永泰元年（公元498年）七月，齐明帝萧鸾病逝，太子萧宝卷即位。萧宝卷是萧鸾次子，因其兄萧宝义自幼残废，故得父亲宠爱。原名明贤，萧鸾在萧昭业在位时辅佐朝政、大权在握，特改为宝卷；萧鸾称帝后，他被立为太子，成为皇位的继承人。
公元499年，萧宝卷即位的次年正月，改年号“永元”。他即位时只有16岁，所以按照其父遗诏，由顾命大臣辅佐朝政。扬州刺史始安王萧遥光、尚书令徐孝嗣、右仆射江祏、右将军萧坦之、侍中江祀、卫尉刘暄轮流值日于内省，分日帖敕，时称“六贵”。
萧宝卷为太子时，不好学，贪玩，嬉戏无度。性情重涩，少言寡语。即位后，他不爱结交朝士，只亲信宦官及左右捉御刀者和应敕者。即位不久，他就发现自己并不能随心所欲地游玩行事，这约束力来自“六贵”，主要的又是二江。
江祏、江祀兄弟的姑姑，是萧鸾的母亲，所以萧鸾特别看重他们，虽然临终时顾命群公，而最信任的却是江氏兄弟，兄弟俩因此对小皇帝也最严厉。萧宝卷要行荒唐之事，徐孝嗣不敢阻拦，萧坦之偶尔劝阻几句，江祏却不同，是坚决制止，弄得萧宝卷浑身不自在，心中忿忿然。他非常信任的左右茹法珍、梅虫儿等，每欲弄权，也常遭江祏裁抑，故茹法珍等人对江祏也是切齿痛恨。
萧宝卷愈来愈不听约束，任用群小，游戏无度，江祏便决计废帝另立。他的意思是立明帝萧鸾第三子、萧宝卷的同母弟、江夏王萧宝玄。这一建议立即遭到刘暄的反对。刘暄是萧宝卷、萧宝玄、萧宝寅的舅舅。萧宝玄任郢州刺史时，他任郢州行事，对年幼的萧宝玄过分苛刻。因此，萧宝玄对刘暄非常不满。刘暄知萧宝玄对他不满，故时刻提防，不同意立其为帝。他想立建安王萧宝寅，这样，他既可以居帝舅之势操纵朝政，又与萧宝寅了无嫌隙，无所顾忌。
到底立谁好呢？江祏又同萧遥光密谋，而萧遥光想立自己为帝，当他把打算微微透露后，江毫无思想准备，不知如何回答，只好告退。江柘把废立之谋告诉弟弟江祀，江祀倒觉得少主难保，劝他立萧遥光为帝。
刘暄知江氏兄弟有立萧遥光之意，很不高兴，因萧遥光若立为帝，他就要失去帝舅之尊，所以坚决反对。这样一来，江祏迟疑不定，久而不决。萧遥光大怒，派左右黄昙庆密于青溪桥刺杀刘暄，黄昙庆见刘暄卫士随从众多，未敢动手。
刘暄发觉萧遥光欲暗害他，暗暗合计一番，马上向萧宝卷告发江氏兄弟欲立萧遥光为帝。萧宝卷一听，耳边立刻响起父亲临终遗言：“作事不可在人后。”他立即命令：收捕江氏兄弟！
杀害江氏兄弟后，萧宝卷召萧遥光入宫，将二人之罪告诉他。萧遥光大惊，回到中书省后就号啕大哭，装起疯来，从此称病不入台城。
江氏兄弟一死，再无人敢对萧宝卷管头管脚的了，他遂无所忌惮、随心所欲胡闹起来。他日夜与近习在后堂鼓叫戏马，常常五更就寝，至晡（午后三时至五时）时才起。群臣朝见之日，他在傍晚时分才懒洋洋地来到，有时就干脆借口天色已暗，不再上朝，遣群臣回家。台阁奏案常一月或数十天才报，有的甚至不知去向。宦官们包鱼肉回家，用的全是中央五省的黄案。整个朝廷乱成了一团。
