固统治的需要，康熙确实笼络了一大批人才为清王朝所用，但他对汉人的猜疑也是根深蒂固的。
清兵入关以后，在多尔衮执政时曾大规模地进行圈地，把落后的农奴制生产方式强加在中原人民头上，严重阻碍了生产力的发展。顺治亲政后虽有所缓和，但由于当时大规模的战争尚未结束，因此，到康熙时，广大农村还是满目疮痍，农民不得温饱，国家财政入不敷出。于是，康熙采取了一系列措施恢复和发展农业生产。
康熙即位后，便下令停止圈地。但由于鳌拜一伙人从中作梗，圈地仍禁而不止，有时规模还相当大。清除鳌拜后，康熙重申了永远停止圈地的命令，并要求将已圈土地还给农民。康熙二十四年（公元1685年），康熙再次明确规定不许圈种民间新开垦的土地。这样，阻碍农业生产的圈地活动才逐渐被制止。直隶各省修建寺庙，侵占了大片农田，康熙也明令禁止。
鼓励垦荒是康熙采取的又一项重要措施。明末农民战争期间，许多藩王的土地被农民耕种了。康熙承认了这一既成事实，下令各地督抚正式将这些土地给予原来耕种的农民，并禁止作价转让部分土地。这些被称为更名田的土地，约计有16.6万多顷，而且多是肥沃的良田，一经承认属于农民，即大大激发了农民的生产积极性。康熙十二年，为了鼓励在更大范围内垦荒，康熙宣布：各省今后开垦的土地，耕种10年后再交税。同时用授与官职的办法鼓励地主招民垦荒。规定开荒20顷以上，又通晓文义者，授予县丞，不通文义者，授予百总；开荒100顷以上，通晓文义者，授予知县，不通者，授予守备。这些措施对地主和贫苦农民都很有吸引力，于是河南、山东、直隶的老百姓纷纷前往东北垦荒，湖广人民也踊跃去四川垦荒。垦荒农民的汗水不久便换来了丰硕的成果。到康熙三十年左右，清王朝田亩达到了明王朝的高峰，比清初更翻了近一倍。到了康熙五十一年，边远省份的荒地大多已经变成良田。无怪康熙颇为自负地说：“云南、贵州、广西、四川等省，人民渐增，开垦无遗……”此时，除了无法耕种的不毛之地，可以称得上是“四海无闲田”了。
蠲免地丁钱粮，是康熙为了恢复生产采取的又一项重要措施。统一台湾后，康熙认为，国家已经安定，要使百姓安居乐业生活富裕，蠲免钱粮势在必行。康熙二十六年，康熙下令免去江宁等七府及陕西全省600多万两钱粮，后来又先后蠲免过各省的钱粮。随着农业生产的发展，国库充裕了，蠲免钱粮的数额也随之增多。康熙四十一年，因云、贵、川、粤四省没有经常得到蠲免，康熙下令宽免四省43年钱粮。以后康熙常下令全国各省轮免。据统计，自康熙元年到康熙四十四年，蠲免钱粮的总额达9000多万两白银。尽管得到蠲免政策实惠最多的是钱多地广的富户，贫苦农民相比之下获利甚微，但是不能否认。蠲免在一定程度上减轻了农民的负担。这种与民休息的政策，对于全面恢复和发展农业生产起到了积极作用。
清初的赋役制度沿袭明制，随着农业生产的发展和人口的增多，已经不能适应实际情况。康熙先是下令修改赋役制度，于康熙二十六年完成了《简明赋役全书》。到了康熙五十一年（公元1712年），康熙又对赋役制度进行了重大改革，以清除旧赋役制度的弊端。康熙宣布：以康熙五十年的全国丁银数为标准，以后永不增减，此后到达成丁年龄的人一律不再承担丁银。这项被称作“滋生人丁，永不加赋”的措施成了清代地丁制度的基础。后来，康熙又在广东试行了“摊丁入亩”的征税方法，即把全省丁税统统归入田赋，实行征收田赋带征丁银的方法。这样就在一定程度上改变了赋役不均的现象，使无地的逃亡农民免于丁银之苦，重新回到土地上来，也使负担向土地占有多者转移了一些。
