爱新觉罗·福临是清王朝的第三位君主，也是清王朝入关以后的第一个皇帝，他能登上帝位是清王朝各派势力相互争斗与妥协的结果。
崇德八年（公元1643年）八月十四日黎明，后金皇宫内纷纷攘攘，门外，两黄旗精兵张弓挟矢，层层设防，一派兵戎相见之势。五天前，清太宗皇太极突然病死，此时，诸王大臣们正为皇位继承一事僵持不下。
竞争主要在皇太极的长子肃亲王豪格和皇太极的弟弟睿亲王多尔衮之间展开。
拥有皇长子地位又具有实力的豪格一派剑拔弩张、咄咄逼人。势在必得，多尔衮、多锋、阿济格三兄弟战功卓著又拥有两旗实力，更是轮番上阵、毫不示弱，一场流血冲突眼看就要发生。在这千钧一发之际，多尔衮提出拥立皇太极的第九子福临继位，由郑亲王济尔哈朗和自己共辅国政。这一招确实厉害，选福临作幼主，堵住了要求立皇子的两黄旗大臣的嘴；提议济尔哈朗作辅政，又拢住了其统辖的镶蓝旗人的心；据有两红旗的礼亲王代善本没有参加角逐的打算，自然顺水推舟地表示赞同。多尔衮的折衷方案被各方通过了。
福临就这样被推上了皇位。从表面上看，他的登基很有些偶然性。但是，多尔衮自然有他的考虑：只有立幼帝，他才能真正掌握辅政大权，这样，具有执政能力的皇长子豪格和年龄较大的皇子叶布舒、硕塞就均被排除在外。几个年幼的皇子中，福临的生母——永福宫庄妃是皇太极晚年最得宠的皇妃，子以母贵，福临承继皇位当最合先帝心意，诸王大臣对此自然也没有异议。
崇德八年八月二十六日，福临在沈阳正式即位，第二年改元顺治。此时，正值明朝李自成领导的农民起义军攻占了北京城，崇祯皇帝用一根绳索在景山结束了自己的生命。在这历史转折的紧要关头，降清汉人范文程上书为多尔衮出谋划策，力劝他要趁明朝崩溃而农民军立足未稳之时，不失时机地攻取北京，取明朝而代之。遇事一向敏捷果断的多尔衮，也觉察到此乃千载难逢的天赐良机，因此打起为崇祯帝报仇的旗号，数日之内便聚集起大批兵马，日夜兼程向山海关进发。
三天之后，进军的清军正遇山海关总兵吴三桂迎降，清军顺利进入山海关。不久，在古长城的山海关一带，李自成的农民军与多尔衮率领的清军和吴三桂军展开了一场殊死搏斗。在清兵和吴军的夹击下，农民军大败退回北京，由于所剩兵力已难以据守，旋即仓皇撤离。大顺军来去匆匆，在北京城仅仅停留了40余天，在历史舞台上留下了一幕令人深思的悲剧。由于清军进占北京的最大障碍已不复存在，各地官绅又因仇恨农民军而对清军望风迎降，多尔衮的大队人马便长驱直入开进了紫禁城。
顺治元年（公元1644年）九月，顺治在济尔哈朗护送下由沈阳来到北京。十月初一，举行了隆重的庆祝开国大典。清晨，在诸王及文武百官的护卫下，顺治亲至天坛宣读告天礼文，正式宣告清王朝对全国的统治。随之是大封开国功臣，顺治命令将多尔衮兴邦建国的伟业刻于石碑上以传告后世，还封他为叔父摄政王。可以说，尽管在隆重的大典上即位告天的是幼帝福临，但由此而威权并加的却是摄政王多尔衮。
多尔衮清楚地知道：顺治在北京登基，远非真正的中原平定、全国统一。此时，大顺军尚有几十万兵马，各地农民武装更是出没无常、防不胜防。在南京，明朝遗臣奉福王朱由崧建立的南明弘光政权也是威胁清廷的另一支力量。为了清除心腹之患，十月十九日，多尔衮封英亲王阿济格为靖远大将军率部征讨大顺军。紧接着，又命定国大将军豫亲王多铎挥师南下，征讨南明。在清军的剿杀下，大顺军也曾一度进行反攻，但终于丢弃西安，于次年二月进入湖北，阿济格率清军紧追不舍。此后，坚持抗清的大顺军便大势已去了。偏安江南一隅的弘光政权，空有富庶的土地和明朝遗留的几十万人马，却君昏臣奸，大敌当前，还在醉生梦死、自相残杀。