正当萧宝卷玩得昏天黑地之时，萧遥光加紧了武装起事的准备。他当初密谋与弟弟荆州刺史萧遥欣共同起事，由萧遥欣引兵自江陵急下攻建康，他于内接应。不巧，萧遥欣病卒，计划无法施行。后来，荆州兵将不少人护送萧遥欣的灵柩回京都，萧遥光一见有了主意。当初其弟豫州刺史萧遥昌去世后，部曲全归萧遥光，现在荆州又有不少人来到京都，何不借二州兵力来一个武装起事？
萧遥光正忙于密谋，忽接到圣旨，要他入宫，不觉大吃一惊。原来，萧宝卷诛杀江氏兄弟后，怕萧遥光不自安而闹出什么事来，就准备任其为司徒，给他一个高位，让他回家安心养病。萧遥光心中有鬼，不敢入宫，在东府东门纠集二州部曲，以讨刘暄为名起兵。听说萧遥光反叛，台城中人心惶惑，不知如何是好，萧宝卷忙诏令徐孝嗣入台城，人心才稍微安定下来。后台军终于击溃了叛军。萧遥光见大势已去，回到小斋帐中，秉烛自照，神不守舍。台军冲入，萧遥光慌忙灭掉蜡烛，爬到床下藏起来。军人推门而入，把他从暗中牵出斩首。
平定萧遥光之后，萧宝卷下诏赏赐有功人员。萧坦之因报告萧遥光造反有功被升为尚书右仆射、丹阳尹。但由于他做事刚狠自专，萧宝卷的手下对他又怕又恨，因此常在萧宝卷面前攻击他。萧遥光死后20余日，萧坦之和儿子萧赏全都被萧宝卷派来的士兵杀死。
茹法珍等又在萧宝卷面前诬告刘暄有异谋。萧宝卷于是下令杀死刘暄。
“六贵”中只剩下司空徐孝嗣了，他文士出身，事事处处不敢违抗萧宝卷及其手下近习的意愿，故名位虽重，仍能为萧宝卷所容。由于他名高望重，有人极力劝他废掉昏暴残忍的萧宝卷。徐孝嗣虽有此想法，却迟迟不见行动。而此时众嬖幸对徐孝嗣也开始讨厌起来。
一日，萧宝卷下诏召徐孝嗣、尚书左仆射沈文季、侍中沈昭略入华林省。三人入华林省后，茹法珍受命送来了药酒。徐孝嗣、沈文季默默不语，沈昭略大怒，骂徐孝嗣道：“废昏立明是古今令典，宰相无才，致有今日！”说完，拿起盛酒的小瓯投在徐孝嗣脸上，说：“让你做个破面鬼！”徐孝嗣并不恼怒，只管埋头饮酒，酒至斗余而卒。其子徐演、徐况，萧宝卷也不放过他们，将二人杀死。
至此，“六贵”全被杀害，众臣人人自危，惶惶不可终日。
永元元年（公元499年）十一月，太尉陈显达于江州举兵反，京师震惊。陈显达是高、武帝时旧将，明帝萧鸾在位时诛杀旧臣，陈显达内怀危惧，小心谨慎，曾以已达70岁高龄为由请求告退，萧鸾不许。萧宝卷即位以后，他惧祸不愿留在建康，被任为江州刺史后，欣喜万分，连忙登程赴任。萧宝卷屡诛大臣的消息不断传到江州，陈显达心里非常紧张。待“六贵”死尽，朝野又传闻朝廷将遣兵袭击江州，陈显达不愿坐以待毙，立即举兵；又致信朝中重臣，历数萧宝卷罪恶，声称欲奉建安王萧宝寅为主，待平定京师后就西往郢州迎接大驾。
萧宝卷命护军将军崔慧景为平南将军，督众军抗击陈显达。不久即传来消息，陈显达率军击败朝廷军队，乘胜进袭宫城。宫城大骇，闭门设守。陈显达亲率数百步兵在西州前与台军激战，几个回合下来，陈显达大胜。后来朝廷大军继至，陈显达寡不敌众，败退下来，被刺落马斩首。