治河和漕运都是康熙十分重视的大事，而漕运的恢复又在于治河的成功，因此康熙在兴修水利上倾注了许多心血。康熙执政期间治理的河流主要是黄河、淮河和运河。由于频繁的战争，寅河长年失修，形成了严重的水患。在康熙即位后的最初16年中，黄河竟决口67次。当时黄河下游的部分河道与淮河、运河汇合，黄淮泛滥后，洪水便倒灌运河，切断南北漕运。为了根治黄河，变水害为水利，康熙任命水利专家靳辅为河道总督，另一位专家陈潢做他的助手，开始了大规模的治河工程。当时正是三藩之战进行得非常激烈的时候，足见康熙对治河是十分重视的。靳辅采用了明代潘季训“以堤束水、借水攻沙”的方法，又用开中河、修堤坡等方法作辅助，一年之后，饱受水患之苦的7个州县的土地便能够重新耕种了。又经过十几年的努力，水归故道，漕运无阻。对治河取得的巨大成绩，康熙曾在第一次南巡时，赐诗给靳辅加以嘉奖。康熙的六次南巡都以巡视治河工程为重点，对治河是很大的推动。他对治河的具体措施认真研究，提出了一些很有见地的意见。第三次南巡时，他沿途亲自用水平仪进行测量，发现黄河河床高于两岸田地，指出这是产生灾害的根源，要根治水患，必须深挖河道。他提出用木制的立体治河模型代替平面图纸，以便制定更切合实际的治河方案。他乘坐小舟，不避风浪，亲自察看水情。康熙还亲自主持了浑河的修治工程。浑河素有“小黄河”之称，经常改道，危害沿岸百姓的生命安全，有时还直接威胁京城。康熙曾经十三次巡视浑河，经过试验确定了治河方案。在康熙的督促下，浑河治理工程于康熙四十年竣工，浑河遂改名为永定河。治理后的浑河堤岸坚固，两岸是百姓新盖的房屋和茂盛的庄稼，出现了一派繁荣景象。对治河这件关系国计民生的大事，康熙抓得很有成效。他的名字，不仅作为治河的组织倡导者，而且作为一个颇有建树的水利专家被载入史册。
康熙采取的一系列措施促进了农业生产的恢复和发展。到康熙末年，耕地面积和人口都有了大幅度的增长。国库收入十分充裕，年年有余。国库存粮达到几千万石，京城的国库爆满，只得将漕粮截储在运河沿岸的苏杭等地。国库中有些粮食存放时间过长，竟然变质，只好用来作肥料。
有感于明代奢侈败国的历史教训，康熙很注意节俭。南巡路过南京，他曾做《过金陵论》表达自己的这种心情。康熙初年，宫中所有人员合计才800余人，这与明宫廷仅宫女动辄几千，太监动辄几万相比确实是大大减少了。因此宫廷的费用与明代相比也大大节省了。明代仅光禄寺每年用银即达100万两，康熙时只用10万两；明代工部每年宫廷修造用银最少约200万两，而康熙时只用二三十万两；明代的宫中建筑都要用楠木料、临清砖；而康熙时除特殊需要宫中一概用普通砖瓦。据康熙自己说，他的所有行宫都不进行特别装饰，每处花费不过一二万金，只占每年治河费用的1％。康熙还说，明代一日之费，可抵今一年之用。这话显然有些夸张，但也能说明康熙反对奢侈、提倡节省的效果是很显著的。
“满招损，谦受益”是康熙常说的名言。他为政讲求实效，一贯反对浮夸虚饰。因此，他多次拒绝了臣下为他上尊号的请求。平定三藩之后，朝臣请上尊号，康熙拒绝说：乱贼虽已削平，疮痍尚未全复。如果政事不能修举，上尊号又有什么益处？朕断不能接受这样的虚名。讨平噶尔丹之后的康熙三十六年（公元1697年），诸王、贝勒、贝子、文武官员及远近士民来到畅春园，搞了一次更大规模的请上尊号的活动。这已是第5次为康熙请上尊号了。康熙仍然坚决拒绝，他说：“天视天听，视乎民生，后人自有公论。若夸耀功德，取一时虚名，大非朕意，不必敷陈。”后来，借他的生日等机会，臣下又多次请上尊号，直到去世康熙也没有答应这些请求。他还一再拒收朝臣进献的生日贺礼，不准为他举行大规模的祝寿活动。他50岁生日时，朝廷官员献上了鞍马缎匹和“庆祝万寿无疆屏”等生日贺礼，他婉言谢绝道：“我的诞辰，你们这样进献，各督府也一定会仿效，所以我决不能接受。”在他去世前不久，他最后一次拒绝了群臣为他第二年举行“万寿七旬”贺礼的请求。康熙六十一年十一月七日，康熙病逝，庙号“圣祖”。