多铎的大军几乎是兵不血刃，就于顺治二年四月迫近江南重镇扬州。城陷后，面对异族的屠刀，督师扬州的史可法高呼“吾意早决，城亡与亡”，从容就义。由于守城兵士和百姓的顽强抵抗给清军以重创，多铎遂下令屠城10日以示报复，至五月初二日“封刀”，扬州百姓死亡人数超过了80万，血流成河，惨不忍睹。这就是历史上血腥的“扬州十日”。攻克扬州后，清军很快攻下镇江，兵临南京城下。此时，弘光帝已仓皇出走，南明大臣多人冒雨迎降清军。弘光帝几天后被俘，在百姓的唾骂声中被解回南京。
平定江南的告捷文书传入京师，这时又传来了李自成遇难于九宫山的消息，清廷上下欣喜若狂，似乎天下已尽入清军之手。多尔衮显然被迅速得来的胜利冲昏了头脑，他于六月初五日下达了“剃发令”，命令江南各处军民尽行剃发，“倘有不从，以军法从事”。“剃发令”犹如火上浇油，激起了江南人民奋起抗清的斗争。“头可断，发不可丢！”各阶层人民纷纷揭竿而起，打出恢复明朝的旗号。江阴、嘉定先后爆发了规模浩大的反剃发斗争，市民和四乡农民群情激愤，守城抗清，在重创清军后，先后遭清军血洗。满清统治者的民族高压政策激起了反剃发斗争，又进而引燃了遍及全国的抗清斗争，这的确是多尔衮和满清贵族所始料未及的。
直到多尔衮去世，他所期待的天下大一统的局面也没有出现。但起，清朝入主中原、天下初定的首功的确是非他莫属。随着地位愈加尊崇，他也愈加擅权专断，有恃无恐。他肆无忌惮地排除异己：豪格到底被罗织的罪名置于死地，济尔哈朗也因“擅谋大事”被削夺了辅政大权。一切政令皆出自多尔衮之手，他甚至将大内的“信符”置于自己府中。每当他入朝时，诸臣皆下跪行礼，多尔衮是大清国实际上的皇帝，已成为当时朝野皆知的事情。而福临不过是“惟拱手以承祭祀”而已，甚至有记载说为了保全自己儿子的皇位，顺治的母亲孝庄皇太后曾下嫁给了多尔衮。尽管这一点尚有疑问，但多尔衮被加封为皇父摄政王却是确凿无疑的。
几年过去了，福临步入了少年。他不仅骑射之术日精，更关心治国用兵之道。但是，顺治的叔父、摄政王多尔衮并没有丝毫归政的意思。历史常常因偶然的事件而改写。顺治七年（公元1650年）十一月，多尔衮出猎坠马受伤。这次受伤后他卧床不起，于十二月初九日在喀喇城去世，享年39岁。多尔衮虽中年早逝，但他生前威比天子，富过君王，死后恩义兼隆，荣哀备至，可以称得上是善始善终、结局圆满了。但是，形势很快便出人意外地急转直下。多尔衮死后两个月，苏克萨哈、詹岱首告多尔衮曾“谋篡大位”。以郑亲王济尔哈朗为首的诸王大臣也纷纷上奏，追论多尔衮独擅威权、挟制皇帝、逼死豪格、纳其妃子等一系列罪行。顺治皇帝下诏削夺了多尔衮的爵位，没收他的财产，又命令毁掉他的陵墓。人们挖出他的尸体，棍打鞭抽，然后砍掉脑袋，暴尸示众。通过这些处置，顺治感到出了一口闷气，多年来他因容忍多尔衮的僭妄之举所郁积的种种不快，一下子发泄出来。同时，安抚了诸王大臣的愤怒情绪，并给予那些想继续预政的诸王大臣们一个暗示：想觊觎皇位、欺逼圣上是没有好下场的！
14岁的顺治此时才成了真正的一国之主。顺治八年正月十二日，他御太和殿亲政。
由于宫廷中良好的学习条件，顺治6岁时就对读书颇具兴趣，为了学习中国历代帝王的治国修身之道以提高自己的水平，亲政后更奋愤攻读。他以少年人所特有的热情和勤勉，阅读了大量汉文书籍，包括左史庄骚、先秦两汉、唐宋八大家、宋元著述。后来，他还曾回忆起这段读书生活说，那时除了处理军国大事，便是读书，但因当时顽心尚在，多不能记牢，就五更起来再读，到天大明时便能背诵了。勤奋读书使他摆脱了先辈那种游牧民族的草莽之气，而颇具文人学士之风，给他的政策以十分深刻的影响。从此，他不再像自己的先辈一样单靠“武功”治天下，转而以“文教”作为治国之本。