诛灭陈显达，萧宝卷以为从此无人约束与威胁自己了，愈发骄纵不羁，京师百姓深受其害。他渐渐迷上了出外游走，一个月要出游20余次。每次出游，左右盛气凌人，尽驱沿途人家，只留下一座座空宅。百姓一闻鼓声大作，顾不上穿衣登靴，立刻呼儿唤女逃离住宅，一旦行动迟缓被萧宝卷等遇上，即刻丧命。京师百姓遭其骚扰，苦不堪言。四民废业，婚冠丧葬皆不得依时而行事，甚至死了人都无法埋葬，只好弃尸路边。
萧宝卷的另一爱好是骑马，专门由东治营兵俞灵韵教他。他在郊外置射雉场296处，经常奔走往来于各场，毫无倦意。
“远君子，近小人”也是萧宝卷的主要特点之一。他所宠信的有左右31人，黄门10人。直阁、骁骑军徐世标是他的杀手，每有杀戮之事，皆由徐世标执行。陈显达反，虽用崔慧景为都督，而兵权却掌在徐世标手中。后来，徐世标得罪了萧宝卷，被禁卫军杀死。宦官王宝孙只有十三四岁，号为“伥子”，最有宠，连梅虫儿之辈也在其下。他参预朝政，控制大臣，移易诏敕，甚至敢骑马入殿，诋诃天子。公卿大臣见了他，无不恭恭敬敬，屏息静气。
对所宠幸的潘贵妃，萧宝卷是有求必应，凿金为莲花贴地，令潘妃在上面行走，他在一边赞赏：“此为步步生莲花。”潘贵妃的父亲潘宝庆也极受萧宝卷宠信，与茹法珍一起被称为“阿丈”，另外梅虫儿、俞灵韵为“阿兄”。他曾与茹法珍等一起到潘宝庆家，亲自汲水，帮助厨子做饭。潘宝庆狗仗人势，玩弄权术，诬陷商人有罪，往往是一家被陷，邻里数家一起遭殃，又请求将没收的田宅资财赐给他，为了防止后患，又杀尽被害之家的男口，搞得民不聊生。
萧宝卷身边的提刀左右及应敕者，皆是其亲信，在朝中专横跋扈，不可一世，被呼为“刀敕”。“刀敕”们的家，成了萧宝卷经常去游宴的地方，遇有吉凶之事，也必去庆吊。整个朝廷是小人得势，皇帝昏狂无道，大臣朝不保夕，百姓苦不堪命，社会动荡不安，一场大的危机一触即发。
豫州刺史裴叔业当年为萧鸾诛杀诸王出了大力，官居重位。萧宝卷即位后杀戮大臣，身为边镇重臣的裴叔业心中不安起来，怎样才能既避免杀身之祸，又能保全荣华富贵呢？经反复权衡利弊，裴叔业终于在永元二年（公元500年）正月奉表降魏。
裴叔业投降北魏的消息传到建康，满朝哗然。萧宝卷命平西将军崔慧景率水军讨伐寿阳。大军出发之日，萧宝卷命设长围，亲自出面为崔慧景送行。他身穿戎服坐于楼上，召崔慧景单骑人见，不得带一人跟随。二人交谈数言，崔慧景就显得有些心神不定，急忙告辞而去。及出城，崔慧景不觉喜形于色。大军行至广陵（今江苏扬州市）以外数十里处停下，崔慧景召集诸军主，对他们说：“吾荷三帝厚恩，又担当顾托之重任，今幼主昏狂，朝廷坏乱，危而不扶，责在今日。吾欲与诸君共建大功以安社稷，诸君意下如何？”众皆齐声响应。于是，回军广陵，司马崔恭祖开城门迎接，随后又挥师准备渡江直指建康。
崔慧景既举兵，马上派人奉迎江夏王萧宝玄为主。因为萧宝玄娶徐孝嗣之女为王妃，二人感情融洽。萧宝卷诛徐孝嗣后，诏令萧宝玄离婚，萧宝玄虽表面服从，心中却忿忿不平，所以崔慧景认定他必会赞成举事，故奉他为主。萧宝玄立斩来使，又发动将吏守城，以此迷惑萧宝卷。萧宝卷闻讯大喜，忙派人前去京口（今江苏镇江市）助守。崔慧景将要渡江，萧宝玄秘密派人前去联系，杀司马、典签与朝廷使者，开门迎崔慧景入城，把萧宝卷打了个措手不及。
崔慧景指挥大军顺利过江，萧宝玄乘八人抬的平肩舆，手拿绛麾，随军赶往建康。萧宝卷急忙调兵遣将迎战，但诸将都不是崔慧景的对手，全被杀得溃不成军，只好紧闭宫门，不敢出战。崔慧景引军将台城紧紧包围住，又称宣德太后令，废萧宝卷为吴王。
正当台城岌岌可危时，外面发生了一件事，使得局势暂时得以缓和。原来，陈显达举兵反时，萧宝卷又效法其父，召诸王入宫。巴陵王萧昭胄和弟弟永新侯萧昭颖一想起永泰年间的恐怖情况，就忍不住颤抖起来，兄弟二人化装成和尚，藏匿于民间。崔慧景引兵包围台城，二人恢复本来面目，前来投奔。崔慧景本来奉萧宝玄为主，见到萧昭胄，又想奉其为主。因为萧昭胄是萧子良之子，是武帝萧赜的孙子，而萧宝玄是明帝萧鸾之子，拥立武帝之孙好像更加名正言顺。但到底拥立谁，崔慧景又一时难下决心。这时的崔慧景已开始骄傲起来，认为台城旦夕可拔，就不大急着攻城，而是整日和处士何点一起谈论义理、佛教。他那里高谈阔论，兴致勃勃，不管军事，手下将领开始不满，军心有所涣散。
萧宝卷抓住这一有利时机，急召豫州刺史萧懿赴援建康。密使赶到时，萧懿正在吃饭，一接诏令，立刻投箸而起，率数千人渡江赶赴建康。夜里，台城军队见外面燃起一片火把，知道援军已到，大受鼓舞。萧懿一仗击败崔慧景之子崔觉，又乘胜进军，崔恭祖投降。崔慧景兵败如山倒，只好弃众而逃，后被渔人斩首。
萧宝玄兵败后逃亡数日才降，萧宝卷把这个同母弟召入后堂，几天后。令人将其杀死。
崔慧景包围台城达12天之久，建康人都以为他必胜无疑，因此，跟随他造反的人很多，萧宝卷下诏赦免其罪。而此时嬖幸专权用事，不依诏令，我行我素，杀人越货，乱诬贼党。
平定崔慧景后，萧懿以功升任尚书令。表面看官高位重，但实际上由于放弃了兵权，成了无权无势的空头尚书令。有人见萧懿德高望重，其弟萧畅任卫尉，负责宫廷保卫工作，就劝他趁萧宝卷出门之际，举兵废帝另立，萧懿不从。
嬖臣茹法珍、王咺之等畏忌萧懿，便在萧宝卷面前挑拨说：“萧懿将行隆昌故事，陛下处境危险，命在旦夕。”萧宝卷虽贪玩，但在猜忌重臣方面特别有灵气，听人一说，马上警觉起来，果断地下了收捕萧懿及其诸弟的决心。十月，萧宝卷于尚书省赐药给萧懿，萧懿饮药而死。同时，朝廷又紧急搜捕萧懿在京都的弟弟和侄子，杀害了其弟萧融，其他人皆藏于民间，幸亏无人告发，才幸免于难。
萧懿一死，其弟萧衍以雍州兵力起事。萧宝卷忙派辅国将军刘山阳率3000人前往江陵，欲会合荆州军，袭击襄阳。然而，雍州刺史萧衍联合西中郎长史萧颖胄设计杀死刘山阳，荆雍二州共同举兵而反！荆、雍二州为举足轻重的军事重镇，地广粮足兵强，荆雍联合，声势浩大，不可轻视，所以萧宝卷急忙下诏讨伐荆、雍，宣布内外戒严，一时全国笼罩在一片紧张气氛之中。
永元三年（公元501年）三月，南康王萧宝融在江陵即皇位，改年号为“中兴”，遥废萧宝卷为涪陵王。这样，南齐有了两个朝廷，一个是萧宝卷为首的朝廷，另有一个名义上以萧宝融为首的西台。
萧衍率大军东下，与萧宝卷的军队展开激战。而萧宝卷却不以战事为意，依然游乐如初。