针对多尔衮摄政时期实行的一些弊政，经过与大臣们反复商讨，顺治决定首先采取一些措施缓和民族矛盾，在军事上，他决定首先采取以抚为主的怀柔政策和先西南后东南的战略措施。当时，江、浙、闽、粤一带有郑成功的水师出没，滇、桂、川、黔的大部又被南明西宁王李定国等分据，清军穷于应付，疲于奔命。因此，集中兵力于一隅，改变两个战场同时作战的被动局面，是尽快结束战争再造一统的上策。八旗劲旅娴于骑射，固习于陆战。郑成功指挥的3000多艘船只云集在厦门附近的港湾河口，令清兵望而生畏。因此惟有采取先西南后东南的战略才为适宜。为了实现这一战略部署，顺治采取了两项措施：一方面极力争取招抚郑成功，以便集中兵力对付西南战场；一方面任命洪承畴为五省经略，直接负责西南的战争。他还谕令兵部，对各地小股农民武装，不管人数多寡，罪行大小，只要能真心改悔，主动投诚，全部赦免其罪，由当地政府安置。命各级官吏将文告遍布通衢要道，使之家喻户晓。
顺治十年五月，洪承畴出任湖广、广东、广西、云南、贵州五省经略，总督军务，兼理粮饷。顺治给予他节制升迁地方文武官员、决定进兵时机的大权，特令他遇到紧急情况，可以“便宜行事，然后知会”。这种知人善任、事权划一的作法，有利于指挥者主动灵活地捕捉战机，为西南战局的根本改观提供了重要保证。洪承畴对皇帝的意图自然心领神会，他谋略很深，又十分熟悉西南的山川形势，到任不久便有了起色。他先是控制了湖广，在南下时机业已成熟之际，适逢南明所封的秦王孙可望为权欲所驱，袭击李定国，后来又走投无路投靠清军。孙可望“开列云贵形势机宜”作为进见之礼，使洪承畴尽知义军内情，遂大举向西南进军。清军相继攻克贵阳、重庆、遵义等地，于顺治十六年（公元1659年）一月进入云南，在永昌磨盘山一带歼灭了李定国主力，桂王朱由榔逃入缅甸。至此，最后一个维系明朝遗民之心的南明政权已经名存实亡。
西南形势出现根本好转后，东南的郑成功仍在坚持抗清拒不受抚。这时，顺治的态度开始强硬起来。顺治十四年三月，他下令对郑成功“当一意捕剿，毋复姑待”，一个月后又将其父郑芝龙及其亲属子弟等“俱流徙宁古塔地方，家产籍没”。在顺治的招抚下，郑氏部将黄梧、施琅、苏明相继降清，抗清形势趋于低潮。在这种情况下，郑成功率师东渡，驱逐荷兰殖民者，收复了台湾。持续了近20年的大规模武装反清斗争已接近尾声，一个统一的多民族的封建王朝终于在刀光剑影中完成了草创。
顺治深知“帝王临御天下，必以国计民生为首务”，为了迅速改变国穷民匮的局面，他十分重视恢复正常的社会经济秩序。顺治十年，他采纳了范文程等人的建议，设立兴屯道厅，在北方推行屯田开荒。在四川等地，则实行由政府贷给牛犋种银，任兵民开垦的鼓励政策。由于当时清政府自身财政困难，无力筹措大量牛种银两，因此收效不大，也未能推行全国。此后，他先后颁发了督垦荒地劝惩则例和官员垦荒考成则例等，鼓励垦荒。顺治十四年，清政府以明代万历年间的赋役额为准，免除天启、崇祯年间繁重的杂派，不久又编成《赋役全书》颁行天下。政府还向税户发放“易知单”作为缴纳赋税的凭据，以防止各级官吏的加征和私派。第二年，河南巡抚贾汉复奏上了清查垦荒地9万余顷、每年可增收赋银408000千余两的报告。鼓励垦荒的措施立见成效，使顺治十分喜悦，他对贾汉复大为称赞，并立即加以提拔重用。
圈地，这是多尔衮摄政时期一项很大的弊政。这一时期曾进行了两次大规模的圈地。开始声称只圈无主荒地和明朝勋贵的土地分给满族官兵，实际上随意将民地指为官庄，把私人熟田硬说成是无主荒地，后来索性不论土地有主无主，一律圈占。田地一旦被圈，田主也马上被驱逐，家中一切财物都被占有。许多百姓被搞得倾家荡产，无以为生。被圈的土地中只有少量分给了八旗旗丁，大部分落入皇室王公和八旗官员之手。由于兵役繁重，旗丁的土地往往抛荒不能耕种，由此给生产造成了极大破坏。鉴于圈地所造成的严重后果，顺治亲政后便下了严禁圈地的谕令。他认为，田野小民全仰赖土地为生。听说各地都在圈占土地作为打猎、放鹰的往返住所，便迅速令地方官将以前所圈土地全部退还原主，使其抓住时机耕种。后来，他再三重申，永远不许圈占民间房屋和土地。以后，虽然零星圈占土地的行为时有发生，但在顺治期间再没有进行大规模的圈地，这种危及千家万户的滋扰总算暂时中止了。
清朝初年，多尔衮对文武官员的烧杀掳掠、贪污行贿多持放纵态度，造成吏治腐败。这些人奸淫劫掠、刻剥民财、强买强卖、占产索食、私受民词、草菅人命，可谓无恶不作。官吏惊人的腐败威胁着清政权的巩固和稳定，也影响着与南明的军事斗争成败。顺治十分了解这个问题的严重性，他说，朝廷要治理国家、安抚百姓，首要任务就是惩处贪官污吏。他下达了惩治贪官的谕令，明示臣下。谕令督抚对所属官员严加甄别，对那些扰民的官吏立行参劾。他又派出权力很大的监察御吏巡视各地，让他们对违法的总督、巡抚、总兵进行纠举。临行前，顺治亲自召见了他们，对注意事项一一作了指点。不久，漕运总督吴惟华、江宁巡抚土国宝、云南巡抚林天擎等人就因贪污不法，苛派累民被革职。巡按御史顾仁执法犯法，“违旨受赃”，被立即处死。据记载，仅顺治九年被革职的贪官污吏就达200余人。
顺治的这些努力，虽没有从根本上革除封建官僚机构的弊病，但对稳定清朝初年的统治确有作用，使之在与南明的争战中占据了优势地位。
顺治很明白，要加速统一中国的进程，巩固大清江山，就必须依靠汉官。在他亲政后，清廷中汉官的地位和作用发生了明显的变化。原来清廷有一条旧规，汉官在各衙门中不能掌印，即当家不能做主。顺治亲政不久规定，谁的官衔在前，谁就掌印。顺治十二年（公元1655年）八月，都察院署承政事固山额真卓罗奉命出征，顺治即命汉官承政龚鼎孳掌管部院印信。龚鼎孳闻命后，诚惶诚恐，战战兢兢，以一向以满臣掌印上疏推辞。但顺治仍坚持让他掌印。从此以后，汉官掌印才正式作为一种制度确定下来。内阁大学士，起初满人是一品，汉人只是二品，顺治十五年改为全是一品。六部尚书起初满人一品，汉人二品，顺治十六年也全部改为二品。
汉族大学士洪承畴、范文程、金之俊等，既熟悉典章制度，又老谋深算、富有政治斗争经验。顺治对他们都很信任和重用。亲政不久，他就任范文程为原先全由满人出任的议政大臣，使之得到了汉人从未得到的宠遇。他与范文程常在一起探讨如何治理国家的问题。范文程告诉他统治者所实行的政策，要顺乎民心、合乎潮流，并提出兴屯田，招抚流民，举人才不论满汉亲旧、不拘资格大小、不避亲疏恩怨等重要建议，大多被他采纳。他与范文程过从甚密，常在其陪同下“频临三院”，“出入无常”，宫廷内院几乎成了范的“起居之所”，连朝中一些汉官也为之不满，顺治却毫不在意。范文程在他手下屡屡加官进爵，当范文程年老体衰、上疏乞休时，顺治仍然恋恋不舍，命他养好病后再加召用。