正在这时，京师里又发生了一起事变：桑偃与萧寅密谋立巴陵王萧昭胄。萧昭胄与弟弟萧昭颖在崔慧景起兵围建康时曾前往投奔，崔慧景失败后，兄弟二人向台军自首，萧宝卷未治其罪，仍准他们以王侯还第，但二人心中一直不安。桑偃当年是萧子良的防阁将军，见萧宝卷昏狂无道，遂与萧寅密谋，欲趁其出游之机将兵奉萧昭胄入台城，闭上城门，然后号令天下。但事不凑巧，正碰上萧宝卷建造芳乐苑，一个月也未出游，此计无法实现。桑偃又打算召募勇士百余人，从万春门强行突进，擒住萧宝卷，萧昭胄认为这样做太危险，不同意。因此，他们的废立之谋久久不得实现，其中一个人怕时间久了阴谋暴露，就主动去告发他们，萧寅发现后，派人将其杀死。后来，官府从死者身上搜出了他们的密计，萧昭胄兄弟与桑偃等皆遭杀害。
这时，西线战事已非常紧张，萧衍率军在加湖（今湖北黄陂县东南）一战击溃了萧宝卷的军队，又进逼江州。大将江州刺史陈伯之被迫投降，萧衍乘胜直逼建康。萧宝卷闻知事情紧急，这才停止玩乐，慌忙做固守的准备，左右二尚方与东西二冶里扣押了大量犯人，按萧宝卷的命令，不少囚犯被放出来充实军队，不可活者斩首，朱雀门内每日都杀百余人。
萧衍大军来到建康附近，萧宝卷命征虏将军王珍国、军主胡虎牙率精兵10万余人于朱雀航南列阵，宦官王宝孙手持白虎幡督战，又开航水以绝退路，准备背水一战。两军经过激战，王珍国等渐不能支，开始败退。萧衍军长驱直至宣阳门。
不久，东府城、新亭、琅邪等城守将纷纷降于萧衍，张环弃石头城还宫，台城已失去屏障，萧宝卷命烧六门内诸营署、官府，驱逼士民全部进入宫城，闭门自守。宫城被萧衍军似铁桶般严密包围起来。处于包围之中的萧宝卷并不着急，他与左右商量，认为陈显达当初是一战即败，崔慧景围城也只有十几天即败走，所以这次也只准备了100天的粮食和柴草。兵临城下的紧要关头，萧宝卷仍白天睡大觉，晚上起来玩乐，完全像平时一样。萧宝卷后堂储有不少木头，有人请求拿去加强城防，他舍不得，要留下以后建宫殿。对金银雕镂杂物，更是加倍向民间索求，结果引得众人怨怠，皆不愿为他出力；加上城围日久，人人厌倦，皆盼城中早日发生一个大变故，只是无人敢挑头而已。
茹法珍、梅虫儿见城中人心涣散，为萧宝卷献计：“大臣不留意，致使长围不解，宜全部杀了他们。”此时负责城中军事的是王珍国，张稷为副将，二人惧祸，暗中定计杀萧宝卷迎萧衍大军入城。
十二月的一天夜里，后阁舍人钱强偷偷令人打开云龙门，王珍国、张稷引兵入殿，御刀丰勇之在内接应。萧宝卷刚在含德殿作笙歌取乐，躺下后尚未睡熟，忽听门外有异常响动，知大事不好，忙从北门逃出，欲回后宫，但大门已闭，无路可逃。宦官黄泰平迎上前来，用刀砍伤其膝盖，萧宝卷应声倒地。兖州中兵参军张齐一刀下去，萧宝卷便身首两地。19岁的萧宝卷首尾只当了4年皇帝，就这样糊里糊涂地做了刀下之鬼。
萧宝卷一死，张稷召百僚入宫，用黄油裹萧宝卷的首级，以尚书右仆射王亮为首的百官皆在信笺上签上名字，连同萧宝卷的首级一起送到萧衍处。
萧衍率军进入京师后，执掌朝政，以宣德太后的名义下令，依汉海昏侯故事，追废萧宝卷为“东昏侯”。