顺治重用和宠遇汉官，就是要“图贤求治”，使清王朝长治久安。但是，在他内心深处，仍存在着满州贵族对汉人本能的一种猜忌心理。他最担心汉官结党，因此时时加以防范。顺治十年四月，大学士陈名夏、户部尚书陈之遴、左都御史金之俊等27名汉官联名上疏，要求重治杀害妻妾的总兵任珍。顺治立刻警觉起来，认为陈名夏等人是党同伐异，便令各部七品以上官员云集在午门外，对陈名夏等人议罪，结果，陈名夏等人分别受到降级、罚俸的处分。后来，大学士宁完我又以痛恨剃发、鄙视满族衣冠、结党营私、包藏祸心的罪名弹劾陈名夏，使他终被处决。类似的猜忌、防范乃至加害汉官的事时有发生，但总起来看，顺治对汉官还是信任和重用的，也正是这些人在他统治期间助他一臂之力，使这位年轻的皇帝能有所作为。
顺治八年，由大学士范文程引见，福临与汤若望相识了，这位年已59岁、学识高深的外国传教士很快就博得了年轻皇帝的好感和敬仰。这一年，汤若望被诰封为通议大夫，他的父亲、祖父被封为通奉大夫，母亲和祖母被封为二品夫人，并将诰命绢轴寄往德国。不久他加封太仆寺卿，接着又改为太常寺卿。顺治十年三月，又赐名“通玄教师”。顺治皇帝不仅使他生前尊贵荣耀，连他的身后之事也打算到了。顺治十一年（1654）三月，就将阜城门外利玛窦墓地旁的土地赐给汤若望，作为他百年后的墓穴之所。后来，顺治亲笔书写“通微佳境”的堂额赐给他悬于宣武门内的教堂内，还撰写碑文一篇，刻于教堂门前，赞扬他“事神尽虔，事君尽职”。在顺治的恩宠下，汤若望真可谓是爵位连进，尊荣有加。因顺治的母亲孝庄皇太后认汤若望为义父，他便按满族习惯尊称汤若望为玛法，即汉语的爷爷。
顺治对汤若望这种不同寻常的恩宠，究竟原因何在？他曾经对左右大臣这样说过：“汝曹只语我大志虚荣，若望则不然，其奏疏语皆慈祥，读之不觉泪下。”又说：“玛法为人无比，他人爱我，惟因利禄而仕，时常求恩；朕常命玛法乞恩，彼仅以宠眷自足，此所谓不爱利禄而爱君亲者矣！”
对皇帝的知遇之恩，汤若望感激涕零。因而，他常常直言以谏，为顺治执政出谋划策，充当着心腹顾问的角色。顺治皇帝临终时议立皇嗣，专门征求汤若望的意见。汤若望以玄烨出过天花为由，主张立玄烨为皇位继承人，顺治最后一次遵从了他的意见。
顺治宠遇汤若望，使天主教也得以在华风靡一时。汤若望在中国与西方传教士之间架起了一座桥梁，使大批传教士涌入中国，获得了传教的自由。自顺治亲政到康熙初年的十几年中，全国至少有10万人领洗入教，而在此之前的70多年中，总共才有15万人入教。
如果说，顺治对天主教的兴趣主要是缘于对其“玛法”汤若望的尊宠的话，那么，顺治对佛事的崇尚，的确是心向往之。
清初，临济宗著名禅僧玉林王秀年仅23岁就做了湖州报恩寺住持，这在禅门实属罕见，遂为佛子们看重。顺治耳闻玉林王秀的大名后，便诏请他入京说法。不料，玉林王秀意然摆起清高的架子来，接到诏书后，他先是卧床不起，后来又以先母未葬为借口婉言谢绝。直到第二年，在几经催请下，他好不容易启程赴京，谁知走到天津又称病不行。直到顺治应允他问道完毕立即送归，玉林王秀才终于到了北京，得到顺治十分优渥的礼遇。顺治将他以禅门师长相待，请他为自己取法名为“行痴”，自称弟子，还时常亲临玉林王秀的馆舍请教佛道。玉林王秀也极力以佛教影响顺治，经常讲得皇帝喜悦异常，并因此授给他黄衣、紫缰、银印、金印等，还先后赐予他“大觉禅师”和“大觉普济禅师”的称号。双方的交往各有企图，玉林王秀的目的在于提高自己的威望，并借助皇权扩大自己宗派的势力，而顺治则从佛教中找到了某种慰藉自己心灵的意念。尽管目的不同，却殊途同归，皇帝和禅僧被佛教紧密联系在一起。
顺治刚满14岁时，皇太后根据当时摄政王多尔衮之意，选定科尔沁卓礼克图亲王吴克善之女博尔济吉特氏为皇后。顺治八年（1651）八月十三日举行了隆重的大婚礼，奉迎皇后入宫。这一天，京城内外一派万民同庆的景象。宫内各处御路用红毡铺地，各宫门双喜大字高悬。但是，隆重热闹非凡的婚礼，并没有给皇帝带来美满的婚姻。皇后天生丽质，乖巧聪慧，但是婚后不久，就与皇帝产生了裂痕。顺治对皇后很快就发展到不能容忍的地步。两年后将其废黜，降为静妃，改居侧室。博尔济吉特氏为什么被打入冷宫？顺治本人认为她处心不端，非常刻毒，妒忌之心很重，见到容貌稍微出众的人就十分憎恶，必欲置之于死地。对皇帝的一举一动，她无不猜防，以致皇帝不得不别居他处，不与之相见。皇帝一向爱慕简朴，她却癖好奢侈，所穿服装皆以珠玉绮绣缀饰，不知珍惜，进膳时，有一件器具不是金制的，便十分不高兴。对她的所作所为，皇帝忍无可忍，忧郁成疾。皇太后得知其中原由之后就让他酌情裁夺，皇帝由此决定废黜皇后。但是，废后一事并非一帆风顺。顺治虽居一国之尊，但受礼法约束，也不能轻易行废立皇后之举。当废后的打算为大臣们所知后，大学士冯铨、陈名夏等人先后上奏，请皇帝深思熟虑、慎重行事。他们认为皇后正位以来没有什么明显过失，就这样轻易废黜，既不能服皇后之心，也不能服天下后世之心。假若皇后确实不合皇帝心意，可仿效旧制选立东西二宫。但顺治决心已下，难以更改，经过一番周折后，最终还是废了皇后。从诸大臣当时的奏书看，皇后也未必就如顺治所斥责的那样狠毒不仁，或许就是人们常说的，两个人没有缘分吧。
顺治一生共有后妃19人，但他最宠爱的大概就是董鄂氏了。据说，董鄂氏原本是顺治的异母兄弟襄亲王博穆博果尔之妻，却受到顺治狂热的爱恋。博穆博果尔为此对董鄂氏大加申斥。顺治闻知此事后，竟打了弟弟一个耳光。不久，博穆博果尔怨愤而死，年仅16岁。等董鄂氏27天丧期服满，顺治便册立她为贤妃，时为顺治十三年，皇帝13岁，董鄂氏18岁。一个月后又被晋为皇贵妃，颁诏天下。清朝册封妃嫔原来并不颁诏天下，顺治的破例之举足以证明他对董鄂氏的宠爱。皇贵妃之父也极受宠遇，连升三级，并得到大量的赏赐，死后被追封为侯。
董鄂氏曾为顺治生了个儿子，即皇四子，子因母贵，据说皇帝曾准备将他立为皇太子。但不幸的是，他生下3个月后还未命名就天亡了。事过不久，宠冠后宫的皇贵妃也因忧伤过度玉殒香消，时值顺治十七年（公元1660年）。她仅仅陪伴了顺治4年就匆匆离去了。董鄂氏之死使顺治陷入了无法摆脱的痛苦之中。皇贵妃死后，皇帝用蓝笔批本达4个多月，而清朝定制，皇帝及太后之丧，蓝笔批本也仅以27天为限。顺治既然不能与他心爱的贵妃共享永年，只好以这些殊遇来表达和寄托自己对她的无限爱恋和怀念。他亲自为董鄂妃书制的《董妃行状》洋洋洒洒数千言，追念两人朝夕相处的恩爱种种。为了抚慰顺治，太后同意追封董鄂氏为皇后，即孝献皇后。
尽管顺治以种种特殊待遇对待死去的宠妃，却没有使他哀痛至极的心情得到慰藉。此后，他的情绪日益消沉，本来就很孱弱的身体，越发显得力不能支了。
顺治十八年正月初二，顺治亲往悯忠寺观看亲信太监吴良辅的削发出家仪式，回宫后便卧床不起，经诊断，竟是染上了可怕的天花。立嗣顿时成了当务之急。孝庄文皇太后一向对皇三子玄烨刻意培养，寄予厚望，坚持立他为皇太子。顺治派人征询汤若望的意见，他的意见与太后相同，本想立次子福全的顺治只好同意了这个意见。自知死期将近，顺治召诸王贝勒和众臣前来宣布遗诏，在遗诏中他宣布由8岁的玄烨继承皇位，由异姓功臣索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人辅政。
遗诏念罢，顺治也一命归天，年仅24岁，他在位18年，亲政11年。颇具个性的顺治被谥为“章皇帝”，庙号“世祖”。